Expansión poblacional reciente en la historia evolutiva de la anchoveta de California Engraulis mordax

Recent population expansion in the evolutionary history of the Californian anchovy Engraulis mordax

NOE DIAZ VILORIA LAURA SANCHEZ VELASCO RICARDO PEREZ ENRIQUEZ (2012, [Artículo])

"La anchoveta de California Engraulis mordax, es una especie templada que pudo haber pasado por un proceso de disyunción poblacional, debido al proceso postglacial de calentamiento del agua alrededor de la punta de la península de Baja California, hace unos 10,000 años. Se realizó un análisis genético para probar la hipótesis nula de homogeneidad genética entre el Golfo de California, México y el sur de California, EUA y si este era el caso, estimar el tiempo de surgimiento de haplotipos en términos de coalescencia. Se analizaron en total 80 secuencias de la región control hipervariable (ADNmt) de E. mordax, capturadas en la región central del Golfo de California (n = 40) y el sur de California (n = 40). A pesar del gran número de haplotipos únicos, no se observó diferenciación genética significativa entre localidades (FST = –0.0025, p = 0.686). Una distribución unimodal en la frecuencia del número de diferencias entre haplotipos indica un modelo de expansión rápida en el tamaño poblacional, que basado en una tasa mutacional de 3.6% por millón de años para la región control, indicó un tiempo de diferenciación nucleotídica relativamente reciente de aproximadamente 61,000 años. Este periodo de tiempo corresponde al Pleistoceno tardío, después de la formación de la península de Baja California, sugiriendo expansiones poblacionales en cada una de las localidades, seguidas del último episodio de glaciación, el cual quizás contribuyó a la migración de esta especie de afinidad templada entre las dos localidades y a su homogenización genética. Sin embargo este único evento reciente de flujo genético en la historia evolutiva de la especie, no explica por sí solo los patrones de distribución encontrados en las frecuencias de diferencias nucleotídicas."

"The Californian anchovy Engraulis mordax, a temperate species, may have undergone a process of population disjunction from experiencing post-glacial water heating processes around the tip of the Baja California Peninsula, Mexico about 10,000 b.p. A genetic analysis was performed to test the null hypothesis of genetic homogeneity between the Gulf of California and Southern California, U. S. A., and if this is the case, to estimate the time of haplotype emergence in terms of coalescence. A total of 80 sequences of the mtDNA hypervariable control region of E. mordax captured in the central Gulf of California (n = 40) and Southern California (n = 40) were analyzed. In spite of the large number of private haplotypes, no significant genetic differentiation among sites (FST = –0.0025, p = 0.686) was observed. An unimodal distribution of mismatch frequency between haplotypes indicated a model of rapid expansion in population size that, based on a mutation rate of 3.6% per million years in the control region, indicates a relatively recent nucleotide differentiation

time of approximately 61,000 years. This time period corresponds to the late Pleistocene, suggesting population expansions at each locality, followed by the last episode of glaciation, which may have contributed to migration of this temperate-affinity species between two locations and the genetic homogenization. However this unique recent event of gene flow in the evolutionary history of species does not explain by itself the mismatch distribution patterns found."

ADN mitocondrial, expansión poblacional reciente, flujo genético, región control, reloj molecular. Control region, gene flow, mitochondrial DNA, molecular clock, recent population expansion. BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA ANIMAL (ZOOLOGÍA) ZOOLOGÍA MARINA ZOOLOGÍA MARINA

Gestión de riesgo de desastres, género y cambio climático: percepciones sociales en Yucatán, México

Disaster risk management, gender and climate chage: social perceptions in Yucatan, Mexico

DENISE SOARES DANIEL MURILLO LICEA (2013, [Artículo])

El objetivo del presente trabajo es abonar a la reflexión de la articulación entre la gestión de riesgo de desastres y la equidad de género. Se presenta un estudio de caso en cuatro localidades del estado de Yucatán, México, sobre percepciones respecto al cambio climático y capacidades institucionales sobre gestión de riesgos. Para conocer las percepciones sociales locales se han utilizado los métodos de encuestas y entrevistas a informantes clave, y los resultados encontrados dan cuenta de la existencia de severos problemas en la institucionalidad municipal encargada tanto de la gestión de riesgo de desastres como de la promoción de procesos de mayor igualdad de género; además de esto, se registró un escaso conocimiento sobre los factores que provocan el cambio climático.

The aim of this paper is to contribute to the reflection on the link between disaster risk management and gender equity. It is presented a case study on perceptions about climate change and institutional abilities regarding risk management in four locations of the state of Yucatan, Mexico. In order to know the local social perceptions, surveys and interviews were administered to key informants, and the results account for the existence of serious problems in municipal institutions in charge of both disaster risk management and the promotion of processes to generate greater gender equality. Additionally, a lack of knowledge about the factors that cause climate change was recorded.

Cambio climático Desastres naturales Género Yucatán CIENCIAS SOCIALES

Vulnerabilidad social y construcción de capacidades para la adaptación al cambio climático: una propuesta con enfoque de género en Yucatán

DENISE SOARES Gemma Millán ROBERTO ROMERO PEREZ (2014, [Documento de trabajo])

Este informe busca enriquecer el debate sobre relaciones de género y cambio climático a través del desarrollo de un estudio de caso sobre vulnerabilidad frente a huracanes y estrategias de adaptación en cuatro localidades del estado de Yucatán. Cabe mencionar que este estado fue seleccionado dada su vulnerabilidad a eventos hidrometeorológicos extremos.

Cambio climático Impacto ambiental Análisis de vulnerabilidad Enfoque de género Informes de proyectos Yucatán CIENCIAS SOCIALES

Capital social y vulnerabilidad ante eventos meteorológicos extremos: lecciones desde el municipio de San Felipe, costa de Yucatán, México

DENISE SOARES DANIEL MURILLO LICEA (2013, [Artículo])

En esta contribución se hace un breve recorrido por los postulados del capital social desde la voz de sus principales referentes, para, a partir de ahí, buscar prácticas y expresiones del capital social en el municipio

de San Felipe, península de Yucatán, México. Se analiza la utilidad, los alcances y las limitaciones que posee dicho enfoque en la reducción de la vulnerabilidad social, explicando, de modo contextualizado y empírico, relaciones posibles entre los significados de capital social y su contribución en la reducción de la vulnerabilidad social frente a eventos meteorológicos extremos.

Capital social Vulnerabilidad Eventos meteorológicos extremos Yucatán CIENCIAS SOCIALES

Capitales de la comunidad, medios de vida y vulnerabilidad social ante huracanes en la costa de yucateca: un acercamiento a través de la experiencia de San Felipe, Yucatán

DENISE SOARES ROBERTO ROMERO PEREZ Ricardo Víctor López Mera (2011, [Libro])

Interesados en el desarrollo de estrategias para abordar la problemática de la crisis climática en los trópicos, este documento propone un marco metodológico para emprender un análisis reflexivo en función de los capitales de la comunidad ante la vulnerabilidad climática. Toma como eje central una población de la península de Yucatán en México y desarrolla de forma ordenada y sistemática un estudio amplio de lo que ocurre en el marco de los siete capitales de la comunidad. El contenido del libro está fundamentado en una rica y muy bien analizada base de información, figuras, cuadros e imágenes que ponen de manifiesto la necesidad de proponer diversas acciones que conlleven a fortalecer la creación de capacidades, el emprendimiento de acciones adaptativas, la promoción de sinergias entre las diferentes personas clave; así como la conservación de los recursos naturales, el desarrollo de nuevas opciones económicas para paliar los efectos de la crisis y por ende la mejora en la infraestructura disponible para atenuar los efectos de la vulnerabilidad climática.

Cambio climático Vulnerabilidad Capital de la comunidad Huracanes Yucatán CIENCIAS SOCIALES

Genetic analysis of Vibrio parahaemolyticus O3:K6 strains that have been isolated in Mexico since 1998

CARLOS ABRAHAM GUERRERO RUIZ (2017, [Artículo])

Vibrio parahaemolyticus is an important human pathogen that has been isolated worldwide from clinical cases, most of which have been associated with seafood consumption. Environmental and clinical toxigenic strains of V. parahaemolyticus that were isolated in Mexico from 1998 to 2012, including those from the only outbreak that has been reported in this country, were characterized genetically to assess the presence of the O3:K6 pandemic clone, and their genetic relationship to strains that are related to the pandemic clonal complex (CC3). Pathogenic tdh+ and tdh+/trh+ strains were analyzed by pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) and multilocus sequence typing (MLST). Also, the entire genome of a Mexican O3:K6 strain was sequenced. Most of the strains were tdh/ORF8-positive and corresponded to the O3:K6 serotype. By PFGE and MLST, there was very close genetic relationship between ORF8/O3:K6 strains, and very high genetic diversities from non-pandemic strains. The genetic relationship is very close among O3:K6 strains that were isolated in Mexico and sequences that were available for strains in the CC3, based on the PubMLST database. The whole-genome sequence of CICESE-170 strain had high similarity with that of the reference RIMD 2210633 strain, and harbored 7 pathogenicity islands, including the 4 that denote O3:K6 pandemic strains. These results indicate that pandemic strains that have been isolated in Mexico show very close genetic relationship among them and with those isolated worldwide. © 2017 Guerrero et al. This is an open access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License, which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original author and source are credited.

Article, bacterial strain, biofouling, controlled study, Crassostrea, food intake, gene sequence, genetic analysis, genetic variability, Japan, Mexican, Mexico, molecular phylogeny, nonhuman, pandemic, pathogenicity island, sea food, serotyping, toxi BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA GENÉTICA GENÉTICA

Whole-genome comparison between reference sequences and oyster Vibrio vulnificus C-genotype strains

CARLOS ABRAHAM GUERRERO RUIZ (2019, [Artículo])

Whole-genome sequences of Vibrio vulnificus clinical genotype (C-genotype) from the CICESE Culture Collection, isolated from oysters, were compared with reference sequences of CMCP6 and YJ016 V. vulnificus C-genotype strains of clinical origin. The RAST web server estimated the whole genome to be ~4.8 Mb in CICESE strain 316 and ~4.7 Mb in CICESE strain 325. No plasmids were detected in the CICESE strains. Based on a phylogenetic tree that was constructed with the whole-genome results, we observed high similarity between the reference sequences and oyster C-genotype isolates and a sharp contrast with environmental genotype (E-genotype) reference sequences, indicating that the differences between the C- and E-genotypes do not necessarily correspond to their isolation origin. The CICESE strains share 3488 genes (63.2%) with the YJ016 strain and 3500 genes (63.9%) with the CMCP6 strain. A total of 237 pathogenicity associated genes were selected from reference clinical strains, where—92 genes were from CMCP6, 126 genes from YJ016, and 19 from MO6-24/ O; the presence or absence of these genes was recorded for the CICESE strains. Of the 92 genes that were selected for CMCP6, 67 were present in both CICESE strains, as were as 86 of the 126 YJ016 genes and 13 of the 19 MO6-24/O genes. The detection of elements that are related to virulence in CICESE strains—such as the RTX gene cluster, vvhA and vvpE, the type IV pili cluster, the XII genomic island, and the viuB genes, suggests that environmental isolates with the C-genotype, have significant potential for infection. © 2019 Guerrero et al. This is an open access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License, which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original author and source are credited.

Article, bacterial gene, bacterial strain, bacterial virulence, comparative study, controlled study, gene cluster, gene identification, genomic island, genotype, nonhuman, phylogenetic tree, sequence analysis, strain identification, Vibrio vulnificus BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA GENÉTICA GENÉTICA

Los pliegues de la memoria: huellas de la deportación y el exterminio desde los testimonios heredados de las mujeres yaquis.

ALMA YOLANDA GONZALEZ GOMEZ (2023, [Tesis de doctorado])

La presente tesis doctoral es el resultado de una investigación que rescató historias orales de mujeres yaquis sobre la deportación y el exterminio perpetrado contra la tribu durante el porfiriato y los años revolucionarios. El objetivo planteado consistió en identificar las huellas que preservan las mujeres yoeme de ese pasado traumático, con la finalidad de reconstruir una memoria/posmemoria a través de la cual se pueda analizar, comprender y explicar cómo ellas representan y resignifican en sus narrativas esa etapa histórica en el presente.

Se abordó esta temática debido a la invisibilización historiográfica sobre el genocidio yaqui y el silencio histórico de las mujeres yoeme, bajo la hipótesis de que ellas son quienes salvaguardan y repiten transgeneracionalmente las historias escuchadas de los familiares deportados, desaparecidos o reclutados en la leva.

Esta investigación cualitativa requirió dieciocho meses de trabajo de campo en las comunidades yaquis, donde se realizaron entrevistas a mujeres yoeme para integrar un corpus representativo de trece testimonios. La metodología para rescatar las narrativas partió de un enfoque etnográfico e interdisciplinar mediante la historia oral con apoyo en los marcos conceptuales de los estudios de memoria y posmemoria, así como en las nociones de violencia y genocidio, de duelo y giro afectivo/emocional.

Las conclusiones se remiten a los recuerdos individuales de la deportación y el genocidio yaqui como un pasado vivo en el que persiste el duelo inacabado por las muertes y el destierro forzado, el dolor de las ausencias y el odio hacia el yori, las cicatrices de guerra y las violaciones de ancestras, la esclavitud, la persecución, las penalidades de los traslados inhumanos y los regresos a su territorio ancestral, la ruptura social y familiar, entre otros.

Aunque las narrativas recabadas contienen disonancias respecto a los hechos históricos, éstas corresponden a las subjetividades propias de la historia oral recordada.

Aunado a la aportación de las memorias, esta tesis contribuye con un listado nominal inédito de 250 yaquis deportados en 1900 y hallazgos hemerográficos sobre la deportación.

CIENCIAS SOCIALES Yaquis Mujeres Roles sexuales Historia oral Entrevistas

A simple extension to the CMASA method for the prediction of catalytic residues in the presence of single point mutations

David Israel Flores Granados (2014, [Artículo])

The automatic identification of catalytic residues still remains an important challenge in structural bioinformatics. Sequence-based methods are good alternatives when the query shares a high percentage of identity with a well-annotated enzyme. However, when the homology is not apparent, which occurs with many structures from the structural genome initiative, structural information should be exploited. A local structural comparison is preferred to a global structural comparison when predicting functional residues. CMASA is a recently proposed method for predicting catalytic residues based on a local structure comparison. The method achieves high accuracy and a high value for the Matthews correlation coefficient. However, point substitutions or a lack of relevant data strongly affect the performance of the method. In the present study, we propose a simple extension to the CMASA method to overcome this difficulty. Extensive computational experiments are shown as proof of concept instances, as well as for a few real cases. The results show that the extension performs well when the catalytic site contains mutated residues or when some residues are missing. The proposed modification could correctly predict the catalytic residues of a mutant thymidylate synthase, 1EVF. It also successfully predicted the catalytic residues for 3HRC despite the lack of information for a relevant side chain atom in the PDB file. © 2014 Flores et al.

1UU9 protein, 3HRC protein, protein, thymidylate synthase, unclassified drug, protein kinase, thymidylate synthase, accuracy, algorithm, Article, CMASA, CMASA Substitution Matrix, Contact Matrix Average Deviation, controlled study, correlation coeffi CIENCIAS FÍSICO MATEMÁTICAS Y CIENCIAS DE LA TIERRA MATEMÁTICAS ANÁLISIS NUMÉRICO ANÁLISIS NUMÉRICO

Comparative live-cell imaging analyses of SPA-2, BUD-6 and BNI-1 in Neurospora crassa reveal novel features of the filamentous fungal polarisome

Alexander Lichius (2012, [Artículo])

A key multiprotein complex involved in regulating the actin cytoskeleton and secretory machinery required for polarized growth in fungi, is the polarisome. Recognized core constituents in budding yeast are the proteins Spa2, Pea2, Aip3/Bud6, and the key effector Bni1. Multicellular fungi display a more complex polarized morphogenesis than yeasts, suggesting that the filamentous fungal polarisome might fulfill additional functions. In this study, we compared the subcellular organization and dynamics of the putative polarisome components BUD-6 and BNI-1 with those of the bona fide polarisome marker SPA-2 at various developmental stages of Neurospora crassa. All three proteins exhibited a yeast-like polarisome configuration during polarized germ tube growth, cell fusion, septal pore plugging and tip repolarization. However, the localization patterns of all three proteins showed spatiotemporally distinct characteristics during the establishment of new polar axes, septum formation and cytokinesis, and maintained hyphal tip growth. Most notably, in vegetative hyphal tips BUD-6 accumulated as a subapical cloud excluded from the Spitzenkörper (Spk), whereas BNI-1 and SPA-2 partially colocalized with the Spk and the tip apex. Novel roles during septal plugging and cytokinesis, connected to the reinitiation of tip growth upon physical injury and conidial maturation, were identified for BUD-6 and BNI-1, respectively. Phenotypic analyses of gene deletion mutants revealed additional functions for BUD-6 and BNI-1 in cell fusion regulation, and the maintenance of Spk integrity. Considered together, our findings reveal novel polarisome-independent functions of BUD-6 and BNI-1 in Neurospora, but also suggest that all three proteins cooperate at plugged septal pores, and their complex arrangement within the apical dome of mature hypha might represent a novel aspect of filamentous fungal polarisome architecture. © 2012 Lichius et al.

fungal protein, protein BNI 1, protein BUD 6, protein SPA 2, protein Spk, unclassified drug, actin binding protein, cytoskeleton protein, fungal protein, article, cell fusion, cellular distribution, comparative study, conidium, controlled study, cyto BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA MICROBIOLOGÍA MICROBIOLOGÍA