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De Novo assembly and annotation of the Pacific calico scallop (Argopecten ventricosus) transcriptome for immune-related gene discovery

RUTH ESCAMILLA MONTES GENARO DIARTE PLATA GABRIELA BERENICE MENDOZA MALDONADO Aarón Barraza Celis Carlos Eliud Angulo Valadez Seyed Hossein Hoseinifar Jesús Arturo Fierro Coronado ANTONIO LUNA GONZALEZ (2022, [Artículo])

"Invertebrates' immune defense mechanisms play a critical role in pathogen recognition and elimination. De novo assembly and annotation of the Argopecten ventricosus transcriptome were performed for the immune-related gene identification. Scallops (height: 4.4 cm) were challenged with inactivated Vibrio parahaemolyticus IPNGS16. The RNA from different tissues was pooled for a single cDNA library construction sequenced by NextSeq 500 platform 2×75 paired‐end chemistry. Before de novo assembling with Trinity, reads were analyzed with FastQC, Trimmomatic, and Prinseq. Assembled sequences were analyzed by CD-HIT-EST and TransDecoder. The corresponding annotation was performed against NCBI-nr, RefSeq protein, and KAAS (KEGG) databases. The Trinity assembly yielded 107,516 contigs. TransDecoder yielded 25,285 sequences as CDSs of which, 16,123 were annotated against the NCBI-nr protein, most of them scored with Crassostrea gigas data. Gene ontology mapped sequences (15,262) were classified in molecular functions (~13,000), cellular components (~11,000), and biological processes (~13,000). The KAAS analysis showed biological categories for metabolism (13%), cellular processes (12%), genetic information processing (10%), organismal systems (19%), environmental information (13%), and human diseases (33 %). Within the organismal systems, 467 immune-related genes (KO) were identified. Sixty-four immune-related genes were annotated/blasted against the NCBI-nr and RefSeq protein databases. An RT-qPCR was performed to analyze the expression level of immune-related genes obtained in the transcriptome analysis in scallops (height 4.5 cm) treated with probiotic bacilli added to culture water. Bacilli significantly increased the expression of the HSP70 and PGRP genes. The gene transcripts analysis of A. ventricosus will better understand its immune response against pathogens in culture systems."

Argopecten ventricosus, calico scallop, transcriptome, bivalve, immune genes BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA ANIMAL (ZOOLOGÍA) INMUNOLOGÍA INMUNOLOGÍA

Solanum tuberosum Microtuber Development under Darkness Unveiled through RNAseq Transcriptomic Analysis

ELIANA VALENCIA LOZANO LISSET HERRERA ISIDRON Osiel Salvador Recoder-Meléndez Aarón Barraza Celis JOSE LUIS CABRERA PONCE (2022, [Artículo])

"Potato microtuber (MT) development through in vitro techniques are ideal propagules for producing high quality potato plants. MT formation is influenced by several factors, i.e., photoperiod, sucrose, hormones, and osmotic stress. We have previously developed a protocol of MT induction in medium with sucrose (8% w/v), gelrite (6g/L), and 2iP as cytokinin under darkness. To understand the molecular mechanisms involved, we performed a transcriptome-wide analysis. Here we show that 1715 up- and 1624 down-regulated genes were involved in this biological process. Through the protein–protein interaction (PPI) network analyses performed in the STRING database (v11.5), we found 299 genes tightly associated in 14 clusters. Two major clusters of up-regulated proteins fundamental for life growth and development were found: 29 ribosomal proteins (RPs) interacting with 6 PEBP family members and 117 cell cycle (CC) proteins. The PPI network of up-regulated transcription factors (TFs) revealed that at least six TFs–MYB43, TSF, bZIP27, bZIP43, HAT4 and WOX9–may be involved during MTs development. The PPI network of down-regulated genes revealed a cluster of 83 proteins involved in light and photosynthesis, 110 in response to hormone, 74 in hormone mediate signaling pathway and 22 related to aging."

transcriptome-wide analysis, microtubers, potato, Solanum tuberosum, darkness, cell cycle, ribosomal proteins, PEBP family genes, cytokinin BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA GENÉTICA GENÉTICA MOLECULAR DE PLANTAS GENÉTICA MOLECULAR DE PLANTAS

Lucha social y organización bananera : el caso de las afectaciones de salud por el nemagón-fumazone en extrabajadores bananeros de Chinandega, Nicaragua

Candida Rosa Gómez Suárez (2009, [Tesis de doctorado])

Esta investigación aborda la problemática de la movilización social y de acción política que impulsan grupos de ex-trabajadores bananeros de la región de Chinandega, Nicaragua, desde los inicios de la década de los noventa. En general, este movimiento organizativo ha tenido como principal demanda la indemnización por daños físicos y morales, producto de la exposición que tuvieron los ex-trabajadores al nematicida conocido como Nemagón-Fumazone (en adelante (DBCP)- ; dicho químico fue usado por la Standard Fruit Company, una transnacional bananera de origen estadounidense.

Plaguicidas -- Toxicología Agricultores -- Chinandega, Nicaragua Indemnización Judicial CIENCIAS SOCIALES SOCIOLOGÍA SOCIOLOGÍA

Sismograma de la estación Pico de Orizaba.

Servicio Sismológico Nacional (IGEF-UNAM) (2009, [Event])

Entrada Mayo 30, 2015 at 12:53 p.m. (GMT) / Salida Mayo 31, 2015 at 10:29 a.m. (GMT)

Estación telemática que envía su señal a la estación central localizada en el Instituto de Geofísica de la UNAM y pertenece a la red sismológica convencional.

Componente Z.

Sismología Sismología Sismología CIENCIAS FÍSICO MATEMÁTICAS Y CIENCIAS DE LA TIERRA CIENCIAS DE LA TIERRA Y DEL ESPACIO GEOFÍSICA SISMOLOGÍA Y PROSPECCIÓN SÍSMICA

Sismograma de la estación Pico de Orizaba.

Servicio Sismológico Nacional (IGEF-UNAM) (2009, [Event])

Entrada Marzo 16, 2009 at 12:22 p.m. (GMT) / Salida Marzo 17, 2009 at 12:46 p.m. (GMT)

Estación telemática que envía su señal a la estación central localizada en el Instituto de Geofísica de la UNAM y pertenece a la red sismológica convencional.

Componente Z.

Sismología Sismología Sismología CIENCIAS FÍSICO MATEMÁTICAS Y CIENCIAS DE LA TIERRA CIENCIAS DE LA TIERRA Y DEL ESPACIO GEOFÍSICA SISMOLOGÍA Y PROSPECCIÓN SÍSMICA

Sismograma de la estación Popocatépetl.

Servicio Sismológico Nacional (IGEF-UNAM) (2009, [Event])

Entrada Julio 02, 2015 at 12:12 p.m. (GMT) / Salida Julio 03, 2015 at 11:51 a.m. (GMT)

Estación telemática que envía su señal a la estación central localizada en el Instituto de Geofísica de la UNAM y pertenece a la red sismológica convencional.

Componente E-W.

Sismología Sismología Sismología CIENCIAS FÍSICO MATEMÁTICAS Y CIENCIAS DE LA TIERRA CIENCIAS DE LA TIERRA Y DEL ESPACIO GEOFÍSICA SISMOLOGÍA Y PROSPECCIÓN SÍSMICA

Sismograma de la estación Popocatépetl.

Servicio Sismológico Nacional (IGEF-UNAM) (2009, [Event])

Entrada Agosto 27, 2015 at 00:00 a.m. (GMT) / Salida Agosto 28, 2015 at 11:34 a.m. (GMT)

Estación telemática que envía su señal a la estación central localizada en el Instituto de Geofísica de la UNAM y pertenece a la red sismológica convencional.

Componente E-W.

Sismología Sismología Sismología CIENCIAS FÍSICO MATEMÁTICAS Y CIENCIAS DE LA TIERRA CIENCIAS DE LA TIERRA Y DEL ESPACIO GEOFÍSICA SISMOLOGÍA Y PROSPECCIÓN SÍSMICA