Predicción de actividad antimicrobiana usando modelos de escala evolutiva a través de un flujo de trabajo en la plataforma KNIME

Prediction of antimicrobial activity using models of evolutionary scale through a workflow in the KNIME platform

Karla Lorena MartÍnez Mauricio (2023, [Tesis de maestría])

Dentro de las estrategias para combatir la resistencia antimicrobiana, se está llevando a cabo investigación para la creación de nuevos fármacos basados en péptidos antimicrobianos. En los últimos años, se han realizado esfuerzos para incorporar herramientas computacionales que ayuden a acelerar la identificación de péptidos con actividad antimicrobiana. Una de estas herramientas son los modelos QSAR basados en aprendizaje tradicional, que permiten predecir la actividad antimicrobiana en péptidos a partir de información basada en su secuencia. Un componente clave en este proceso es el tipo de características moleculares a utilizar. Recientemente, ha surgido una familia de modelos pre-entrenados llamados ESM-2, los cuales generan incrustaciones (características) que fueron aprendidas a partir de 65 millones de secuencias que abarcan diversidad evolutiva. En este trabajo de tesis, se analiza la contribución de las incrustaciones ESM-2 de diferentes dimensiones de forma individual y en conjunto en el desarrollo de modelos QSAR basados en aprendizaje tradicional para la clasificación de péptidos antimicrobianos, así como sus tipos funcionales, como antibacteriano, antifúngico y antiviral. A partir de este estudio se concluye que aumentar la capacidad de los modelos ESM-2 no implica una mejora en el rendimiento de los modelos para predecir péptidos antimicrobianos. Los modelos ESM-2 t30 y ESM-2 t33 son los más apropiados para extraer características y mejorar la exactitud en las predicciones de péptidos antimicrobianos. Además, fusionar características de diferentes incrustaciones ESM-2 es una estrategia efectiva para construir mejores modelos QSAR que el uso exclusivo de características derivadas de un modelo ESM-2 específico. Se construyeron modelos más simples con un rendimiento comparable o superior a los modelos basados en aprendizaje profundo reportados en la literatura. Para llevar a cabo este estudio se implementó un flujo de trabajo en KNIME que genera de forma automática hasta 1980 modelos de clasificación binaria basados en aprendizaje tradicional. Incorpora diversas técnicas de selección de características, algoritmos de clasificación, métricas de desempeño y una fase de limpieza de datos. Este flujo de trabajo se encuentra disponible en https://github.com/cicese-biocom/classification-QSAR-bioKom.

Molecular features play an important role in different bio-chem-informatics tasks, such as the Quantitative Structure-Activity Relationships (QSAR) modeling. Several pre-trained models have been recently created to be used in downstream tasks either by fine-tuning a specific model or by extracting features to feed traditional classifiers. In this sense, a new family of Evolutionary Scale Modeling models (termed as ESM-2 models) has been recently introduced, demonstrating outstanding results in structure protein prediction benchmarks. Herein, we are devoted to assessing the usefulness of different-dimensional embeddings derived from ESM-2 models in the prediction of antimicrobial peptides, given the great deal of attention received because of their potential to become a plausible option to mainly fight multi-drug resistant bacteria. To this end, we created a KNIME workflow to guarantee using the same modeling methodology, and consequently, carrying out fair comparisons. As a result, it can be drawn that the 640- and 1,280- dimensional embeddings are the most appropriate to be used in modeling because statistically better results were achieved from them. We also combined features from different embeddings, and we can draw that the fusion of features of different embeddings contributes to getting better models than only using a specific model ESM-2. Comparisons regarding state-of-the-art deep learning models confirm that when performing methodologically principled studies in the prediction of AMPs, non-DL based models yield comparable-to-superior results to DL-based models. The implemented KNIME workflow is availablefreely at https://github.com/cicese-biocom/classification-QSAR-bioKom. We consider that this workflow can be valuable to prevent unfair comparisons regarding new computational methods, as well as to propose new non-DL based models.

péptidos antimicrobianos, QSAR, aprendizaje automático ESM-2, KNIME antimicrobial peptides, QSAR, machine learning, ESM-2, KNIME INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA CIENCIAS TECNOLÓGICAS TECNOLOGÍA DE LOS ORDENADORES DISEÑO CON AYUDA DE ORDENADOR DISEÑO CON AYUDA DE ORDENADOR

El envejecimiento en las enfermedades neurológicas y psiquiátricas

MARISOL LOPEZ LOPEZ NANCY MONROY JARAMILLO ALBERTO ORTEGA VAZQUEZ ERNESTO SOTO REYES SOLIS (2023, [Libro])

Es un placer presentar el libro "El envejecimiento en las enfermedades neurológicas y psiquiátricas" escrito por un grupo de autores destacados y expertos en diversas áreas del conocimiento. Cada capítulo ha sido cuidadosamente elaborado para ofrecer una visión actualizada y rigurosa de los temas abordados, en los cuales se ha integrado una amplia gama de enfoques interdisciplinarios y de técnicas de investigación. Este libro se enfoca en el tema del envejecimiento desde varios vértices relacionados con las enfermedades neurológicas y psiquiátricas. A través de sus trece capítulos, los autores discutes detalladamente la relación del envejecimiento con la enfermedad del Alzheimer, la enfermedad de Parkinson, la enfermedad de Huntington, la esquizofrenia, el trastorno bipolar, la epilepsia y otras enfermedades neurológicas que impactan en la salud

MEDICINA Y CIENCIAS DE LA SALUD Vejez y salud mental - México Envejecimiento - Aspectos sociales - México Enfermedades mentales - México Enfermedades de los ancianos -aspectos sociales - México

Detección de eventos violentos en publicaciones de redes sociales

Detection of violent events in social media publications

Esteban Ponce León (2023, [Tesis de maestría])

En los últimos años, ha habido un interés creciente en el monitoreo de redes sociales para recopilar información y, en algunos casos, para examinar la ocurrencia de delitos. Sin embargo, gran parte de las investigaciones hasta ahora solo se han centrado en ciudades de EE. UU. o extranjeras, y por ende, en publicaciones y conjuntos de datos en inglés El objetivo principal de esta tesis es diseñar un método que permita la identificación de publicaciones de eventos violentos en español y en Twitter, utilizando información multimodal y técnicas de aumento de datos que mejoren el rendimiento de los modelos. Para esto, el trabajo de investigación se dividió en dos fases experimentales. La primera orientada a identificar publicaciones a partir de solo texto, explorando diferentes técnicas de aumento de datos para texto y modelos de aprendizaje máquina y profundo. En la segunda fase, se extendió el método propuesto para abordar la identificación en un contexto multimodal, es decir, considerando tanto los textos de los tweets como las imágenes compartidas que los acompañan. En este caso el método propuesto consideró utilizar descripciones textuales de las imágenes y abordar la problemática desde el dominio textual, además se hicieron 2 tipos de aumento de datos para cada tipo de información. La evaluación de los métodos se hizo utilizando las colecciones de la tarea de evaluación DA-VINCIS 2022 y 2023. Los resultados demostraron una mejora en el rendimiento de los modelos al considerar el uso de información multimodal y el uso de aumento de datos.

In recent years, there has been a growing interest in monitoring social networks to gather information and, in some cases, to examine the occurrence of crime. However, much of the research so far has only focused on US or foreign cities, and thus on English-language publications and data sets. The main objective of this thesis is to design a method that allows the identification of publications of violent events in Spanish and on Twitter, using multimodal information and data augmentation techniques that improve the performance of the models. For this, the research work was divided into two experimental phases. The first aimed at identifying publications from only text, exploring different data augmentation techniques for text and machine and deep learning models. In the second phase, the proposed method was extended to address identification in a multimodal context, that is, considering both the texts of the tweets and the shared images that accompany them. In this case, the proposed method considered using textual descriptions of the images and addressing the problem from the textual domain, in addition, 2 types of data augmentation were made for each type of information. The evaluation of the methods was done using the collections of the DA-VINCIS 2022 and 2023 evaluation task. The results demonstrated an improvement in the performance of the models when considering the use of multimodal information and the use of data augmentation.

Detección de Violencia, Redes Sociales, Aumento de Datos, Procesamiento del Lenguaje Natural, BERT, BETO, Descripción de Imágenes Violence Detection, Social Networks, Data Augmentation, Natural Language Processing, BERT, BETO, Image Captioning INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA CIENCIAS TECNOLÓGICAS TECNOLOGÍA DE LOS ORDENADORES MODELOS CAUSALES MODELOS CAUSALES

El lobo marino de California (Zalophus californianues) y su relación con la pesca en la región de las Grandes Islas, Golfo de California, México

Alfredo Zavala González (1999, [Tesis de doctorado])

El lobo marino de California (Z. californianus) se ha usado desde épocas prehispanicas en aguas mexicanas. En el México Prehispanico los nativos lo utilizaban en bajo nivel. Durante el México Colonial e Independiente, el mayor uso de lobos marinos fue por

The California sea lion (Zalophus californianus) has been utilized in Mexican waters for many years. During the Prehispanic Period, native people used sea lions to a very small extent. The Colonial and Independent Periods showed a higher use of sea lions

Tiburón, Golfo de California, Lobo marino de California, Ciencias del mar CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA CIENCIAS AGRARIAS PECES Y FAUNA SILVESTRE PECES Y FAUNA SILVESTRE

Detección de comportamiento no verbal en interacción humano-robot

Detection of non-verbal behavior in human-robot interaction

Ernesto Adrián Lozano De la Parra (2023, [Tesis de maestría])

La comunicación no verbal desempeña un papel vital en la interacción humana. En el contexto de la interacción humano-robot (IHR), los robots sociales están diseñados principalmente para la comunicación verbal con los humanos, dejando a la comunicación no verbal como un área de investigación abierta. En este trabajo, se presenta una arquitectura flexible y abierta llamada Software Arquitechture for Nonverbal Interaction in Human-Robot Interaction (SANI-HRI) diseñada para facilitar las interacciones no verbales en IHR. Entre sus componentes se encuentra un Cuaderno Computacional P2P basado en navegador web, aprovechado para codificar, ejecutar y compartir programas reactivos. Pueden incluirse modelos de aprendizaje automático para el reconocimiento en tiempo real de gestos, poses y estados de ´animo, empleando protocolos como MQTT. Otro componente clave es un Broker para distribuir datos entre distintos dispositivos físicos, como robots, dispositivos vestibles y sensores ambientales, así como modelos de aprendizaje automático que comprendan diferentes tipos de datos. Se demuestra la utilidad de esta arquitectura mediante tres escenarios de interacción: (i) el primero que emplea la proxémica y la dirección de la mirada para iniciar un encuentro improvisado, (ii) un segundo que utiliza técnicas de visión por computadora para detectar y analizar expresiones faciales y corporales, así como el uso sensores biométricos para obtener datos de ritmo cardiaco durante una rutina de ejercicio, y (iii) un tercero que incorpora el reconocimiento de objetos y Modelos de Lenguaje Grandes para sugerir comidas a cocinar en función de los ingredientes disponibles. Estos escenarios ilustran cómo los componentes de la arquitectura pueden integrarse para abordar nuevos escenarios, en los que los robots necesitan inferir señales no verbales de los usuarios.

Nonverbal communication plays a vital role in human interaction. In the context of Human-Robot Interaction (HRI), social robots are designed primarily for verbal-based communication with humans, making nonverbal communication an open research area. We present a flexible, open framework called Software Architecture for Nonverbal Interaction in Human-Robot Interaction (SANI-HRI) designed to facilitate nonverbal interactions in HRI. Among its components it has a P2P Browser-Based Computational Notebook, leveraged to code, run, and share reactive programs. Machine-learning models can be included for real-time recognition of gestures, poses, and moods, employing protocols such as MQTT. Another key component is a broker for distributing data among different physical devices like the robot, wearables, and environmental sensors and also machine learning models. We demonstrate this framework’s utility through three interaction scenarios: (i) the first one employing proxemics and gaze direction to initiate an impromptu encounter, (ii) a second that uses computer vision techniques to detect and analyze facial and body expressions, as well as the use of biometric sensors to obtain heart rate data during a workout routine, and (iii) a third one incorporating object recognition and a Large-Language Model to suggest meals to be cooked based on available ingredients. These scenarios illustrate how the framework’s components can be seamlessly integrated to address new scenarios, where robots need to infer nonverbal cues from users.

Interacción humano-robot, Comunicación no verbal, Broker MQTT, Notebook computacional, Modelos linguísticos grandes, SANI-HRI Human-robot interaction, Nonverbal communication, Broker MQTT, Computational notebook, Large language models, SANI-HRI INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA CIENCIAS TECNOLÓGICAS TECNOLOGÍA DE LOS ORDENADORES SISTEMAS DE RECONOCIMIENTO DE CARACTERES SISTEMAS DE RECONOCIMIENTO DE CARACTERES

Casinos: un análisis del encuentro de juego

LUIS ALBERTO HERNANDEZ CERON (2023, [Artículo])

"El análisis del casino como establecimiento social en México suele ser escaso y se enfoca, de manera regular, en el problema de la ludopatía; pero si ésta tiene que ver en gran medida con los casinos, ¿por qué no estudiarlos primero? Este documento es fruto de una investigación de campo en dos casinos de la ciudad de Pachuca, Hidalgo, y parte de la pregunta: ¿cómo es el ordenamiento social básico del casino? El objetivo es reducir el tipo de organización llamada interaccional a patrones que pudiesen clasificar y describir los encuentros de juego. La observación participante no sistemática naturalista fue la metodología utilizada para entrar en los casinos como jugador y observar lo que ahí sucede. Los resultados apuntaron al rol y el marco totémico como dos patrones clave de organización social".

Casinos. Encuentro de juegos. Situación de acción de azar. Rol. Maquinación. CIENCIAS SOCIALES SOCIOLOGÍA SOCIOLOGÍA DE LOS ASENTAMIENTOS HUMANOS SOCIOLOGÍA URBANA SOCIOLOGÍA URBANA

Movilidad inclusiva, divergencia intrínseca

VICTOR MANUEL COLLANTES VAZQUEZ (2019, [Capítulo de libro])

10 páginas.

Universidad Autónoma Metropolitana. Unidad Azcapotzalco.

En estos tiempos, hablar de diseño, innovación y su influencia en la vida cotidiana es un tema cada día más necesarios. Distintas tendencias se están manifestando en relación a la participación de las tecnologías de la información, accesibilidad movilidad. El tema de este trabajo está relacionado con el desarrollo inclusivo, entendiendo a la discapacidad para caminar como un reto para lo que representa el avanzar hacia una sociedad que considere la totalidad de los habitantes. El caso de estudio es la Alcaldía de Azcapotzalco. Se presenta la experiencia de abordar el tema desde diferentes metodologías que han sido consideradas para enriquecer la investigación y se expresa el aprendizaje a través del reto de estudiar una diversidad de subtemas.

Discapacidad, movilidad, diseño, envejecimiento. Accessible Web sites for people with disabilities. Customer services--Management. Social justice. Accesibilidad de páginas Web a personas con discapacidad. Acceso para personas con discapacidad. HV1568.4 INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA CIENCIAS TECNOLÓGICAS TECNOLOGÍA DE LOS ORDENADORES DISEÑO CON AYUDA DE ORDENADOR

Tasas de pastoreo diarias del zooplacton en una localidad costera de Baja California, México

Ma. Eugenia del Carmen Matus Hernández (1991, [Tesis de maestría])

En una localidad costera de la Bahia de Todos Santos se efectuaron muestreosdiarios durante 15 dias enjulio de 1990. El objetivo fue evaluar las tasas de pastoreo de los herbivoros dominantes (micro y macrozooplancton) sobre la biomasafitoplanct6nica. Las

Productividad primaria,Poblaciones de fitoplancton,Baja California,Ciencias del mar CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA CIENCIAS AGRARIAS PECES Y FAUNA SILVESTRE PECES Y FAUNA SILVESTRE

El lobo marino de California (Zalophus californianues) y su relación con la pesca en la región de las Grandes Islas, Golfo de California, México

Alfredo Zavala González (1999, [Tesis de doctorado])

El lobo marino de California (Z. californianus) se ha usado desde épocas prehispanicas en aguas mexicanas. En el México Prehispanico los nativos lo utilizaban en bajo nivel. Durante el México Colonial e Independiente, el mayor uso de lobos marinos fue por los extranjeros y era secundario a la obtencién de otros mamiferos marinos. En el México Postrevolucionario, los lobos marinos eran el blanco de diferentes usos industriales. El uso de lobo marino se termind oficialmente en 1982, pero todavia se le caza a una baja escala, de manera irregular. Entre 1992 y 1997 la poblacién del lobo marino en la Region de las GrandesIslas del Golfo de California se mantuvo estable, alrededor de los 9,200 animales. No se evidencia un cambio importante en el tamafio de la poblacion durante los ultimos 55 afos; sin embargo, se observa un fuerte decremento en la poblacién entre 1990-93. Esto fue coincidente con una disminucién en los pelagicos menores y puede reflejar una relacion entre escalas decadales y cambios climaticos mayoresy la estabilidad de la poblacion del lobo marino en el Golfo de California. La pesca tiene lugar todo el afio en todas las aguas adyacentes al archipiélago Angel de la Guarda, pero hay sitios con mayor actividad. En Bahia de Los Angeles se presenta una afluencia de pescadores foraneos que triplica la poblacién pesquera local durante la temporada de pesca de tibur6n. El numero de equipos de pesca y la duracién de los campamentos responde a la abundancia y demanda de los recursos. Se observa una alta eficiencia en la pesca riberefa para las capturas multiespecificas, con gran variedad de especies neriticas, pelagicas y demersales, y con poco desperdicio de fauna de acompafhamiento. El area de pesca se puede incrementar ante condiciones anomalas, como durante eventos del ENSO, pero también se observa un incremento en el uso de nuevas zonas de pesca en los ultimos afios. Los pescadoreslocales accidentalmente capturan lobos marinos en sus redes. Matan a estos lobos enmallados para poder desatorarlos y recuperar sus pafios, por el peligro que existe al tratar de liberarlos vivos. La tasa de enmallamiento registrada en el presente trabajo (0.49%) no presenta una amenazapara la conservacion de la especie en el la region centro-norte del Golfo de California. La pesca de tibur6n a gran escala desarrollada por pescadores foraneos, a diferencia de la pesca local (de menores dimensiones en términos de volumen, esfuerzo e inversion), causa mayores problemasa los recursos marinos(incluyendo tortugas marinas, delfines, pélagicos mayores y lobos marinos, entre otras). Esta hace uso ademas de una matanza deliberada de lobos inmaduros como carnada. Para este tipo de pescadores, mientras siga “disponible” el acceso a los lobos marinos, seran inevitables sus capturas para carnada. Se concluye que: 1) la poblacién de la especie en la Region de las Grandes Islas no se ncuentra reducida ni amenazada; 2) la interaccién del lobo con la pesca riberefia de escama, actualmente se encuentra aniveles no preocupantes, pero habra que observarel incremento en el esfuerzo pesquero; 3) la interaccién con la pesca especializadade tiburon, a gran escala, puede al corto plazo representar problemas para algunas colonias de lobos marinos; 4) se plantea que la especie puede ser considerada comorecurso y se proyecte su utilizacién controlada y normada para beneficio de la poblaciénlocal.

The California sea lion (Zalophus californianus) has been utilized in Mexican waters for many years. During the Prehispanic Period, native people used sea lions to a very small extent. The Colonial and Independent Periods showed a higher use of sea lions by foreigners and it was secondary to the extraction of other marine mammals. During the Postrevolutionary era, sea lions becamethetarget for industrial use. Sea lion use officially ended in 1982, but its irregular huntisstill seen today at a low level. From 1992 to 1997 the sea lion population in the Gulf of California Great Islands Region was stable, at around 9,200 animals. There is no evidence of an important changein the size of the population over the last 55 year; however, a strong decline in:the population between 1990 and 1993 is apparent. This coincides with a reduction in minor pelagics and could reflect a relationship between decadal scales and majorclimatic changes and the stability of the sea lion population in the Gulf of California. Fishing occurs all year round in the waters Surrounding the Angel de la Guarda archipielago, but there are several sites where there is more activity. The community of Bahia de los Angeles shows the presence of non-local fishermen, tripling the local fishermen population. The number of fishing teams and the duration of the camps depends on resource abundance and demand. High efficiency is shownin artisanalfishery for multispecies catches, with a great variety of neritic, pelagic and demersal species and very low waste of accompanying fauna. The area fished can increase with unusual conditions, such as during ENSO events, but recent years have also exhibited a rise in the use of new fishing zones. Local fishermen accidentally capture sea lions in their nets. They kill the entangled animalsin order to release them from their fishing gear, so they can repair their nets and because of the dangeroftrying to free them alive. The entanglement ratio (0.49%) does not represent a threat to the species conservation in the north central region of the Gulf of California. The shark fishing developed to a great extent by outside fishermen, as opposedto local fishing (of smaller dimensions in terms of volume and investment), causes major problems to natural resources such as marine turtles, dolphins, pelagic species and sealions.Immature sealions are also killed deliberately for use as bait. For these fishermen, as long as accessto sealions is available, their capture for bait is inevitable. It is concluded that: 1) the population of the species in the Great Islands Regionis not found to be reduced or threatened; 2) sea lion interaction with artisanal fishing is not currently found to be at a level to cause concern, but the increasein the fishing effort needs to be observed; 3) the interaction with specialised shark fishing could represent problems for some sea lion colonies in the short term; 4) it is stated that the species could be considered as a resource and its controlled and regulated use is suggested for the benefit of the local community.

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Política de lo materno de dirigentes barriales en el espacio público

David Luján Veron ANÍBAL PÉREZ CONTRERAS (2023, [Artículo])

"En este artículo se analiza un conjunto de relatos de dirigentes vecinales, recabados a partir de dos investigaciones doctorales concluidas, con el objetivo de desvelar los distintos modos en que las mujeres invocan roles tradicionalmente asociados a lo femenino —protección, cuidado, maternidad— para legitimarse en el espacio público y participar en la política local. Se argumentará que las mujeres observadas participan en la configuración de una “política de lo materno” que, pese a reforzar estereotipos tradicionales sobre el rol de las mujeres, constituye un reservorio de experiencias, aprendizajes y prácticas que pueden ser leídas en clave de politización y construcción de ciudadanía".

Espacio público. Ciudadanía. Maternidad en política. Clientelismo. Organizaciones barriales. CIENCIAS SOCIALES SOCIOLOGÍA SOCIOLOGÍA DE LOS ASENTAMIENTOS HUMANOS ESTUDIOS DE COMUNIDAD ESTUDIOS DE COMUNIDAD