Using an incomplete block design to allocate lines to environments improves sparse genome-based prediction in plant breeding

Osval Antonio Montesinos-Lopez ABELARDO MONTESINOS LOPEZ RICARDO ACOSTA DIAZ Rajeev Varshney Jose Crossa ALISON BENTLEY (2022, [Artículo])

Genomic selection (GS) is a predictive methodology that trains statistical machine-learning models with a reference population that is used to perform genome-enabled predictions of new lines. In plant breeding, it has the potential to increase the speed and reduce the cost of selection. However, to optimize resources, sparse testing methods have been proposed. A common approach is to guarantee a proportion of nonoverlapping and overlapping lines allocated randomly in locations, that is, lines appearing in some locations but not in all. In this study we propose using incomplete block designs (IBD), principally, for the allocation of lines to locations in such a way that not all lines are observed in all locations. We compare this allocation with a random allocation of lines to locations guaranteeing that the lines are allocated to

the same number of locations as under the IBD design. We implemented this benchmarking on several crop data sets under the Bayesian genomic best linear unbiased predictor (GBLUP) model, finding that allocation under the principle of IBD outperformed random allocation by between 1.4% and 26.5% across locations, traits, and data sets in terms of mean square error. Although a wide range of performance improvements were observed, our results provide evidence that using IBD for the allocation of lines to locations can help improve predictive performance compared with random allocation. This has the potential to be applied to large-scale plant breeding programs.

CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA Bayes Theorem Genome Inflammatory Bowel Diseases Models, Genetic Plant Breeding

Multi-trait, multi-environment deep learning modeling for genomic-enabled prediction of plant traits

Osval Antonio Montesinos-Lopez Jose Crossa Francisco Javier Martin Vallejo (2018, [Artículo])

Deep Learning Genomic Prediction Bayesian Modeling Shared Data Resources CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA BAYESIAN THEORY RESOURCES DATA BREEDING PROGRAMMES

Monitoreo con drones en gráficas con viento dinámico

Jovanni Manuel López Elisea (2024, [Tesis de maestría])

108 páginas. Maestría en Optimización.

Dada una gráfica completa no dirigida, se desea recorrer un subconjunto de sus aristas usando una flotilla de drones. Los drones tienen baterías limitadas que pueden recargarse al regresar a la base y, en principio, el tiempo para recorrer una arista está en función de la distancia entre sus vértices. Sin embargo, ante la presencia de viento el tiempo de recorrer una arista puede depender del sentido en el que se haga. La dificultad del problema aumenta si además la intensidad del viento puede variar de un instante a otro. En esta tesis se aborda el problema anteriormente descrito para el caso particular en el que los vértices son puntos en el plano, el impacto del viento en los tiempos de recorrido de las aristas está relativamente acotado y el subconjunto de las aristas a recorrer inducen un árbol que abarca todos los vértices excepto la base de los drones. Dado que los drones operan simultáneamente y pueden recorrer distintas partes de la gráfica de manera independiente, se desea minimizar el tiempo que emplea el dron con el recorrido más tardado. Esta tesis presenta un modelo matemático para resolver el problema de manera exacta, así como tres heurísticas diferentes para obtener buenas soluciones factibles. La primera de estas heurísticas transforma una solución sin viento y sin batería en una solución con viento y batería. La segunda heurística es un algoritmo glotón sin comunicación entre los drones y la última heurística también es un algoritmo glotón, pero con comunicación entre los drones. Aunque el problema abordado resulta ser lo suficientemente difícil como para que su resolución exacta sea inviable en la práctica, las heurísticas diseñadas son fáciles de implementar y obtuvieron resultados razonables en un tiempo corto de cómputo.

Drone aircraft--Control systems. Drone aircraft--Mathematical models. Mathematical optimization. Heuristic programming. Dynamical systems. Graph theory. Micro vehículos aéreos. Optimización matemática. Programación heurística. Teoría de grafos. TL589.4 CIENCIAS FÍSICO MATEMÁTICAS Y CIENCIAS DE LA TIERRA MATEMÁTICAS INVESTIGACIÓN OPERATIVA DISTRIBUCIÓN Y TRANSPORTE

Addressing agricultural labour issues is key to biodiversity-smart farming

Thomas Daum Frédéric Baudron Matin Qaim Ingo Grass (2023, [Artículo])

There is an urgent need for agricultural development strategies that reconcile agricultural production and biodiversity conservation. This is especially true in the Global South where population growth is rapid and much of the world's remaining biodiversity is located. Combining conceptual thoughts with empirical insights from case studies in Indonesia and Ethiopia, we argue that such strategies will have to pay more attention to agricultural labour dynamics. Farmers have a strong motivation to reduce the heavy toil associated with farming by adopting technologies that save labour but can negatively affect biodiversity. Labour constraints can also prevent farmers from adopting technologies that improve biodiversity but increase labour intensity. Without explicitly accounting for labour issues, conservation efforts can hardly be successful. We hence highlight the need for biodiversity-smart agriculture, that is farming practices or systems that reconcile biodiversity with land and labour productivity. Our empirical insights suggest that technological and institutional options to reconcile farmers' socio-economic goals and biodiversity conservation exist but that more needs to be done to implement such options at scale.

Land Sharing Trade-Offs CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA AGRICULTURAL DEVELOPMENT BIODIVERSITY CONSERVATION LABOUR SUSTAINABILITY

Diseño de elementos lúdicos para apoyar el reconocimiento de emociones en el proceso terapéutico cognitivo-conductual de niñas y niños de 6 a 8 años que padecen trastornos de ansiedad en la CDMX y área metropolitana

Alma Karla Buyoli Saavedra (2024, [Tesis de maestría])

179 páginas. Maestría en Diseño y Desarrollo de Productos

En la actualidad, la ansiedad representa uno de los mayores y más silenciosos problemas de la sociedad. Del mismo modo, las infancias y las adolescencias son una población que se ve afectada en gran medida por estos trastornos. En definitiva, estas es una población con una problemática apremiante de considerar, observar y trabajar. Por tal razón, resulta fundamental generar herramientas y estrategias que permitan a niños, niñas y adolescentes identificar y regular sus emociones de manera efectiva. Aprender a identificar las emociones es algo de suma importancia no solo dentro del proceso terapéutico, sino en la vida diaria del infante. En primer lugar, el hecho de reconocer y expresar emociones contribuye a canalizar la ansiedad. De igual forma, esto les ayuda a aprender a enfrentar los problemas de la vida diaria de una manera adecuada; por lo tanto, lo anterior se estima como un beneficio no solo en la infancia, sino también en la edad adulta. Asimismo, un correcto manejo emocional les permite incrementar la percepción de control sobre los sucesos que viven. Igualmente, esto refuerza su habilidad para empatizar, resolver conflictos y llegar a acuerdos, lo que mejora su forma de relacionarse con otras personas. En suma, son diferentes beneficios que se otorgarían al infante al aprender a conocer, identificar y expresar sus emociones. No obstante, estas aportaciones pueden ser mayores si se realizan a través de elementos lúdicos. Para empezar, la recreación es una acción nata y cotidiana en los infantes. El uso de fantasía, el juego simbólico y la imaginación son actividades naturales del desarrollo en el juego de los infantes (Schaefer, 2012). De igual manera, cuando las y los menores juegan, aprenden a tolerar la frustración, a regular sus emociones y a destacar en una tarea que es innata (Schaefer, 2012). En esa medida, el juego es quizá el medio más poderoso y apropiado para el desarrollo en el cual las y los menores pueden construir relaciones con los adultos, desarrollar el pensamiento causal, procesar las experiencias estresantes y aprender habilidades sociales (Chaloner, 2001). Por tal motivo, la propuesta para apoyar el proceso terapéutico se efectúa por medio de elementos lúdicos que permitan a los infantes identificar y expresar emociones a través del juego. Por tal motivo el objetivo de este trabajo es diseñar elementos lúdicos que apoyen a los niños de 6 a 8 años diagnosticados con ansiedad que se encuentren en tratamiento psicológico de la teoría cognitivo-conductual en la CDMX y área metropolitana con el fin de que puedan conocer, identificar y expresar sus emociones.

Games--Design and construction. Child psychotherapy. Play therapy. Games--Therapeutic use. Ansiedad en niños. Terapia de juego. Psicoterapia infantil. GV1230 HUMANIDADES Y CIENCIAS DE LA CONDUCTA CIENCIAS DE LAS ARTES Y LAS LETRAS TEORÍA, ANÁLISIS Y CRÍTICA DE LAS BELLAS ARTES

Abduction according to Peirce: reflections from the south on the crisis of representation brought on by COVID-19

Paulina Aroch (2023, [Artículo, Artículo])

In this article, I reflect on the importance of abductive thinking for processes of material and conceptual reinvention in the context of the current public health crisis. Inseparable from the climate change engulfing the planet, this crisis provides the basis for a semiotic revolution. Therefore, I interrogate Peirce’s work without losing sight of my own time and place of interlocution. COVID-19 has brought with it a crisis of representation which, in contrast to that unleashed by the Holocaust and World War II, and to which the Frankfurt School responded, demands responses from the Global South. Beginning from Dussel’s call to defend life as a matter of ethical urgency in the face of its irresponsible objectification within colonial capitalist modernity –which arguably triggered the pandemic–, I trace a “nocturnal map” that registers the present meaning-making crisis, and allows for a reimagining and remaking of the world from elsewhere.

estudios de la comunicación semiótica crítica Sur Global crisis de representación COVID-19 HUMANIDADES Y CIENCIAS DE LA CONDUCTA HUMANIDADES Y CIENCIAS DE LA CONDUCTA Critical theory interdisciplinarity Global South crisis of representation

Los seres alados y solares del arte maya en el Norte de Yucatán

Rubén Morante (2023, [Capítulo de libro])

En nuestro trabajo de campo en el norte de Yucatán estudiamos la iconografía de sitios como Chichén Itzá, Ek Balam y Mayapán. En ellos observamos esculturas con gran calidad artística de seres humanos que portan alas y que, por ello, se presentan como seres celestes relacionados con deidades del panteón maya de los periodos Clásico tardío, Clásico terminal y Posclásico temprano. Para esta investigación partimos de un breve contexto etnohistórico, geográfico y arqueológico de otros sitios mayas, del centro y oriente de México, incluyendo imágenes de códices y pinturas que nos hablan del posible significado que las plumas, las alas y las aves tuvieron en Mesoamérica. Procedimos al análisis de las figuras aladas que se presentan en relación con importantes edificios de sitios del norte de Yucatán. La advocación solar que sugieren parece haber sido común y en esta zona, no sólo hablan de los grandes artistas que los esculpieron, sino de un sistema de creencias que pudo emanar de tradiciones mayas muy tempranas, que en el siglo IX d.C. se manifiesta de manera clara mediante un estilo depurado, una maestría técnica y una alta sensibilidad estética.

In our field work in northern Yucatán we studied the iconography of sites such as Chichén Itzá, Ek Balam, and Mayapán. There we saw great artistic quality sculptures of human beings that carry wings, and because of that we think that represented celestial beings related to deities of the Mayan pantheon of Late Classic, Terminal Classic and Early Postclassic periods. In our research we started with reviews of ethnohistorical, geographical and archaeological contexts in other Mayan sites, from central and eastern Mexico, including images from codices and paintings that tell us about the possible meaning of feathers, wings and birds in Mesoamerica. We proceeded analyze winged figures presented in relation to important buildings in northern Yucatán sites. Solar evocation suggested probably was common in this area and, sculptures not only speak about belief systems that could emanate from very early Mayan traditions, but also speak about great artists, that in 9th century AD. clearly manifested it through a refined style, technical mastery and high aesthetic sensitivity.

Arte maya, seres alados, Norte de Yucatán, Chchén Itzá, Ek Balam. Mayan art, feathers and birds, Northern Yucatán. Maya art--Themes, motives. Maya arts--Mexico--Yucatán (State) Maya sculpture--Themes, motives. Maya mythology. Arte maya. Mitología maya. F1435.3.A7 HUMANIDADES Y CIENCIAS DE LA CONDUCTA CIENCIAS DE LAS ARTES Y LAS LETRAS TEORÍA, ANÁLISIS Y CRÍTICA DE LAS BELLAS ARTES

Evaluación del uso de vibriófagos encapsulados en el alimento para el control de Vibrio parahaemolitycus causante de AHPND en el camarón Penaeus vannamei

Esther Imelda Ponce García (2023, [Tesis de maestría])

"Las enfermedades causadas por bacterias del género Vibrio en el cultivo de camarón son de gran importancia debido a su impacto negativo en la industria acuícola. Estas bacterias pueden causar diversas enfermedades en camarones, como la necrosis hepatopancreática aguda (AHPND). La fagoterapia es una alternativa para el biocontrol de estas bacterias patógenas que presenta importantes ventajas, como la alta especificidad a sus huéspedes, la replicación en el sitio de infección, y la capacidad de infectar a bacterias resistentes a antibióticos. Sin embargo, la estabilidad de los fagos en el sistema de cultivo es una preocupación latente, ya que los fagos presentan una estabilidad limitada en solución y experimentan una caída significativa en el título de fagos durante el procesamiento y almacenamiento. El método de encapsulación de bacteriófagos, un área que aún no se estudia del todo, se presenta como una potencial alternativa para atender esta problemática. En el presente estudio se evaluó la eficacia terapéutica de un cóctel de bacteriófagos (vB_Vp_PvVp05, vB_Vp_PvVp07 y vB_Vp_PvVp11), encapsulados en alginato de sodio comercial y de mediana viscosidad, pectina, carboxilmetilcelulosa, liposomas y liofilizado en pectina como agente de biocontrol de Vibrio parahaemolyticus para su uso en terapias fagicas pasiva y activa. Se observó que el encapsulado en alginato de sodio de mediana viscosidad presentó la mayor liberación de fagos activos y al momento de ser incorporado a alimento para camarón y horneados a 80 – 100°C, se mantuvo una concentración de 1.3 x105 UFP/g después de 100 días de almacenamiento. Para la evaluación de las terapias pasiva y activa se realizó una infección experimental en juveniles de Penaeus vannamei para conocer la efectividad de los encapsulados, utilizando para la terapia pasiva la cepa Vp M0904 y para la activa la cepa Vp M0605. El experimento de terapia pasiva mostró una mortalidad del 80.6% en los camarones a las 48 hpi (p > 0.05) y una concentración de 5 x102 UFC/mL de Vibrio spp. no fermentativos en TCBS. En el caso de la terapia activa no se presentó mortalidades, pero hubo una disminución de la concentración de Vibrio spp. no fermentativos en TCBS con 5.56 x101 UFC/mL a las 48 hpi (p < 0.05) y aumentó la densidad de vibriófagos en 1.4 x102 UFP/mL en el agua de los acuarios (p < 0.05)..."

"Diseases caused by bacteria of the Vibrio genus in shrimp farming are of great importance due to their negative impact on the aquaculture industry. These bacteria can cause various diseases in shrimp, such as acute hepatopancreatic necrosis disease (AHPND). Phage therapy is an alternative for the biocontrol of these pathogenic bacteria, offering significant advantages, including high specificity to their hosts, replication at the infection site, and the ability to infect antibiotic-resistant bacteria. However, the stability of phages in the farming system is a persistent concern, as phages have limited stability in solution and undergo a significant drop in phage titer during processing and storage. The method of bacteriophage encapsulation, an area that is not yet fully explored, emerges as a potential alternative to address this issue. In this study, the therapeutic efficacy of a cocktail of bacteriophages (vB_Vp_PvVp05, vB_Vp_PvVp07, and vB_Vp_PvVp11), encapsulated in commercial medium-viscosity sodium alginate, pectin, carboxymethylcellulose, liposomes, and lyophilized pectin, was evaluated as a biocontrol agent against Vibrio parahaemolyticus for use in passive and active phage therapies. It was observed that encapsulation in medium-viscosity sodium alginate showed the highest release of active phages, maintaining a concentration of 1.3 x 105 PFU/g after 100 days of storage when incorporated into shrimp feed and baked at 80–100°C.For the evaluation of passive and active therapies, an experimental infection was conducted on Penaeus vannamei juveniles to assess the effectiveness of the encapsulated phages. The passive therapy experiment showed a mortality rate of 80.6% in shrimp at 48 hpi (p > 0.05) and a concentration of 5 x 102 CFU/mL of non-fermentative Vibrio spp. on TCBS agar. In the case of active therapy, no mortalities were observed, but there was a decrease in the concentration of non-fermentative Vibrio sp. on TCBS agar to 5.56 x 101 CFU/mL at 48 hpi (p < 0.05), and the density of vibriophages increased to 1.4 x 102 PFU/mL in the aquarium water (p < 0.05). It was determined that passive therapy offered no advantage for the control of Vibrio parahaemolyticus, unlike active therapy, which proved to be effective in controlling this bacterium."

vibriófagos, encapsulado, Penaeus vannamei, terapia activa, terapia pasiva vibriophages, encapsulated, active therapy, passive therapy BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA MICROBIOLOGÍA BACTERIÓFAGOS BACTERIÓFAGOS

Influencia de las fases lunares en fertilidad, tasa de preñez y partos de vacas mestizas en el trópico seco.

CANUTO MUÑOZ GARCIA ROSENDO CUICAS HUERTA JUAN GONZALEZ MALDONADO EFREN ESTRADA PAQUI ISIDRO JAUREGUI PLATA JULIO CESAR GOMEZ VARGAS (2023, [Artículo])

There is speculation about moon phases influencing animal reproductive performance. A study was carried out to shed light on the influence of moon phases on estrus presentation, pregnancy rate, calving presentation, and offspring sex in cows from the Mexican dry tropical region. The reproductive data of 580 crossbred cows from 2010 to 2021 was organized according to reproductive events (estrus presentation, gestation, calving presentation, and offspring sex) occurrence during moon phases (new moon, first quarter, full moon, and last quarter). The data were analyzed by Chi-squared test and logistic regression. The full moon reduced the estrus presentation (p0.05). It is concluded that the full moon reduces estrus presentation in crossbred cows. Moon phases do not influence the gestation, calving presentation, and offspring sex.

estrus calving offspring sex CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA CIENCIAS AGRARIAS CIENCIAS VETERINARIAS FISIOLOGÍA ANIMAL

Development of a thermoelectric test for electrical contactors

PABLO OROZCO CORRAL FRANCISCO JAVIER IBARRA VILLEGAS NOE VILLA VILLASEÑOR (2023, [Artículo])

In the economic model in which we develop, there is a dependence on the means of transport that every day is increasing and due to the importance of electrification in the issue of efficient and clean transportation, has caused the need for companies supplying components for automotive manufacturers to evolve and develop new technologies to stay ahead of the needs of their customers being in full evolution towards electrified transport. This evolution extends not only to manufacturing but to the test methods that currently exist, since automotive standards require suppliers to test in laboratory, the components they sell to their customers to ensure their correct operation.

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