Predicción de actividad antimicrobiana usando modelos de escala evolutiva a través de un flujo de trabajo en la plataforma KNIME

Prediction of antimicrobial activity using models of evolutionary scale through a workflow in the KNIME platform

Karla Lorena MartÍnez Mauricio (2023, [Tesis de maestría])

Dentro de las estrategias para combatir la resistencia antimicrobiana, se está llevando a cabo investigación para la creación de nuevos fármacos basados en péptidos antimicrobianos. En los últimos años, se han realizado esfuerzos para incorporar herramientas computacionales que ayuden a acelerar la identificación de péptidos con actividad antimicrobiana. Una de estas herramientas son los modelos QSAR basados en aprendizaje tradicional, que permiten predecir la actividad antimicrobiana en péptidos a partir de información basada en su secuencia. Un componente clave en este proceso es el tipo de características moleculares a utilizar. Recientemente, ha surgido una familia de modelos pre-entrenados llamados ESM-2, los cuales generan incrustaciones (características) que fueron aprendidas a partir de 65 millones de secuencias que abarcan diversidad evolutiva. En este trabajo de tesis, se analiza la contribución de las incrustaciones ESM-2 de diferentes dimensiones de forma individual y en conjunto en el desarrollo de modelos QSAR basados en aprendizaje tradicional para la clasificación de péptidos antimicrobianos, así como sus tipos funcionales, como antibacteriano, antifúngico y antiviral. A partir de este estudio se concluye que aumentar la capacidad de los modelos ESM-2 no implica una mejora en el rendimiento de los modelos para predecir péptidos antimicrobianos. Los modelos ESM-2 t30 y ESM-2 t33 son los más apropiados para extraer características y mejorar la exactitud en las predicciones de péptidos antimicrobianos. Además, fusionar características de diferentes incrustaciones ESM-2 es una estrategia efectiva para construir mejores modelos QSAR que el uso exclusivo de características derivadas de un modelo ESM-2 específico. Se construyeron modelos más simples con un rendimiento comparable o superior a los modelos basados en aprendizaje profundo reportados en la literatura. Para llevar a cabo este estudio se implementó un flujo de trabajo en KNIME que genera de forma automática hasta 1980 modelos de clasificación binaria basados en aprendizaje tradicional. Incorpora diversas técnicas de selección de características, algoritmos de clasificación, métricas de desempeño y una fase de limpieza de datos. Este flujo de trabajo se encuentra disponible en https://github.com/cicese-biocom/classification-QSAR-bioKom.

Molecular features play an important role in different bio-chem-informatics tasks, such as the Quantitative Structure-Activity Relationships (QSAR) modeling. Several pre-trained models have been recently created to be used in downstream tasks either by fine-tuning a specific model or by extracting features to feed traditional classifiers. In this sense, a new family of Evolutionary Scale Modeling models (termed as ESM-2 models) has been recently introduced, demonstrating outstanding results in structure protein prediction benchmarks. Herein, we are devoted to assessing the usefulness of different-dimensional embeddings derived from ESM-2 models in the prediction of antimicrobial peptides, given the great deal of attention received because of their potential to become a plausible option to mainly fight multi-drug resistant bacteria. To this end, we created a KNIME workflow to guarantee using the same modeling methodology, and consequently, carrying out fair comparisons. As a result, it can be drawn that the 640- and 1,280- dimensional embeddings are the most appropriate to be used in modeling because statistically better results were achieved from them. We also combined features from different embeddings, and we can draw that the fusion of features of different embeddings contributes to getting better models than only using a specific model ESM-2. Comparisons regarding state-of-the-art deep learning models confirm that when performing methodologically principled studies in the prediction of AMPs, non-DL based models yield comparable-to-superior results to DL-based models. The implemented KNIME workflow is availablefreely at https://github.com/cicese-biocom/classification-QSAR-bioKom. We consider that this workflow can be valuable to prevent unfair comparisons regarding new computational methods, as well as to propose new non-DL based models.

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Casinos: un análisis del encuentro de juego

LUIS ALBERTO HERNANDEZ CERON (2023, [Artículo])

"El análisis del casino como establecimiento social en México suele ser escaso y se enfoca, de manera regular, en el problema de la ludopatía; pero si ésta tiene que ver en gran medida con los casinos, ¿por qué no estudiarlos primero? Este documento es fruto de una investigación de campo en dos casinos de la ciudad de Pachuca, Hidalgo, y parte de la pregunta: ¿cómo es el ordenamiento social básico del casino? El objetivo es reducir el tipo de organización llamada interaccional a patrones que pudiesen clasificar y describir los encuentros de juego. La observación participante no sistemática naturalista fue la metodología utilizada para entrar en los casinos como jugador y observar lo que ahí sucede. Los resultados apuntaron al rol y el marco totémico como dos patrones clave de organización social".

Casinos. Encuentro de juegos. Situación de acción de azar. Rol. Maquinación. CIENCIAS SOCIALES SOCIOLOGÍA SOCIOLOGÍA DE LOS ASENTAMIENTOS HUMANOS SOCIOLOGÍA URBANA SOCIOLOGÍA URBANA

Conocimiento que evidencia el profesor de matemáticas durante el tratamiento de la función lineal desde el tpack.

LIZBETH RIZO CRUZ (2022, [Tesis de maestría])

Durante los últimos años, se ha podido observar un creciente interés por indagar respecto al conocimiento del profesor de matemáticas, esto, debido a que los profesores, representan uno de los ejes principales en el proceso de enseñanza-aprendizaje de esta disciplina (Llinares, 2009; Moreno, 2005; Ponciano y Sosa, 2016), la calidad de la enseñanza brindada en los distintos niveles educativos depende de ellos, de su conocimiento y su preparación para enseñar, lo cual influye directamente en el aprendizaje y desarrollo de competencias matemáticas de sus estudiantes (Pino Fan et al., 2011; Vásquez y Alsina, 2017). De esta manera, si se pretenden realizar cambios significativos en la educación matemática, resulta necesario prestar atención al conocimiento que poseen los profesores (Moreno, 2005; Ponciano y Sosa, 2016), ya que indagar sobre ello, permite: detectar las carencias y potencialidades que estos tienen con respecto a los diferentes contenidos matemáticos (Ponciano y sosa, 2016), comprender los procesos de enseñanza-aprendizaje de las matemáticas en el salón de clases (Llinares, 2009); y, con base en ello, diseñar actividades, talleres o cursos de actualización o de formación que permitan que el docente mejore su práctica (Castro et al., 2007; Moreno, 2005; Ponciano y Sosa, 2016; Vásquez y Alsina, 2017).

HUMANIDADES Y CIENCIAS DE LA CONDUCTA PEDAGOGÍA TEORÍA Y MÉTODOS EDUCATIVOS TEORÍAS EDUCATIVAS

El péndulo de la gobernabilidad y la gobernanza del agua en México

DENISE SOARES DANIEL MURILLO LICEA DENISE SOARES (2013, [Artículo])

En el presente artículo se aborda el concepto de la gobernanza del agua, definiendo el término al que se hace referencia y abordando algunas dimensiones de la gobernanza. Se hace una breve revisión de aspectos jurídicos relacionados con el tema y se argumentan las cuestiones relacionadas con las tendencias de tránsito entre un enfoque de gobernabilidad (centrado en la actuación gubernamental) y un enfoque de gobernanza (que toma en cuenta a la sociedad en su conjunto), a través de datos estadísticos entresacados de estándares

internacionales, que permiten una comparación entre países acerca del avance o estado de la gobernanza.

Gobernanza del agua Gestión de los recursos hídricos Ley de Aguas Nacionales CIENCIAS SOCIALES

El paraíso chacahuense: un viaje al mundo de vida de jóvenes en el espacio turístico

ALICIA MUÑOZ RAY RODOLFO MONDRAGON RIOS ERIN INGRID JANE ESTRADA LUGO ANTONIO SALDIVAR MORENO (2023, [Artículo])

"Desde una perspectiva fenoménica, se hace un acercamiento al mundo de vida de jóvenes en el espacio turístico de Chacahua, Oaxaca, México. Se reflexiona sobre la vida juvenil, la construcción de las personas jóvenes como sujetos sociales y los significados y configuraciones que implica el que habiten en estos espacios de forma cotidiana. La narrativa comienza con una mirada al contexto social comunitario en el que se sitúa y se describe a Hannia y Agustín, quienes dan rostro al proceso social juvenil para adentrarnos, con ellos, en las reflexiones sobre la interacción con la alteridad, la manera en que perciben y viven su territorio, las transformaciones a partir del crecimiento turístico de esta comunidad y cómo esto reconfigura su mundo de vida".

Fenomenología. Subjetividad. Turismo. Territorio. Interacciones sociales. CIENCIAS SOCIALES SOCIOLOGÍA SOCIOLOGÍA DE LOS ASENTAMIENTOS HUMANOS ESTUDIOS DE COMUNIDAD ESTUDIOS DE COMUNIDAD

Política de lo materno de dirigentes barriales en el espacio público

David Luján Veron ANÍBAL PÉREZ CONTRERAS (2023, [Artículo])

"En este artículo se analiza un conjunto de relatos de dirigentes vecinales, recabados a partir de dos investigaciones doctorales concluidas, con el objetivo de desvelar los distintos modos en que las mujeres invocan roles tradicionalmente asociados a lo femenino —protección, cuidado, maternidad— para legitimarse en el espacio público y participar en la política local. Se argumentará que las mujeres observadas participan en la configuración de una “política de lo materno” que, pese a reforzar estereotipos tradicionales sobre el rol de las mujeres, constituye un reservorio de experiencias, aprendizajes y prácticas que pueden ser leídas en clave de politización y construcción de ciudadanía".

Espacio público. Ciudadanía. Maternidad en política. Clientelismo. Organizaciones barriales. CIENCIAS SOCIALES SOCIOLOGÍA SOCIOLOGÍA DE LOS ASENTAMIENTOS HUMANOS ESTUDIOS DE COMUNIDAD ESTUDIOS DE COMUNIDAD

“Mi Alma Es Judía” : reconfiguración de las identidades religiosas en la Región Cotija

Víctor Manuel Zepeda-Torres (2024, [Tesis de maestría])

Ante el debilitamiento de las instituciones religiosas como intermediarias en las creencias populares, este trabajo aborda el proceso de la reconfiguración de la identidad religiosa. Tomando como base el método de la religión vivida, se da cuenta de cinco casos de católicos que se convierten al judaísmo en la Región Cotija, una zona semi rural de Michoacán mayoritariamente católica. Resalta las particularidades de las motivaciones, justificaciones, recursos, narrativas, formas de comprender y practicar el judaísmo. Enfatiza el papel de la virtualidad en la construcción de una comunidad que va más allá de las tradicionales sinagogas.

Judaísmo Filosofía y Religión CIENCIAS SOCIALES SOCIOLOGÍA SOCIOLOGÍA DE LOS ASENTAMIENTOS HUMANOS ESTUDIOS DE COMUNIDAD ESTUDIOS DE COMUNIDAD

TRABAJO, [RE] CREACIÓN Y CUERPO. LAS COCINAS DE SAN BLAS ATEMPA, OAXACA COMO LABORATORIOS ACTIVOS DEL SER MUJER.

Julissa Estefanía Díaz Villalobos (2023, [Tesis de maestría])

"La presente investigación propone realizar un análisis de los espacios-cocinas y las labores “femeninas” de cocinar, comprendiéndola como un lugar social y afectivamente estratégico para las mujeres que preparan alimentos de manera cotidiana para la subsistencia de sus familias en el pueblo de San Blas Atempa. Se coloca dentro de los estudios de género y la antropología feminista que indaga en las dinámicas, procesos y fenómenos socio-culturales, políticos y simbólicos de la relación de las mujeres con las cocinas, la comida y la alimentación. Parte del contexto sociocultural de SBA para reflexionar sobre problemáticas que resultan centrales en el campo de los estudios de género y de la alimentación: el papel de la cocina en la división sexual del trabajo, la reproducción social y estrategias de economía y apoyo mutuo que se despliegan desde estos espacios, y hacen frente a las lógicas patriarcales y capitalistas. Profundiza en la cocina como un campo dinámico de saberes y conocimientos, indaga en los procesos de interaprendizaje, la transmisión, reproducción y recreación de los saberes que circulan en estos espacios, retomando como eje central de análisis el cuerpo de las mujeres que se implican en estas labores de cocinar y desde ahí problematiza las heridas y el desgaste corporal. Desarrolla el concepto de laboratorio activo del ser mujer postulando que la cocina es un espacio donde a partir de la narración de experiencias de vida se transmiten valores e ideologías que se relacionan con ser mujer en el contexto sociocultural del pueblo de SBA. Desde ahí postula que no sólo es un espacio de reproducción, sino uno en el que las mujeres se escuchan, reflexionan y piensan los valores relacionados con la feminidad. Esta tesis propone ver más allá de esto, continuando y ampliando las reflexiones en el histórico binomio mujeres-cocinas".

Cocinas oaxaqueñas - Aspectos sociales - Oaxaca - San Blas Atempa. Cocina mexicana - Aspectos sociales - Oaxaca - San Blas Atempa. Mujeres como cocineras - México - San Blas Atempa, Oaxaca. Mujeres - Aspectos sociales - San Blas Atempa. Tesis - Maestría en Antropología Social, Sureste. CIENCIAS SOCIALES SOCIOLOGÍA GRUPOS SOCIALES POSICIÓN SOCIAL DE LA MUJER POSICIÓN SOCIAL DE LA MUJER

Entretejer feminismos transfronterizos

RACHEL HENRIETTE SIEDER (2023, [Artículo])

"Por primera vez en español tenemos acceso a esta colección de textos clásicos y contemporáneos de Chandra Talpade Mohanty, publicado en inglés en 2003 como Feminism without Borders. Decolonizing Theory, Practicing Solidarity. Desde hace décadas, Mohanty ha hecho aportes fundamentales a las luchas feministas internacionales y transfronterizas al poner énfasis en que el feminismo no es su variante hegemónica blanca occidental, sino un arcoíris de múltiples enfoques construidos desde distintos lugares de enunciación y procesos colectivos de lucha".

CIENCIAS SOCIALES SOCIOLOGÍA GRUPOS SOCIALES POSICIÓN SOCIAL DE LA MUJER POSICIÓN SOCIAL DE LA MUJER

Reconocimiento continuo de la Lengua de Señas Mexicana

Continuous recognition of Mexican Sign Language

Ricardo Fernando Morfín Chávez (2023, [Tesis de maestría])

La Lengua de Señas Mexicana (LSM) es la lengua utilizada por la comunidad Sorda en México, y, a menudo, subestimada y pasada por alto por la comunidad oyente, lo que resulta en la exclusión sistemática de las personas Sordas en diversos aspectos de la vida. Sin embargo, la tecnología puede desempeñar un papel fundamental en acercar a la comunidad Sorda con la comunidad oyente, promoviendo una mayor inclusión y comprensión entre ambas. El objetivo principal de este trabajo es diseñar, implementar y evaluar un sistema de reconocimiento continuo de señas estáticas en LSM mediante, visión por computadora y técnicas de aprendizaje máquina. Se establecieron objetivos específicos, que incluyen la generación de un conjunto de datos de señas estáticas, pertenecientes al alfabeto manual de la LSM, el diseño de un modelo de reconocimiento, y la evaluación del sistema, tanto en la modalidad aislada como en la continua. La metodología involucra dos evaluaciones distintas. La primera se enfoca en el reconocimiento de señas estáticas en el dominio aislado, para ello se capturaron datos de 20 participantes realizando movimientos de la mano en múltiples ángulos. Se evaluaron diversas técnicas de aprendizaje automático, destacando que el enfoque basado en Máquinas de Soporte Vectorial (SVM) obtuvo los mejores resultados (F1-Score promedio del 0.91). La segunda evaluación se concentra en el reconocimiento continuo de señas estáticas, con datos recopilados de seis participantes con diferentes niveles de competencia en LSM, logrando un rendimiento sólido con errores cercanos al 7 %. Además, se evaluó la viabilidad del sistema en aplicaciones de tiempo real, demostrando un excelente desempeño (velocidad promedio de procesamiento de 45 cuadros por segundo). A pesar de los logros alcanzados, es importante reconocer que este proyecto se centró en el reconocimiento continuo de señas estáticas en LSM. Queda pendiente, como un desafío interesante, la exploración del reconocimiento continuo de señas dinámicas en LSM para futuras investigaciones. Se considera esencial explorar enfoques orientados a la escalabilidad y aplicaciones en tiempo real en investigaciones posteriores.

This study focuses on the continuous recognition of static signs in Mexican Sign Language (Lengua de Señas Mexicana (LSM)), the language used by the Deaf community in Mexico. Despite its significance, LSM is often underestimated and overlooked, leading to the systematic exclusion of Deaf individuals in various aspects of life. The primary objective of this work is to design, implement, and evaluate a continuous static sign recognition system in LSM using computer vision and machine learning techniques. Specific goals were established, including the creation of a dataset of static signs belonging to the manual alphabet of LSM, the design of a recognition model, and the evaluation of the system in both isolated and continuous modes. The methodology involves two distinct evaluations. The first one focuses on the recognition of static signs in the isolated domain, for which data from 20 participants performing hand movements at various angles were collected. Various machine learning techniques were evaluated, with the Máquinas de Soporte Vectorial (SVM)-based approach achieving the best results (average F1-Score of 0.91). The second evaluation centers on the continuous recognition of static signs, using data collected from six participants with varying levels of competence in LSM, achieving robust performance with errors close to 7 %. Furthermore, the feasibility of the system in real-time applications was assessed, demonstrating excellent performance (average processing speed of 45 frames per second). Despite the achievements, it is important to recognize that this project focused on continuous recognition of static signs in LSM. It remains an interesting challenge to explore the continuous recognition of dynamic signs in LSM for future research. It is considered essential to explore scalability-oriented approaches and real-time applications in subsequent investigations.

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