Predicción de actividad antimicrobiana usando modelos de escala evolutiva a través de un flujo de trabajo en la plataforma KNIME

Prediction of antimicrobial activity using models of evolutionary scale through a workflow in the KNIME platform

Karla Lorena MartÍnez Mauricio (2023, [Tesis de maestría])

Dentro de las estrategias para combatir la resistencia antimicrobiana, se está llevando a cabo investigación para la creación de nuevos fármacos basados en péptidos antimicrobianos. En los últimos años, se han realizado esfuerzos para incorporar herramientas computacionales que ayuden a acelerar la identificación de péptidos con actividad antimicrobiana. Una de estas herramientas son los modelos QSAR basados en aprendizaje tradicional, que permiten predecir la actividad antimicrobiana en péptidos a partir de información basada en su secuencia. Un componente clave en este proceso es el tipo de características moleculares a utilizar. Recientemente, ha surgido una familia de modelos pre-entrenados llamados ESM-2, los cuales generan incrustaciones (características) que fueron aprendidas a partir de 65 millones de secuencias que abarcan diversidad evolutiva. En este trabajo de tesis, se analiza la contribución de las incrustaciones ESM-2 de diferentes dimensiones de forma individual y en conjunto en el desarrollo de modelos QSAR basados en aprendizaje tradicional para la clasificación de péptidos antimicrobianos, así como sus tipos funcionales, como antibacteriano, antifúngico y antiviral. A partir de este estudio se concluye que aumentar la capacidad de los modelos ESM-2 no implica una mejora en el rendimiento de los modelos para predecir péptidos antimicrobianos. Los modelos ESM-2 t30 y ESM-2 t33 son los más apropiados para extraer características y mejorar la exactitud en las predicciones de péptidos antimicrobianos. Además, fusionar características de diferentes incrustaciones ESM-2 es una estrategia efectiva para construir mejores modelos QSAR que el uso exclusivo de características derivadas de un modelo ESM-2 específico. Se construyeron modelos más simples con un rendimiento comparable o superior a los modelos basados en aprendizaje profundo reportados en la literatura. Para llevar a cabo este estudio se implementó un flujo de trabajo en KNIME que genera de forma automática hasta 1980 modelos de clasificación binaria basados en aprendizaje tradicional. Incorpora diversas técnicas de selección de características, algoritmos de clasificación, métricas de desempeño y una fase de limpieza de datos. Este flujo de trabajo se encuentra disponible en https://github.com/cicese-biocom/classification-QSAR-bioKom.

Molecular features play an important role in different bio-chem-informatics tasks, such as the Quantitative Structure-Activity Relationships (QSAR) modeling. Several pre-trained models have been recently created to be used in downstream tasks either by fine-tuning a specific model or by extracting features to feed traditional classifiers. In this sense, a new family of Evolutionary Scale Modeling models (termed as ESM-2 models) has been recently introduced, demonstrating outstanding results in structure protein prediction benchmarks. Herein, we are devoted to assessing the usefulness of different-dimensional embeddings derived from ESM-2 models in the prediction of antimicrobial peptides, given the great deal of attention received because of their potential to become a plausible option to mainly fight multi-drug resistant bacteria. To this end, we created a KNIME workflow to guarantee using the same modeling methodology, and consequently, carrying out fair comparisons. As a result, it can be drawn that the 640- and 1,280- dimensional embeddings are the most appropriate to be used in modeling because statistically better results were achieved from them. We also combined features from different embeddings, and we can draw that the fusion of features of different embeddings contributes to getting better models than only using a specific model ESM-2. Comparisons regarding state-of-the-art deep learning models confirm that when performing methodologically principled studies in the prediction of AMPs, non-DL based models yield comparable-to-superior results to DL-based models. The implemented KNIME workflow is availablefreely at https://github.com/cicese-biocom/classification-QSAR-bioKom. We consider that this workflow can be valuable to prevent unfair comparisons regarding new computational methods, as well as to propose new non-DL based models.

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Contextos y evaluación de una experiencia universitaria en educación virtual

Jordy Micheli Thirión ADRIAN GERARDO DE GARAY SANCHEZ (2009, [Capítulo de libro])

La educación virtual en la UAM-A irrumpe en un contexto dominado por la poca atención al aprendizaje, es decir al alumno. La tradición sobre la cual se ha construido el quehacer formativo en nuestra universidad es la del énfasis en la enseñanza y el uso de las TIC más para la academia que para el trabajo de enseñanza aprendizaje. Sin embargo. el proceso de aprendizaje institucional (docentes. alumnos y Oficina de Educación Virtual) ha sido fluido. Puede decirse que existían condiciones para que ello sucediese y. además. la estrategia de acercamiento y apoyo a los docentes interesados ha sido la adecuada. El resultado es que éstos han mostrado capacidad de expandir sus competencias tecnológicas y, con ello. didácticas. y los alumnos reflejan en sus evaluaciones este nuevo quehacer del docente.

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Química a distancia: posible y necesario

Alethia Vázquez-Morillas (2009, [Capítulo de libro])

Este trabajo narra la experiencia de un curso a distancia -Reacciones y Enlace Químico- en la División de Ciencias Básicas e Ingeniería de la UAM Azcapotzalco durante 2007. A pesar de que la Legislación Universitaria contempla la posibilidad de la educación superior en modalidad extraescolar, no existen antecedentes documentados de un curso anterior impartido totalmente a distancia, aunque en la División se cuenta desde 1974 con el Sistema de Aprendizaje Individualizado, que combina la asesoría de un profesor con el trabajo individual del alumno. El curso, impartido a estudiantes en su primer año de estudios, se desarrolló en la plataforma Moodle y se conformó con nueve módulos o lecciones, cada una de las cuales contiene distintas actividades de aprendizaje y materiales de referencia. La evaluación se realizó tanto de manera continua -en línea- como final. de forma presencial. Los resultados indican que los alumnos logran un aprendizaje equiparable al que alcanzan en los cursos presenciales. Adicionalmente. valoran la flexibilidad que les da esta modalidad del proceso de enseñanza- aprendizaje. Es necesario que la UAM trabaje en el desarrollo de este tipo de opciones educ3tivas. que brinden a los estudiantes la opción de elegir la forma en que quieren llevar a cabo su formación. Para ello, será necesario modificar algunos aspectos de la legislación y la valoración tradicional del trabajo docente, además de romper con la inercia institucional que tiende a la repetición del modelo tradicional de enseñanza en el aula.

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La experiencia profesional de quienes asesoran los talleres proyectuales de Diseño de la Comunicación Gráfica, Industrial y Arquitectura

Yoshiaki Ando (2023, [Capítulo de libro])

Un factor determinante para la formación de las y los futuros diseñadores de la comunicación gráfica, industriales y arquitectos en los talleres proyectuales es la experiencia profesional que debe tener quien asesora principalmente los proyectos terminales. El perfil deseable de esta, puede ser de experiencia como empleado, emprendedor o ejercicio libre y es quien refuerza las bases para que el alumnado se enfrente al mercado laboral, debido a que conoce la práctica de las diferentes perspectivas de las y los profesionistas, así como las capacidades que deben aprender en su formación universitaria. Por lo tanto, en el presente y futuro, las disciplinas de la división de CyAD deberán reforzar este criterio dada la importancia de la inserción de los futuros profesionistas al mercado laboral.

A determining factor for the training of future graphic communication designers, industrial designers and architects in project workshops, is the professional experience that those who mainly advise terminal projects must have.The desirable profile of them can be experience as an employee, entrepreneur or professional free exercise, and is who can reinforce the bases so that the students can face the labor market, because they know the practice of the different perspectives of the professionals, as well as the skills they must learn in their university education. Therefore, in the present and in the future, the disciplines of the CyAD division must reinforce this criterion due to the importance of the insertion of future professionals in the labor market.

Taller proyectual, experiencia profesional, mercado laboral, egresados, profesionistas. Project workshop, professional experience, labor market, graduates, professionals. College teachers--Professional relationships. College teaching. Reflective teaching. Group work in education. Maestros universitarios. Talleres pedagógicos. LB1778 HUMANIDADES Y CIENCIAS DE LA CONDUCTA PEDAGOGÍA ORGANIZACIÓN Y PLANIFICACIÓN DE LA EDUCACIÓN

The Scaling Scan: Una herramienta práctica para determinar oportunidades y desafíos para escalar innovaciones de manera sostenible

Lennart Woltering (2023, [Libro])

CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA INNOVATION ADOPTION SOCIAL INCLUSION ENVIRONMENTAL FACTORS SCALING UP

A 50 años del Centro de Investigaciones y Estudios Superiores en Antropología Social

FERNANDO IGNACIO SALMERON CASTRO (2023, [Artículo])

"Este número 73 de Desacatos, que aparece en la misma época del año que hace medio siglo, en 1973, vio nacer al Centro de Investigaciones y Estudios Superiores en Antropología Social (ciesas), no incluye la sección “Saberes y razones”. Esta excepción también se hizo en un par de ocasiones anteriores, por diversos motivos. En este caso, la disrupción subraya el aniversario de la institución y abre un mayor espacio para la inclusión de algunos textos adicionales en otras secciones".

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Factores psicosociales de riesgo y protectores relacionados con la depresión en empleadas bancarias de Morelos

ENEIDA ZAYHURI VILLALOBOS SÁNCHEZ (2023, [Tesis de maestría])

Las nuevas dinámicas laborales en el sector bancario derivadas de la adaptación e

implementación de sistemas tecnológicos, precarización y sobrecarga laboral, de la mano de una cultura organizacional desfavorable, algunas veces violenta, se muestran cada vez más estresantes y asfixiantes para sus empleados. Dichos centros se perciben como fuentes generadoras de factores de riesgo psicosocia como el acoso laboral, estos factores de riesgo pueden ser precursores a la presencia del síndrome de quemarse por el trabajo que en muchas de las ocasiones es premórbido ante la presencia de enfermedades ya sea físicas o psicológicas, como la depresión. En la presente investigación están consideradas estas variables, así como sus antagónicos, es decir, los factores psicosociales protectores como el apoyo social y el reconocimiento; la intención es dar a conocer la presencia de ambos factores, así como la repercusión de éstos en la salud de las trabajadoras del sector bancario del estado de Morelos.

HUMANIDADES Y CIENCIAS DE LA CONDUCTA PSICOLOGÍA sector bancario, síndrome de quemarse por el trabajo, estrés laboral, depresión y factores protectores.

El uso de la historia como una herramienta en educación matemática: estudio de caso sobre las conexiones matemáticas al resolver tareas asociadas a la clasificación de grupos finitos.

ERIKA ZUBILLAGA GUERRERO (2020, [Tesis de doctorado])

Para determinar los antecedentes a esta investigación se ha realizado una revisión bibliográfica que hace uso de la metodología propuesta por Gómez-Luna, Fernando-Navas, Aponte-Mayor y Betancourt-Buitrago (2014); la cual está compuesta por tres fases Fundamentales.

Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología 245130

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Formación docente en la Universidad Pedagógica Nacional (UPN): un enfoque para el diseño de una política pública en el marco de la Ley General de Educación Superior

ROSA MARIA TORRES HERNANDEZ (2023, [Tesis de maestría])

https://orcid.org/0000-0002-0740-4265

La publicación de la Ley General de Educación Superior abrió la discusión para replantear la configuración del quehacer de las Instituciones de Educación Superior, sus prioridades y su vinculación social real. En razón de lo anterior la formación del profesorado en educación superior emergió como una prioridad por mandato de ley sin un tejido institucional claro para su problematización y abordaje. Producto de la propia normativa, el Sistema de Evaluación y Acreditación para la Educación Superior estableció elementos para pensar desde una óptica cualitativa y de impacto social; sin embargo, la interrogante que surge es ¿cuál es la situación actual en materia de formación continua del profesorado dentro de las instituciones de educación superior?

Para intentar resolver la interrogante, el presente texto propone una conceptualización de la formación docente, su origen y los retos emergidos tras una crisis sanitaria; así como estrategias para realizar un diagnóstico institucional que visibilice las áreas susceptibles de mejora para una primera intervención. El trabajo es resultado de un acercamiento a la formación docente, desde una perspectiva institucional, en la Universidad Pedagógica Nacional (UPN) y parte de un ejercicio de diálogo entre la investigación acción y la Metodología del Marco Lógico y, a partir de ello, propone una estrategia de política pública para su atención inicial en las Unidades UPN de la Ciudad de México.

Maestro en Administración Pública y Política Pública

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Diseño y aplicación de una App web móvil como material didáctico con diversos estilos de aprendizaje VAK. Caso de estudio en diseñadores gráficos de la facultad de arquitectura y diseño de la UABC, Campus Mexicali

Carolina Medina Zavala (2023, [Tesis de doctorado])

256 páginas. Doctorado en Diseño y Desarrollo de Productos.

El presente proyecto de tesis muestra el diseño de una App web móvil como material didáctico con diversos estilos de aprendizaje aplicado como caso de estudio en estudiantes de diseño gráfico del séptimo semestre de la Facultad de Arquitectura y Diseño (FAD) de la Universidad Autónoma de Baja California (UABC), Campus Mexicali en el periodo del año 2020 al 2022. La idea se origina por la necesidad de compartir con dichos estudiantes un material fidedigno como complemento a un tema de una clase de diseño editorial de la misma institución, al ser esta App web móvil educativa una herramienta de estudio que se puede utilizar de manera extra clase y así facilitar ejercicios con información confiable por parte del docente titular, siendo en este caso la autora de esta investigación. El primer aporte es la propuesta de una metodología para el desarrollo de dicha App web móvil de tipo educativo como un material de apoyo para estudiantes de diseño gráfico de nivel superior. Dicha App ofrece como segundo aporte, el desarrollo de un tema especializado de diseño editorial a partir de los estilos de aprendizaje Visual (V), Auditivo (A) y Kinestésico (K), conocido también como VAK. En la App web móvil, el estudiante se registra y contesta un test para evaluar el estilo de aprendizaje según las respuestas con las que se identificó, este resultado aparece de manera inmediata al finalizar el ejercicio y con ese estilo se mostrará el material didáctico. Cabe destacar que se cuenta con un tercer aporte, el cual no es lo medular de la tesis, pero sí es de gran importancia para concretar el ciclo del uso de la App y un área de oportunidad para futuros proyectos de investigación. Dicho aporte es el diseño de 3 juegos, diseñados con base al estilo de aprendizaje VAK para evaluar de manera lúdica el conocimiento del tema de diseño editorial. Una vez concluida la primera evaluación, el estudiante tiene la opción de poder estudiar el mismo tema en otro estilo de aprendizaje VAK, con ello podrá desarrollar otras técnicas de estudio. Se pretende que esta tesis doctoral sea una guía, para docentes de diseño gráfico o personas con interés en elaborar un material didáctico con los estilos de aprendizaje VAK. Aunado a ello, conocer una metodología para el desarrollo del diseño de una herramienta tecnológica como lo es una App web móvil.

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