De Novo assembly and annotation of the Pacific calico scallop (Argopecten ventricosus) transcriptome for immune-related gene discovery

RUTH ESCAMILLA MONTES GENARO DIARTE PLATA GABRIELA BERENICE MENDOZA MALDONADO Aarón Barraza Celis Carlos Eliud Angulo Valadez Seyed Hossein Hoseinifar Jesús Arturo Fierro Coronado ANTONIO LUNA GONZALEZ (2022, [Artículo])

"Invertebrates' immune defense mechanisms play a critical role in pathogen recognition and elimination. De novo assembly and annotation of the Argopecten ventricosus transcriptome were performed for the immune-related gene identification. Scallops (height: 4.4 cm) were challenged with inactivated Vibrio parahaemolyticus IPNGS16. The RNA from different tissues was pooled for a single cDNA library construction sequenced by NextSeq 500 platform 2×75 paired‐end chemistry. Before de novo assembling with Trinity, reads were analyzed with FastQC, Trimmomatic, and Prinseq. Assembled sequences were analyzed by CD-HIT-EST and TransDecoder. The corresponding annotation was performed against NCBI-nr, RefSeq protein, and KAAS (KEGG) databases. The Trinity assembly yielded 107,516 contigs. TransDecoder yielded 25,285 sequences as CDSs of which, 16,123 were annotated against the NCBI-nr protein, most of them scored with Crassostrea gigas data. Gene ontology mapped sequences (15,262) were classified in molecular functions (~13,000), cellular components (~11,000), and biological processes (~13,000). The KAAS analysis showed biological categories for metabolism (13%), cellular processes (12%), genetic information processing (10%), organismal systems (19%), environmental information (13%), and human diseases (33 %). Within the organismal systems, 467 immune-related genes (KO) were identified. Sixty-four immune-related genes were annotated/blasted against the NCBI-nr and RefSeq protein databases. An RT-qPCR was performed to analyze the expression level of immune-related genes obtained in the transcriptome analysis in scallops (height 4.5 cm) treated with probiotic bacilli added to culture water. Bacilli significantly increased the expression of the HSP70 and PGRP genes. The gene transcripts analysis of A. ventricosus will better understand its immune response against pathogens in culture systems."

Argopecten ventricosus, calico scallop, transcriptome, bivalve, immune genes BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA ANIMAL (ZOOLOGÍA) INMUNOLOGÍA INMUNOLOGÍA

Metodología para estimar pérdidas por infiltración en canales de tierra

Methodology to estimate losses by infiltration in soil channels

ADOLFO ANTENOR EXEBIO GARCIA ENRIQUE MEJIA SAENZ VICTOR MANUEL RUIZ CARMONA (2005, [Artículo])

La baja eficiencia en el uso del agua de riego, parámetro que expresa la magnitud de las pérdidas del agua en los sistemas de riego de México, es de apenas 46 por ciento. Aunado a que en el ámbito técnico no existe una metodología contrastada de campo y de modelación matemática para evaluar la eficiencia de conducción en su componente de pérdidas por infiltración, en este trabajo se desarrolló una metodología basada en la ecuación bidimensional de Richards, para modelar la transferencia del agua en el suelo, con la finalidad de estimar las pérdidas por infiltración en canales de tierra. Para la solución de dicha ecuación, se aplicó el método de elemento finito, multiplicando la ecuación por una función de peso e integrándola, usando el teorema de Green, sobre el dominio de la solución limitada por las condiciones de frontera, y discretizando dicho dominio en pequeños triángulos, que constituyen los elementos finitos. El proceso se simuló y se evaluó utilizando las características geométricas, hidráulicas, hidrodinámicas y operacionales del canal de tierra Antonio Coria, del Distrito de Riego 011 Alto Lerma, Guanajuato, México. Los resultados obtenidos de pérdidas por infiltración son congruentes con las mediciones de campo, por lo que la metodología puede utilizarse en la estimación de pérdidas por infiltración en canales de tierra, y la consideración de dicha variable en la elaboración de los programas de extracción y distribución de agua en los sistemas de riego.

Riego Uso eficiente del agua Modelos matemáticos Infiltración INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA

Condiciones para modelar el riego por gravedad con propiedades hidrodinámicas equivalentes del suelo

Conditions for modeling surface irrigation with effective soil hydraulic properties

FELIPE ZATARAIN MENDOZA CARLOS FUENTES RUIZ LUIS RENDON PIMENTEL (2016, [Artículo])

Para diseñar el riego por gravedad es común hacer mediciones durante un evento de riego y deducir valores promedio o efectivos de la infiltración. Pero, la variabilidad espacial de los suelos puede ser de tal magnitud que la representatividad de estos valores puede cuestionarse. La hipótesis de este estudio fue que utilizar los valores efectivos de las propiedades hidrodinámicas del suelo es válido en ciertas condiciones de riego por gravedad. El objetivo fue analizar esas propiedades, con base en información experimental de infiltración y avance del riego en melgas, a través de la generación de campos correlacionados de la conductividad hidráulica con un método fundamentado en el análisis espectral.

Riego de superficie Infiltración INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA

Proceso de limpieza de componentes industriales

Cleaning process of industrial components

Omar Annuar Guel Quiroz (2023, [Artículo])

Las condiciones experimentales para poder recuperar componentes críticos para un ensamble de un motor de combustión interna, así como también la validación de pruebas de calidad mediante pruebas milipore que detectan la cantidad y peso de partículas de un componente.Los componentes se recuperaron al pasar por un proceso de limpieza tipo aspersión usando un químico sometido a una presión para retirar los contaminantes del material a salvar si aplicar temperatura al químico.El químico usado en las pruebas tiene características de ser amigable con el medio ambiente para evitar la contaminación una vez que este se encuentre contaminado.

Experimental conditions to recover critical components for an internal combustion engine assembly, as well as the validation of quality tests through millipore tests that detect the quantity and weight of particles of a component.The components were recovered by going through a spray-type cleaning process using a chemical under pressure to remove contaminants from the material to be salvaged without applying temperature to the chemical.The chemical used in the tests has characteristics of being environmentally friendly to avoid contamination once it is contaminated.

Core Proceso Remanufactura Inmersión Aspersión Process Remanufacturing Immersion Spraying INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA CIENCIAS TECNOLÓGICAS OTRAS ESPECIALIDADES TECNOLÓGICAS OTRAS OTRAS

Vibrissa growth rate in California sea lions based on environmental and isotopic oscillations

MARTHA PATRICIA ROSAS HERNANDEZ (2018, [Artículo])

Pinniped vibrissae provide information on changes in diet at seasonal and annual scales; however, species-specific growth patterns must first be determined in order to interpret these data. In this study, a simple linear model was used to estimate the growth rate of vibrissae from adult female California sea lions (Zalophus californianus) from San Esteban Island in the Gulf of California, Mexico. The δ15N and δ13C values do not display a marked oscillatory pattern that would permit direct determination of the time period contained in each vibrissa; thus, time (age) was calculated in two ways: 1) based on the correlation between the observed number of peaks (Fourier series) in the δ15N profile and the length of each vibrissa, and 2) through direct comparison with the observed number of peaks in the δ15N profile. Cross-correlation confirmed that the two peaks in the δ15N profile reflected the two peaks in the chlorophyll-a concentration recorded annually around the island. The mean growth rate obtained from the correlation was 0.08 ± 0.01 mm d-1, while that calculated based on the observed number of peaks was 0.10 ± 0.05 mm d-1. Both are consistent with the rates reported for adult females of other otariid species (0.07 to 0.11 mm d-1). Vibrissa growth rates vary by individual, age, sex, and species; moreover, small differences in the growth rate can result in significant differences over the time periods represented by the isotopic signal. Thus, it is important to assess this parameter on a species-by-species basis. © 2018 Rosas-Hernández et al. This is an open access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License, which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original author and source are credited.

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Compuestos bioactivos presentes en geopropóleos de Melipona beecheii y su potencial uso en la medicina tradicional

ANGEL DANIEL HERRERA ESPAÑA OMAR ARISTEO PEÑA MORAN ROGER GASPAR CAUICH KUMUL (2023, [Artículo])

El interés actual por estudios con productos naturales, ha llevado a realizar investigaciones con geopropóleos. Este producto natural producido por especies de abejas sin aguijón (meliponinos), resulta de una mezcla de material resinoso vegetal, arcilla y secreciones salivales. Estudios farmacológicos realizados con extractos de geopropóleos de Melipona beecheii, han demostrado sus propiedades anticancerígenas, antimicrobianas y antioxidantes, las cuales se relacionan con la presencia de diversos compuestos bioactivos. Debido a sus propiedades terapéuticas, este producto natural puede ser considerado como una potencial alternativa dentro de la medicina tradicional maya.

ABEJA SIN AGUIJON ACTIVIDAD ANTIMICROBIANA FENOLES FLAVONOIDES PROPIEDADES TERAPEUTICAS BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA ANIMAL (ZOOLOGÍA) INVERTEBRADOS INVERTEBRADOS

AGG-maize year 3 major achievements and next steps

Yoseph Beyene (2023, [Objeto de congreso])

CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA MAIZE BREEDING PROGRAMMES INNOVATION HYBRIDS GERMPLASM

Desarrollo de un modelo numérico para evaluar el ambiente de invernaderos dedicados a la producción intensiva de tomate

CRUZ ERNESTO AGUILAR RODRIGUEZ (2020, [Tesis de doctorado])

Tesis (Doctor en Ciencias y Tecnología del Agua) -- Instituto Mexicano de Tecnología del Agua. Coordinación de Desarrollo Profesional e Institucional. Subcoordinación de Posgrado.

La evaluación del impacto de las variables climáticas en un invernadero ayuda a determinar ciclos de cultivos y también al uso estratégico de insumos. Técnicas experimentales, numéricas y analíticas se han desarrollado para el estudio del ambiente en un invernadero con el propósito de predecir calidad y cantidad de producción agrícola. Este trabajo de investigación analiza y aporta información sobre la función que tiene el clima diurno y nocturno, en conjunto con un análisis espacial en un invernadero. En particular, la temperatura como variable prioritaria del clima es utilizada para definir gradientes térmicos del invernadero, y a partir de allí estimar la duración del ciclo de producción de tomate en función de grados días calor. También, esta investigación evaluó el efecto que tienen los calefactores eléctricos sobre la homogeneización de temperatura en periodos críticos de baja temperatura para producción de tomate. Adicionalmente, se han estudiado las consecuencias de condiciones de operación de un invernadero en la concentración de vapor de agua e intensidad del infrarrojo cercano.

Tomate Invernaderos Modelaciones numéricas Gradientes térmicos CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA

Sistemas de producción sostenibles y redes de innovación

Jelle Van Loon (2022, [Objeto de congreso])

CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA PRODUCTION SYSTEMS INNOVATION PRODUCTION SYSTEMS AGRIFOOD SYSTEMS

Las nuevas redes de centros de desarrollo tecnológico aplicado. Una aproximación al caso británico

Germán Herrera Bartis Patricia Gutti (2023, [Artículo, Artículo])

Este trabajo lleva a cabo un análisis de la experiencia de Catapult, un programa guberna­mental del Reino Unido surgido una década atrás consistente en la creación y sosteni­miento de una red de nuevos centros de desarrollo tecnológico aplicado destinados a atender las demandas y requerimientos de los actores productivos privados de dicho país. A través del análisis de numerosos documentos oficiales, auditorías del programa y entre­vistas a actores clave el artículo analiza las características centrales de la política en cues­tión, incluyendo los elementos que definen la gobernanza del sistema, el esquema de fi­nanciamiento vigente, el alcance de las actividades tecnológicas de los centros y su vínculo con las empresas privadas.

Tecnología Innovación Desarrollo tecnológico Política industrial Reino Unido CIENCIAS SOCIALES CIENCIAS SOCIALES