Título
Análisis de la expresión diferencial de proteínas totales de cédulas de cáncer de mama para la identificación de probables biomarcadores útiles para el diagnóstico y/o pronóstico de esta enfermedad
Autor
KARLA GRISEL CALDERON GONZALEZ
Colaborador
HUMBERTO GONZALEZ MARQUEZ (Asesor de tesis)
JUAN PEDRO LUNA ARIAS (Asesor de tesis)
Nivel de Acceso
Acceso Abierto
Materias
Resumen o descripción
El cáncer de mama (CaMa) es el principal cáncer en mujeres de t odo el mundo. En México es la primera causa de muerte por cáncer en la mujer. A pesar de que existen marcadores tumorales de suero como CEA (antígeno ca rcino- embrionario) y HER2, estos son detectados en estadios avanzados de la enfermedad y son usados como marcadores de progresión y recurrencia. La de tección temprana de esta enfermedad ofrece un tr atamiento oportuno con buenos re sultados, por lo tanto, es necesario identificar nuevos marcadores que puedan co nducir a una detección temprana, así como que puedan proveer evidencia de la efectividad de los tratamientos. El objetivo de es te trabajo fue determinar los pe rfiles de expresión diferencial de proteínas de las lí neas celulares MCF7 y T47D (L uminales), MDA-MB- 231 (Baja Claudina) y SK-BR-3 (HER2+) en comparación con la lín ea celular control MCF 10A a través del marcaje con iTRAQ y espectrometría de masa s en tándem, para identificar posibles biom arcadores de la enfermedad. Se identificaron 1,020 polipépti dos marcados con iTRAQ con al m enos un péptido con 95% de confianza. Se utilizó una diferencia de 20% de expresión diferencial como valor de corte, obteniendo así 78 proteínas so breexpresadas y 128 subexpresadas en común en todas las líneas celulares de cáncer de mama.
Por otro lado, también se identif icaron proteínas exclusivas de cada una de las líneas celulares de cáncer de ma ma. Se obtuvieron 41 proteínas sobreexpresadas en MCF7, 59 en T47D, 55 en MDA-MB-231 y 74 en SK-BR-3. En el caso de las proteínas subexpresadas se identi ficaron 39, 32, 44 y 49 polipé ptidos para MCF7, T47D, MDA-MB-231 y SK-BR-3, respectivamente. Las proteínas fuer on analizadas de igual forma con PANTHER, siendo los procesos biológicos la c ategoría más afectada para las proteínas sobr e y subexpresadas de cada línea celular. En cuanto al análisis con STRING, los inte ractomas de las proteínas sobre expresadas tuvieron nodos relacionados con: Procesos metabólicos de mRNA (MCF7), bi ogénesis del ribosoma, transporte intracelula r de proteínas (T47D), procesam iento de mRNA (MCF7 y T47D), ensamble de complejos de ribonucleoproteína, for mación del complejo de preinicio de la tr aducción, regulación del inicio d e la traducción (MDA- MB-231), procesos metabólicos de pequeñas moléculas (SK-BR-3), entre otros. Las redes de interacción proteína-proteína de los polipéptidos sube xpresados fueron: Regulación de la polimerización y despolimerización de actina, activación de la respuesta inmune (T47D), transporte intracelular de proteínas, organización de la membrana (MDA-MB-231), biogénesis del ribosoma (SK-BR-3), entre otros.
Estas proteínas fueron clasificadas con el programa PANTHER en proces os biológicos, siendo las vías metabólicas las más afectadas. Por otro lado, l as proteínas se analizaron con el programa STRI NG para determinar las redes de interacción proteína-proteína. El interactom a de las proteínas sobreexpresa das estuvo relacionado con topol ogía del ADN, glicolisis, inicio de la tra ducción, corte y empalme del mRNA, la vía de las pentosas y la degradación por el proteo soma. La red de interacción de las proteínas subex presadas incluyo varias prote ínas mitocondriales, siendo el nodo más representativo el de la fosforilación oxidat iva. También, se realizó una búsqueda en PubMed de las 206 proteínas identificad as. Con base en esta búsqueda se propusieron a la s proteínas BAG6, DDX39, ANXA8 y COX4 como probables biomarcadores en cánc er de mama, debido a que no han sido previamente reportadas y a que la informaci ón acerca de estas es escasa.
Fecha de publicación
abril de 2016
Tipo de publicación
Tesis de doctorado
Recurso de información
Idioma
Español
Repositorio Orígen
Repositorio Institucional de la Universidad Autónoma Metropolitana Unidad Iztapalapa
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