Predicción de actividad antimicrobiana usando modelos de escala evolutiva a través de un flujo de trabajo en la plataforma KNIME

Prediction of antimicrobial activity using models of evolutionary scale through a workflow in the KNIME platform

Karla Lorena MartÍnez Mauricio (2023, [Tesis de maestría])

Dentro de las estrategias para combatir la resistencia antimicrobiana, se está llevando a cabo investigación para la creación de nuevos fármacos basados en péptidos antimicrobianos. En los últimos años, se han realizado esfuerzos para incorporar herramientas computacionales que ayuden a acelerar la identificación de péptidos con actividad antimicrobiana. Una de estas herramientas son los modelos QSAR basados en aprendizaje tradicional, que permiten predecir la actividad antimicrobiana en péptidos a partir de información basada en su secuencia. Un componente clave en este proceso es el tipo de características moleculares a utilizar. Recientemente, ha surgido una familia de modelos pre-entrenados llamados ESM-2, los cuales generan incrustaciones (características) que fueron aprendidas a partir de 65 millones de secuencias que abarcan diversidad evolutiva. En este trabajo de tesis, se analiza la contribución de las incrustaciones ESM-2 de diferentes dimensiones de forma individual y en conjunto en el desarrollo de modelos QSAR basados en aprendizaje tradicional para la clasificación de péptidos antimicrobianos, así como sus tipos funcionales, como antibacteriano, antifúngico y antiviral. A partir de este estudio se concluye que aumentar la capacidad de los modelos ESM-2 no implica una mejora en el rendimiento de los modelos para predecir péptidos antimicrobianos. Los modelos ESM-2 t30 y ESM-2 t33 son los más apropiados para extraer características y mejorar la exactitud en las predicciones de péptidos antimicrobianos. Además, fusionar características de diferentes incrustaciones ESM-2 es una estrategia efectiva para construir mejores modelos QSAR que el uso exclusivo de características derivadas de un modelo ESM-2 específico. Se construyeron modelos más simples con un rendimiento comparable o superior a los modelos basados en aprendizaje profundo reportados en la literatura. Para llevar a cabo este estudio se implementó un flujo de trabajo en KNIME que genera de forma automática hasta 1980 modelos de clasificación binaria basados en aprendizaje tradicional. Incorpora diversas técnicas de selección de características, algoritmos de clasificación, métricas de desempeño y una fase de limpieza de datos. Este flujo de trabajo se encuentra disponible en https://github.com/cicese-biocom/classification-QSAR-bioKom.

Molecular features play an important role in different bio-chem-informatics tasks, such as the Quantitative Structure-Activity Relationships (QSAR) modeling. Several pre-trained models have been recently created to be used in downstream tasks either by fine-tuning a specific model or by extracting features to feed traditional classifiers. In this sense, a new family of Evolutionary Scale Modeling models (termed as ESM-2 models) has been recently introduced, demonstrating outstanding results in structure protein prediction benchmarks. Herein, we are devoted to assessing the usefulness of different-dimensional embeddings derived from ESM-2 models in the prediction of antimicrobial peptides, given the great deal of attention received because of their potential to become a plausible option to mainly fight multi-drug resistant bacteria. To this end, we created a KNIME workflow to guarantee using the same modeling methodology, and consequently, carrying out fair comparisons. As a result, it can be drawn that the 640- and 1,280- dimensional embeddings are the most appropriate to be used in modeling because statistically better results were achieved from them. We also combined features from different embeddings, and we can draw that the fusion of features of different embeddings contributes to getting better models than only using a specific model ESM-2. Comparisons regarding state-of-the-art deep learning models confirm that when performing methodologically principled studies in the prediction of AMPs, non-DL based models yield comparable-to-superior results to DL-based models. The implemented KNIME workflow is availablefreely at https://github.com/cicese-biocom/classification-QSAR-bioKom. We consider that this workflow can be valuable to prevent unfair comparisons regarding new computational methods, as well as to propose new non-DL based models.

péptidos antimicrobianos, QSAR, aprendizaje automático ESM-2, KNIME antimicrobial peptides, QSAR, machine learning, ESM-2, KNIME INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA CIENCIAS TECNOLÓGICAS TECNOLOGÍA DE LOS ORDENADORES DISEÑO CON AYUDA DE ORDENADOR DISEÑO CON AYUDA DE ORDENADOR

Casinos: un análisis del encuentro de juego

LUIS ALBERTO HERNANDEZ CERON (2023, [Artículo])

"El análisis del casino como establecimiento social en México suele ser escaso y se enfoca, de manera regular, en el problema de la ludopatía; pero si ésta tiene que ver en gran medida con los casinos, ¿por qué no estudiarlos primero? Este documento es fruto de una investigación de campo en dos casinos de la ciudad de Pachuca, Hidalgo, y parte de la pregunta: ¿cómo es el ordenamiento social básico del casino? El objetivo es reducir el tipo de organización llamada interaccional a patrones que pudiesen clasificar y describir los encuentros de juego. La observación participante no sistemática naturalista fue la metodología utilizada para entrar en los casinos como jugador y observar lo que ahí sucede. Los resultados apuntaron al rol y el marco totémico como dos patrones clave de organización social".

Casinos. Encuentro de juegos. Situación de acción de azar. Rol. Maquinación. CIENCIAS SOCIALES SOCIOLOGÍA SOCIOLOGÍA DE LOS ASENTAMIENTOS HUMANOS SOCIOLOGÍA URBANA SOCIOLOGÍA URBANA

Movilidad inclusiva, divergencia intrínseca

VICTOR MANUEL COLLANTES VAZQUEZ (2019, [Capítulo de libro])

10 páginas.

Universidad Autónoma Metropolitana. Unidad Azcapotzalco.

En estos tiempos, hablar de diseño, innovación y su influencia en la vida cotidiana es un tema cada día más necesarios. Distintas tendencias se están manifestando en relación a la participación de las tecnologías de la información, accesibilidad movilidad. El tema de este trabajo está relacionado con el desarrollo inclusivo, entendiendo a la discapacidad para caminar como un reto para lo que representa el avanzar hacia una sociedad que considere la totalidad de los habitantes. El caso de estudio es la Alcaldía de Azcapotzalco. Se presenta la experiencia de abordar el tema desde diferentes metodologías que han sido consideradas para enriquecer la investigación y se expresa el aprendizaje a través del reto de estudiar una diversidad de subtemas.

Discapacidad, movilidad, diseño, envejecimiento. Accessible Web sites for people with disabilities. Customer services--Management. Social justice. Accesibilidad de páginas Web a personas con discapacidad. Acceso para personas con discapacidad. HV1568.4 INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA CIENCIAS TECNOLÓGICAS TECNOLOGÍA DE LOS ORDENADORES DISEÑO CON AYUDA DE ORDENADOR

Genotype×Environment interaction and stability analysis using GGE biplot for grain yield of bread wheat (Triticum aestivum) genotypes under low moisture stress areas of Ethiopia

Ayele Badebo Huluka Bekele Abeyo (2023, [Artículo])

Moisture Stress Grain Yield CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA GENOTYPE ENVIRONMENT INTERACTION DROUGHT STRESS STABILITY TRITICUM AESTIVUM LATTICE DESIGN

El paraíso chacahuense: un viaje al mundo de vida de jóvenes en el espacio turístico

ALICIA MUÑOZ RAY RODOLFO MONDRAGON RIOS ERIN INGRID JANE ESTRADA LUGO ANTONIO SALDIVAR MORENO (2023, [Artículo])

"Desde una perspectiva fenoménica, se hace un acercamiento al mundo de vida de jóvenes en el espacio turístico de Chacahua, Oaxaca, México. Se reflexiona sobre la vida juvenil, la construcción de las personas jóvenes como sujetos sociales y los significados y configuraciones que implica el que habiten en estos espacios de forma cotidiana. La narrativa comienza con una mirada al contexto social comunitario en el que se sitúa y se describe a Hannia y Agustín, quienes dan rostro al proceso social juvenil para adentrarnos, con ellos, en las reflexiones sobre la interacción con la alteridad, la manera en que perciben y viven su territorio, las transformaciones a partir del crecimiento turístico de esta comunidad y cómo esto reconfigura su mundo de vida".

Fenomenología. Subjetividad. Turismo. Territorio. Interacciones sociales. CIENCIAS SOCIALES SOCIOLOGÍA SOCIOLOGÍA DE LOS ASENTAMIENTOS HUMANOS ESTUDIOS DE COMUNIDAD ESTUDIOS DE COMUNIDAD

El péndulo de la gobernabilidad y la gobernanza del agua en México

DENISE SOARES DANIEL MURILLO LICEA DENISE SOARES (2013, [Artículo])

En el presente artículo se aborda el concepto de la gobernanza del agua, definiendo el término al que se hace referencia y abordando algunas dimensiones de la gobernanza. Se hace una breve revisión de aspectos jurídicos relacionados con el tema y se argumentan las cuestiones relacionadas con las tendencias de tránsito entre un enfoque de gobernabilidad (centrado en la actuación gubernamental) y un enfoque de gobernanza (que toma en cuenta a la sociedad en su conjunto), a través de datos estadísticos entresacados de estándares

internacionales, que permiten una comparación entre países acerca del avance o estado de la gobernanza.

Gobernanza del agua Gestión de los recursos hídricos Ley de Aguas Nacionales CIENCIAS SOCIALES

Política de lo materno de dirigentes barriales en el espacio público

David Luján Veron ANÍBAL PÉREZ CONTRERAS (2023, [Artículo])

"En este artículo se analiza un conjunto de relatos de dirigentes vecinales, recabados a partir de dos investigaciones doctorales concluidas, con el objetivo de desvelar los distintos modos en que las mujeres invocan roles tradicionalmente asociados a lo femenino —protección, cuidado, maternidad— para legitimarse en el espacio público y participar en la política local. Se argumentará que las mujeres observadas participan en la configuración de una “política de lo materno” que, pese a reforzar estereotipos tradicionales sobre el rol de las mujeres, constituye un reservorio de experiencias, aprendizajes y prácticas que pueden ser leídas en clave de politización y construcción de ciudadanía".

Espacio público. Ciudadanía. Maternidad en política. Clientelismo. Organizaciones barriales. CIENCIAS SOCIALES SOCIOLOGÍA SOCIOLOGÍA DE LOS ASENTAMIENTOS HUMANOS ESTUDIOS DE COMUNIDAD ESTUDIOS DE COMUNIDAD

Determinantes del comportamiento de queja del consumidor en México

Determinants of consumer complaint behavior in Mexico

IGNACIO JAVIER CRUZ RODRIGUEZ JAVIER GALAN FIGUEROA (2019, [Artículo])

El objetivo del trabajo es explicar los determinantes del comportamiento de queja del consumidor en los niveles socioeconómico y empresa. Para ello se acude a la metodología de datos de panel estático a fin de estimar el impacto de los determinantes de las quejas de los consumidores. Los resultados a nivel socioeconómico indican que las quejas se encuentran determinadas por el ingreso, las conciliaciones a favor de los consumidores y por la población residente en zonas urbanas. Mientras a nivel empresa los resultados muestran que tanto la cuota de mercado como el tamaño de la firma afectan positivamente las quejas. Se concluye que los resultados coinciden con la literatura revisada y que se puede esperar un aumento en el número de quejas presentadas por los consumidores.

This work aims to quantify the determinants of consumer complaint behavior in socioeconomic and business levels. For this purpose, the static panel data methodology is used in order to estimate the impact of consumer complaints both at the federal level of the Mexican Republic and at the level of the main companies that are considered leaders in their field. The results by the state indicate that the complaints are determined by income, reconciliations in favor of consumers and population residing in urban areas.While at the company level, the results show that both market share and company size positively affect consumer complaints. In conclusion, the results agree with the literature reviewed, and a rise in the number of complaints is possible.

HUMANIDADES Y CIENCIAS DE LA CONDUCTA Datos de panel Efectos fijos y efectos aleatorios Satisfacción de los consumidores Quejas del consumidor Panel data models Fixed effects and random effects Consumer complaint

“Mi Alma Es Judía” : reconfiguración de las identidades religiosas en la Región Cotija

Víctor Manuel Zepeda-Torres (2024, [Tesis de maestría])

Ante el debilitamiento de las instituciones religiosas como intermediarias en las creencias populares, este trabajo aborda el proceso de la reconfiguración de la identidad religiosa. Tomando como base el método de la religión vivida, se da cuenta de cinco casos de católicos que se convierten al judaísmo en la Región Cotija, una zona semi rural de Michoacán mayoritariamente católica. Resalta las particularidades de las motivaciones, justificaciones, recursos, narrativas, formas de comprender y practicar el judaísmo. Enfatiza el papel de la virtualidad en la construcción de una comunidad que va más allá de las tradicionales sinagogas.

Judaísmo Filosofía y Religión CIENCIAS SOCIALES SOCIOLOGÍA SOCIOLOGÍA DE LOS ASENTAMIENTOS HUMANOS ESTUDIOS DE COMUNIDAD ESTUDIOS DE COMUNIDAD

On-farm storage loss estimates of maize in Kenya using community survey methods

Hugo De Groote Anani Bruce (2023, [Artículo])

Maize is the most important staple in sub-Saharan Africa (SSA), with highly seasonal production. High storage losses affect food security, but good estimations are lacking. A new method using focus group discussions (FGDs) was tested with 121 communities (1439 farmers, 52% women) in Kenya's six maize-growing zones, to estimate the maize losses to storage pests and analyze farmer practices. As control strategies, half of the farmers used chemical pesticides (49%), while hermetic bags (16%) and botanicals (15%) were also popular. Relative loss from weevils in the long rains was estimated at 23%, in the short rains 18%, and annually 21%. Fewer farmers were affected by the larger grain borer (LGB) than by maize weevils: 42% in the long rainy season and 32% in the short rainy season; losses from LGB were also smaller: 19% in the long season, 17% in the short season, and 18% over the year. Total storage loss, from both species combined, was estimated at 36%, or 671,000 tonnes per year. The greatest losses occur in the humid areas, especially the moist mid-altitudes (56%), and with smaller loss in the drylands (20–23%). Extrapolating the point data and overlaying with the maize production map shows the geographic distribution of the losses, with the most important area found around Lake Victoria. FGDs provide convenient and cheap tools to estimate storage losses in representative communities, but a total loss estimate of 36% is higher than is found in other studies, so its accuracy and framing effects need to be assessed. We conclude that storage pests remain a major problem, especially in western Kenya, and that the use of environmentally friendly technologies such as hermetic storage and botanicals needs more attention, both by the public extension service and private agrodealers.

Larger Grain Borer Maize Weevil CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA MAIZE STORAGE LOSSES PESTS SURVEY METHODS