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Determinación de pares funcionales de proteínas basado en el método de perfiles filogenéticos utilizando conjuntos difusos

JUAN CARLOS FERNANDEZ LOPEZ (2006)

En los últimos años la obtención de genomas completamente secuenciados ha permitido el

desarrollo de algoritmos computacionales que permiten estudiar los genes contenidos en

éstos genomas, lo cual, a su vez posibilita una descripción de su organización y localización

y por ende, la posibilidad de identificar la función que realizan las proteínas que son

codificadas por estos.

La última generación de métodos para la identificación de funciones de muchas proteínas

no caracterizadas son los llamados métodos basados en el contexto genómico. En este

grupo se destaca el método de perfiles filogenéticos (MPF), el cual describe el patrón de

ausencia o presencia de una proteína particular a través de un conjunto de organismos con

genomas completos.

La principal ventaja de este método es que en un mismo análisis permite la participación,

tanto de genomas de arqueas, procariotas y eucariotas. No obstante, como la mayoría de los

métodos para la inferencia funcional, éste tiene algunas limitantes, por ejemplo, se restringe

severamente el número de relaciones funcionales que pueden establecerse, debido a que

solamente infiere enlaces funcionales de perfiles que son idénticos o muy similares, pero

sin establecer el grado de relación que hay entre éstos y sus demás vecinos. Por otro lado,

no logra relacionar genes que no están en la misma vía metabólica y cuyos perfiles

filogenéticos pueden no tener una similitud suficiente, pero que coadyuvan a una función

común.

Este trabajo se propone incrementar el nivel de expresividad del método de perfiles

filogenéticos utilizando el algoritmo de agrupamiento C-medias difuso conocido como

Fuzzy C-means en idioma inglés o FCM.

El uso del algoritmo C-medias difuso agrupa perfiles filogenéticos con diferentes grados de

pertenencia para inferir relaciones funcionales entre proteínas de perfiles no idénticos, pero

que posiblemente participan en una función común.

El algoritmo, además, podría dar lugar a la inclusión de expresiones lingüísticas, referentes

al parecido de perfiles filogenéticos o para describir el grado de relación funcional entre

proteínas, tales como: muy alta, alta, media-alta, media, media-baja, baja y muy baja

similitud del perfil filogenético en función al valor de pertenencia (membresía) dado.

La validación de los agrupamientos difusos de perfiles filogenéticos se llevó a cabo usando

los operones de la bacteria de Escherichia coli (E. coli). Los genes de estos operones

fueron comparados con nuestro agrupamiento difuso para interrelacionar funciones.

El desempeño aceptable de los resultados sugirió la posibilidad de implementar un sistema

automático para inferir relaciones funcionales de perfiles filogenéticos de genes/proteínas

hipotéticos o nuevos, mediante el entrenamiento de una red neuronal de base radial (RBR),

la cual simuló de forma muy aceptable el agrupamiento de perfiles filogenéticos obtenido

con FCM.

Los resultados de este trabajo amplían la suposición de que los perfiles filogenéticos de las

proteínas que funcionan juntas en una vía bioquímica o estructura compleja son similares y

están dispuestos en un modelo correlacionado. Nosotros, por nuestra parte, mostramos que

este modelo correlacionado conserva un patrón que puede ir haciéndose difuso o

borrándose hacia el resto de los grupos y a su vez, seguir conservando algún grado en la

relación funcional de los genes involucrados, lo cual brinda información adicional sobre

posibles enlaces funcionales lejanos, pero existentes y por otro lado, extender el

conocimiento sobre proteínas en general.

Master thesis

CIENCIAS FÍSICO MATEMÁTICAS Y CIENCIAS DE LA TIERRA MATEMÁTICAS CIENCIA DE LOS ORDENADORES SISTEMAS DE CONTROL MÉDICO

Detección de obstáculos fijos y móviles, mediante un sensor láser, para verificar la viabilidad de la trayectoria planeada por un VA

Iván López Merino (2006)

Esta tesis describe el desarrollo de un método que asegura la viabilidad del

recorrido del Vehículo Autónomo (VA) antes de iniciar su desplazamiento. Dada una

trayectoria para el VA definida sobre un ambiente de trabajo, se busca verificar que

dicha trayectoria se encuentre libre de obstáculos fijos y móviles, de manera que

prevenga acciones de evasión para evitar que el VA llegue a colisionar con alguno

de ellos. Se utiliza un sensor láser para barrer el espacio de trabajo y detectar los

obstáculos eventuales.

El método se divide en dos etapas: la señal del sensor láser se procesa de manera

que los obstáculos son detectados y enseguida caracterizados como obstáculos fijos

y móviles. En la segunda etapa los obstáculos se proyectan sobre la trayectoria,

estableciendo regiones de riesgo dividida en módulos sobre la trayectoria que considera

el ancho del vehículo. Los obstáculos son proyectados para verificar si intersectan

dichas regiones de riesgo. De acuerdo a la configuración entre las regiones de riesgo y los obstáculos se determina si la trayectoria esta libre o no y se activan las alarmas.

La imagen lineal de profundidad (rango) proporcionada por el sensor láser es

procesada. En primera instancia se toman varias imágenes para detectar los objetos

fijos y distinguir la imagen estática de base. Estos objetos son enseguida segmentados

y caracterizados. A partir de entonces, cada ciclo de cada nueva imagen se compara

con la imagen de base y se segmenta para extraer los obstáculos móviles, los cuales

son caracterizados y proyectados sobre la trayectoria del VA.

La trayectoria a su vez es procesada de manera que particiona el espacio de

trabajo en módulos donde se proyectan los obstáculos y se evalúa el riesgo de colisión,

mediante reglas. El desencadenamiento de la acción refleja es incluido en forma de

alarmas (preventivas, indicativas y restrictivas). Así cuando no existen obstáculos, el

vehículo tiene la prioridad de arrancar hacia la meta. No obstante, cuando aparece un

obstáculo en el camino, se inhibe el seguimiento; en primer lugar se enciende la alarma

que señala evadir el objeto y posteriormente avanza. Si el obstáculo es muy grande

o aparece en una zona muy próxima, entonces el indicativo del VA le indicará no

arrancar ante un bloqueo total. Si el obstáculo fijo aparece sobre la trayectoria definida,

se dice que la trayectoria es imposible de realizar, lo que activará un indicante de paro

total e impedirá el arranque.

Se implementó un prototipo, fuera del VA, cubriendo un área con obstáculos, donde

se analizaron diferentes trayectorias con obstáculos reales. El sistema se integrará en

la arquitectura del vehículo, como base a la navegación reactiva. Mediante indicadores

el sistema le enviará al VA la ubicación de dichos obstáculos al sistema de control

principal para tomar la decisión de activar cierta instrucción del VA, o si necesita

realizar un desplazamiento imprevisto para evitar colisiones ante obstáculos móviles y

fijos.

Master thesis

INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA CIENCIAS TECNOLÓGICAS TECNOLOGÍA DE LOS ORDENADORES DISEÑO DE SISTEMAS SENSORES

Diseño de un sistema de reconocimiento de movimientos con un cuantificador menor a 12 bits utilizando señales EMG y redes neuronales

José Alfonso Sánchez de Lucio (2007)

Los sistemas de reconocimiento de movimientos son utilizados hoy día en aplicaciones como prótesis y apuntadores. Cada día se avanza más en las diferentes áreas de investigación de estas aplicaciones, las investigaciones permiten que cada día sea más fácil implementar sistemas de control que reconocen movimientos y con ello facilitar el uso de los mismos. Los sistemas de reconocimiento de movimientos utilizan señales electromiogr´aficas (EMG) como señales de control, las señales EMG se generan a partir de contracciones musculares. Las señales EMG se digitalizan para poder procesarlas y determinar a qué movimiento pertenecen, esto con ayuda del modelado en el tiempo. Las señales EMG se pueden considerar como señales estacionarias y pueden ser modeladas como procesos AR, los parámetros obtenidos del modelado sirven para generar los patrones características que identifican a los movimientos. La relación patrón-movimiento se lleva a cabo por medio de una red neuronal, que se entrena para que desarrolle la relación, una vez que se tiene la red entrenada está es capaz de reconocer los movimientos mediante los patrones generados a partir de los parámetros AR. El objetivo de esta tesis es demostrar que se puede mejorar la digitalización de las señales EMG para un sistema de reconocimiento con las características anteriores, la forma de mejorarlo es demostrando que las señales pueden ser cuantificadas con una cantidad menor de bits que la que se utiliza generalmente en la mayoría de los sistemas. Para llevar a cabo el objetivo se diseña un sistema de reconocimiento de movimientos capaz de reconocer cuatro movimientos cualesquiera, donde se evalúa el desempeño con diferentes cuantificadores.

Master thesis

INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA CIENCIAS TECNOLÓGICAS TECNOLOGÍA DE LOS ORDENADORES DISEÑO DE SISTEMAS SENSORES

Relación de marcador bioquímico de periodontitis y marcadores de riesgo cardiovascular

ROSARIO PAULINA ROMERO JARA (2016)

"La Enfermedad Periodontal, es una condición inflamatoria, crónica o aguda e inducida por bacterias, que de acuerdo a su grado de compromiso puede llevar a la pérdida de los tejidos de soporte del diente.

La saliva es un líquido complejo, cuya principal función es asegurar la estabilidad del entorno de la cavidad bucal. Se ha propuesto el análisis de los marcadores bioquímicos provenientes del líquido gingivo-crevicular contenido en la saliva como medio para diagnosticar la pérdida de inserción del tejido. Dentro de los marcadores bioquímicos en saliva se encuentra la Aspartato Aminotransferasa (AST-s), la cual se encuentra confinada al citoplasma de la célula y es liberada al momento de producirse daño tisular.

Las enfermedades cardiovasculares (ECV) son aquellas que afectan tanto al sistema circulatorio como al corazón; su patología de base es la aterosclerosis, la cual es una enfermedad inflamatoria caracterizada por placas de ateroma resultantes de la acumulación de lípidos, células inflamatorias y tejido fibroso en las arterias. El Riesgo Cardiovascular (RCV) es la probabilidad de padecer un evento cardiovascular en un periodo de tiempo".

Benemérita Universidad Autónoma de Puebla

Master thesis

Periodontitis--Tratamiento Marcadores bioquímicos--Uso para el diagnóstico Encías--Enfermedades--Diagnóstico Saliva--Análisis Sistema cardiovascular--Enfermedades MEDICINA Y CIENCIAS DE LA SALUD

El desarrollo de Cancún analizado desde la teoría de los sistemas complejos.

ROMANO GINO SEGRADO PAVON ALFONSO GONZALEZ DAMIAN LUCINDA ARROYO ARCOS ALEJANDRO PALAFOX MUÑOZ (2010)

Se analizó el sistema productivo del Municipio Benito Juárez, desde la teoría de “sistemas complejos”, aplicando la metodología propuesta por García (2000), quien propone diferentes niveles de análisis (local, regional-nacional e, internacional), para cada sistema social, respetando los principios de organización y evolución. La investigación se basó en fuentes documentales (libros e Internet).

Se construyó un modelo para representar la realidad actual y cuya confirmación

satisfactoria sólo puede basarse en su capacidad de explicar el funcionamiento de los

hechos, sin caer en la generalización de que “todo interactúa con todo”. Como resultados, se determinó que Cancún y su principal actividad económica –el turismo- forma parte de un sistema complejo cuya evolución responde a la dinámica propia de esta clase de sistemas; que funciona como una totalidad organizada y, que los cambios en la actividad turística están en correspondencia con cambios significativos en el subsistema económico.

Article

Turismo Teoría de sistemas CIENCIAS SOCIALES

GESEQ: modelo para la transferencia de voz y video en redes privadas virtuales IPSec con calidad de servicio

JESUS ARTURO PEREZ DIAZ (2005)

El objetivo principal de esta tesis es definir y presentar un modelo genérico, implementable, versátil y escalable que permite proteger y tratar preferencialmente el tráfico de voz y video en tiempo real generado por una videoconferencia IP, mediante el uso de mecanismos de seguridad de las Redes Privadas Virtuales (VPNs) IPSec (Seguridad IP) junto con herramientas de Calidad de Servicio (QoS) para poder, de esta manera, mitigar la degradación de la voz y video en condiciones de congestionamiento en redes WAN IP. Nuestro modelo propuesto GESEQ (GEneric SEcurity and QoS model) se enfoca a los ambientes para la enseñanza colaborativa, ya que estas últimos permiten el uso de herramientas multimedia para la interacción entre profesores y alumnos. Para lograr lo anterior, se realizó un análisis de la tecnología VPN basada en el conjunto de protocolos IPSec junto con las principales herramientas de QoS basadas en la arquitectura de servicios diferenciados de la IETF (Internet Engineering Task Force). En esta tesis se presentan fundamentos teóricos sobre el funcionamiento de las VPNs IPSec y los aspectos que involucran el implantar QoS sobre redes IP. Además, se explican aspectos administrativos que deben de considerarse para implantar el modelo propuesto de seguridad y QoS. Finalmente se llevó a cabo una implementación física que verificó el buen funcionamiento de GESEQ.

Maestro en Ciencias de la Computación

Master thesis

INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA CIENCIAS TECNOLÓGICAS TECNOLOGÍA DE LOS ORDENADORES SISTEMAS EN TIEMPO REAL

Modelos de aprendizaje automático para el apoyo en la clasificación de tipos de cáncer a partir de datos estructurados y no estructurados de expedientes clínicos

Erick Esteven Montelongo-Gonzalez (2020)

103 páginas. Maestría en Ciencias de la Computación.

Investigación realizada con el apoyo del Consejo Mexiquense de Ciencia y Tecnología (COMECYT).

La existencia de grandes volúmenes de datos generados por el área de la salud presenta una oportunidad importante para su análisis. Este puede obtener información que ayude a los médicos en el proceso de toma de decisiones para el diagnóstico o tratamiento de enfermedades, tales como el cáncer. El presente trabajo presenta una metodología para la clasificación de pacientes con cáncer de hígado, pulmón y pecho, a través de modelos de aprendizaje automático, para obtener el modelo que mejor se desempeña en la clasificación. La metodología considera tres modelos de la clasificación: Máquinas de Soporte Vectorial (SVM), Perceptrón Multi-Capa (MLP) y Ada- Boost utilizando tanto la información estructurada como no estructurada de los expedientes clínicos de los pacientes. Los resultados obtenidos muestran que el mejor modelo de clasificación fue el MLP utilizando solamente datos no estructurados, obteniendo un 89% de precisión, mostrando la utilidad de este tipo de datos en la clasificación de pacientes con cáncer.

The existence of large volumes of data generated by the health area presents an important opportunity for analysis. This can obtain information to support physicians in the decisionmaking process for the diagnosis or treatment of diseases, such as cancer. The present work shows a methodology for the classification of patients with liver, lung and breast cancer, through machine learning models, to obtain the model that performs best in the classification. The methodology considers three classification models: Support Vector Machines (SVM), Multi-Layer Perceptron (MLP) and AdaBoost using both structured and unstructured information from the patient's clinical records. Results show that the best classification model is MLP using only unstructured data, obtaining 89% of precision, showing the usefulness of this type of data in the classification of cancer patients.

Master thesis

Aprendizaje automático, Procesamiento del Lenguaje Natural, clasificación de cáncer, datos no estructurados. Machine learning, Natural Language Processing, cancer classification, unstructured data. Machine learning. Natural language processing (Computer science). Health informatics. Data structures (Computer science). Aprendizaje automático (Inteligencia artificial). Procesamiento de lenguaje natural (Computación). Estructura de datos (Computación). Q325.5 INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA CIENCIAS TECNOLÓGICAS TECNOLOGÍA DE LOS ORDENADORES SISTEMAS DE CONTROL MÉDICO

Tierra de sueños encontrados entre la ganadería y la conservación

Sophie Calmé Birgit Schmook Rehema White Lou Lecuyer (2019)

Con una particular historia de migración y colonización y con desarrollos agropecuarios impulsados desde las políticas públicas, Calakmul es un territorio de potenciales conflictos entre sectores con diferentes intereses hacia la biodiversidad, por ejemplo: los ganaderos y quienes buscan preservar una especie emblemática: el jaguar. Como propuesta, se presenta un mecanismo inclusivo de toma de decisiones que apoye la conservación y la gestión ambiental.

Article

Ganadería Jaguares Control de animales predadores Manejo de vida silvestre Gestión ambiental Reserva de la Biosfera Calakmul (Campeche, México) CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA CIENCIAS AGRARIAS PRODUCCIÓN ANIMAL SISTEMA DE PRODUCCIÓN GANADERA SISTEMA DE PRODUCCIÓN GANADERA

Las tecnologías actuales y herramientas de diseño

Patricia Solís-Meza (2019)

7 páginas.

Coordinación de Posgrado de Ciencias y Artes para el Diseño.

La intención de este trabajo es presentar una perspectiva inicial de conceptos e ideas para la aplicación de las TICs en el sistema de enseñanza-aprendizaje, considerando la integración o combinación de las herramientas tradicionales con las digitales para poder visualizar herramientas de aprendizaje a desarrollar. Las herramientas pueden ser: sistemas de entorno educativo para la creación de cursos, como moodle o sistemas de CAD tridimensional, considerando el material didáctico incluyendo TICs para que el alumno desarrolle ejercicios, que faciliten la percepción de un objeto en espacio tridimensional, así como sus proyecciones en el plano.

Book part

Tecnología, herramientas de diseño, CAD, TIC´s, tridimensional. CAD/CAM systems. Rendering (Computer graphics). Computer-aided design. CAD/CAM (Sistemas). Diseño asistido por computadora. Representación (Gráficas por computadora). TS155.6 INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA CIENCIAS TECNOLÓGICAS TECNOLOGÍA DE LOS ORDENADORES DISEÑO CON AYUDA DE ORDENADOR

LAS REFORMAS EDUCATIVAS 2013 Y 2019 EN MÉXICO ¿AVANCE O RETROCESO EDUCATIVO?

MARTHA ESTHELA GOMEZ COLLADO (2020)

Desde 1997 ha existido pluralismo equilibrado en el Congreso mexicano en virtud de que ningún partido político había tenido mayoría absoluta en la Cámara de Diputados. La composición de la Cámara de Diputados de la LXIV Legislatura se encuentra integrada por 252 diputados del Movimiento de Regeneración Nacional (MORENA), 77 del Partido Acción Nacional (PAN), 48 del Partido Revolucionario Institucional (PRI), 46 del Partido del Trabajo (PT), 27 del Movimiento Ciudadano (MC), 24 del Partido Encuentro Social (PES), 12 del Partido de la Revolución Democrática (PRD), 11 del Partido Verde Ecologista de México (PVEM) y 3 sin partido político (Cámara de Diputados, 2020) sumando un total de 500 diputados. Estos diputados de MORENA más los de los partidos del Trabajo, Movimiento Ciudadano, Encuentro Social y Verde Ecologista le otorgan mayor poder al presidente porque cuenta con la mayoría de votos para aprobar las reformas y modificaciones a las leyes que quiera. Ahora añoramos las comisiones en donde existía diálogo, existía el estire y afloje, se llegaban a acuerdos, a negociación, había un sistema de partidos más equilibrado, con fuerzas y contrapesos, y elecciones más disputadas. Sin embargo, el estilo de gobernar en México se ha caracterizado por ejercer un tipo de política que responde a intereses propios de los que ostentan el poder, trátese del partido político que sea, siempre quieren hacer cosas diferentes para señalar el estilo propio de gobernar. Tal es el caso del presidente de la república actual, que durante su campaña con tal de ganar más adeptos a su partido y por ende, tener más votos que lo llevarían a la Presidencia de la República, les prometió que “quitaría la mal llamada Reforma Educativa de 2013” (López, 2019). Esto sin realizar un diagnóstico o estudio a fondo que avalara su postura, sin argumentar los aciertos o errores en tal reforma. Es a partir de diciembre de 2018 cuando las cosas cambian al regresar a modelos de trabajo que se han realizado en otras épocas y que han demostrado no ser exitosas .Ahora estamos como en los viejos tiempos donde una sola bancada era suficiente para hacer la voluntad del presidente de la república.

El objetivo del artículo es conocer los planteamientos de la Reforma Educativa 2013 basados en los artículos 3º. y 73 constitucionales que originaron la creación de la Ley del Servicio Profesional Docente y dejaron al Instituto Nacional para la Evaluación Educativa como un organismo autónomo quien era el encargado de realizar la evaluación docente. Mientras que la Reforma Educativa 2019 deroga estos artículos y adiciona el artículo 31 constitucional creando el Sistema Nacional de Mejora Continua de la Educación que realizará evaluaciones únicamente diagnósticas. Se realizó una investigación de carácter documental y se tomó como base los Diarios Oficiales de la Federación para realizar el análisis de las reformas educativas de los años 2013 y 2019. Como resultado significativo están los 802 profesores que habían sido cesados por negarse a ser evaluados y ahora regresaron a las aulas en el ciclo escolar 2019 – 2020 a nivel nacional representando un retroceso a la mejora de la calidad educativa en México.

Ninguno

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Reforma Educativa Calidad Educativa Evaluación Sistema Educativo Nacional Docentes CIENCIAS SOCIALES