Predicción de actividad antimicrobiana usando modelos de escala evolutiva a través de un flujo de trabajo en la plataforma KNIME

Prediction of antimicrobial activity using models of evolutionary scale through a workflow in the KNIME platform

Karla Lorena MartÍnez Mauricio (2023, [Tesis de maestría])

Dentro de las estrategias para combatir la resistencia antimicrobiana, se está llevando a cabo investigación para la creación de nuevos fármacos basados en péptidos antimicrobianos. En los últimos años, se han realizado esfuerzos para incorporar herramientas computacionales que ayuden a acelerar la identificación de péptidos con actividad antimicrobiana. Una de estas herramientas son los modelos QSAR basados en aprendizaje tradicional, que permiten predecir la actividad antimicrobiana en péptidos a partir de información basada en su secuencia. Un componente clave en este proceso es el tipo de características moleculares a utilizar. Recientemente, ha surgido una familia de modelos pre-entrenados llamados ESM-2, los cuales generan incrustaciones (características) que fueron aprendidas a partir de 65 millones de secuencias que abarcan diversidad evolutiva. En este trabajo de tesis, se analiza la contribución de las incrustaciones ESM-2 de diferentes dimensiones de forma individual y en conjunto en el desarrollo de modelos QSAR basados en aprendizaje tradicional para la clasificación de péptidos antimicrobianos, así como sus tipos funcionales, como antibacteriano, antifúngico y antiviral. A partir de este estudio se concluye que aumentar la capacidad de los modelos ESM-2 no implica una mejora en el rendimiento de los modelos para predecir péptidos antimicrobianos. Los modelos ESM-2 t30 y ESM-2 t33 son los más apropiados para extraer características y mejorar la exactitud en las predicciones de péptidos antimicrobianos. Además, fusionar características de diferentes incrustaciones ESM-2 es una estrategia efectiva para construir mejores modelos QSAR que el uso exclusivo de características derivadas de un modelo ESM-2 específico. Se construyeron modelos más simples con un rendimiento comparable o superior a los modelos basados en aprendizaje profundo reportados en la literatura. Para llevar a cabo este estudio se implementó un flujo de trabajo en KNIME que genera de forma automática hasta 1980 modelos de clasificación binaria basados en aprendizaje tradicional. Incorpora diversas técnicas de selección de características, algoritmos de clasificación, métricas de desempeño y una fase de limpieza de datos. Este flujo de trabajo se encuentra disponible en https://github.com/cicese-biocom/classification-QSAR-bioKom.

Molecular features play an important role in different bio-chem-informatics tasks, such as the Quantitative Structure-Activity Relationships (QSAR) modeling. Several pre-trained models have been recently created to be used in downstream tasks either by fine-tuning a specific model or by extracting features to feed traditional classifiers. In this sense, a new family of Evolutionary Scale Modeling models (termed as ESM-2 models) has been recently introduced, demonstrating outstanding results in structure protein prediction benchmarks. Herein, we are devoted to assessing the usefulness of different-dimensional embeddings derived from ESM-2 models in the prediction of antimicrobial peptides, given the great deal of attention received because of their potential to become a plausible option to mainly fight multi-drug resistant bacteria. To this end, we created a KNIME workflow to guarantee using the same modeling methodology, and consequently, carrying out fair comparisons. As a result, it can be drawn that the 640- and 1,280- dimensional embeddings are the most appropriate to be used in modeling because statistically better results were achieved from them. We also combined features from different embeddings, and we can draw that the fusion of features of different embeddings contributes to getting better models than only using a specific model ESM-2. Comparisons regarding state-of-the-art deep learning models confirm that when performing methodologically principled studies in the prediction of AMPs, non-DL based models yield comparable-to-superior results to DL-based models. The implemented KNIME workflow is availablefreely at https://github.com/cicese-biocom/classification-QSAR-bioKom. We consider that this workflow can be valuable to prevent unfair comparisons regarding new computational methods, as well as to propose new non-DL based models.

péptidos antimicrobianos, QSAR, aprendizaje automático ESM-2, KNIME antimicrobial peptides, QSAR, machine learning, ESM-2, KNIME INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA CIENCIAS TECNOLÓGICAS TECNOLOGÍA DE LOS ORDENADORES DISEÑO CON AYUDA DE ORDENADOR DISEÑO CON AYUDA DE ORDENADOR

Estudio para identificar proyectos productivos sobre el aprovechamiento integrado del agua, la agricultura y la energía

José Javier Ramírez Luna (2018, [Documento de trabajo])

Como parte de las actividades del proyecto se llevó a cabo un trabajo con enfoque de manejo de cuencas para elaborar un Plan de Reconversión Productiva donde se considera la elaboración de proyectos productivos agrícolas y frutícolas con aprovechamiento de agua y energía renovable para lo cual se apoyó en la realización de un muestreo de suelos, la obtención de la erosionabilidad del suelo y zonificación agroecológica para definir las zonas o áreas para la producción de cultivos y frutales en el área de influencia de la cuenca presa El Gallinero que se ubica en el municipio de Dolores Hidalgo, Guanajuato.

Gestión de cuencas Agricultura Gestión integrada de recursos hídricos Abastecimiento de energía INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA

De Chan Santa Cruz a Santa Cruz de Bravo. ANÁLISIS SOCIODEMOGRÁFICO DE LOS MAYAS CRUZO’OB EN EL CENSO DE 1930

Lendy Rosario Ek Ek (2023, [Tesis de maestría])

“La elección del tema de investigación obedeció a las posibilidades de encontrar acervos históricos disponibles durante la contingencia sanitaria; pero al mismo tiempo, quería trabajar un tema que respondiera a mi interés por estudiar la región a la pertenezco. Ello representó el desafío de adentrarme a fuentes que desconocía, en el contexto particular que trazó la pandemia. Es así como, a propuesta de mi directora de tesis, decidí centrar mi investigación en la población maya macehualoób y su presencia en el censo de 1930, a cuyas boletas censales y tabulados básicos pude acceder mediante los sitios electrónicos de Family Search y del Instituto Nacional de Estadística y Geografía (INEGI). La guerra maya suscitada en el nororiente de la península a mediados del siglo XIX reconfiguro el espacio que hoy ocupa el Estado de Quintana Roo y dentro de ella, a sus habitantes. El enfrentamiento tuvo como principales actores a las autoridades locales y federales, incluidos militares, y la población originaria de la zona. La rebelión originada desde los atropellos cometidos hacia los mayas desde la colonia y las disputas por sobre la posesión de las tierras, estalló en la ciudad maya de Tepich en julio en 1847. Rápidamente se expandió en el resto del territorio, tomando nuevos seguidores, nuevas formas de ataque y defensa, y sobre todo nuevos argumentos de lucha. Dentro de estas reconfiguraciones nace Noj Kaj Santa Cruz Baalam Naj Kampokolché, mejor conocida como Chan Santa Cruz, ciudad fundada por los mayas replegados en el centro de la selva. Nombrada así por la Cruz Parlante, Chan Santa Cruz surgió como un espacio sagrado, santuario de la Cruz y refugio de los mayas insurrectos que por más de medio siglo mantuvieron la lucha. Fue hasta 1901, que Chan Santa Cruz pasó a ser la ciudad de Santa Cruz “de Bravo”".

Chan Santa Cruz, Quintana Roo - Historia. Santa Cruz de Bravo, Quintana Roo - Historia. Quintana Roo (México) - Censos 1930. Cruzoobs - Guerras - México - Quintana Roo. Quintana Roo (México : Estado) - Historia - Siglo XX. Quintana Roo (México : Estado) - Historia - Guerra de Castas, 1847-1855. Tesis - Maestría en Historia, Peninsular. CIENCIAS SOCIALES HISTORIA HISTORIA DE PAÍSES HISTORIA LOCAL HISTORIA LOCAL

Las ciencias del agua en Morelia, aplicaciones frente a los retos del siglo XXI

MARTIN ALFONSO GUTIERREZ LOPEZ ALDO IVAN RAMIREZ OROZCO (2005, [Libro])

Esta obra presenta diversos trabajos de investigación relacionados con las ciencias del agua, elaborados por diferentes dependencias oficiales, instituciones educativas y empresas consultoras, como un esfuerzo por contribuir a un mejor conocimiento de los problemas hidroambientales, que permita una administración adecuada del recurso.

Gestión integrada de recursos hídricos Desarrollo sostenible Política hídrica Planificación hídrica Michoacán CIENCIAS FÍSICO MATEMÁTICAS Y CIENCIAS DE LA TIERRA

Política de lo materno de dirigentes barriales en el espacio público

David Luján Veron ANÍBAL PÉREZ CONTRERAS (2023, [Artículo])

"En este artículo se analiza un conjunto de relatos de dirigentes vecinales, recabados a partir de dos investigaciones doctorales concluidas, con el objetivo de desvelar los distintos modos en que las mujeres invocan roles tradicionalmente asociados a lo femenino —protección, cuidado, maternidad— para legitimarse en el espacio público y participar en la política local. Se argumentará que las mujeres observadas participan en la configuración de una “política de lo materno” que, pese a reforzar estereotipos tradicionales sobre el rol de las mujeres, constituye un reservorio de experiencias, aprendizajes y prácticas que pueden ser leídas en clave de politización y construcción de ciudadanía".

Espacio público. Ciudadanía. Maternidad en política. Clientelismo. Organizaciones barriales. CIENCIAS SOCIALES SOCIOLOGÍA SOCIOLOGÍA DE LOS ASENTAMIENTOS HUMANOS ESTUDIOS DE COMUNIDAD ESTUDIOS DE COMUNIDAD

El envejecimiento en las enfermedades neurológicas y psiquiátricas

MARISOL LOPEZ LOPEZ NANCY MONROY JARAMILLO ALBERTO ORTEGA VAZQUEZ ERNESTO SOTO REYES SOLIS (2023, [Libro])

Es un placer presentar el libro "El envejecimiento en las enfermedades neurológicas y psiquiátricas" escrito por un grupo de autores destacados y expertos en diversas áreas del conocimiento. Cada capítulo ha sido cuidadosamente elaborado para ofrecer una visión actualizada y rigurosa de los temas abordados, en los cuales se ha integrado una amplia gama de enfoques interdisciplinarios y de técnicas de investigación. Este libro se enfoca en el tema del envejecimiento desde varios vértices relacionados con las enfermedades neurológicas y psiquiátricas. A través de sus trece capítulos, los autores discutes detalladamente la relación del envejecimiento con la enfermedad del Alzheimer, la enfermedad de Parkinson, la enfermedad de Huntington, la esquizofrenia, el trastorno bipolar, la epilepsia y otras enfermedades neurológicas que impactan en la salud

MEDICINA Y CIENCIAS DE LA SALUD Vejez y salud mental - México Envejecimiento - Aspectos sociales - México Enfermedades mentales - México Enfermedades de los ancianos -aspectos sociales - México

Inventario y caracterización de humedales en la cuenca del río Papaloapan, México

JORGE ENRIQUE BRENA ZEPEDA Gonzalo Castillo-Campos CERVANDO CASTILLO ROMANO Patricia Moreno Casasola JOSE DE JESUS PALE PALE (2012, [Artículo])

Debido a las condiciones físico-biológicas derivadas de su situación geográfica, México cuenta con una importante superficie cubierta por humedales, los cuales son considerados en la ley como reservas estratégicas de agua bajo la responsabilidad de la Comisión Nacional del Agua. En este estudio se desarrollaron dos niveles de caracterización: el primero en escala 1:250 000 aplicado a nivel de cuenca hidrográfica y el segundo en escalas de 1:25 000 a nivel de humedal. El primero comprendió la elaboración de dos mapas de uso de suelo y vegetación con base en imágenes de satélite. Uno con imágenes tomadas en 1979 y el otro con imágenes tomadas en 2003. De esta manera se obtuvieron los cambios en las coberturas de vegetación y uso de suelo en un intervalo de 25 años. El segundo nivel abarcó la elaboración del mapa detallado de uso de suelo y vegetación con imágenes de 2006 para el humedal Laguna de Alvarado. La comparación entre coberturas de 1979 y 2003 mostró cambios negativos en la clase hidrófila, cuerpos de agua y forestal, lo que constituye una seria amenaza a la sustentabilidad de los humedales.

Humedales Gestión integrada de recursos hídricos Gestión de cuencas CIENCIAS FÍSICO MATEMÁTICAS Y CIENCIAS DE LA TIERRA

Taxonomic versus ecological prey traits among arthropodophagous bats: implications for surveying trophic partitioning patterns

CINTYA ARACELI SEGURA TRUJILLO SERGIO TICUL ALVAREZ CASTAÑEDA SUSETTE SAMI CASTAÑEDA RICO Jesus Maldonado (2022, [Artículo])

"Species can coexist spatially and temporally by partitioning the niche space and forming complex assemblages made up of different species that share the prey resource. Chiroptera is the second most species-rich mammalian order and about 75% of bat species feed on arthropods, which makes these bats a good model group for studying complex trophic interactions. Next-generation parallel sequencing techniques allow a detailed analysis of arthropod resource partitioning patterns in bats. However, previous studies have not reached a consensus on the concordance between diet composition, habitat use, and segregation of trophic resources in bats. We analyzed diet composition in terms of taxonomy of the insect prey, and the prey characteristics. Feces of 16 bat species were examined in the Mexican Neotropics. We carried out a SIMPER (similarity percentage) test, nonmetric multidimensional scaling, and principal component analyses to identify general segregation patterns of trophic resources in relation to the habitat-use guild of bats and computed Pianka’s niche overlap index between species and Levin’s index to estimate the niche width of each species. Bats from the same locality tend to partition their diet, with a niche overlap ranging between 0.5 and 0.8. The highest values were found between species with different foraging behaviors. We suggest that future bat diet studies should incorporate the ecological and taxonomic information of arthropod prey to better understand the trophic interactions with bats."

"Aproximadamente el 75% de las especies de murciélagos se alimentan de artrópodos, algunas de estas especies pueden coexistir espacial y temporalmente al particionar el espacio del nicho. Los murciélagos forman ensamblajes complejos compuestos por diferentes especies que comparten su recurso trófico. Por tanto, los murciélagos pueden utilizarse como grupo modelo para estudiar interacciones tróficas complejas. Las técnicas de secuenciación masiva paralela del ADN permiten un análisis detallado de sus patrones de partición de recursos tróficos. Sin embargo, los estudios no han llegado a un consenso sobre la concordancia entre la composición de la dieta, el uso del hábitat y la partición de los recursos tróficos en los murciélagos. Analizamos la composición de la dieta en términos de taxonomía de los artrópodos presa y sus características ecológicas. Examinamos las heces de 16 especies de murciélagos a lo largo del Neotrópico Mexicano. Se utilizaron análisis de similitud porcentual (SIMPER), escalamiento multidimensional no métrico y análisis de componentes principales para identificar patrones generales de partición de recursos tróficos en relación con el gremio de uso de hábitat de los murciélagos. Calculamos el índice de superposición de nicho de Pianka entre especies y el índice de Levin para estimar la amplitud del nicho de cada especie. Encontramos que los murciélagos de la misma localidad tienden a diferenciar su dieta, con una superposición de nicho que varía entre 0.5 y 0.8. Los valores más altos se encontraron entre especies con diferentes hábitos de alimentación. Sugerimos que, en el futuro, los estudios de dieta de murciélagos consideren las características ecológicas de sus presas y utilicen la información taxonómica como clave para recuperar información sobre la biología de las presas y comprender la ecología de estas interacciones tróficas."

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Aproximación holística en el manejo integrado de las cuencas, para la conservación y recuperación de cuerpos de agua superficiales: caso de estudio

Rebeca González Villela (2016, [Libro])

El libro comprende los capítulos: 1) Área de estudio laguna de Tuxpan, Gro. 2) Contaminación difusa en las subcuencas del río Tomatal y laguna de Tuxpan, Gro. 3) Erosión y sedimentación de las subcuencas el río Tomatal y laguna de Tuxpan, Gro. 4) Limnología del río Tomatal, Gro. 5) Limnología de la laguna de Tuxpan, Gro. 6) Plancton del lago “Laguna de Tuxpan, Gro.” 7) Toxicología y contaminación del lago “Laguna de Tuxpan, Gro.” 8) Propuesta tecnológica para el manejo y tratamiento de las aguas residuales del pueblo de Tuxpan (Gro.) 9) Propuesta para el manejo, conservación y restauración del lago “Laguna de Tuxpan, Gro.”

Cuencas Gestión integrada de recursos hídricos Aguas superficiales Conservación del agua CIENCIAS FÍSICO MATEMÁTICAS Y CIENCIAS DE LA TIERRA

El paraíso chacahuense: un viaje al mundo de vida de jóvenes en el espacio turístico

ALICIA MUÑOZ RAY RODOLFO MONDRAGON RIOS ERIN INGRID JANE ESTRADA LUGO ANTONIO SALDIVAR MORENO (2023, [Artículo])

"Desde una perspectiva fenoménica, se hace un acercamiento al mundo de vida de jóvenes en el espacio turístico de Chacahua, Oaxaca, México. Se reflexiona sobre la vida juvenil, la construcción de las personas jóvenes como sujetos sociales y los significados y configuraciones que implica el que habiten en estos espacios de forma cotidiana. La narrativa comienza con una mirada al contexto social comunitario en el que se sitúa y se describe a Hannia y Agustín, quienes dan rostro al proceso social juvenil para adentrarnos, con ellos, en las reflexiones sobre la interacción con la alteridad, la manera en que perciben y viven su territorio, las transformaciones a partir del crecimiento turístico de esta comunidad y cómo esto reconfigura su mundo de vida".

Fenomenología. Subjetividad. Turismo. Territorio. Interacciones sociales. CIENCIAS SOCIALES SOCIOLOGÍA SOCIOLOGÍA DE LOS ASENTAMIENTOS HUMANOS ESTUDIOS DE COMUNIDAD ESTUDIOS DE COMUNIDAD