Transcriptome mining provides insights into cell wall metabolism and fiber lignification in Agave tequilana Weber

Luis Fernando Maceda Lopez ELSA BEATRIZ GONGORA CASTILLO Enrique Ibarra-Laclette DALIA C. MORAN VELAZQUEZ AMARANTA GIRON RAMIREZ Matthieu Bourdon José Luis Villalpando Aguilar Gabriela Chavez-Calvillo Toomer John Tang Parastoo Azadi Jorge Manuel Santamaría Fernández Itzel López-Rosas Mercedes G Lopez June Simpson FULGENCIO ALATORRE COBOS (2022, [Artículo])

Resilience of growing in arid and semiarid regions and a high capacity of accumulating sugar-rich biomass with low lignin percentages have placed Agave species as an emerging bioen-ergy crop. Although transcriptome sequencing of fiber-producing agave species has been explored, molecular bases that control wall cell biogenesis and metabolism in agave species are still poorly understood. Here, through RNAseq data mining, we reconstructed the cellulose biosynthesis pathway and the phenylpropanoid route producing lignin monomers in A. tequilana, and evaluated their expression patterns in silico and experimentally. Most of the orthologs retrieved showed differential expression levels when they were analyzed in different tissues with contrasting cellulose and lignin accumulation. Phylogenetic and structural motif analyses of putative CESA and CAD proteins allowed to identify those potentially involved with secondary cell wall formation. RT-qPCR assays revealed enhanced expression levels of AtqCAD5 and AtqCESA7 in parenchyma cells associated with extraxylary fibers, suggesting a mechanism of formation of sclerenchyma fibers in Agave similar to that reported for xylem cells in model eudicots. Overall, our results provide a framework for un-derstanding molecular bases underlying cell wall biogenesis in Agave species studying mechanisms involving in leaf fiber development in monocots. © 2022 by the authors. Licensee MDPI, Basel, Switzerland.

AGAVE CELL WALLS LIGNOCELLULOSE CAD PROTEIN CESA PROTEIN SCLERENCHYMA BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA GENÉTICA GENÉTICA MOLECULAR DE PLANTAS GENÉTICA MOLECULAR DE PLANTAS

Potential of Omics to control diseases and pests in the Coconut tree

MIGUEL ALONSO TZEC SIMA Jean Wildort Félix María Inés Granados Alegría Mónica Aparicio Ortiz Dilery Juarez Monroy Damian Mayo Sarai Vivas-Lopez Rufino Gómez-Tah Blondy Beatriz Canto Canché Maxim Berezovski Ignacio Rodrigo Islas Flores (2022, [Artículo])

The coconut palm (Cocos nucifera L.) is a common crop in pantropical areas facing various challenges, one of them being the control of diseases and pests. Diseases such as bud rot caused by Phytophthora palmivora, lethal yellowing caused by phytoplasmas of the types 16SrIV-A, 16SrIV-D or 16SrIV-E, among others, and pests like the coconut palm weevil, Rhynchophorus vulneratus (Coleoptera: Curculionidae), and the horned beetle, Oryctes rhinocerus (Coleoptera: Scarabaeidae), are controlled by applying pesticides, pheromones and cultural control. These practices do not guarantee eradication since some causal agents have become resistant or are imbedded in infected tissues making them difficult to eradicate. This review condenses the current genomics, transcriptomics, proteomics and metabolomics studies which are being conducted with the aim of understanding the pathosystems associated with the coconut palm, highlighting the findings generated by omics studies that may become future targets for the control of diseases and pests in the coconut crop. © 2022 by the authors.

COCOS NUCIFERA L. OMICS PESTS INSECTS DISEASES PATHOGENS BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA MOLECULAR BIOLOGÍA MOLECULAR DE PLANTAS BIOLOGÍA MOLECULAR DE PLANTAS

Spatial phylogenetics in Hechtioideae (Bromeliaceae) reveals recent diversification and dispersal

La filogenética espacial de Hechtioideae (Bromeliaceae) revela diversificación y dispersión reciente

Ricardo Rivera Martinez Ivón Mercedes Ramírez Morillo José Arturo de Nova Vázquez GERMAN CARNEVALI FERNANDEZ CONCHA Juan Pablo Pinzón Katya J. Romero-Soler NESTOR EDUARDO RAIGOZA FLORES (2022, [Artículo])

Background: Hechtioideae is a group of Bromeliaceae that is distributed in Megamexico III. In recent years, evolutionary relationships within this lineage have been studied; however, the biogeography of these plants have not yet been explored from a phylogenetic framework. The integration of geographic and phylogenetic information in the evolutionary study of organisms has facilitated the identification of patterns, as well as the exploration of new hypotheses that allow for the understanding the processes that have influenced the evolutionary history of lineages. Questions and/or Hypotheses: What is the biogeographic history of this lineage? How Hechtioideae has diversified over time? Results: The Neotropical region has the highest species richness of Hechtioideae and the Mexican Transition Zone is the area with the greatest phylogenetic diversity. This lineage presented its highest diversification rate during the late Miocene and Pleistocene (6.5-1 Ma). The ancestral area of the group corresponds to the Neotropical region and the Mexican Transition Zone. In addition, Hechtioideae spread across its current ranges through multiple dispersal events associated with climatic and geological events during the last 10 Ma. Conclusions: Hechtioideae is a group of recent origin whose evolutionary history has been strongly influenced by geological and climatic events over the past 10 Ma, such as the glacial and interglacial periods of the Pleistocene and the great tectonic and volcanic activity that led to the formation of the Trans-Mexican Volcanic Belt. © 2022 Sociedad Botanica de Mexico, A.C. All rights reserved.

ANCESTRAL AREA RECONSTRUCTION BIOGEOGRAPHY CONSERVATION DISTRIBUTION PHYLOGENETIC DIVERSITY BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA VEGETAL (BOTÁNICA) ECOLOGÍA VEGETAL ECOLOGÍA VEGETAL

Propagación sexual y asexual de Brosimum alicastrum Swartz en Campeche, México

Sexual and asexual propagation of Brosimum alicastrum Swartz in Campeche, Mexico

Santillán Fernández Alberto Orlando Valentín Santiago Santes Ezequiel Espinosa ZULEMA GUADALUPE HUICAB PECH FRANCISCO ALFONSO LARQUE SAAVEDRA Jaime Bautista-Ortega (2022, [Artículo])

Brosimum alicastrum is a tree species in Mexico with wide potential for animal and human food, which is distributed naturally with no silvicultural management, so there is little information on the propagation methods of the species. The objective of this work was to analyze the scientific research published on B. alicastrum, through literature review to know the techniques that exist on its propagation. In addition, the quality of the seedling obtained by sexual propagation and asexual methods (cuttings, layers and grafts) was evaluated in the nursery, by means of experimental designs. 550 scientific articles on B. alicastrum were found, the disciplines where they were published were: Ecology (44.18%), Botany (13.27%), Forest Sciences (11.27%, of which 2.54% worked propagation in the nursery), Zoology (11.09%), Agriculture (9.64%), Anthropology (5.45%) and others (5.10%). Regarding the seed propagation method, the best seedling quality was associated with low porosity substrates (bush soil) and containers with large diameters (36 cm). In the case of asexual propagation, with the layering method when peat was used as the substrate 90% survival was obtained, and by lateral grafting technique 75% yield was found. Due to the little research that exists on the propagation of the species, it is recommended that the selection of the propagation technique is based on the purpose of the seedling; if it is required to shorten the seed production cycles of B. alicastrum the asexual techniques grafting and layering can be more efficient. © 2022 Universidad Politecnica Salesiana. All rights reserved.

RAMON SILVICULTURA VIVERO FORESTAL INJERTO ENRAIZAMIENTO DE ESTACAS ACODO AEREO BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA VEGETAL (BOTÁNICA) ECOLOGÍA VEGETAL ECOLOGÍA VEGETAL

Preparation and characterization of strongly sulfonated acid block and random copolymer membranes for acetic acid esterification with 2-Propanol

Verónica Rosiles González Ronan Le Lagadec ARELLY PAULINA VARGUEZ CATZIM María Isabel de los Dolores Loría Bastarrachea Abigail Gonzalez Diaz EMANUEL HERNANDEZ NUÑEZ Manuel de Jesús Aguilar Vega MARIA ORTENCIA GONZALEZ DIAZ (2022, [Artículo])

In this paper, we report the synthesis of block and random copolymers of 2-acrylamido-2-methyl-1-propane sulfonic acid (AMPS) and methyl methacrylate (MMA), with different AMPS feed ratios. These solution-processable copolymers with strongly sulfonated acid groups resulted in membranes with tunable ion exchange (IEC) and water absorption capacities. AFM images confirmed the microphase separation of PAMPS-b-PMMA-1:1 block copolymer membrane, annealed under the appropriate conditions. The resulting copolymers from the random combination of a 1:1 molar ratio of AMPS and MMA monomers are effective at enhancing the esterification conversion of acetic acid, when compared with a reaction catalyzed by PAMPS-b-PMMA block copolymers and the previously studied catalytic membranes. With the PAMPS-co-PMMA-1:1 membrane, the esterification reaction using acetic acid achieved 85% isopropyl acetate. These results are closely correlated with the increase in IEC (2.63 mmol H+ g−1 ) and the relationship between weight loss (20.3%) and swelling degree (68%) in 2-propanol. © 2022 by the authors. Licensee MDPI, Basel, Switzerland.

BLOCK COPOLYMERS RANDOM COPOLYMERS CATALYTIC MEMBRANES ESTERIFICATION ISOPROPYL ACETATE INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA CIENCIAS TECNOLÓGICAS TECNOLOGÍA DE MATERIALES PROPIEDADES DE LOS MATERIALES PROPIEDADES DE LOS MATERIALES

Ecología Forense: al rescate de los manglares

Diana Jacqueline Cisneros de la Cruz JORGE ALFREDO HERRERA SILVEIRA CLAUDIA TEUTLI HERNANDEZ (2022, [Artículo])

Cuando hablamos de series en la tv, no cabe duda de que las más populares son las de detectives y forenses que resuelven crímenes. Pero ¿ecología forense en manglares? Si, cuando los manglares mueren o se degradan, antes de cualquier intento de rescate, o mejor dicho, de restauración, es fundamental descubrir cuál fue la causa. La ecología forense durante la restauración ecológica de manglares es parte de una estrategia que, además de la cooperación entre diferentes sectores, será fundamental para recuperar diversos servicios que nos brindan los manglares y con ello ser aliados ante el cambio climático.

CAMBIO CLIMATICO CARBONO AZUL ECOSISTEMAS COSTEROS RESTAURACION ECOLOGICA VARIABLES INDICADORAS BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA VEGETAL (BOTÁNICA) ECOLOGÍA VEGETAL ECOLOGÍA VEGETAL

La pandemia de los anfibios: el caso del hongo Batrachochytrium dendrobatidis

EMILIANO HERNANDEZ VALDES (2022, [Artículo])

Así como ocurren brotes de nuevos patógenos en humanos, también sucede con otras especies de animales. Actualmente, los anfibios se encuentran sufriendo la consecuencia de un patógeno nuevo que está acabando drásticamente con las poblaciones de diferentes especies de ranas. El hongo, denominado Batrachochytrium dendrobatidis, es una amenaza para la biodiversidad y los ecosistemas en general, debido a que los anfibios son organismos fundamentales para la sustentabilidad de todos los procesos ecológicos que se llevan a cabo en los diferentes ecosistemas que habitan. La quitridiomicosis es la enfermedad causada por este hongo y es responsable de la mayor pérdida de biodiversidad. Por esto, es vital comprender la distribución espacial de esta pandemia y su propagación.

ANURA BATRACHOCHYTRIUM FUNGI PLAGA QUITRIDIOMICOSIS RANA BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA VEGETAL (BOTÁNICA) ECOLOGÍA VEGETAL ECOLOGÍA VEGETAL

Síntesis Biomimética de Copolímeros Conjugados EDOT-PY y EDOT-ANI Semiconductores como Interfaces Neuronales y de Registro Electrofisiológico

Manuel Eduardo Martínez Cartagena (2022, [Tesis de doctorado])

El estudio de las interfaces entre materiales y sistemas biológicos resulta medular en el diseño de nuevas estrategias para el tratamiento, control o reversión de patologías diversas, la ingeniería celular es un área que ha cobrado un creciente interés en los últimos años, en especial el desarrollo de neurointerfaces con fines diversos, desde tratamientos por estimulación directa de los diferentes grupos celulares que conforman el sistema nervioso hasta control de sistema cerebro-maquina. La ingeniería bioelectrónica en general busca la conexión estable y compatible entre dispositivos vinculados a órganos o tejido electrogénicos, lo que permitirá el control de prótesis, computadoras, manejo de sistemas remotos, etc. De la misma manera la electrofisiología y la neuroquímica persiguen la compresión de los fenómenos moleculares que subyacen a la electrogénesis y como la alteración de estos propicia el surgimiento de patologías, la investigación reciente entre sistemas de registro/estimulación entre células y dispositivos demanda tres principales objetivos que siguen persiguiéndose: biocompatibilidad, mínima impasividad y alta fidelidad de funcionamiento. Diversas fuentes de estimulación han sido empleadas para activar señales bioeléctricas entre las que destacan los estímulos ópticos, magnéticos y eléctricos, quizás la estimulación eléctrica es la más antigua de los medios de estimulación de células electrogénicas, entre ellas las neuronas, por lo cual desarrollar materiales que cumplan con los tres criterios antes descritos es un reto vigente en la ingeniería neuronal, en este trabajo se planteó el uso de materiales poliméricos conductores como interfaces en el registro de señales bioeléctricas, estimulación eléctrica directa e inalámbrica de neuronas .

En el capítulo II se describe un estudio sistemático de la síntesis biomimética de copolímeros EDOT-Py y EDOT-ANI catalizados por hematina y ferroceno, así como es análisis del efecto del contraión en el dopaje de los mismo, se encontró que por primera vez que el efecto del catalizador ejerce un efecto dominante en las propiedades de conductividad, morfología y estabilidad superficial de las nanopartículas de polímero, se caracterizó la cinética de la hematina En el capítulo III se estudió la fabricación de electrodos recubiertos con copolímeros semiconductores por deposito electroforético, lo cual constituye la primera demostración de esta técnica en la manufactura de electrodos como neurointerfaces. los electrodos recubiertos por copolímeros EDOT-Py:PSS y EDOT-ANI:PSS en presencia de MnO2 evidenciaron capacitancias especificas elevadas (4.2 - 2 F/cm2) respecto a los copolímeros en bulk dopados con PSS (2 – 0.2 F/cm2) y en presencia de fosfatos se alcanzó capacitancias de hasta 1.2 F/cm2. En el capítulo IV se demostró por primera vez el uso de este tipo de electrodos para ensayos electrofisiológicos (ECG y EMG), los cuales mostraron que los electrodos fabricados por deposito con copolímero EDOT-PY 0.9-0.1/PO4 son altamente sensibles para registrar los trazos y señales bioeléctricas, presentaron bajo ruido térmico (4 µV) y alta relación señal-ruido (18.5 - 14 dB), que permito obtener trazos electrocardiográficos y electrormiograficos más definidos, lo cual es ideal para la diagnosis medica de desórdenes en músculos y fibras cardiacas, este trabajo constituye el primer reporte de electrodos fabricados por DEP aplicados exitosamente a electrofisiología. En el capítulo V se realizaron por primera vez registros de potenciales de acción usando neuronas de ganglio subesofágico de Helix aspersa, mostraron que los electrodos fabricados por deposito electroforético de copolímero EDOT-PY 0.9-0.1/PO4 son altamente sensibles a señales bioeléctricas y estables en la aplicación de corriente con una capacidad de

almacenamiento de carga (CSC) de hasta 0.57 mC/cm2, presentaron bajo ruido térmico (4 µV) y alta relación señal-ruido (SNR= 32 dB) contra 22 dB de los electrodos de Ag/AgCl. La citotoxicidad intrínseca del electrodo recubierto con copolímero se estudió mediante células ND7/23 cultivadas sobre un sustrato de vidrio, es la viabilidad celular fue del 99% tras 72 h de proliferación. En el capítulos VI, se desarrolló un nuevo paradigma de estimulación eléctrica inalámbrica mediante el uso de nanopartículas de copolímero EDOT- PY 0.9-0.1 TSA:PSS para acelerar la diferenciación celular de la línea celular hibrida ND7/23, el enfoque de estimulación eléctrica inalámbrica a través de partículas de copolímero conductor mostro ser un enfoque inédito y funcional para estimular eléctricamente sin manipulación directa los cultivos celulares prescindiendo de la necesidad de electrodos en contacto con el medio, las partículas de copolímero empleado mostraron alta capacitancia especifica en la pruebas de carga y descarga galvanostatica a diferente densidad de carga, además el análisis. El análisis de biocompatibilidad live/dead llevado a cabo mediante citometría de flujo demostró una alta viabilidad (98%) celular tras 24 y 48 h para cultivos no diferenciados de ND7/23 a una concentración de 50 µg/mL. Los resultados obtenidos a lo largo de esta tesis doctoral representan aplicaciones versátiles desprendidas del uso extensivo de materiales sintetizados por métodos biomimeticos, la manufactura de electrodos por DEP, el registro electrofisiológico, la estimulación eléctrica intracelular de neuronas y la estimulación inalámbrica por nanopartículas que actúan como nanocapacitores son aproximaciones con potencial de uso en la práctica clínica y científica del estudio de células electrogénicas, y representa una demostración fehaciente que futuro de los materiales conductores orgánicos es prominente, ya que suponen ventajas de síntesis, fabricación y uso en ingeniería biomédica que sobrepasan a la mayoría de materiales metálicos convencionales en el área.

Doctorado en tecnología de polímeros BIOLOGÍA Y QUÍMICA QUÍMICA QUÍMICA

Identification and Analysis of hydrogen value chains for transit buses and medium-heavy duty transport in Southeast Mexico

JUAN ANTONIO HERRERA CONTRERAS (2023, [Tesis de maestría])

INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA CIENCIAS TECNOLÓGICAS TECNOLOGÍA ENERGÉTICA ENERGÍA ENERGÍA

Efecto de los antioxidantes presentes en granos de café verde en la degradación termo-mecánica de un copolímero al azar de polipropileno-etileno propileno (PP-EP)

ANTONIO ORTIZ GARCIA (2022, [Tesis de doctorado])

En años recientes han surgido algunas compañías que usan los desechos de café percolado y pulpa de la cereza con la finalidad de introducir nuevos productos de valor agregado; algunos ejemplos de productos basados en residuos de café son: papel, harina, filamento para impresoras 3D, fibras textiles, entre otros [1]. Dentro de la cadena de valor del café existen otros desechos que no están siendo aprovechados o son foco de problemas ambientales. Por ejemplo, cerca del 30% de los desperdicios en la cadena de producción del café corresponden a los granos verdes defectuosos, los cuales además de requerir una gran demanda de oxígeno para degradarse colocan en una posición de riesgo a la flora y fauna donde son desechados [2–4]. El no aprovechamiento de este tipo de desechos, aunado a los pocos estudios científicos orientados a lograr un mejor valor o disposición de estos, representan una gran área de oportunidad que podría ser redireccionada hacia la industria del plástico como posibles estabilizadores de los fenómenos de degradación. En el presente trabajo se estudia el impacto en el peso molecular y el comportamiento térmico de la matriz del copolímero al azar de polipropileno- etilenopropileno (PP-EP), debido a los antioxidantes presentes en los granos de café verde defectuosos y aquellas especies generadas durante la preparación y ciclos de procesamiento de biocompuestos sometidos a condiciones extremas de temperatura mediante tecnología de mezclado en fundido.

Doctorado en tecnología de polímeros BIOLOGÍA Y QUÍMICA QUÍMICA QUÍMICA