Predicción de actividad antimicrobiana usando modelos de escala evolutiva a través de un flujo de trabajo en la plataforma KNIME

Prediction of antimicrobial activity using models of evolutionary scale through a workflow in the KNIME platform

Karla Lorena MartÍnez Mauricio (2023, [Tesis de maestría])

Dentro de las estrategias para combatir la resistencia antimicrobiana, se está llevando a cabo investigación para la creación de nuevos fármacos basados en péptidos antimicrobianos. En los últimos años, se han realizado esfuerzos para incorporar herramientas computacionales que ayuden a acelerar la identificación de péptidos con actividad antimicrobiana. Una de estas herramientas son los modelos QSAR basados en aprendizaje tradicional, que permiten predecir la actividad antimicrobiana en péptidos a partir de información basada en su secuencia. Un componente clave en este proceso es el tipo de características moleculares a utilizar. Recientemente, ha surgido una familia de modelos pre-entrenados llamados ESM-2, los cuales generan incrustaciones (características) que fueron aprendidas a partir de 65 millones de secuencias que abarcan diversidad evolutiva. En este trabajo de tesis, se analiza la contribución de las incrustaciones ESM-2 de diferentes dimensiones de forma individual y en conjunto en el desarrollo de modelos QSAR basados en aprendizaje tradicional para la clasificación de péptidos antimicrobianos, así como sus tipos funcionales, como antibacteriano, antifúngico y antiviral. A partir de este estudio se concluye que aumentar la capacidad de los modelos ESM-2 no implica una mejora en el rendimiento de los modelos para predecir péptidos antimicrobianos. Los modelos ESM-2 t30 y ESM-2 t33 son los más apropiados para extraer características y mejorar la exactitud en las predicciones de péptidos antimicrobianos. Además, fusionar características de diferentes incrustaciones ESM-2 es una estrategia efectiva para construir mejores modelos QSAR que el uso exclusivo de características derivadas de un modelo ESM-2 específico. Se construyeron modelos más simples con un rendimiento comparable o superior a los modelos basados en aprendizaje profundo reportados en la literatura. Para llevar a cabo este estudio se implementó un flujo de trabajo en KNIME que genera de forma automática hasta 1980 modelos de clasificación binaria basados en aprendizaje tradicional. Incorpora diversas técnicas de selección de características, algoritmos de clasificación, métricas de desempeño y una fase de limpieza de datos. Este flujo de trabajo se encuentra disponible en https://github.com/cicese-biocom/classification-QSAR-bioKom.

Molecular features play an important role in different bio-chem-informatics tasks, such as the Quantitative Structure-Activity Relationships (QSAR) modeling. Several pre-trained models have been recently created to be used in downstream tasks either by fine-tuning a specific model or by extracting features to feed traditional classifiers. In this sense, a new family of Evolutionary Scale Modeling models (termed as ESM-2 models) has been recently introduced, demonstrating outstanding results in structure protein prediction benchmarks. Herein, we are devoted to assessing the usefulness of different-dimensional embeddings derived from ESM-2 models in the prediction of antimicrobial peptides, given the great deal of attention received because of their potential to become a plausible option to mainly fight multi-drug resistant bacteria. To this end, we created a KNIME workflow to guarantee using the same modeling methodology, and consequently, carrying out fair comparisons. As a result, it can be drawn that the 640- and 1,280- dimensional embeddings are the most appropriate to be used in modeling because statistically better results were achieved from them. We also combined features from different embeddings, and we can draw that the fusion of features of different embeddings contributes to getting better models than only using a specific model ESM-2. Comparisons regarding state-of-the-art deep learning models confirm that when performing methodologically principled studies in the prediction of AMPs, non-DL based models yield comparable-to-superior results to DL-based models. The implemented KNIME workflow is availablefreely at https://github.com/cicese-biocom/classification-QSAR-bioKom. We consider that this workflow can be valuable to prevent unfair comparisons regarding new computational methods, as well as to propose new non-DL based models.

péptidos antimicrobianos, QSAR, aprendizaje automático ESM-2, KNIME antimicrobial peptides, QSAR, machine learning, ESM-2, KNIME INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA CIENCIAS TECNOLÓGICAS TECNOLOGÍA DE LOS ORDENADORES DISEÑO CON AYUDA DE ORDENADOR DISEÑO CON AYUDA DE ORDENADOR

Intervenciones psicológicas en salud y educación. Propuestas desde posgrados mexicanos

ELIZABETH AVELEYRA OJEDA DENI STINCER GOMEZ ULISES DELGADO SANCHEZ (2024, [Libro])

La complejidad del comportamiento humano y los cambios de la sociedad exigen a la psicología aplicar las teorías y técnicas de intervención dirigidas a prevenir, mitigar y solucionar las problemáticas que vulneran el bienestar y la calidad de vida individual y grupal. El presente libro está integrado por intervenciones originales derivadas de un diagnóstico científico y profesional, procedente de la diversidad y riqueza de las teorías y corrientes de la disciplina. Asimismo, se presenta la definición de objetivos viables, la instrumentación de estrategias acordes al contexto, la evaluación, y la validación social del nivel de éxito alcanzado de intervenciones dirigidas a problemáticas como depresión infantil, mujeres que atienden a mujeres víctimas de violencia, atención a familias de desaparecidos, deserción escolar, discapacidad intelectual y auditiva, atención a la salud cognitiva y mental de adultos con riesgos cerebrovasculares; así como propuestas para la mejora de habilidades académicas específicas.

HUMANIDADES Y CIENCIAS DE LA CONDUCTA PSICOLOGÍA Psicoeducación – Estudio de casos, Psicología de la salud, Psicoterapia

Adaptación curricular para estudiantes de preparatoria con trastornos emocionales o del neurodesarrollo

ROSINA TAMEZ ALMAGUER (2022, [Tesis de maestría])

https://orcid.org/0000-0001-7129-7102

El tema de adaptación curricular ha tomado relevancia debido al aumento de distintos diagnósticos de trastornos del neurodesarrollo o problemáticas emocionales que presentan los adolescentes. Cada vez es más frecuente encontrarse en las aulas con escenarios donde se concentran grupos de estudiantes con una gran diversidad, por lo que es necesario hacer frente a todas estas características que deberían marcar un cambio en el proceso de enseñanza aprendizaje.

El presente proyecto tuvo como objetivo brindar a docentes, mentores de bienestar y directivos de la Prepa Tec, Campus Sonora Norte un proceso para la solicitud e implementación de adaptación curricular. Con la finalidad de lograr dicho objetivo, se realizó el diseño de un manual y se llevó a cabo la implementación de tres talleres enfocados en los principales trastornos del neurodesarrollo y emocionales que se presentan en los estudiantes: trastorno de déficit de atención e hiperactividad, trastorno del espectro autista, depresión, ansiedad, entre otros, esto con la intención de concientizar a los participantes acerca de la necesidad de implementar adaptaciones curriculares.

Los hallazgos de la presente investigación dan cuenta que los docentes aplican adaptaciones curriculares, aún y cuando no logran identificarlas, sobresale también la necesidad de continuar capacitándose en temas relacionados con los trastornos revisados y estrategias a implementar en el aula. Por último, esta intervención confirmó la importancia de crear una red de apoyo que acompañe y logre identificar a estos estudiantes para intervenir oportunamente cuando requieren algún apoyo en específico, buscando así que dichos estudiantes logren su bienestar integral.

Maestría en Educación

HUMANIDADES Y CIENCIAS DE LA CONDUCTA PSICOLOGÍA PSICOPEDAGOGÍA PROCESOS COGNITIVOS

Políticas públicas sobre violencia feminicida y feminicidio en México. Una mirada desde las Unidades de Análisis y Contexto

MARISOL ALCOCER PERULERO (2022, [Artículo])

El feminicidio es el asesinato de una mujer ¿ o niña ¿ por el hecho de ser mujer, es decir por razones de género. El término expresa la violencia extrema que se manifiesta en este acto, muchas veces perpetrado con particular crueldad, precedido de maltratos, secuestro, tortura sexual y seguido de la exposición del cadáver en el espacio público. Este texto tiene como objetivo reflexionar respecto al funcionamiento de las Unidades de Análisis y Contexto para la investigación de feminicidios, ¿ creadas en el marco de las Declaratorias de Alerta de Violencia de Género en México (art. 22, LGAMVLV) ¿, para observar las características jurídico-normativas, técnicas y de recursos que tienen y deberían tener de acuerdo con las recomendaciones internacionales. Sostenemos que las unidades de inteligencia y de análisis de contextos son una herramienta para la investigación criminal, que pueden funcionar para comprender el feminicidio y las violencias interseccionales en el país. A través de un análisis descriptivo y documental, privilegiamos los informes oficiales de las Unidades de Análisis y Contexto sobre violencia contra las mujeres, analizamos los principales obstáculos para la implementación de dichas unidades, y desde la perspectiva de género y pertinencia cultural, la forma y estrategias en cómo se capta la información para distinguir entre homicidio y feminicidio, y mujeres indígenas y/o afromexicanas, en un contexto de violencias estructurales y del crimen organizado.

Femicide is the murder of a woman ¿ or girl ¿ due to the fact of being a woman, that is, for reasons of gender. The term expresses the extreme violence that is manifested in this act, often perpetrated with particular cruelty, preceded by mistreatment, kidnapping, sexual torture and followed by the exposition of the corpse in public space. Objective: This text aims to reflect on the functioning of the Analysis and Context Units that have been created in Mexico,to observe the legal-regulatory, technical and resource characteristics that they have and should have in accordance with international recommendations. We sustain that the intelligence and context analysis units are a tool for criminal investigation, which can work to understand intersectional violence in Mexico. Through a descriptive and documentary analysis, we privilege the official reports of the Analysis and Context Units on violence against women, we analyze, based on the main obstacles to the implementation of said units, from the perspective of gender and relevance culture, as well as the way and strategies in how information is collected to distinguish between homicide and femicide, and to identify indigenous and/or Afro-Mexican women, and in a context of other structural violence and organized crime.

Violencia feminicida. Políticas públicas. Interseccionalidad. Análisis de contexto. CIENCIAS SOCIALES CIENCIA POLÍTICA OTRAS ESPECIALIDADES POLÍTICAS

Evaluación de la cinética de liberación de compuestos hidrofílicos y lipofílicos a partir de nanopartículas híbridas polímero-lípido

Evaluation of the release kinetics of hydrophilic and lipophilic compounds from polymer-lipid hybrid nanoparticles

Juan Pablo Carmona Almazán (2023, [Tesis de maestría])

En el tratamiento de enfermedades, la administración de dosis múltiples es una estrategia común para mantener la concentración de los fármacos dentro de un margen terapéutico. Sin embargo, la adherencia de los pacientes a este tipo de tratamiento puede ser un desafío, llevando a una administración irregular de dosis. Una alternativa utilizada para abordar este reto son las nanopartículas híbridas polímero/lípido(NPPLs), las cuales, con menos administraciones, tienen el potencial de alcanzar la dosis necesaria en el tratamiento, posibilitando entonces el incremento del apego al tratamiento. En nuestro proyecto, se llevó a cabo la síntesis de nanopartículas de ácido poli láctico-co-glicólico (PLGA) recubiertas de lecitina de soya, por medio de técnicas de nanoprecipitación y autoensamblaje. Además, integramos estas nanopartículas en una matriz polimérica a base de aerogeles de gelatina de manera que estuvieran distribuidas de manera homogénea y concentrada. Nuestro enfoque central radica en entender la cinética de liberación de un compuesto hidrofílico (ácido gálico) y uno lipofílico (quercetina) a partir de este sistema. Logramos sintetizar nanopartículas con un diámetro hidrodinámico de 100 ± 15 nm, 153 ± 33 y149±21 nm, en el caso de las nanopartículas vacías y cargadas con ácido gálico y cargadas con quercetina, respectivamente. La eficiencia de encapsulación del ácido gálico fue del 90 ± 5 % y de la quercetina fue del 70 ± 10 %. Los resultados que obtuvimos muestran que el ácido gálico sigue una cinética del modelo de Korsmeyer-Peppas, con un valor de n = 1.01 y la quercetina una cinética de primer orden. Dado que los compuestos encapsulados tuvieron una liberación más lenta con respecto a los compuestos libres en los aerogeles de gelatina, nuestro trabajo indica que el encapsulamiento en NPPLs de un compuesto bioactivo, independientemente de su naturaleza química, puede ayudar a retrasar su liberación y reducir el número de dosis administradas, en consecuencia, esto pudiera contribuir a incrementar el apego de un paciente al tratamiento.

In the treatment of diseases, the administration of multiple doses is a common strategy to maintain drug concentrations within a therapeutic range. However, patient adherence to this type of treatment can be challenging, resulting in irregular dosing. An alternative approach used to address this challenge involves polymer/lipid hybrid nanoparticles (NPPLs), which have the potential to achieve the necessary drug dose with fewer administrations, thereby increasing treatment adherence. In our project, we synthesized poly(lactic-co-glycolic acid) (PLGA) nanoparticles coated with soy lecithin using nanoprecipitation and self-assembly techniques. These nanoparticles were then integrated into a polymer matrix based on gelatin aerogels to ensure homogeneous and concentrated distribution. Our main focus was to understand the release kinetics of a hydrophilic compound (gallic acid) and a lipophilic one (quercetin) from this system. We successfully synthesized nanoparticles with a hydrodynamic diameter of 100 ± 15 nm, 153 ± 33 nm, and 149 ± 21 nm for empty nanoparticles, gallic acid-loaded, and quercetin-loaded nanoparticles, respectively. The encapsulation efficiency was 90 ± 5 % for gallic acid and 70 ± 10 % for quercetin. The results we obtained indicate that gallic acid follows Korsmeyer-Peppas kinetics with a value of n = 1.01, while quercetin exhibits first-order kinetics. Since the encapsulated compounds showed slower release compared to free compounds in gelatin aerogels, our work suggests that encapsulation in NPPLs with a bioactive compound, regardless of its chemical nature, can help delay its release and reduce the number of doses administered. Consequently, this could contribute to improve patient treatment adherence.

nanopartículas híbridas, cinética de liberación, sistemas poliméricos, PLGA/lecitina, compuestos hidrofílicos y lipofílicos hybrid nanoparticles, release kinetics, polymeric systems, PLGA/lecithin, hydrophilic and lipophilic compounds INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA CIENCIAS TECNOLÓGICAS INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA QUÍMICAS ANÁLISIS DE POLÍMEROS ANÁLISIS DE POLÍMEROS

Consideraciones agronómicas para el diseño de invernaderos típicos de México

Jorge Flores Velazquez WALDO OJEDA BUSTAMANTE (2015, [Libro])

El despunte de la agricultura protegida, en el mundo, ha puesto de manifiesto, por un lado, las bondades de esta técnica de producción, y por otro, la necesidad de profundizar en la investigación relacionada con los procesos que suceden de manera inherente al desarrollo del cultivo. Los procesos fisiológicos del cultivo, tales como fotosíntesis o respiración son procesos estrechamente relacionados con las condiciones ambientales, las cuales pueden o no ser adecuadas para lograr las mejores cosechas. México es uno de los países que más ha crecido en superficie para cultivar en invernadero. Un aspecto muy importante en un invernadero es el control del clima y uno de los métodos principales para ventilar en invernaderos es el que utiliza las fuerzas de presión y temperatura. El presente trabajo muestra el funcionamiento del sistema de ventilación natural en invernaderos típicos de México usando la dinámica de fluidos computacional.

Invernaderos Diseño Construcción Producción agrícola INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA

The past, the present, the future, and occupational self-efficacy: an attributions and cultural differences perspective

Daniel Arturo Cernas Ortiz (2023, [Artículo, Artículo])

This study´s objective was to examine empirical relationships between three dimensions of time perspective (future, present fatalistic, and past negative) and occupational self-efficacy. By surveying Mexican (n = 286) and U.S. (n = 272) respondents, we also tested the moderating role of culture. Regression analyses revealed that time perspective dimensions have significant associations with occupational self-efficacy, being future time perspective more potent than its past negative and present fatalistic counterparts. Moderation analyses indicated that none of the examined time perspective-self-efficacy relationships varied significantly between the U.S. and Mexico. Overall, this study suggests that relationships between time perspective and occupational self-efficacy vary according to different temporal dimensions, that future TP is key to develop occupational self-efficacy, and that cultural values may not exert a significant influence on the time perspective-occupational self-efficacy connection.

Perspectiva de tiempo autoeficacia diferencias culturales análisis de moderación CIENCIAS SOCIALES CIENCIAS SOCIALES Time perspective self-efficacy cultural differences moderation analysis

Parametrización de hidrogramas mediante interpolantes hermitianos

ALVARO ALBERTO ALDAMA RODRIGUEZ ALDO IVAN RAMIREZ OROZCO (1998, [Artículo])

La parametrización de hidrogramas resulta útil en la definición de avenidas de diseño, por lo que diversas opciones de parametrización han sido propuestas en la literatura. No obstante, éstas exhiben ciertas limitaciones que restringen su aplicación en la representación de hidrogramas naturales. Esto ha motivado a los autores a desarrollar una parametrización polinomial basada en el empleo de interpolantes hermitianos, cuyas principales propiedades son la continuidad de derivadas hasta de cierto orden y la invariancia de volumen. Dichas propiedades se demuestran en este artículo. También se presentan dos ejemplos de aplicación en los cuales se ha utilizado el procedimiento propuesto para definir la forma de un hidrograma unitario generado sintéticamente y para la representación de un hidrograma real de un solo pico.

Parametrización de avenidas Hidrogramas Avenidas de diseño INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA

Neurociencia, metacognición y mente en crecimiento. Hacia un aprendizaje más significativo.

MARIA EUGENIA GIL RENDON (2023, [Artículo])

Las sociedades en constante cambio en el que los estudiantes de hoy en día se desenvuelven, exigen nuevas maneras de enseñar y compartir conocimiento, por lo que resulta necesario ayudarlos a desarrollar herramientas y estrategias que les permitan tener procesos de aprendizaje flexibles, creativos y adaptativos. En respuesta a esta necesidad, el objetivo del presente proyecto de intervención, “Neurociencia, metacognición y mente en crecimiento. Hacia un aprendizaje más significativo”, es implementar herramientas y estrategias de metacognición y neurociencia para desarrollar habilidades de autonomía y autogestión y la mentalidad de crecimiento. El presente proyecto se llevó a cabo en la Normal de Bacalar en Quintana Roo, México. Se implementó a un grupo de alumnos de tercer semestre de la Licenciatura en Educación Primaria, durante la clase de inglés. La estrategia para lograr los objetivos planteados es implementar herramientas y actividades relacionadas con neurociencia, mente en crecimiento y metacognición. Se busca que los estudiantes obtengan un incremento de un 10% a 20% en los resultados de las encuestas de salida. En conclusión, se propone una tríada para promover procesos de aprendizaje significativos. Dicha triada está integrada por la neurociencia, que aporta la parte teórica, la metacognición, que aporta las herramientas y estrategias, y la mente en crecimiento, que rompe estructuras mentales limitantes, y permite la apertura de la mente de las personas hacia cualquier aprendizaje de la vida. Utilizando esta triada, los estudiantes pueden tener mejores procesos de aprendizaje, adaptación y transformación de su entorno.

Maestría en Tecnología Educativa

HUMANIDADES Y CIENCIAS DE LA CONDUCTA PSICOLOGÍA PSICOPEDAGOGÍA PROCESOS COGNITIVOS

Implementación del taller para estudiantes de nivel secundaria sobre el autoconocimiento a través de las artes

YOLANDA DOMINGUEZ MEDINA (2023, [Tesis de maestría])

En el proyecto de investigación que a continuación se presenta se encuentran cinco capítulos que reúnen la planificación, el desarrollo, el diseño, la implementación y la evaluación del taller sobre el autoconocimiento generado para abordar problemáticas identificadas en el contexto donde se aplicó.

En el capítulo 1 se muestra el planteamiento del proyecto, donde se abordan temas como los antecedentes de la problemática, el contexto integral de la comunidad escolar, así como los instrumentos diagnósticos de observación y de análisis de dicha problemática. Se justifica la intervención.

Con relación al capítulo 2 se hace un recorrido a las concepciones teóricas donde se fundamenta el proyecto. Se habla sobre la educación artística en general y en específico en el caso de México, así como los aspectos generales del plan de estudios regente de la educación pública en México en el tiempo de la implementación llamado aprendizajes clave (2017). Se habla sobre la inteligencia emocional, el autoconocimiento y la importancia de las artes para fomentar el desarrollo de habilidades relacionadas con el autoconocimiento. Se habla de algunos estudios de caso en el mundo y en específico en América Latina relacionados al tema.

Sobre el capítulo 3 se describe el proceso de diseño del taller, puntualizando elementos como los objetivos de la implementación, las metas, los recursos, los instrumentos de indicadores de logro, así como la entrega posterior de resultados.

Para el capítulo 4 se considera la presentación, interpretación y análisis de los resultados de la intervención. Se presentan descripciones de la aplicación de cada una de las actividades involucradas en el taller, así como el resultado de la evaluación después de la intervención y su análisis correspondiente. Se estipulan las fortalezas y áreas de oportunidad para una posterior aplicación en la institución.

Para finalizar, el capítulo 5 involucra las conclusiones sobre el proyecto, la entrega de resultados y la postura del autor sobre lo realizado durante la intervención.

Maestría en Educación

HUMANIDADES Y CIENCIAS DE LA CONDUCTA PSICOLOGÍA PSICOPEDAGOGÍA MÉTODOS EDUCATIVOS