A Computational Method for the Binding Mode Prediction of COX-1 and COX-2 Inhibitors: Analyzing the Union of Coxibs, Oxicams, Propionic and Acetic Acids

ESTEFANY BELLO VARGAS JOSE MARIO ORDOÑEZ PALACIOS (2023, [Artículo])

Among the biological targets extensively investigated to improve inflammation and chronic inflammatory conditions, cyclooxygenase enzymes (COXs) occupy a prominent position. The inhibition of these enzymes, essential for mitigating inflammatory processes, is chiefly achieved through Non-Steroidal Anti-Inflammatory Drugs (NSAIDs). In this work, we introduce a novel method—based on computational molecular docking—that could aid in the structure-based design of new compounds or the description of the anti-inflammatory activity of already-tested compounds. For this, we used eight crystal complexes (four COX-1 and COX-2 each), and each pair had a specific NSAID: Celecoxib, Meloxicam, Ibuprofen, and Indomethacin. This selection was based on the ligand selectivity towards COX-1 or COX-2 and their binding mode. An interaction profile of each NSAID was compiled to detect the residues that are key for their binding mode, highlighting the interaction made by the Me group. Furthermore, we rigorously validated our models based on structural accuracy (RMSD < 1) and (R2 > 70) using eight NSAIDs and thirteen compounds with IC50 values for each enzyme. Therefore, this model can be used for the binding mode prediction of small and structurally rigid compounds that work as COX inhibitors or the prediction of new compounds that are designed by means of a structure-based approach.

BIOLOGÍA Y QUÍMICA QUÍMICA anti-inflammatory, cyclooxygenase (COXs), molecular docking, NSAIDs, Celecoxib, Meloxicam, Ibuprofen,

Evaluación de un derivado de la Adenosina sobre la metástasis ósea inducida por el cáncer de mama

Evaluation of an Adenosine derivative on breast cancer induced bone metastasesEvaluation of an Adenosine derivative on breast cancer induced bone metastases

Citlalli Oyuki Mendoza Chacón (2024, [Tesis de maestría])

El cáncer de mama (CM) es considerado como el tipo de cáncer con mayor incidencia y la principal causa de muerte en mujeres en el mundo. Cuando el cáncer está avanzado y ha migrado a otros órganos y específicamente a los huesos, se conoce como metástasis ósea. Los tratamientos actuales ofrecen a los pacientes un panorama favorable cuando el cáncer está en estadio temprano; sin embargo, aún no existe una terapia que cure la metástasis ósea. La adenosina y sus derivados han demostrado su potencial en la regulación del crecimiento tumoral y la supervivencia de las células cancerosas. Por lo tanto, este trabajo tuvo como objetivo evaluar el potencial anticancerígeno de un derivado de la adenosina (IFC 305) sobre células de cáncer de mama 4T1 in vitro mediante ensayos de proliferación, migración, ciclo celular y apoptosis; así mismo, su efecto en un modelo in vivo de metástasis ósea. Los datos demuestran que el fármaco IFC 305 disminuye la proliferación y migración de la línea celular 4T1 dependiendo de la concentración utilizada. Por otro lado, no induce apoptosis a las 24 horas de tratamiento, pero sí un arresto del ciclo celular en la fase G0/G1. Sin embargo, el tratamiento con IFC 305 de ratones con metástasis ósea, no tuvo efecto en la disminución de las lesiones osteolíticas. Estudios futuros son necesarios para optimizar la dosis y tratamiento necesario para el modelo in vivo. En conclusión, nuestro trabajo demostró el potencial anticancerígeno del IFC 305 en ensayos in vitro, a través de la inhibición del crecimiento celular y la migración de las células cancerígenas, y sienta las bases para futuros estudios in vivo que demuestren su potencial terapéutico para el tratamiento de la metástasis ósea causada por el cáncer de mama.

Breast cancer is the type of cancer with the highest incidence and the leading cause of death in women due to this condition. When cancer cells migrate to other organs, especially bones, it is known as bone metastasis. Although the prognosis for some patients may be favorable due to early detection and treatment, there is still no therapy to cure bone metastasis by breast cancer. Adenosine and its derivatives have demonstrated their relevance in controlling proliferation, immune response, and apoptosis in different types of cancer. In this project, the anticancer potential of the drug IFC 305, a derivative of adenosine, on bone metastasis induced by breast cancer was evaluated both in vitro and in vivo. To evaluate the effect of IFC 305 on cell proliferation and migration of the 4T1 murine breast cancer cell line, the MTT assay and wound healing assay were used, respectively. The drug inhibited the proliferation and migration of 4T1 cells in a dose-dependent manner. To understand the underlying mechanism, apoptosis and the cell cycle were analyzed by flow cytometry. Results showed that after 24 hours of exposure to the drug, the effect on apoptosis is minimal. However, it was found that 4T1 cells were arrested in the G0/G1 phase of the cell cycle. However, IFC 305 treatment of mice with bone metastasis did not reduce osteolytic lesions. Future studies are necessary to optimize the dose and treatment necessary for the in vivo model. In conclusion, our work demonstrates the anticancer potential of IFC 305 on in vitro assays, through the inhibition of cell growth and migration of cancer cells. These studies seed the bases for future in vivo studies that demonstrate the IFC 305 therapeutic potential for the treatment of bone metastasis caused by breast cancer.

cáncer de mama, tratamientos, derivado de adenosina, metástasis Breast cancer, treatments, adenosine derivate, metastasis BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA CELULAR OTRAS OTRAS

Evaluación de la acumulación mitocondrial de estrógenos sintéticos mito-dirigidos en un modelo in vitro

Evaluation of mitochondrial accumulation of mito-targeted synthetic estrogens on in vitro model

Magdiel Orozco Valdivia (2023, [Tesis de maestría])

La mitocondria es un organelo que cumple funciones esenciales en el mantenimiento de las células eucariotas y su disfunción está asociada a la progresión de enfermedades neurodegenerativas, metabólicas y cardiovasculares. Por lo anterior es necesario encontrar tratamientos que mejoren la función mitocondrial. Los estrógenos son hormonas que tienen diversos efectos benéficos sobre las células. Entre estos efectos, se ha observado que las hormonas inciden en la función mitocondrial, por lo que son un potencial tratamiento para las enfermedades asociadas a la disfunción mitocondrial. Una alternativa es mediante los compuestos mito-dirigidos, moléculas con actividad biológica que son acoplados a cationes lipofílicos con la capacidad de acumularse a mayor concentración en la mitocondria respecto a las sustancias no mito-dirigidas. Por lo tanto, se plantea conferir la propiedad acumulativa a los estrógenos mediante el acoplamiento de trifenilfosfonio, un catión lipofílico recurrentemente usado para la generación de mito-dirigidos. Para el presente trabajo se sintetizaron dos estrógenos mito-dirigidos. Este proyecto evalúa la acumulación mitocondrial de los estrógenos mito-dirigidos después de una exposición de estos en un modelo in vitro sensible a estrógenos, comparando su acumulación con la del estrógeno no mito-dirigido. Los resultados indican que los estrógenos mito-dirigidos se acumulan más en las mitocondrias que el estrógeno no mito-dirigido y demuestra que los estrógenos mito-dirigidos tienen capacidad acumulativa, esto permite sentar las bases de un tratamiento hormonal dirigido a las mitocondrias que se pueda aplicar a enfermedades asociadas a la disfunción mitocondrial.

Mitochondria are essential organelles of eukaryotic cells, and their dysfunction is associated with the onset and development of neurodegenerative, metabolic, and cardiovascular diseases. Thus, it is important to develop treatments to improve mitochondrial function. One of the options are estrogens, these hormones have a protective role in cellular function by participating in the regulation of mitochondrial function, making estrogens candidates to be a potential treatment for diseases related to mitochondrial dysfunction. One of the alternative treatments are mito-targeted molecules, which are biologically active molecules conjugated with lipophilic cations. These mito-targeted molecules can accumulate inside mitochondria more than non-targeted molecules. This project aims to synthesize mito-targeted estrogens by conjugating a lipophilic cation, triphenylphosphonium, to a parent estrogenic compound. Our hypothesis is that these novel molecules will accumulate in the interior of the mitochondria and will have more biological activity than the non-targeted estrogen. We synthesized two mito-targeted estrogens for this project and evaluated the mitochondrial accumulation in an estrogen-sensitive in vitro model, comparing their accumulation to non-targeted estrogens. The results indicate mito-targeted estrogens accumulate in mitochondria more than the non-targeted estrogens, showing that mito-targeted estrogens have an accumulation capacity. This insight will make new treatments for diseases related to mitochondrial dysfunction.

estrógenos, mito-dirigido, disfunción mitocondrial, acumulación, mitocondria estrogens, mitochondria, mito-targeted, accumulation, mitochondrial dysfunction BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA HUMANA HORMONAS HORMONAS

COLECTORES DE ALGAS DE MÉXICO (1787-1954)

JOSE LUIS GODINEZ ORTEGA (2008, [Artículo])

Se presenta información biográfica y bibliográfica de los colectores de algas de México durante el período de 1787-1954. Los datos fueron obtenidos mediante la consulta de herbarios nacionales y extranjeros, la comunicación directa con los curadores de los mismos y la revisión de la bibliografía pertinente. Se encontraron 51 datos correspondientes a colectores, principalmente de origen norteamericano y europeo; el material colectado por los mismos fue depositado en 16 herbarios: ocho europeos, siete americanos y uno australiano. El trabajo de los colectores reúne información ficoflorística general de los phyla: Cyanobacteria, Rhodophyta, Ochrophyta (incluye Phaeophyceae y Xanthophyceae), Bacillariophyta, Chlorophyta y Charophyta; siendo los mejor representados Bacillariophyta y Rhodophyta. Se incluyen las fechas y localidades de las regiones estudiadas en 26 estados del país. En el periodo que abarca el estudio se descubrieron aproximadamente 477 nuevas especies.

BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA VEGETAL (BOTÁNICA) BOTÁNICA GENERAL BOTÁNICA GENERAL

DOS NUEVAS ESPECIES DE TILLANDSIA (BROMELIACEAE) DE MÉXICO

MARIO ADOLFO ESPEJO SERNA ANA ROSA LÓPEZ FERRARI WALTER TILL (2008, [Artículo])

Se describen e ilustran Tillandsia grossispicata de Colima, Jalisco, Guanajuato y Michoacán, así como T. inopinata de Hidalgo, Guanajuato, Querétaro, San Luis Potosí y Tamaulipas. Se compara a las nuevas especies con T. fasciculata Sw. que presenta características similares. Se incluyen un cuadro comparativo y un mapa de distribución de los nuevos taxa propuestos.

BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA VEGETAL (BOTÁNICA) BOTÁNICA GENERAL BOTÁNICA GENERAL

Cuando los árboles se estresan, ayudan menos

Gerardo Alfonso Carrillo Niquete AARÓN RENÉ CASANOVA DOMÍNGUEZ ROBERTH ARMANDO US SANTAMARIA (2022, [Artículo])

El arbolado de la ciudad puede mejorar el ambiente, la sensación térmica y ser el hogar para muchas especies. Pero, la vida de los árboles en la ciudad puede ser muy estresante, ya que se enfrentan a temperaturas elevadas y una baja humedad del suelo por efecto de la pavimentación. La ecofisiología vegetal puede ser utilizada para estudiar cómo los árboles urbanos funcionan, qué beneficios nos proveen y cómo la urbanización afecta la calidad de estos. Además de la temperatura y la humedad, la radiación es otro factor que afecta los procesos de los árboles, y juntos determinan su capacidad para mejorar el ambiente.

ARBOLADO URBANO ECOFISIOLOGÍA AMBIENTE URBANO BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA VEGETAL (BOTÁNICA) ECOLOGÍA VEGETAL ECOLOGÍA VEGETAL

Entretejiendo la historia biocultural del Agave cocui (Asparagaceae: Agavoideae) en Venezuela

SILVIA GOMEZ RANGEL (2022, [Artículo])

La presente contribución es un acercamiento a la historia biocultural del Agave cocui Trelease. En la América tropical (Neotrópico), pueblos indígenas y comunidades rurales evidencian una milenaria riqueza de conocimientos en el manejo y aprovechamiento de especies nativas. Sin embargo, los datos sobre A. cocui son fragmentarios e imprecisos. Desde la condición diacrónica de la antropología, son enunciadas y confrontadas diversas líneas de evidencias, a partir de la temprana descripción de Galeotto Cey en el siglo XVI y los orígenes amerindios de su nombre vernáculo. Revitalizar los conocimientos tradicionales sobre la especie contribuiría a mitigar eventuales impactos ambientales y a su aprovechamiento integral y sostenible.

ALIMENTO BEBIDA FERMENTADA CAQUETIO CORMO HORNEADO SUR AMERICA VICUYES BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA VEGETAL (BOTÁNICA) ECOLOGÍA VEGETAL ECOLOGÍA VEGETAL

Distichlis spicata: una planta para la sal del suelo

ELIZABETH CHAVEZ GARCIA (2022, [Artículo])

Las especies vegetales que crecen en condiciones de salinidad se denominan halófitas: plantas que viven exclusivamente en suelos salinos. Un ejemplo es el pasto salado (Distichlis spicata), una especie capaz de crecer en condiciones extremas, es decir, en lugares donde las sales afloran en la superficie del suelo y su concentración es tan alta que supera en varias centenas la salinidad del mar. Dichas características pueden ser relevantes para afrontar cuestiones como la desertificación por salinización de los suelos, un evento cada vez más común debido a la degradación de los ecosistemas áridos y semiáridos y al cambio climático global.

BIORREMEDIACION PLANTAS HALOFILAS POACEAE RESTAURACION ECOLOGICA BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA VEGETAL (BOTÁNICA) DESARROLLO VEGETAL DESARROLLO VEGETAL

EECTO DE NANOESTRUCTURAS ORO-SÍLICE EN ARTRITIS REUMATOIDE INDUCIDA POR COLÁGENA

ROSA ISELA RUVALCABA ONTIVEROS (2023, [Tesis de doctorado])

La artritis reumatoide (AR) es una enfermedad inflamatoria autoinmune crónica que

afecta a las articulaciones y causa un daño progresivo que, en la ausencia de un

tratamiento adecuado, puede terminar en discapacidad. Se caracteriza por un

reclutamiento excesivo de células inflamatorias dentro de la membrana sinovial que

conlleva a hiperplasia sinovial, neovascularización, erosión secundaria de cartílago y

hueso y posteriormente la destrucción de la articulación y su deformación. Además de

las características articulares, la inflamación sistemática que presenta la AR repercute

negativamente a nivel sistémico afectando varios órganos, incluyendo las estructuras

cardiovasculares (McInnes & Schett, 2011).

Las sales de oro han demostrado ser eficaces en el control de algunos pacientes con AR

(Massai et al., 2021) y otros padecimientos relacionados como el lupus eritematoso

sistémico (Wallace, 2013) y la artritis psoriásica (Salvarani et al., 1989). Sin embargo, su

uso ha sido limitado en las últimas décadas por la llegada de terapias presumiblemente

más seguras y efectivas. Al aplicar estos tratamientos, los iones de oro se unen a la

albúmina y su vida promedio esta entre los 5 y 7 días (Balfourier et al., 2020). Sin

embargo, después de varios tratamientos, su vida media se eleva y sus trazas son

detectables en varios tejidos incluyendo el hígado, riñones y membrana sinovial. Estas

trazas pueden permanecer en el tejido por décadas (James et al., 2015) y probablemente

de manera indefinida debido a que los iones de oro provenientes de las sales se

combinan con el azufre formando aurosomas que aparecen como vesículas densas

intracelulares (Yamashita, 2021).

Aun así, los efectos benéficos de las sales de oro en el control del proceso inflamatorio

y la remisión sostenida por una porción de los pacientes siguen siendo de interés en la

búsqueda de tratamientos efectivos para AR y condiciones relacionadas. Por esta razón

y gracias a los avances en nanotecnología, se han desarrollado métodos alternativos

para el tratamiento de la AR con oro, ya sea en forma de nanopartículas (Jhun et al.,

2020; Kirdaite et al., 2019; Leonavičienė et al., 2012; Sumbayev et al., 2013) o

nanoestructuras de oro combinadas con polímeros (Yaqoob et al., 2020) que podrían ser

una estrategia más segura de acarrear compuestos de oro dentro de la membrana

sinovial inflamada.

Los modelos animales son un paso crucial para evaluar nuevas terapias en AR (Hong et

al., 2020). Particularmente, la AIC en

Nanoestructuras Oro-sílice Artritis reumatoide BIOLOGÍA Y QUÍMICA QUÍMICA OTRAS ESPECIALIDADES QUÍMICAS OTRAS OTRAS

Desarrollo de Recubrimientos Anticorrosivos para un Acero de Bajo Carbono a Base de una Resina Epóxica y Óxido de Grafeno, Funcionalizado con 3-aminopropiltrietoxisilano

MONICA AIMEE CENICEROS REYES (2022, [Tesis de doctorado])

En el presente trabajo se desarrollaron recubrimientos nanoestructurados a base de resinas epóxicas y óxido de grafeno funcionalizado (fGO) con el agente de acoplamiento de tipo silano 3-aminopropiltrietoxisilano (APTES) a diferentes concentraciones (0.01, 0.1, 0.2 y 0.4 M). Posteriormente, estos nanocompuestos se aplicaron sobre sustratos metálicos con la finalidad de evaluar el efecto que tiene el grado de funcionalización del GO con el APTES en las propiedades anticorrosivas de un recubrimiento preparado a partir del sistema Epoxi/fGO. El desarrollo del proyecto se llevó a cabo en tres etapas: I) Síntesis y caracterización del óxido de grafito mediante el método de Hummers modificado, II) la funcionalización del óxido de grafeno con el silano APTES en solución y III) el desarrollo del nanocompuesto epóxico (Epoxi/fGO) y su aplicación mediante la técnica de inmersión, sobre sustratos metálicos de lámina de acero de bajo carbono A36. Se logró la obtención del óxido de grafito con una concentración de los grupos funcionales típicos reportados en la literatura (hidroxilos, carboxilos, carbonilos y epóxido) de ~ 32 % y un ~ 37 % determinado por XPS y TGA respectivamente. Se determinó mediante FTIR que la funcionalización ocurrió: i) por apertura de anillo y ii) por silanización al encontrar evidencia de la presencia de los enlaces Si-O-C, Si-O-Si y C-N, producto de ambos mecanismos de reacción. También se encontró que en los nanocompuestos Epoxi/ fGO (T1 0.01 M y T2 0.1 M) se obtiene la mejor dispersión fGO en la resina epóxica y mejores propiedades barrera de los recubrimientos preparados con estos nanocompuestos; obteniendo los mayores valores de impedancia |Z|0.1 Hz = 1.81E09 y Z|0.1 Hz = 1.48E09 ohm cm, respectivamente; así como las velocidades de corrosión más bajas T1 corr = 1.92E-05 y T2 corr = 2.50E-05 vs Acero corr = 1.09E-02 mm/año, respectivamente.

Estos resultados son de gran importancia ya que se demostró que funcionalizar al GO con una solución de silano a bajas concentraciones, es una vía para preparar recubrimientos con un buen desempeño barrera, haciendo útiles estos recubrimientos para aplicaciones anticorrosivas de estructuras de acero de bajo carbón; en las concentraciones de T3 0.2 M y T4 0.4 M se observó la presencia de estructuras de sílice, lo que da lugar a la formación de un sistema con características diferentes a lo buscado en este trabajo.

Doctorado en tecnología de polímeros BIOLOGÍA Y QUÍMICA QUÍMICA QUÍMICA