First detection of virulence in Puccinia striiformis f. Sp. tritici to wheat resistance genes Yr10 and Yr24 (=Yr26) in Mexico

JULIO HUERTA_ESPINO Ravi Singh (2017, [Artículo])

Near Isogenic Lines Virulence Spectrum Yellow Rust CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA VIRULENCE PUCCINIA STRIIFORMIS WHEAT RESISTANCE GENES

The banana MaWRKY18, MaWRKY45, MaWRKY60 and MaWRKY70 genes encode functional transcription factors and display differential expression in response to defense phytohormones

SERGIO GARCIA LAYNES VIRGINIA AURORA HERRERA VALENCIA Lilia Guadalupe Tamayo Torres VERONICA LIMONES BRIONES FELIPE ALONSO BARREDO POOL FRAY MARTIN BAAS ESPINOLA Angel Alpuche-Solis CARLOS ALBERTO PUCH HAU SANTY PERAZA ECHEVERRIA (2022, [Artículo])

WRKY transcription factors (TFs) play key roles in plant defense responses through phytohormone signaling pathways. However, their functions in tropical fruit crops, especially in banana, remain largely unknown. Several WRKY genes from the model plants rice (OsWRKY45) and Arabidopsis (AtWRKY18, AtWRKY60, AtWRKY70) have shown to be attractive TFs for engineering disease resistance. In this study, we isolated four banana cDNAs (MaWRKY18, MaWRKY45, MaWRKY60, and MaWRKY70) with homology to these rice and Arabidopsis WRKY genes. The MaWRKY cDNAs were isolated from the wild banana Musa acuminata ssp. malaccensis, which is resistant to several diseases of this crop and is a progenitor of most banana cultivars. The deduced amino acid sequences of the four MaWRKY cDNAs revealed the presence of the conserved WRKY domain of ~60 amino acids and a zinc-finger motif at the N-terminus. Based on the number of WRKY repeats and the structure of the zinc-finger motif, MaWRKY18 and MaWRKY60 belong to group II of WRKY TFs, while MaWRKY45 and MaWRKY70 are members of group III. Their corresponding proteins were located in the nuclei of onion epidermal cells and were shown to be functional TFs in yeast cells. Moreover, expression analyses revealed that the majority of these MaWRKY genes were upregulated by salicylic acid (SA) or methyl jasmonate (MeJA) phytohormones, although the expression levels were relatively higher with MeJA treatment. The fact that most of these banana WRKY genes were upregulated by SA or MeJA, which are involved in systemic acquired resistance (SAR) or induced systemic resistance (ISR), respectively, make them interesting candidates for bioengineering broad-spectrum resistance in this crop. © 2022 by the authors.

BANANA TRANSCRIPTION FACTOR WRKY DEFENSE PHYTOHORMONES SALICYLIC ACID METHYL JASMONATE SAR ISR BROAD-SPECTRUM RESISTANCE BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA GENÉTICA GENÉTICA MOLECULAR DE PLANTAS GENÉTICA MOLECULAR DE PLANTAS

The Banana MaWRKY18, MaWRKY45, MaWRKY60 and MaWRKY70 Genes Encode Functional Transcription Factors and Display Differential Expression in Response to Defense Phytohormones

SERGIO GARCIA LAYNES VIRGINIA AURORA HERRERA VALENCIA Lilia Guadalupe Tamayo Torres VERONICA LIMONES BRIONES FELIPE ALONSO BARREDO POOL FRAY MARTIN BAAS ESPINOLA Ángel Gabriel Alpuche Solís CARLOS ALBERTO PUCH HAU SANTY PERAZA ECHEVERRIA (2022, [Artículo])

"WRKY transcription factors (TFs) play key roles in plant defense responses through phytohormone signaling pathways. However, their functions in tropical fruit crops, especially in banana, remain largely unknown. Several WRKY genes from the model plants rice (OsWRKY45) and Arabidopsis (AtWRKY18, AtWRKY60, AtWRKY70) have shown to be attractive TFs for engineering disease resistance. In this study, we isolated four banana cDNAs (MaWRKY18, MaWRKY45, MaWRKY60, and MaWRKY70) with homology to these rice and Arabidopsis WRKY genes. The MaWRKY cDNAs were isolated from the wild banana Musa acuminata ssp. malaccensis, which is resistant to several diseases of this crop and is a progenitor of most banana cultivars. The deduced amino acid sequences of the four MaWRKY cDNAs revealed the presence of the conserved WRKY domain of ~60 amino acids and a zinc-finger motif at the N-terminus. Based on the number of WRKY repeats and the structure of the zinc-finger motif, MaWRKY18 and MaWRKY60 belong to group II of WRKY TFs, while MaWRKY45 and MaWRKY70 are members of group III. Their corresponding proteins were located in the nuclei of onion epidermal cells and were shown to be functional TFs in yeast cells. Moreover, expression analyses revealed that the majority of these MaWRKY genes were upregulated by salicylic acid (SA) or methyl jasmonate (MeJA) phytohormones, although the expression levels were relatively higher with MeJA treatment. The fact that most of these banana WRKY genes were upregulated by SA or MeJA, which are involved in systemic acquired resistance (SAR) or induced systemic resistance (ISR), respectively, make them interesting candidates for bioengineering broad-spectrum resistance in this crop."

Banana Transcription factor WRKY Defense phytohormones Salicylic acid Methyl jasmonate SAR ISR Broad-spectrum resistance BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA GENÉTICA GENÉTICA

Variación espacio-temporal del ensamblaje de peces criptobentónicos y conspicuos en dos áreas naturales protegidas, Bahía de los Ángeles y Huatulco

Spatial and temporal variation of the assemblage of cryptobenthic and conspicuous reef fish in two protected natural areas, Bahía delos Ángeles and Huatulco

Rodrigo Daniel Chiriboga Ortega (2023, [Tesis de maestría])

Los peces arrecifales desempeñan roles ecológicos muy importantes manteniendo la salud de los arrecifes siendo limpiadores, recicladores de materia orgánica y además fuente de alimento entre eslabones de la cadena trófica. El presente trabajo busca describir el ensamblaje de peces arrecifales crípticos y conspicuos, y evaluar los patrones espaciales y temporales del ensamblaje de peces arrecifales en Bahía de Los Ángeles, Baja California (BLA) y el Parque Nacional Huatulco (PNH), Oaxaca. Utilizamos dos métodos de muestreo censos visuales y estaciones cerradas. Para evaluar a los peces conspicuos, se realizaron censos visuales empleando transectos de banda de 20x4 m. Para cuantificar la biodiversidad de peces crípticos, se realizaron estaciones cerradas (0.4 m2 ) en donde se utilizó aceite de clavo como anestésico para recolectar los peces arrecifales criptobentónicos (PACr). Las dos metodologías se realizaron en dos gradientes de profundidad (somero; < 5 m y profundo; > 5 m) y en dos estaciones (cálida y fría). Se realizaron curvas de acumulación de especies y un análisis del número efectivo de especies para describir la riqueza y diversidad de cada zona de estudio. Finalmente, para determinar patrones espacio temporales se realizaron análisis nMDS, PERMANOVAS y SIMPER. La riqueza total fue de 43 especies para BLA y 62 para el PNH representando el 80% y 79% del promedio de los estimadores no paramétricos respectivamente. Se aumentó el número de especies registradas a 94 para BLA y 209 para el PNH utilizando las estaciones cerradas. Se observaron diferencias significativas entre estaciones y profundidad en el ensamblaje de PACs de BLA, pero no para los PACr. En el PNH se observaron diferencias significativas para la riqueza y abundancia de los PACr y variación temporal de la biomasa de los PACs. En conclusión se demostró que el uso de métodos de muestreo complementarios mejora la calidad de los inventarios de especies y permite detectar variaciones espacio temporales en la estructura de la comunidad íctica.

Reef fishes perform important ecological roles in maintaining reef health by cleaning and recycling organic material, and by providing a source of food between trophic linkages. The thesis describes cryptic and conspicuous reef fish assemblages and estimates their spatial and temporal patterns of in two sites, Bahía de Los Ángeles (BLA) in the state of Baja California and Huatulco National Park (PNH), in the state of Oaxaca. We used two sampling methods: visual census using SCUBA (band transects of 4x20m) for conspicuous reef fish (PAC) and enclosed stations (0.4 m2) using clove oil to anesthetize and collect the cryptobenthic reef fish (PACr). Sampling was conducted at two depth strata (shallow; < 5 m and deep; > 5m) and during two seasons (warm and cold). We used species accumulation curves and analysis of effective number of species to describe the richness and diversity of reef fish. Finally, nMDS, PERMANOVAS and SIMPER were performed to determine spatial and temporal patterns. The total species richness was 43 species for BLA and 62 species for the PNH, representing 80% and 79%, respectively, of the average of the non-parametric estimators. The number of species increased to 94 for BLA and 209 for PNH using enclosed stations. Significant differences between seasons and depth strata were found for the PACs assemblage at the BLA site, but not for the PACr assemblage. At the PNH site, significant differences were found for the richness and abundance of the PACr assemblage for depth as well as for the seasonal variation of the biomass of the PACs assemblage. In conclusion we demonstrated that the use of complementary sampling methods improves the quality of species inventories and allows for the detection of both spatial and temporal variations in the structure of the reef fish community.

diversidad, peces arrecifales, criptobentónico, biomasa, espacio-temporal biodiversity, reef fishes, cryptobenthic, biomass, spatial-temporal CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA CIENCIAS AGRARIAS PECES Y FAUNA SILVESTRE DINÁMICA DE LAS POBLACIONES DINÁMICA DE LAS POBLACIONES

Análisis isotópico en plumas del Charrán mínimo (Sternula antillarum) para inferir su ecología trófica

Isotope analysis in feathers of the Least Tern (Sternula antillarum) to infer its trophic ecology

Andehui Danay Morales Flores (2024, [Tesis de maestría])

El análisis isotópico de plumas primarias utilizando las razones isotópicas δ13C y δ15N permitió estimar la amplitud y superposición del nicho trófico de los conjuntos de las colonias reproductivas de adultos y volantones del charrán mínimo. Se infirió la amplitud del nicho por medio del área de la elipse estándar estimada por métodos Bayesianos (SEAB), se encontró que existen diferencias entre el nicho trófico de adultos y volantones, pues los adultos tienen valores de la media SEAB de 16.3‰2 hasta 28.4‰2 y los volantones de 44.8‰2 hasta 75.5‰2, esto podría ser debido a diferencias en cuanto a las presas seleccionadas y la ubicación geográfica de los adultos durante la muda de las primarias. Por otro lado, la superposición del nicho indicó la similitud entre los adultos de diferentes colonias, por lo cual, se consideró que los adultos de algunas colonias podrían compartir un sitio de invernada o bien la temporalidad en la muda de las primarias. Además, se cumplió con el objetivo de caracterizar la variabilidad de las firmas isotópicas de carbono y nitrógeno durante el crecimiento secuencial de las plumas primarias por medio de los modelos aditivos generalizados y se observó la variabilidad entre las primarias utilizando las anomalías respecto a la media local de cada colonia, lo cual permitió diferenciar estrategias de alimentación específicas para ciertos conjuntos y la variabilidad en la dieta. La búsqueda bibliográfica de los sitios potenciales de migración en invierno más los mapas de gradientes isotópicos de δ13C permitió determinar que el Océano Pacífico Oriental Tropical es la región geográfica relacionada con la distribución δ13C en plumas primarias del charrán mínimo y es el sitio más probable de invernada.

The isotopic analysis of primary feathers using the isotopic ratios of δ13C and δ15N allowed the estimation of the breadth and overlap of the trophic niche of adult and fledgling least terns. Niche breadth was inferred through the standard ellipse area (SEAB) estimated by Bayesian methods. We found differences between the trophic niche of adults and fledglings, as adults presented mean SEAB values from 16.3‰2 to 28.4‰2 and fledglings from 44.8‰2 to 75.5‰2. This could be due to differences in the prey selected and the geographical location of the adults during the molt of the primaries. The overlap of these values among adults indicates similarity in prey selection and location between the adults of different colonies. Therefore, it was considered that the adults of some colonies could share a wintering site during the period of molt of the primary feathers. We characterized the variability of carbon and nitrogen isotopic signatures during the sequential growth of primary feathers through generalized additive models and the variability between primaries using the anomalies of these signatures and the local mean for each colony. This allowed us to differentiate specific feeding strategies of individual least terns and the variability in their diet. The bibliographic search for potential migration and wintering sites found published maps of δ13C isotopic gradients in the Tropical Eastern Pacific Ocean that correspond to the δ13C distribution in primary feathers of the least tern, indicating a potential wintering area for this species.

isótopos, carbono, nitrógeno, ave marina, ecología trófica isotopes, seabird, nitrogen, carbon, trophic ecology BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA VEGETAL (BOTÁNICA) ECOLOGÍA VEGETAL ECOLOGÍA VEGETAL

Taxonomic versus ecological prey traits among arthropodophagous bats: implications for surveying trophic partitioning patterns

CINTYA ARACELI SEGURA TRUJILLO SERGIO TICUL ALVAREZ CASTAÑEDA SUSETTE SAMI CASTAÑEDA RICO Jesus Maldonado (2022, [Artículo])

"Species can coexist spatially and temporally by partitioning the niche space and forming complex assemblages made up of different species that share the prey resource. Chiroptera is the second most species-rich mammalian order and about 75% of bat species feed on arthropods, which makes these bats a good model group for studying complex trophic interactions. Next-generation parallel sequencing techniques allow a detailed analysis of arthropod resource partitioning patterns in bats. However, previous studies have not reached a consensus on the concordance between diet composition, habitat use, and segregation of trophic resources in bats. We analyzed diet composition in terms of taxonomy of the insect prey, and the prey characteristics. Feces of 16 bat species were examined in the Mexican Neotropics. We carried out a SIMPER (similarity percentage) test, nonmetric multidimensional scaling, and principal component analyses to identify general segregation patterns of trophic resources in relation to the habitat-use guild of bats and computed Pianka’s niche overlap index between species and Levin’s index to estimate the niche width of each species. Bats from the same locality tend to partition their diet, with a niche overlap ranging between 0.5 and 0.8. The highest values were found between species with different foraging behaviors. We suggest that future bat diet studies should incorporate the ecological and taxonomic information of arthropod prey to better understand the trophic interactions with bats."

"Aproximadamente el 75% de las especies de murciélagos se alimentan de artrópodos, algunas de estas especies pueden coexistir espacial y temporalmente al particionar el espacio del nicho. Los murciélagos forman ensamblajes complejos compuestos por diferentes especies que comparten su recurso trófico. Por tanto, los murciélagos pueden utilizarse como grupo modelo para estudiar interacciones tróficas complejas. Las técnicas de secuenciación masiva paralela del ADN permiten un análisis detallado de sus patrones de partición de recursos tróficos. Sin embargo, los estudios no han llegado a un consenso sobre la concordancia entre la composición de la dieta, el uso del hábitat y la partición de los recursos tróficos en los murciélagos. Analizamos la composición de la dieta en términos de taxonomía de los artrópodos presa y sus características ecológicas. Examinamos las heces de 16 especies de murciélagos a lo largo del Neotrópico Mexicano. Se utilizaron análisis de similitud porcentual (SIMPER), escalamiento multidimensional no métrico y análisis de componentes principales para identificar patrones generales de partición de recursos tróficos en relación con el gremio de uso de hábitat de los murciélagos. Calculamos el índice de superposición de nicho de Pianka entre especies y el índice de Levin para estimar la amplitud del nicho de cada especie. Encontramos que los murciélagos de la misma localidad tienden a diferenciar su dieta, con una superposición de nicho que varía entre 0.5 y 0.8. Los valores más altos se encontraron entre especies con diferentes hábitos de alimentación. Sugerimos que, en el futuro, los estudios de dieta de murciélagos consideren las características ecológicas de sus presas y utilicen la información taxonómica como clave para recuperar información sobre la biología de las presas y comprender la ecología de estas interacciones tróficas."

arthropods, bats, foraging ecology, next-generation sequencing, prey traits, resource partitioning, trophic ecology artrópodos, ecología trófca, murciélagos, partición de recursos, rasgos de presa, secuenciación de nueva generación BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA ANIMAL (ZOOLOGÍA) ECOLOGÍA ANIMAL ECOLOGÍA ANIMAL