Predicción de actividad antimicrobiana usando modelos de escala evolutiva a través de un flujo de trabajo en la plataforma KNIME

Prediction of antimicrobial activity using models of evolutionary scale through a workflow in the KNIME platform

Karla Lorena MartÍnez Mauricio (2023, [Tesis de maestría])

Dentro de las estrategias para combatir la resistencia antimicrobiana, se está llevando a cabo investigación para la creación de nuevos fármacos basados en péptidos antimicrobianos. En los últimos años, se han realizado esfuerzos para incorporar herramientas computacionales que ayuden a acelerar la identificación de péptidos con actividad antimicrobiana. Una de estas herramientas son los modelos QSAR basados en aprendizaje tradicional, que permiten predecir la actividad antimicrobiana en péptidos a partir de información basada en su secuencia. Un componente clave en este proceso es el tipo de características moleculares a utilizar. Recientemente, ha surgido una familia de modelos pre-entrenados llamados ESM-2, los cuales generan incrustaciones (características) que fueron aprendidas a partir de 65 millones de secuencias que abarcan diversidad evolutiva. En este trabajo de tesis, se analiza la contribución de las incrustaciones ESM-2 de diferentes dimensiones de forma individual y en conjunto en el desarrollo de modelos QSAR basados en aprendizaje tradicional para la clasificación de péptidos antimicrobianos, así como sus tipos funcionales, como antibacteriano, antifúngico y antiviral. A partir de este estudio se concluye que aumentar la capacidad de los modelos ESM-2 no implica una mejora en el rendimiento de los modelos para predecir péptidos antimicrobianos. Los modelos ESM-2 t30 y ESM-2 t33 son los más apropiados para extraer características y mejorar la exactitud en las predicciones de péptidos antimicrobianos. Además, fusionar características de diferentes incrustaciones ESM-2 es una estrategia efectiva para construir mejores modelos QSAR que el uso exclusivo de características derivadas de un modelo ESM-2 específico. Se construyeron modelos más simples con un rendimiento comparable o superior a los modelos basados en aprendizaje profundo reportados en la literatura. Para llevar a cabo este estudio se implementó un flujo de trabajo en KNIME que genera de forma automática hasta 1980 modelos de clasificación binaria basados en aprendizaje tradicional. Incorpora diversas técnicas de selección de características, algoritmos de clasificación, métricas de desempeño y una fase de limpieza de datos. Este flujo de trabajo se encuentra disponible en https://github.com/cicese-biocom/classification-QSAR-bioKom.

Molecular features play an important role in different bio-chem-informatics tasks, such as the Quantitative Structure-Activity Relationships (QSAR) modeling. Several pre-trained models have been recently created to be used in downstream tasks either by fine-tuning a specific model or by extracting features to feed traditional classifiers. In this sense, a new family of Evolutionary Scale Modeling models (termed as ESM-2 models) has been recently introduced, demonstrating outstanding results in structure protein prediction benchmarks. Herein, we are devoted to assessing the usefulness of different-dimensional embeddings derived from ESM-2 models in the prediction of antimicrobial peptides, given the great deal of attention received because of their potential to become a plausible option to mainly fight multi-drug resistant bacteria. To this end, we created a KNIME workflow to guarantee using the same modeling methodology, and consequently, carrying out fair comparisons. As a result, it can be drawn that the 640- and 1,280- dimensional embeddings are the most appropriate to be used in modeling because statistically better results were achieved from them. We also combined features from different embeddings, and we can draw that the fusion of features of different embeddings contributes to getting better models than only using a specific model ESM-2. Comparisons regarding state-of-the-art deep learning models confirm that when performing methodologically principled studies in the prediction of AMPs, non-DL based models yield comparable-to-superior results to DL-based models. The implemented KNIME workflow is availablefreely at https://github.com/cicese-biocom/classification-QSAR-bioKom. We consider that this workflow can be valuable to prevent unfair comparisons regarding new computational methods, as well as to propose new non-DL based models.

péptidos antimicrobianos, QSAR, aprendizaje automático ESM-2, KNIME antimicrobial peptides, QSAR, machine learning, ESM-2, KNIME INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA CIENCIAS TECNOLÓGICAS TECNOLOGÍA DE LOS ORDENADORES DISEÑO CON AYUDA DE ORDENADOR DISEÑO CON AYUDA DE ORDENADOR

De Chan Santa Cruz a Santa Cruz de Bravo. ANÁLISIS SOCIODEMOGRÁFICO DE LOS MAYAS CRUZO’OB EN EL CENSO DE 1930

Lendy Rosario Ek Ek (2023, [Tesis de maestría])

“La elección del tema de investigación obedeció a las posibilidades de encontrar acervos históricos disponibles durante la contingencia sanitaria; pero al mismo tiempo, quería trabajar un tema que respondiera a mi interés por estudiar la región a la pertenezco. Ello representó el desafío de adentrarme a fuentes que desconocía, en el contexto particular que trazó la pandemia. Es así como, a propuesta de mi directora de tesis, decidí centrar mi investigación en la población maya macehualoób y su presencia en el censo de 1930, a cuyas boletas censales y tabulados básicos pude acceder mediante los sitios electrónicos de Family Search y del Instituto Nacional de Estadística y Geografía (INEGI). La guerra maya suscitada en el nororiente de la península a mediados del siglo XIX reconfiguro el espacio que hoy ocupa el Estado de Quintana Roo y dentro de ella, a sus habitantes. El enfrentamiento tuvo como principales actores a las autoridades locales y federales, incluidos militares, y la población originaria de la zona. La rebelión originada desde los atropellos cometidos hacia los mayas desde la colonia y las disputas por sobre la posesión de las tierras, estalló en la ciudad maya de Tepich en julio en 1847. Rápidamente se expandió en el resto del territorio, tomando nuevos seguidores, nuevas formas de ataque y defensa, y sobre todo nuevos argumentos de lucha. Dentro de estas reconfiguraciones nace Noj Kaj Santa Cruz Baalam Naj Kampokolché, mejor conocida como Chan Santa Cruz, ciudad fundada por los mayas replegados en el centro de la selva. Nombrada así por la Cruz Parlante, Chan Santa Cruz surgió como un espacio sagrado, santuario de la Cruz y refugio de los mayas insurrectos que por más de medio siglo mantuvieron la lucha. Fue hasta 1901, que Chan Santa Cruz pasó a ser la ciudad de Santa Cruz “de Bravo”".

Chan Santa Cruz, Quintana Roo - Historia. Santa Cruz de Bravo, Quintana Roo - Historia. Quintana Roo (México) - Censos 1930. Cruzoobs - Guerras - México - Quintana Roo. Quintana Roo (México : Estado) - Historia - Siglo XX. Quintana Roo (México : Estado) - Historia - Guerra de Castas, 1847-1855. Tesis - Maestría en Historia, Peninsular. CIENCIAS SOCIALES HISTORIA HISTORIA DE PAÍSES HISTORIA LOCAL HISTORIA LOCAL

Casinos: un análisis del encuentro de juego

LUIS ALBERTO HERNANDEZ CERON (2023, [Artículo])

"El análisis del casino como establecimiento social en México suele ser escaso y se enfoca, de manera regular, en el problema de la ludopatía; pero si ésta tiene que ver en gran medida con los casinos, ¿por qué no estudiarlos primero? Este documento es fruto de una investigación de campo en dos casinos de la ciudad de Pachuca, Hidalgo, y parte de la pregunta: ¿cómo es el ordenamiento social básico del casino? El objetivo es reducir el tipo de organización llamada interaccional a patrones que pudiesen clasificar y describir los encuentros de juego. La observación participante no sistemática naturalista fue la metodología utilizada para entrar en los casinos como jugador y observar lo que ahí sucede. Los resultados apuntaron al rol y el marco totémico como dos patrones clave de organización social".

Casinos. Encuentro de juegos. Situación de acción de azar. Rol. Maquinación. CIENCIAS SOCIALES SOCIOLOGÍA SOCIOLOGÍA DE LOS ASENTAMIENTOS HUMANOS SOCIOLOGÍA URBANA SOCIOLOGÍA URBANA

Detección de eventos violentos en publicaciones de redes sociales

Detection of violent events in social media publications

Esteban Ponce León (2023, [Tesis de maestría])

En los últimos años, ha habido un interés creciente en el monitoreo de redes sociales para recopilar información y, en algunos casos, para examinar la ocurrencia de delitos. Sin embargo, gran parte de las investigaciones hasta ahora solo se han centrado en ciudades de EE. UU. o extranjeras, y por ende, en publicaciones y conjuntos de datos en inglés El objetivo principal de esta tesis es diseñar un método que permita la identificación de publicaciones de eventos violentos en español y en Twitter, utilizando información multimodal y técnicas de aumento de datos que mejoren el rendimiento de los modelos. Para esto, el trabajo de investigación se dividió en dos fases experimentales. La primera orientada a identificar publicaciones a partir de solo texto, explorando diferentes técnicas de aumento de datos para texto y modelos de aprendizaje máquina y profundo. En la segunda fase, se extendió el método propuesto para abordar la identificación en un contexto multimodal, es decir, considerando tanto los textos de los tweets como las imágenes compartidas que los acompañan. En este caso el método propuesto consideró utilizar descripciones textuales de las imágenes y abordar la problemática desde el dominio textual, además se hicieron 2 tipos de aumento de datos para cada tipo de información. La evaluación de los métodos se hizo utilizando las colecciones de la tarea de evaluación DA-VINCIS 2022 y 2023. Los resultados demostraron una mejora en el rendimiento de los modelos al considerar el uso de información multimodal y el uso de aumento de datos.

In recent years, there has been a growing interest in monitoring social networks to gather information and, in some cases, to examine the occurrence of crime. However, much of the research so far has only focused on US or foreign cities, and thus on English-language publications and data sets. The main objective of this thesis is to design a method that allows the identification of publications of violent events in Spanish and on Twitter, using multimodal information and data augmentation techniques that improve the performance of the models. For this, the research work was divided into two experimental phases. The first aimed at identifying publications from only text, exploring different data augmentation techniques for text and machine and deep learning models. In the second phase, the proposed method was extended to address identification in a multimodal context, that is, considering both the texts of the tweets and the shared images that accompany them. In this case, the proposed method considered using textual descriptions of the images and addressing the problem from the textual domain, in addition, 2 types of data augmentation were made for each type of information. The evaluation of the methods was done using the collections of the DA-VINCIS 2022 and 2023 evaluation task. The results demonstrated an improvement in the performance of the models when considering the use of multimodal information and the use of data augmentation.

Detección de Violencia, Redes Sociales, Aumento de Datos, Procesamiento del Lenguaje Natural, BERT, BETO, Descripción de Imágenes Violence Detection, Social Networks, Data Augmentation, Natural Language Processing, BERT, BETO, Image Captioning INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA CIENCIAS TECNOLÓGICAS TECNOLOGÍA DE LOS ORDENADORES MODELOS CAUSALES MODELOS CAUSALES

Movilidad inclusiva, divergencia intrínseca

VICTOR MANUEL COLLANTES VAZQUEZ (2019, [Capítulo de libro])

10 páginas.

Universidad Autónoma Metropolitana. Unidad Azcapotzalco.

En estos tiempos, hablar de diseño, innovación y su influencia en la vida cotidiana es un tema cada día más necesarios. Distintas tendencias se están manifestando en relación a la participación de las tecnologías de la información, accesibilidad movilidad. El tema de este trabajo está relacionado con el desarrollo inclusivo, entendiendo a la discapacidad para caminar como un reto para lo que representa el avanzar hacia una sociedad que considere la totalidad de los habitantes. El caso de estudio es la Alcaldía de Azcapotzalco. Se presenta la experiencia de abordar el tema desde diferentes metodologías que han sido consideradas para enriquecer la investigación y se expresa el aprendizaje a través del reto de estudiar una diversidad de subtemas.

Discapacidad, movilidad, diseño, envejecimiento. Accessible Web sites for people with disabilities. Customer services--Management. Social justice. Accesibilidad de páginas Web a personas con discapacidad. Acceso para personas con discapacidad. HV1568.4 INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA CIENCIAS TECNOLÓGICAS TECNOLOGÍA DE LOS ORDENADORES DISEÑO CON AYUDA DE ORDENADOR

Impactos del desplazamiento forzado sobre el sector agrícola: el caso colombiano

Wilmer Vladimir Ferrer Vargas (2021, [Tesis de maestría])

La intensificación del conflicto civil colombiano tuvo como una de sus peores consecuencias el desplazamiento forzado. El propósito de este trabajo es estudiar el impacto del desplazamiento forzado en el sector agrícola colombiano. Con este fin, se estudiaron las características de los principales cultivos. Para responder a esta pregunta se estima un modelo panel de efectos fijos de para todos los municipios de Colombia entre 2011-2016. Los resultados muestran que el desplazamiento forzado tiene efectos negativos principalmente en las unidades familiares y estos efectos se amplifican en presencia de mercados ilegales.

Agricultural resources -- Effect of forced migration on -- Colombia -- Econometric models. Agricultural resources -- Effect of coca industry on -- Colombia -- Econometric models. CIENCIAS SOCIALES CIENCIAS SOCIALES

El péndulo de la gobernabilidad y la gobernanza del agua en México

DENISE SOARES DANIEL MURILLO LICEA DENISE SOARES (2013, [Artículo])

En el presente artículo se aborda el concepto de la gobernanza del agua, definiendo el término al que se hace referencia y abordando algunas dimensiones de la gobernanza. Se hace una breve revisión de aspectos jurídicos relacionados con el tema y se argumentan las cuestiones relacionadas con las tendencias de tránsito entre un enfoque de gobernabilidad (centrado en la actuación gubernamental) y un enfoque de gobernanza (que toma en cuenta a la sociedad en su conjunto), a través de datos estadísticos entresacados de estándares

internacionales, que permiten una comparación entre países acerca del avance o estado de la gobernanza.

Gobernanza del agua Gestión de los recursos hídricos Ley de Aguas Nacionales CIENCIAS SOCIALES

La coordinación en política pública para erradicar la trata de mujeres con fines de explotación sexual en SLP

NYDIA LISSETTE CARMEN MORALES (2021, [Tesis de maestría])

"El objetivo general es: Analizar la política pública en materia de atención, prevención, sanción y erradicación de la trata de mujeres con fines de explotación sexual, específicamente en la Comisión Interinstitucional que determina la ley vigente en 2016 para identificar las estrategias de coordinación en función de las atribuciones que la legislación les otorga a los organismos del gobierno estatal."

Ciencia política -- Administración pública -- Sexo y derecho -- México Delitos contra la Mujer -- México Mujeres -- Derechos -- San Luis Potosí -- México Mujeres en México -- Condiciones sociales CIENCIAS SOCIALES CIENCIA POLÍTICA CIENCIA POLÍTICA

“Mi Alma Es Judía” : reconfiguración de las identidades religiosas en la Región Cotija

Víctor Manuel Zepeda-Torres (2024, [Tesis de maestría])

Ante el debilitamiento de las instituciones religiosas como intermediarias en las creencias populares, este trabajo aborda el proceso de la reconfiguración de la identidad religiosa. Tomando como base el método de la religión vivida, se da cuenta de cinco casos de católicos que se convierten al judaísmo en la Región Cotija, una zona semi rural de Michoacán mayoritariamente católica. Resalta las particularidades de las motivaciones, justificaciones, recursos, narrativas, formas de comprender y practicar el judaísmo. Enfatiza el papel de la virtualidad en la construcción de una comunidad que va más allá de las tradicionales sinagogas.

Judaísmo Filosofía y Religión CIENCIAS SOCIALES SOCIOLOGÍA SOCIOLOGÍA DE LOS ASENTAMIENTOS HUMANOS ESTUDIOS DE COMUNIDAD ESTUDIOS DE COMUNIDAD

El paraíso chacahuense: un viaje al mundo de vida de jóvenes en el espacio turístico

ALICIA MUÑOZ RAY RODOLFO MONDRAGON RIOS ERIN INGRID JANE ESTRADA LUGO ANTONIO SALDIVAR MORENO (2023, [Artículo])

"Desde una perspectiva fenoménica, se hace un acercamiento al mundo de vida de jóvenes en el espacio turístico de Chacahua, Oaxaca, México. Se reflexiona sobre la vida juvenil, la construcción de las personas jóvenes como sujetos sociales y los significados y configuraciones que implica el que habiten en estos espacios de forma cotidiana. La narrativa comienza con una mirada al contexto social comunitario en el que se sitúa y se describe a Hannia y Agustín, quienes dan rostro al proceso social juvenil para adentrarnos, con ellos, en las reflexiones sobre la interacción con la alteridad, la manera en que perciben y viven su territorio, las transformaciones a partir del crecimiento turístico de esta comunidad y cómo esto reconfigura su mundo de vida".

Fenomenología. Subjetividad. Turismo. Territorio. Interacciones sociales. CIENCIAS SOCIALES SOCIOLOGÍA SOCIOLOGÍA DE LOS ASENTAMIENTOS HUMANOS ESTUDIOS DE COMUNIDAD ESTUDIOS DE COMUNIDAD