De Novo assembly and annotation of the Pacific calico scallop (Argopecten ventricosus) transcriptome for immune-related gene discovery

RUTH ESCAMILLA MONTES GENARO DIARTE PLATA GABRIELA BERENICE MENDOZA MALDONADO Aarón Barraza Celis Carlos Eliud Angulo Valadez Seyed Hossein Hoseinifar Jesús Arturo Fierro Coronado ANTONIO LUNA GONZALEZ (2022, [Artículo])

"Invertebrates' immune defense mechanisms play a critical role in pathogen recognition and elimination. De novo assembly and annotation of the Argopecten ventricosus transcriptome were performed for the immune-related gene identification. Scallops (height: 4.4 cm) were challenged with inactivated Vibrio parahaemolyticus IPNGS16. The RNA from different tissues was pooled for a single cDNA library construction sequenced by NextSeq 500 platform 2×75 paired‐end chemistry. Before de novo assembling with Trinity, reads were analyzed with FastQC, Trimmomatic, and Prinseq. Assembled sequences were analyzed by CD-HIT-EST and TransDecoder. The corresponding annotation was performed against NCBI-nr, RefSeq protein, and KAAS (KEGG) databases. The Trinity assembly yielded 107,516 contigs. TransDecoder yielded 25,285 sequences as CDSs of which, 16,123 were annotated against the NCBI-nr protein, most of them scored with Crassostrea gigas data. Gene ontology mapped sequences (15,262) were classified in molecular functions (~13,000), cellular components (~11,000), and biological processes (~13,000). The KAAS analysis showed biological categories for metabolism (13%), cellular processes (12%), genetic information processing (10%), organismal systems (19%), environmental information (13%), and human diseases (33 %). Within the organismal systems, 467 immune-related genes (KO) were identified. Sixty-four immune-related genes were annotated/blasted against the NCBI-nr and RefSeq protein databases. An RT-qPCR was performed to analyze the expression level of immune-related genes obtained in the transcriptome analysis in scallops (height 4.5 cm) treated with probiotic bacilli added to culture water. Bacilli significantly increased the expression of the HSP70 and PGRP genes. The gene transcripts analysis of A. ventricosus will better understand its immune response against pathogens in culture systems."

Argopecten ventricosus, calico scallop, transcriptome, bivalve, immune genes BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA ANIMAL (ZOOLOGÍA) INMUNOLOGÍA INMUNOLOGÍA

Emprendimiento innovador: el caso de los empresarios de software en Yucatán

ANEL FLORES NOVELO ANA LAURA BOJORQUEZ CARRILLO (2018, [Artículo])

La mayor parte de los estudios de innovación y emprendimiento se han desarrollado en países desarrollados, por lo que es relevante el estudio de las características del emprendimiento innovador contextualizados en países latinoamericanos. Es así que este trabajo aporta conocimientos tendientes a entender mejor el fenómeno emprendimiento mediante el análisis de la actividad emprendedora innovadora desarrollada en el sureste de México. Específicamente se estudia a los empresarios desarrolladores de software ubicados en el estado de Yucatán. Este trabajo aporta conocimiento sobre los factores que propician el desarrollo de innovaciones en empresas tecnológicas ubicadas en contextos de economía tradicional y el impacto de estas innovaciones en el desempeño empresarial. Se analiza los factores que propician el desarrollo de estas innovaciones como son los antecedentes familiares, la formación profesional. Asimismo se destaca la importancia de los emprendimientos proactivos y el papel de este tipo de motivación para lograr que negocios innovadores de corte tecnológico como el software generen buenos resultados en un ecosistema emprendedor poco favorable, como el de Yucatán. Finalmente aporta evidencia empírica de la relación entre el desarrollo de innovaciones y el desempeño empresarial.

CIENCIAS SOCIALES Emprendimiento Innovación Software Desempeño

Evaluación del uso de vibriófagos encapsulados en el alimento para el control de Vibrio parahaemolitycus causante de AHPND en el camarón Penaeus vannamei

Esther Imelda Ponce García (2023, [Tesis de maestría])

"Las enfermedades causadas por bacterias del género Vibrio en el cultivo de camarón son de gran importancia debido a su impacto negativo en la industria acuícola. Estas bacterias pueden causar diversas enfermedades en camarones, como la necrosis hepatopancreática aguda (AHPND). La fagoterapia es una alternativa para el biocontrol de estas bacterias patógenas que presenta importantes ventajas, como la alta especificidad a sus huéspedes, la replicación en el sitio de infección, y la capacidad de infectar a bacterias resistentes a antibióticos. Sin embargo, la estabilidad de los fagos en el sistema de cultivo es una preocupación latente, ya que los fagos presentan una estabilidad limitada en solución y experimentan una caída significativa en el título de fagos durante el procesamiento y almacenamiento. El método de encapsulación de bacteriófagos, un área que aún no se estudia del todo, se presenta como una potencial alternativa para atender esta problemática. En el presente estudio se evaluó la eficacia terapéutica de un cóctel de bacteriófagos (vB_Vp_PvVp05, vB_Vp_PvVp07 y vB_Vp_PvVp11), encapsulados en alginato de sodio comercial y de mediana viscosidad, pectina, carboxilmetilcelulosa, liposomas y liofilizado en pectina como agente de biocontrol de Vibrio parahaemolyticus para su uso en terapias fagicas pasiva y activa. Se observó que el encapsulado en alginato de sodio de mediana viscosidad presentó la mayor liberación de fagos activos y al momento de ser incorporado a alimento para camarón y horneados a 80 – 100°C, se mantuvo una concentración de 1.3 x105 UFP/g después de 100 días de almacenamiento. Para la evaluación de las terapias pasiva y activa se realizó una infección experimental en juveniles de Penaeus vannamei para conocer la efectividad de los encapsulados, utilizando para la terapia pasiva la cepa Vp M0904 y para la activa la cepa Vp M0605. El experimento de terapia pasiva mostró una mortalidad del 80.6% en los camarones a las 48 hpi (p > 0.05) y una concentración de 5 x102 UFC/mL de Vibrio spp. no fermentativos en TCBS. En el caso de la terapia activa no se presentó mortalidades, pero hubo una disminución de la concentración de Vibrio spp. no fermentativos en TCBS con 5.56 x101 UFC/mL a las 48 hpi (p < 0.05) y aumentó la densidad de vibriófagos en 1.4 x102 UFP/mL en el agua de los acuarios (p < 0.05)..."

"Diseases caused by bacteria of the Vibrio genus in shrimp farming are of great importance due to their negative impact on the aquaculture industry. These bacteria can cause various diseases in shrimp, such as acute hepatopancreatic necrosis disease (AHPND). Phage therapy is an alternative for the biocontrol of these pathogenic bacteria, offering significant advantages, including high specificity to their hosts, replication at the infection site, and the ability to infect antibiotic-resistant bacteria. However, the stability of phages in the farming system is a persistent concern, as phages have limited stability in solution and undergo a significant drop in phage titer during processing and storage. The method of bacteriophage encapsulation, an area that is not yet fully explored, emerges as a potential alternative to address this issue. In this study, the therapeutic efficacy of a cocktail of bacteriophages (vB_Vp_PvVp05, vB_Vp_PvVp07, and vB_Vp_PvVp11), encapsulated in commercial medium-viscosity sodium alginate, pectin, carboxymethylcellulose, liposomes, and lyophilized pectin, was evaluated as a biocontrol agent against Vibrio parahaemolyticus for use in passive and active phage therapies. It was observed that encapsulation in medium-viscosity sodium alginate showed the highest release of active phages, maintaining a concentration of 1.3 x 105 PFU/g after 100 days of storage when incorporated into shrimp feed and baked at 80–100°C.For the evaluation of passive and active therapies, an experimental infection was conducted on Penaeus vannamei juveniles to assess the effectiveness of the encapsulated phages. The passive therapy experiment showed a mortality rate of 80.6% in shrimp at 48 hpi (p > 0.05) and a concentration of 5 x 102 CFU/mL of non-fermentative Vibrio spp. on TCBS agar. In the case of active therapy, no mortalities were observed, but there was a decrease in the concentration of non-fermentative Vibrio sp. on TCBS agar to 5.56 x 101 CFU/mL at 48 hpi (p < 0.05), and the density of vibriophages increased to 1.4 x 102 PFU/mL in the aquarium water (p < 0.05). It was determined that passive therapy offered no advantage for the control of Vibrio parahaemolyticus, unlike active therapy, which proved to be effective in controlling this bacterium."

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Chronic toxicity of shrimp feed added with silver nanoparticles (Argovit-4®) in Litopenaeus vannamei and immune response to white spot syndrome virus infection

Carlos Rosendo Romo Quiñonez Píndaro Álvarez Ruiz CLAUDIO HUMBERTO MEJIA RUIZ NINA BOGDANCHIKOVA Alexey Pestryakov CARINA GAMEZ JIMENEZ WENCESLAO VALENZUELA QUIÑONEZ Magnolia Montoya Mejía EUSEBIO NAVA PEREZ (2022, [Artículo])

"In recent years, the application of silver nanoparticles (AgNPs) as antibacterial compounds has been widely used in human and veterinary medicine. In this work, we investigated the effects of AgNPs (Argovit-4 R ) as feed additives (feed-AgNPs) on shrimp (Litopenaeus vannamei) using three different methods: 1) chronic toxicity after 28 days of feeding, 2) Effects against white spot syndrome virus (WSSV) challenged by oral route, and 3) transcriptional responses of immune-related genes (PAP, ProPO, CTL-3, Crustin, PEN3, and PEN4) following WSSV infection. The results showed that the feed-AgNPs did not interfere with the growth and survival of shrimp. Also, mild lesions in the hepatopancreas were recorded, proportional to the frequency of the feed-AgNP supply. Challenge test versus WSSV showed that feeding every 7 days with feed-AgNPs reduced mortality, reaching a survival rate of 53%, compared to the survival rates observed in groups fed every 4 days, daily and control groups of feed-AgNPs for the 30%, 10%, and 7% groups, respectively. Feed-AgNPs negatively regulated the expression of PAP, ProPO, and Crustin genes after 28 days of treatment and altered the transcriptional responses of PAP, ProPO, CTL-3, and Crustin after WSSV exposure. The results showed that weekly feeding-AgNPs could partially prevent WSSV infection in shrimp culture. However, whether or not transcriptional responses against pathogens are advantageous remains to be elucidated."

Silver nanoparticles, Shrimp, Aquaculture, Chronic toxicity, WSSV, AgNP, Argovit, Litopenaeus vannamei , Silver fed, White spot syndrome virus BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA INMUNOLOGÍA INMUNIZACIÓN INMUNIZACIÓN

Impactos de la proximidad geográfica y organizacional en el desarrollo de un sistema productivo: ganadería bovina de doble propósito en Suaqui Grande, Sonora.

ALMA DELIA SANTIAGO SOLANO (2020, [Tesis de doctorado])

Cuando el Estado asigna a las grandes corporaciones agroalimentarias la toma de decisiones sobre los lineamientos rectores de la producción, el desarrollo de los sistemas productivos de pequeña escala depende de las estrategias implementadas por los actores locales para adaptarse a los condicionamientos del mercado. En el entorno económico adverso de 2008, los Soakis, un grupo de pequeños productores ganaderos del municipio de Suaqui Grande, Sonora, México, impulsaron una estrategia de integración de cadenas de valor mediante la adquisición de competencias que incrementaron su competitividad. Este trabajo tiene como objetivo caracterizar y analizar la influencia de los factores de proximidad geográfica y organizacional en el desempeño de un sistema bovino doble propósito. Para ello se realizó un estudio mixto transeccional, que incorpora indicadores de tipo geoespacial, cuantitativo y cualitativo en varias fases: consulta de bases de datos, georeferenciación, 29 entrevistas a profundidad y semiestructuradas aplicadas a informantes clave y a los actores productivos, además de observación participante. El resultado inmediato de la estrategia fue obtener capacidad para sortear los efectos de la crisis multifactorial sobre la ganadería sonorense en el periodo 2010-2016; mientras que el resto de los municipios del distrito reportaron pérdidas y parálisis en sus sistemas productivos con una contracción a nivel distrital de 31% en el stock ganadero, los Soakis presentaron un hato más resistente al cambio climático derivado de su estrategia de depuración genética, lo cual les habilitó para aumentar en 86% el volumen y en 99% el valor de la producción de leche. Una de las principales conclusiones de esta investigación, es que la especificidad de las condiciones geográficas del municipio incidió en la construcción de capital humano capaz de activar los recursos territoriales y de consolidar el sistema productivo pecuario. Por un lado, las características espaciales del territorio favorecieron las interrelaciones, la transmisión del conocimiento y de las experiencias bajo una visión compartida de la problemática generando una respuesta coordinada de los actores; y, por otra parte, la organización en redes vinculadas a instituciones gubernamentales y de investigación, facilitó el proceso de capacitación y difusión de tecnologías.

CIENCIAS SOCIALES Ganadería bovina Proximidad geográfica Proximidad organizacional Innovación Desarrollo territorial

Biodiversity conservation in an anthropized landscape: Trees, not patch size drive, bird community composition in a low-input agroecosystem

ERIC MELLINK BIJTEL (2017, [Artículo])

One of the most typical agro-ecosystems in the Llanos de Ojuelos, a semi-arid region of central Mexico, is that of fruit-production orchards of nopales (prickly pear cacti). This perennial habitat with complex vertical structure provides refuge and food for at least 112 species of birds throughout the year. Nopal orchards vary in their internal structure, size and shrub/ tree composition, yet these factors have unknown effects on the animals that use them. To further understand the conservation potential of this agro-ecosystem, we evaluated the effects of patch-size and the presence of trees on bird community composition, as well as several habitat variables, through an information-theoretical modelling approach. Community composition was obtained through a year of census transects in 12 orchards. The presence of trees in the orchards was the major driver of bird communities followed by seasonality; bird communities are independent of patch size, except for small orchard patches that benefit black-chin sparrows, which are considered a sensitive species. At least 55 species of six trophic guilds (insectivores, granivores, carnivores, nectivores, omnivores, and frugivores) used the orchards. Orchards provide adequate habitat and food resources for several sensitive species of resident and migratory sparrows. The attributes that make orchards important for birds: trees, shrubs, herb seeds, and open patches can be managed to maintain native biodiversity in highly anthropized regions with an urgent need to find convergence between production and biological conservation. © 2017 Mellink et al. This is an open access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License, which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original author and source are credited.

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PERFILOMETRÍA LÁSER DE FORMA LIBRE PARA LA INSPECCIÓN DE TUBERÍAS Y RECONSTRUCCIONES CILÍNDRICAS EN 3D

Mario Montoya (2022, [Tesis de maestría])

"La inspección de infraestructura de tuberías es esencial en la gestión de su integridad para evitar formación de agentes corrosivos y prevenir fracturas. Sin embargo, los métodos actuales están limitados por baja resolución y bajo alcance físico de medición. En este trabajo, se establece un modelo teórico de propagación láser basado en perfilometría láser de forma libre. Además, incorpora un sistema láser totalmente funcional compuesto por un espejo cónico dentro del sistema óptico para recuperar la información de desplazamiento. El dispositivo óptico presenta alta resolución, precisión y velocidad de adquisición en comparación con tecnologías actuales."

Perfilometría Sensores Haz láser Inspección Emisión láser de superficie Tuberías CIENCIAS FÍSICO MATEMÁTICAS Y CIENCIAS DE LA TIERRA FÍSICA ÓPTICA LÁSERES LÁSERES

Gobierno abierto y agua

JUANA AMALIA SALGADO LOPEZ (2021, [Artículo])

DOI: doi.org/10.24850/b-imta-perspectivas-2021-17

Desde hace unos años se ha ido posicionando el concepto de gobierno abierto como una promesa para reinventar la gestión pública y ampliar las capacidades de acción de la ciudadanía. Incluso algunos países —como México— se han adherido a la Alianza para el Gobierno Abierto, la cual es una iniciativa internacional, integrada por 79 países y varias organizaciones de la sociedad civil. Pero ¿qué implicaciones tiene el concepto?, ¿cuáles son sus desafíos de implementación?, ¿qué oportunidades ofrece? En esta breve reflexión nos planteamos estas preguntas y esbozamos cómo se puede observar el concepto en el sector hídrico.

Gobierno abierto Participación ciudadana Información Recursos hídricos CIENCIAS SOCIALES

THE RIGHT TO THE CITY AND URBAN-RURAL LINKAGES. COMMUNITY PARTICIPATION IN THE METROPOLITAN AREA OF TUXTLA GUTIERREZ, CHIAPAS.

Briseida Corzo Rivera Gabriel Castañeda Nolasco (2023, [Artículo, Artículo])

Access to water is a common struggle of the communities in the state of Chiapas, with the effects of urban expansion these struggles increase and with them the challenges that these populations already face, having a greater impact on the rural environment. The struggles to satisfy this basic need are a factor that has triggered processes that promote community participation. Based on a qualitative analysis, this paper compares two existing forms of participation in the rural communities of the Metropolitan Area of Tuxtla Gutierrez that allow the population to manage actions to improve their quality of life. The objective is to analyze how these processes promote or restrict the empowerment of the community and allow progress, not only in the population's access to water, but also in the construction of the right to the city. From the urban-rural linkages, the right to the city is discussed beyond the city, addressing other territories. The study identifies factors that show changes in the participation of the populations and strengthen the community, as well as factors in the relationships of the community and of the community with other actors that limit the scope of the processes.

Participation Right to the city Urban-rural linkages Access to water participación, derecho a la ciudad, vínculos urbano-rurales, acceso al agua. CIENCIAS SOCIALES CIENCIAS SOCIALES

Intimate partner violence and its relationship to labor income

Yei Javier Zepeda Hernández Alma Sofia Santillan (2024, [Artículo, Artículo])

In Mexico, 70.1% of women have been victims of violence in their lifetime and the main perpetrator is her intimate partner. Gender violence is a public health problem that has multiple negative impacts in woman and their offsprings. The relation violence and income is an issue that has been scarcely studied for Mexico. The objective of this article is to analyze the intimate partner violence and its relationship to labor income for Mexican women, data used are from the National Survey on the Dynamics of Households Relationships (ENDIREH 2021). The principal component method is used to estimate five kinds of violence; physical, emotional, economic, sexual and, harassment. The instrumental variables method is used to consider the endogeneity of income and violence variables. Except harassment, the results indicate a negative relationship between income and violence. Specifically, sexual violence has the greatest negative effects; women who are victims of sexual violence have an average reduction of 17.4% in monthly labor income. This negative effect represents a loss of just over two month of working days per year and, in the aggregate terms, is equivalent to 0.87% of GDP. The above highlights the importance of orienting public policy actions to work in prevention, attention, punishment and eradications any kind of violence against women. 

Intimate partner violence Labor income Endogeneity Instrumental variables Cost of violence Violencia de pareja Ingresos laborales Endogeneidad Variables instrumentales Costo de la violencia. CIENCIAS SOCIALES CIENCIAS SOCIALES