Transcriptome mining provides insights into cell wall metabolism and fiber lignification in Agave tequilana Weber

Luis Fernando Maceda Lopez ELSA BEATRIZ GONGORA CASTILLO Enrique Ibarra-Laclette DALIA C. MORAN VELAZQUEZ AMARANTA GIRON RAMIREZ Matthieu Bourdon José Luis Villalpando Aguilar Gabriela Chavez-Calvillo Toomer John Tang Parastoo Azadi Jorge Manuel Santamaría Fernández Itzel López-Rosas Mercedes G Lopez June Simpson FULGENCIO ALATORRE COBOS (2022, [Artículo])

Resilience of growing in arid and semiarid regions and a high capacity of accumulating sugar-rich biomass with low lignin percentages have placed Agave species as an emerging bioen-ergy crop. Although transcriptome sequencing of fiber-producing agave species has been explored, molecular bases that control wall cell biogenesis and metabolism in agave species are still poorly understood. Here, through RNAseq data mining, we reconstructed the cellulose biosynthesis pathway and the phenylpropanoid route producing lignin monomers in A. tequilana, and evaluated their expression patterns in silico and experimentally. Most of the orthologs retrieved showed differential expression levels when they were analyzed in different tissues with contrasting cellulose and lignin accumulation. Phylogenetic and structural motif analyses of putative CESA and CAD proteins allowed to identify those potentially involved with secondary cell wall formation. RT-qPCR assays revealed enhanced expression levels of AtqCAD5 and AtqCESA7 in parenchyma cells associated with extraxylary fibers, suggesting a mechanism of formation of sclerenchyma fibers in Agave similar to that reported for xylem cells in model eudicots. Overall, our results provide a framework for un-derstanding molecular bases underlying cell wall biogenesis in Agave species studying mechanisms involving in leaf fiber development in monocots. © 2022 by the authors. Licensee MDPI, Basel, Switzerland.

AGAVE CELL WALLS LIGNOCELLULOSE CAD PROTEIN CESA PROTEIN SCLERENCHYMA BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA GENÉTICA GENÉTICA MOLECULAR DE PLANTAS GENÉTICA MOLECULAR DE PLANTAS

Solanum tuberosum Microtuber Development under Darkness Unveiled through RNAseq Transcriptomic Analysis

ELIANA VALENCIA LOZANO LISSET HERRERA ISIDRON Osiel Salvador Recoder-Meléndez Aarón Barraza Celis JOSE LUIS CABRERA PONCE (2022, [Artículo])

"Potato microtuber (MT) development through in vitro techniques are ideal propagules for producing high quality potato plants. MT formation is influenced by several factors, i.e., photoperiod, sucrose, hormones, and osmotic stress. We have previously developed a protocol of MT induction in medium with sucrose (8% w/v), gelrite (6g/L), and 2iP as cytokinin under darkness. To understand the molecular mechanisms involved, we performed a transcriptome-wide analysis. Here we show that 1715 up- and 1624 down-regulated genes were involved in this biological process. Through the protein–protein interaction (PPI) network analyses performed in the STRING database (v11.5), we found 299 genes tightly associated in 14 clusters. Two major clusters of up-regulated proteins fundamental for life growth and development were found: 29 ribosomal proteins (RPs) interacting with 6 PEBP family members and 117 cell cycle (CC) proteins. The PPI network of up-regulated transcription factors (TFs) revealed that at least six TFs–MYB43, TSF, bZIP27, bZIP43, HAT4 and WOX9–may be involved during MTs development. The PPI network of down-regulated genes revealed a cluster of 83 proteins involved in light and photosynthesis, 110 in response to hormone, 74 in hormone mediate signaling pathway and 22 related to aging."

transcriptome-wide analysis, microtubers, potato, Solanum tuberosum, darkness, cell cycle, ribosomal proteins, PEBP family genes, cytokinin BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA GENÉTICA GENÉTICA MOLECULAR DE PLANTAS GENÉTICA MOLECULAR DE PLANTAS

Estudios de genética en poblaciones de abulón y sus aplicaciones en ordenamiento pesquero

RICARDO PEREZ ENRIQUEZ NOE DIAZ VILORIA JOSE LUIS GUTIERREZ GONZALEZ ALEJANDRA ARCINIEGA DE LOS SANTOS ADRIANA MAX AGUILAR Pedro Cruz Hernández Fernando Aranceta Garza (2016, [Artículo])

"Se presenta la integración de más de 10 años de investigación científica en genética de las poblaciones de abulón en México realizada en el CIBNOR. Esta investigación muestra cómo se pueden aplicar los marcadores genéticos tanto en estudios de genética poblacional como en identificación forense con la finalidad de contribuir al conocimiento aplicado para manejo de la pesquería. Se desarrollaron marcadores genéticos tipo microsatélites de ADN enfocados tanto al abulón azul Haliotis fulgens como amarillo Haliotis corrugata para diferenciación de poblaciones y análisis de parentesco. Un análisis de estructura genética de las poblaciones silvestres de ambas especies de abulón mostró homogeneidad genética en la costa del Pacífico en la región centro-sur de la Península de Baja California, México, pero con diferenciación genética en localidades distantes debido a un flujo genético limitado producto del aislamiento reproductivo. Por ello, no existen elementos que den soporte a un manejo pesquero delimitado por bancos en ambas especies. De manera particular, el abulón amarillo mostró una menor de diversidad genética que el azul, posiblemente debido a una mayor explotación pesquera histórica. Los resultados obtenidos en pruebas de parentesco han indicado que la retención larvaria en bancos específicos es reducida, por lo que ni la agregación de reproductores ni la liberación de larvas han mostrado ser estrategias eficientes para favorecer el incremento de reclutas en bancos definidos. Un análisis de perfiles genéticos con el gen de la lisina permitió la identificación de las especies de abulón que se capturan y enlatan en México. El análisis comparativo de perfi les genéticos, basado en el gen nuclear 18S de abulón y otros moluscos, detectó producto enlatado conteniendo especies de moluscos comercializadas falsamente como abulón, lo que puede constituirse como una herramienta forense en futuras disputas legales. Este tipo de aplicación es potencialmente utilizable con otros productos comestibles en los cuales se sospecha de prácticas fraudulentas, ya sea por captura o comercialización ilegal o por sustitución de contenidos en productos procesados."

"This is an integrative work of more than 10 years of research in population genetics of abalone in Mexico performed at CIBNOR. It shows how molecular tools have the potential to support abalone fisheries management through population genetics and forensic analyses. Microsatellite DNA markers were developed on blue (green for its name in English) Haliotis fulgens and yellow abalone (pink for its name in English) H. corrugata to be used for genetic differentiation on populations and for parentage analysis. The analysis of genetic structure on wild populations of both species revealed genetic homogeneity in the Pacific coast of the central region of the Baja California Peninsula, Mexico, with genetic differentiation on distant localities due to a limited gene flow as a result of reproduction isolation. From this result we suggest that no evidences were found supporting the management of the fishery based on individual abalone beds. Pink abalone shows lower genetic diversity than green abalone, possibly due to higher historical fishery exploitation. The parentage analysis suggested that larval retention within beds is reduced, indicating that neither broodstockaggregation nor the release of abalone larvae for stock enhancement are efficient strategies to increase recruitment in specific beds.

An analysis of the genetic profiles with the lysine gene allowed the identification of abalone species captured and processed in Mexico. The comparative analysis, based on the 18S gene, among abalone and other mollusks, detected canned product containing mollusks that are commercialized allegedly as abalone or ‘abalone type’, which could constitute a forensic tool in future legal disputes. This type of application can also be used with other edible products in which fraudulent practices are suspected either because of illegal catch or commercialization or substitution in processed products."

Análisis forense, diversidad genética, gen 18S, genética de poblaciones, marcadores genéticos, retención larvaria Forensic analysis, genetic diversity, 18S gene, genetic markers, population genetics, larval retention BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA GENÉTICA GENÉTICA DE POBLACIONES GENÉTICA DE POBLACIONES

La deserción en la educación media superior en Hermosillo: el caso de la educación profesional técnica: CONALEP

MARIA FERNANDA LOPEZ BORBON (2014, [Tesis de maestría])

La educación media superior (EMS) en México es el grado de estudio en el que los jóvenes recién egresados de secundaria, en edad típica de 15 a 17 años, ingresan para adquirir competencias académicas medias con dos objetivos principales: el primero de ellos es continuar con los estudios superiores y, el segundo, con el fin de capacitarse para su inserción en el mercado laboral. La oferta actual de la EMS según el Instituto Nacional para la Evaluación Educativa (INEE) (2012), son los modelos educativos: bachillerato general, bachillerato tecnológico y profesional técnico.

La problemática primordial que acontece en la actualidad en el nivel medio superior es el alto índice de deserción escolar que presenta, mostrando a nivel nacional un abandono del 14.9% específicamente durante el ciclo escolar 2010-2011. En el estado de Sonora se exponen cifras de deserción escolar que se asemejan a las presentadas a nivel nacional, revelando un abandono del 14.4% durante el mismo período (INEE, 2011). Sin embargo, el modelo educativo que destaca en cuanto a abandono escolar en Sonora y a nivel nacional es el profesional técnico, precisamente el subsistema que se atiende en la presente investigación.

Por lo tanto, el objetivo principal de este estudio es conocer y analizar los factores que se involucran en el abandono escolar de los jóvenes del modelo de profesional técnico en Hermosillo Sonora, así como también indagar en las trayectorias laborales y de vida de los jóvenes a partir de su deserción de dicho modelo educativo.

La metodología empleada para atender tal objetivo fue de tipo cualitativa y cuantitativa. La primera fue pertinente para la comprensión del fenómeno de deserción escolar a través de entrevistas en profundidad ejecutadas a desertores, padres de familia de éstos, estudiantes y personal institucional de la institución seleccionada, ésta fue el CONALEP III Plantel Hermosillo; el principal motivo de selección fue la gran deserción escolar que presenta esta escuela, particularmente en el trayecto del primero al segundo semestre.

La metodología cuantitativa se requirió para tres funciones: atender los estudios previos que expresan las principales estadísticas acerca del abandono escolar en México, para exponer los índices de deserción, reprobación y eficiencia terminal a nivel nacional y en Sonora, y por último, para realizar un análisis cuantitativo de la problemática observada en CONALEP III Plantel Hermosillo.

Los referentes teóricos seleccionados para el sustento de la información obtenida en el trabajo empírico son tres: “turning point” de Guerrero (2008), el cual se refiere a modificaciones importantes en la trayectoria de vida de los individuos a partir de un punto de quiebre; “trayectorias regresionales” de Velázquez (2007), este referente permite definir el tipo de trayectoria que experimentan los jóvenes a partir del abandono escolar; y por último, “acumulación de desventajas” de Saraví (2009), el cual determina la vulnerabilidad de los jóvenes ante la deserción escolar mediante el análisis de las condiciones previas de éstos.

Los principales resultados obtenidos del análisis del trabajo de campo y de los referentes teóricos anteriormente planteados arrojaron que: los factores que intervienen en la deserción escolar en CONALEP III varían entre hombres y mujeres. En el caso de los hombres, la reprobación tuvo lugar en su mayoría como consecuencia de la precariedad económica en el hogar de dichos jóvenes. No obstante, para las mujeres las causas principales de su deserción escolar fueron: los problemas económicos y los embarazos inesperados.

Las trayectorias de vida de los jóvenes a partir del abandono también variaron según el sexo, dejando claro que son las mujeres las más vulnerables ante la deserción escolar, ya que la mayoría de ellas carecen de una trayectoria laboral estable y se han encargado primordialmente del cuidado de sus hijos, quienes en su totalidad son madres. Por otro lado, a pesar de que son pocos los hombres que retomaron sus estudios medios a partir de su abandono de CONALEP III, la mayoría de ellos cuenta actualmente con un empleo formal que les permite solventar sus gastos y, aquellos jóvenes que retomaron sus estudios medios y concluyeron satisfactoriamente han comenzado a estudiar la educación superior, al contrario de las mujeres, quienes no presentaron dicha característica.

CIENCIAS SOCIALES Deserción escolar Educación media superior Estudiantes Educación técnica

Detección de la tendencia local del cambio de la temperatura en México

RENE LOBATO SANCHEZ MIGUEL ANGEL ALTAMIRANO DEL CARMEN (2017, [Artículo])

Registros de temperatura indican que tres de cada cuatro estaciones climáticas evaluadas en México señalan un calentamiento en el periodo 1950-2013, tomando como referencia al periodo base 1961-1990. Después de un análisis completo de registros climáticos en México, se determinó que solamente 112 registros cumplen con la calidad y estándares requeridos para el presente estudio, de ahí se seleccionó, de forma aleatoria, un subconjunto de 20 estaciones con tendencia positiva, representativas de entornos rurales y urbanos, distribuidas en las regiones de México. Se identificó que el periodo más reciente de calentamiento intenso inicia por lo general a mediados de la década de 1970, lo cual es congruente con la señal identificada por el Panel Intergubernamental de Expertos sobre el Cambio Climático para la temperatura media global. En las zonas rurales se observa un desfase de hasta 10 años en el inicio del periodo reciente de calentamiento en comparación con zonas urbanas para una misma región del país. El calentamiento y la diferencia entre periodos cálidos y fríos son mayor, regularmente, en áreas urbanas en comparación con las rurales.

Cambio climático Temperatura ambiental Determinación México CIENCIAS FÍSICO MATEMÁTICAS Y CIENCIAS DE LA TIERRA

The banana MaWRKY18, MaWRKY45, MaWRKY60 and MaWRKY70 genes encode functional transcription factors and display differential expression in response to defense phytohormones

SERGIO GARCIA LAYNES VIRGINIA AURORA HERRERA VALENCIA Lilia Guadalupe Tamayo Torres VERONICA LIMONES BRIONES FELIPE ALONSO BARREDO POOL FRAY MARTIN BAAS ESPINOLA Angel Alpuche-Solis CARLOS ALBERTO PUCH HAU SANTY PERAZA ECHEVERRIA (2022, [Artículo])

WRKY transcription factors (TFs) play key roles in plant defense responses through phytohormone signaling pathways. However, their functions in tropical fruit crops, especially in banana, remain largely unknown. Several WRKY genes from the model plants rice (OsWRKY45) and Arabidopsis (AtWRKY18, AtWRKY60, AtWRKY70) have shown to be attractive TFs for engineering disease resistance. In this study, we isolated four banana cDNAs (MaWRKY18, MaWRKY45, MaWRKY60, and MaWRKY70) with homology to these rice and Arabidopsis WRKY genes. The MaWRKY cDNAs were isolated from the wild banana Musa acuminata ssp. malaccensis, which is resistant to several diseases of this crop and is a progenitor of most banana cultivars. The deduced amino acid sequences of the four MaWRKY cDNAs revealed the presence of the conserved WRKY domain of ~60 amino acids and a zinc-finger motif at the N-terminus. Based on the number of WRKY repeats and the structure of the zinc-finger motif, MaWRKY18 and MaWRKY60 belong to group II of WRKY TFs, while MaWRKY45 and MaWRKY70 are members of group III. Their corresponding proteins were located in the nuclei of onion epidermal cells and were shown to be functional TFs in yeast cells. Moreover, expression analyses revealed that the majority of these MaWRKY genes were upregulated by salicylic acid (SA) or methyl jasmonate (MeJA) phytohormones, although the expression levels were relatively higher with MeJA treatment. The fact that most of these banana WRKY genes were upregulated by SA or MeJA, which are involved in systemic acquired resistance (SAR) or induced systemic resistance (ISR), respectively, make them interesting candidates for bioengineering broad-spectrum resistance in this crop. © 2022 by the authors.

BANANA TRANSCRIPTION FACTOR WRKY DEFENSE PHYTOHORMONES SALICYLIC ACID METHYL JASMONATE SAR ISR BROAD-SPECTRUM RESISTANCE BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA GENÉTICA GENÉTICA MOLECULAR DE PLANTAS GENÉTICA MOLECULAR DE PLANTAS

Comparación de metodologías de análisis de declinación de la productividad en pozos

ALFONSO ARAGON AGUILAR GEORGINA IZQUIERDO MONTALVO (2014, [Artículo])

Se presentan aplicaciones y resultados de dos de los diversos métodos existentes para el análisis de declinación de la producción: a) método gráfico de ajuste por medio de curvas-tipo y b) método de normalización de flujo. Los valores obtenidos representan propiedades de los cuatro pozos productores analizados. Extendiendo la aplicación del método a cuando menos el 75% de pozos de cada campo es posible caracterizar los yacimientos. El diagnóstico general del comportamiento de la producción a partir del flujo másico y presión contra el tiempo, aplicado en este trabajo, se puede sugerir como una metodología confiable al inicio del análisis completo.

Declinación de la producción Ritmo de declinación Recuperación esperada Vida operativa INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA

Plantas vs. insectos Uso del arsenal natural defensivo de las plantas cultivadas contra insectos plaga

ROBERTO RAFAEL RUIZ SANTIAGO Horacio Salomón Ballina Gómez ESAU RUIZ SANCHEZ (2023, [Artículo])

En las zonas de cultivo agrícolas acontece una batalla entre dos grupos, las plantas de interés económico y los insectos hambrientos que gustan de las fibras y savias de las plantas. Sin embargo, las plantas cuentan con estrategias defensivas para su supervivencia a factores externos y al daño causado por los insectos. Diversos estudios han explorado las características defensivas físicas, fisiológicas y químicas, y su relación con el daño ocasionado por los insectos. En este trabajo se pretende dar a conocer estudios en los que se ha demostrado el uso del arsenal natural de las plantas contra plagas agrícolas.

AGRICULTURA DEFENSA DEFOLIACION FITOFAGOS INSECTOS BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA VEGETAL (BOTÁNICA) ECOLOGÍA VEGETAL ECOLOGÍA VEGETAL

Efficiency of combating property violence in the Northwest region of Mexico

Martin Flegl Eva Selene Hernández Gress (2023, [Artículo, Artículo])

The situation of violence in Mexico shows an alarming trend as the number of committed crimes increased by 10.9% in 2021 compared to 2020. In fact, 75.6% of the Mexican population perceives the insecurity. Due to the above, it is necessary to strengthen public security to combat this trend. However, the resources allocated to the public security in Mexico are limited. Although there are studies that investigate what causes the violence in Mexico, so far there is no study that measures the efficiency of combating the violence related to budgetary, human, and material resources of the public security. This article investigates the efficiency of combating the property violence in 206 municipalities in the Northwest region of Mexico through the Data Envelopment Analysis. The results show a low efficiency (56.67%) with significant differences between the states in the region. Baja California is the state with the lowest efficiency (17.61%), whereas the highest efficiency is found in Durango (67.25%). For the last, the need to carefully plan changes in the police force and the public security infrastructure was noted to improve the efficiency and the level of security.

Análisis Envolvente de Datos Delincuencia Eficiencia Municipios Seguridad pública CIENCIAS SOCIALES CIENCIAS SOCIALES Data Envelopment Analysis Delinquency Public security

OPTIMIZING THE TRANSFER OF ENERGY IN A HEAT EXCHANGER MINIMIZING THE CORROSION PROBLEMS IN PIPES IN A HYDROELECTRIC POWER STATION USING DATA MINING AND SUPPORT VECTOR MACHINE

VICTOR MANUEL ZEZATTI FLORES GUSTAVO URQUIZA BELTRAN MIGUEL ANGEL BASURTO PENSADO LAURA LILIA CASTRO GOMEZ (2019, [Artículo])

This research is based on the operation tube heat exchangers, their use and problematic on hydroelectric power plants. It is based on the design heat exchanger tubes for industrial use, which took the parameters of operation, design, working fluids (air and water) and conditions to assemble a monitoring equipment at appropriate scale for the laboratory, with the necessary measurement instruments to analyze the behavior of heat energy transfer by means of thermocouples, the velocity of the air with a hot wire anemometer and the flow of water with a turbine flow meter, in pipes of different materials: copper, steel 1018 and stainless steel 316L, all in ideal conditions, and with this to found a comparative parameter with pipes of the same materials but under conditions of deterioration with the presence of forced oxidation and with the data mining and support vector machine can be minimized the corrosion problems in pipes.

INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA CIENCIAS TECNOLÓGICAS Data Mining, Support Vector Machine, Pattern Recognition and Decision Support System, heat exchangers.