Título
Modelo estadístico para la asignación de ARNs pequeños, en el contexto deinteracción huésped-parásito
Autor
GILBERTO FLORES VARGAS
Nivel de Acceso
Acceso Abierto
Materias
Resumen o descripción
El presente proyecto ha sido motivado por la colaboracion con el grupo de Genómica
Computacional del ARN del Laboratorio Nacional de Genomica para la Biodiversidad (LANGEBIO).
El problema biologico de fondo abordado es un problema de frontera en dicho contexto y
hasta el momento no existe un modelo probabilístico con el enfoque del desarrollado
en esta tesis. Específicamente, en la tesis se postula un modelo probabilístico ad hoc que
permite resolver el problema de asignación de lecturas de secuencias cortas de ARN, en el
contexto de interaccion entre un huésped y un parásito. Dicho problema consiste en discernir
la procedencia específica de las lecturas entre varios posibles precursores. Por su parte, la
solución se presenta en términos formales de probabilidad y estadística. Respecto al modelo
de probabilidad desarrollado, este aporta una nueva metodología, y está basado en modelos
de abundancia de especies, algo que se ha considerado poco en el contexto de genética. Para
plantearlo se hace uso de la terminología existente en el contexto de modelos gráficos de
probabilidad. Destaca que el numero de parámetros considerados es menor al de modelos
previos relacionados. Así mismo, se desarrolla un esquema que permite resolver el problema
implícito de clasificación. El esquema se basa en la aplicación de una variante del algoritmo
EM: versión estocástica de EM.
Fecha de publicación
1 de agosto de 2019
Tipo de publicación
Tesis de maestría
Versión de la publicación
Versión aceptada
Recurso de información
Formato
application/pdf
Repositorio Orígen
Repositorio Institucional CIMAT
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