De Novo assembly and annotation of the Pacific calico scallop (Argopecten ventricosus) transcriptome for immune-related gene discovery

RUTH ESCAMILLA MONTES GENARO DIARTE PLATA GABRIELA BERENICE MENDOZA MALDONADO Aarón Barraza Celis Carlos Eliud Angulo Valadez Seyed Hossein Hoseinifar Jesús Arturo Fierro Coronado ANTONIO LUNA GONZALEZ (2022, [Artículo])

"Invertebrates' immune defense mechanisms play a critical role in pathogen recognition and elimination. De novo assembly and annotation of the Argopecten ventricosus transcriptome were performed for the immune-related gene identification. Scallops (height: 4.4 cm) were challenged with inactivated Vibrio parahaemolyticus IPNGS16. The RNA from different tissues was pooled for a single cDNA library construction sequenced by NextSeq 500 platform 2×75 paired‐end chemistry. Before de novo assembling with Trinity, reads were analyzed with FastQC, Trimmomatic, and Prinseq. Assembled sequences were analyzed by CD-HIT-EST and TransDecoder. The corresponding annotation was performed against NCBI-nr, RefSeq protein, and KAAS (KEGG) databases. The Trinity assembly yielded 107,516 contigs. TransDecoder yielded 25,285 sequences as CDSs of which, 16,123 were annotated against the NCBI-nr protein, most of them scored with Crassostrea gigas data. Gene ontology mapped sequences (15,262) were classified in molecular functions (~13,000), cellular components (~11,000), and biological processes (~13,000). The KAAS analysis showed biological categories for metabolism (13%), cellular processes (12%), genetic information processing (10%), organismal systems (19%), environmental information (13%), and human diseases (33 %). Within the organismal systems, 467 immune-related genes (KO) were identified. Sixty-four immune-related genes were annotated/blasted against the NCBI-nr and RefSeq protein databases. An RT-qPCR was performed to analyze the expression level of immune-related genes obtained in the transcriptome analysis in scallops (height 4.5 cm) treated with probiotic bacilli added to culture water. Bacilli significantly increased the expression of the HSP70 and PGRP genes. The gene transcripts analysis of A. ventricosus will better understand its immune response against pathogens in culture systems."

Argopecten ventricosus, calico scallop, transcriptome, bivalve, immune genes BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA ANIMAL (ZOOLOGÍA) INMUNOLOGÍA INMUNOLOGÍA

Vibrissa growth rate in California sea lions based on environmental and isotopic oscillations

MARTHA PATRICIA ROSAS HERNANDEZ (2018, [Artículo])

Pinniped vibrissae provide information on changes in diet at seasonal and annual scales; however, species-specific growth patterns must first be determined in order to interpret these data. In this study, a simple linear model was used to estimate the growth rate of vibrissae from adult female California sea lions (Zalophus californianus) from San Esteban Island in the Gulf of California, Mexico. The δ15N and δ13C values do not display a marked oscillatory pattern that would permit direct determination of the time period contained in each vibrissa; thus, time (age) was calculated in two ways: 1) based on the correlation between the observed number of peaks (Fourier series) in the δ15N profile and the length of each vibrissa, and 2) through direct comparison with the observed number of peaks in the δ15N profile. Cross-correlation confirmed that the two peaks in the δ15N profile reflected the two peaks in the chlorophyll-a concentration recorded annually around the island. The mean growth rate obtained from the correlation was 0.08 ± 0.01 mm d-1, while that calculated based on the observed number of peaks was 0.10 ± 0.05 mm d-1. Both are consistent with the rates reported for adult females of other otariid species (0.07 to 0.11 mm d-1). Vibrissa growth rates vary by individual, age, sex, and species; moreover, small differences in the growth rate can result in significant differences over the time periods represented by the isotopic signal. Thus, it is important to assess this parameter on a species-by-species basis. © 2018 Rosas-Hernández et al. This is an open access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License, which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original author and source are credited.

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Chronic toxicity of shrimp feed added with silver nanoparticles (Argovit-4®) in Litopenaeus vannamei and immune response to white spot syndrome virus infection

Carlos Rosendo Romo Quiñonez Píndaro Álvarez Ruiz CLAUDIO HUMBERTO MEJIA RUIZ NINA BOGDANCHIKOVA Alexey Pestryakov CARINA GAMEZ JIMENEZ WENCESLAO VALENZUELA QUIÑONEZ Magnolia Montoya Mejía EUSEBIO NAVA PEREZ (2022, [Artículo])

"In recent years, the application of silver nanoparticles (AgNPs) as antibacterial compounds has been widely used in human and veterinary medicine. In this work, we investigated the effects of AgNPs (Argovit-4 R ) as feed additives (feed-AgNPs) on shrimp (Litopenaeus vannamei) using three different methods: 1) chronic toxicity after 28 days of feeding, 2) Effects against white spot syndrome virus (WSSV) challenged by oral route, and 3) transcriptional responses of immune-related genes (PAP, ProPO, CTL-3, Crustin, PEN3, and PEN4) following WSSV infection. The results showed that the feed-AgNPs did not interfere with the growth and survival of shrimp. Also, mild lesions in the hepatopancreas were recorded, proportional to the frequency of the feed-AgNP supply. Challenge test versus WSSV showed that feeding every 7 days with feed-AgNPs reduced mortality, reaching a survival rate of 53%, compared to the survival rates observed in groups fed every 4 days, daily and control groups of feed-AgNPs for the 30%, 10%, and 7% groups, respectively. Feed-AgNPs negatively regulated the expression of PAP, ProPO, and Crustin genes after 28 days of treatment and altered the transcriptional responses of PAP, ProPO, CTL-3, and Crustin after WSSV exposure. The results showed that weekly feeding-AgNPs could partially prevent WSSV infection in shrimp culture. However, whether or not transcriptional responses against pathogens are advantageous remains to be elucidated."

Silver nanoparticles, Shrimp, Aquaculture, Chronic toxicity, WSSV, AgNP, Argovit, Litopenaeus vannamei , Silver fed, White spot syndrome virus BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA INMUNOLOGÍA INMUNIZACIÓN INMUNIZACIÓN

Nanovacunas que valen oro

Carlos Eliud Angulo Valadez LUIS HERNANDEZ ADAME Ana Aguilera-Juarez (2022, [Artículo])

nanopartículas de oro BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA INMUNOLOGÍA VACUNAS VACUNAS

Factores psicosociales de riesgo y protectores relacionados con la depresión en empleadas bancarias de Morelos

ENEIDA ZAYHURI VILLALOBOS SÁNCHEZ (2023, [Tesis de maestría])

Las nuevas dinámicas laborales en el sector bancario derivadas de la adaptación e

implementación de sistemas tecnológicos, precarización y sobrecarga laboral, de la mano de una cultura organizacional desfavorable, algunas veces violenta, se muestran cada vez más estresantes y asfixiantes para sus empleados. Dichos centros se perciben como fuentes generadoras de factores de riesgo psicosocia como el acoso laboral, estos factores de riesgo pueden ser precursores a la presencia del síndrome de quemarse por el trabajo que en muchas de las ocasiones es premórbido ante la presencia de enfermedades ya sea físicas o psicológicas, como la depresión. En la presente investigación están consideradas estas variables, así como sus antagónicos, es decir, los factores psicosociales protectores como el apoyo social y el reconocimiento; la intención es dar a conocer la presencia de ambos factores, así como la repercusión de éstos en la salud de las trabajadoras del sector bancario del estado de Morelos.

HUMANIDADES Y CIENCIAS DE LA CONDUCTA PSICOLOGÍA sector bancario, síndrome de quemarse por el trabajo, estrés laboral, depresión y factores protectores.

Desarrollo y comercialización de adyuvantes herbolarios como alternativa terapéutica para el tratamiento del síndrome metabólico en adultos mexicanos. Evaluación de solicitud de patente y registro sanitario

SYLVIA ADRIANA PINAL CALVILLO (2023, [Tesis de maestría])

Este trabajo de tesis parte de la creciente preocupación global sobre la Epidemia

Metabólica, enfocándose en su prevalencia, impacto económico y las perspectivas

futuras en México. Se centra en la interconexión entre enfermedades metabólicas,

factores de riesgo compartidos y la respuesta a intervenciones comunes,

destacando la obesidad, diabetes y síndrome metabólico como ejes centrales.

Adicionalmente, examina la Medicina Ancestral y la estandarización en la

producción de remedios herbolarios como estrategias potenciales para mitigar esta

crisis.

El trabajo revisa los antecedentes de la Medicina Tradicional según la Organización

Mundial de la Salud (OMS), su uso en condiciones metabólicas, y su integración en

sistemas de salud. Se presta especial atención al uso de plantas medicinales en

México y a nivel global, resaltando la transferencia intercultural de conocimientos

herbolarios en la era de la globalización.

En el marco general, se establecen los objetivos del estudio y se detalla la

caracterización de productos herbales específicos para el tratamiento del síndrome

metabólico, se centra en el uso sinérgico de: Syzigium cumini, Coix lacryma-jobi, y

Mossanona depressa. Se analizan sus propiedades farmacológicas y usos en el

tratamiento de la diabetes y el síndrome metabólico.

La sección de formalización comercial aborda la constitución de la sociedad, los

registros ante el Instituto Mexicano de Propiedad Intelectual (IMPI) y la Comisión

Federal para la Protección contra Riesgos a la Salud (COFEPRIS), la determinación

de patentabilidad, y las estrategias de protección de propiedad intelectual.

Finalmente, el estudio concluye con recomendaciones para la mejora regulatoria en

este campo y detalla la tramitología necesaria para la implementación de estas

estrategias. La investigación subraya la importancia de integrar la medicina

tradicional en los sistemas de salud modernos para combatir la epidemia

metabólica, especialmente en contextos como el de México.

BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA Epidemia metabólica, medicina ancestral México, Herbario Mundial, obesidad, diabetes, síndrome metabólico, tratamiento herbolario, factores riesgo metabólicos, intervenciones epidemia metabólica, carga económica Salud México, remedios naturales diabetes, integración medicina tradicional, OMS Medicina Tradicional, plantas medicinales metabólicas, Syzigium cumini, Coix lacryma-jobi, Mossanona depressa, Propiedad Intelectual Herbolarios, Registro COFEPRIS, Patentabilidad Productos Naturales, Legislación Mexicana Salud, Mejora Regulatoria Medicina Tradicional.

DESACTIVACIÓN DE FLUORESCENCIA COMO PRINCIPIO DE BIODETECCIÓN DE PROTEÍNAS

Edwin Johan Ortiz Riaño (2020, [Tesis de maestría])

"En nuestros días los inmunoensayos son la principal herramienta para el diagnóstico médico, el desarrollo de fármacos y el monitoreo medioambiental. Sin embargo, la mayoría de los inmunoensayos involucran procedimientos que requieren de muchos elementos para su desarrollo. En el presente trabajo, se desarrolló una novedosa plataforma de biosensado para la detección de IgG humana basada en el apagamiento de fluorescencia causada por el óxido de grafeno. Se utilizó solo un anticuerpo (conjugado con el fluoróforo isotiocianato de fluoresceína) en los procesos de captura y detección sin la necesidad de etapas de lavado. La simple plataforma de biosensado consiste en el recubrimiento de una microplaca de 96 pocillos (con fondo de poliestireno) con óxido de grafeno. La adhesión del óxido de grafeno es posible gracias a interacciones electrostáticas entre el óxido de grafeno (negativamente cargado) y la superficie de la placa modificada con grupos aminos (positivamente cargados). Cuando se agregó el analito y el anticuerpo (conjugado con el fluoróforo) se realizó una cinética durante dos horas con lecturas cada 5 minutos de la intensidad de fluorescencia, observando que cuanto mayor era la concentración del analito menor era el apagamiento de fluorescencia. Esta propuesta mostró una excelente detección para IgG humana, con una aceptable precisión (desde 0.27 % hasta 4.80 %). El límite de detección alcanzado fue 2.71 ng mL y el límite de cuantificación alcanzado fue de 15.5 ng mL. De igual forma, fue posible la cuantificación de concentraciones desconocidas del analito dentro de un rango aceptable de exactitud (desde 73 % hasta 126 %). Todo esto hace de esta plataforma de biosensado una buena opción para la detección de diversos tipos de analitos (biomarcadores) con potencial futuro en diagnóstico."

Inmunoensayo Plataforma de Biosensado Óxido de Grafeno Isotiocianato de fluoresceína Apagamiento de fluorescencia Límite de cuantificación Límite de detección CIENCIAS FÍSICO MATEMÁTICAS Y CIENCIAS DE LA TIERRA FÍSICA ÓPTICA ÓPTICA

Relación agua-energía para apoyar la producción de alimentos en la zona de influencia del Tren Maya, tramo Palenque-Carrillo Puerto

José Javier Ramírez Luna Eduardo Venegas Reyes ULISES DEHESA CARRASCO (2019, [Documento de trabajo])

RD1907.1

En el presente informe se reporta la construcción de un área experimental para la producción de fresa, arándano y aguacate, basados en agua proveniente de un sistema de desalinización alimentado con energía solar. Dicho informe comprende la implementación de un área demostrativa para cultivo de aguacate; el establecimiento de un área demostrativa para cultivo de arándano y fresa; y la puesta en marcha del sistema de desalinización implementado en proyectos productivos.

Riego Desalación Cultivos alimenticios CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA

Impactos socio territoriales de la transición del alimento a su función de mercancía fundamental en el estado de Morelos

RODRIGO FLORES RESENDIZ (2023, [Tesis de maestría])

La alimentación fue fundamental para el desarrollo de la humanidad por permitir la

satisfacción concreta de alimentarse para reponer vida, es decir, forma parte de las

necesidades básicas para la reproducción de la vida. En principio, la alimentación fue

basada en la recolección de algunas plantas y especies animales, lo que permitió un largo

proceso una acumulación de conocimiento sobre el manejo de la alimentación, originando

un proceso de domesticación basada en las condiciones locales de cada territorio, dando

como resultado múltiples sistemas agroecológicos, los cuales forman parte de la

territorialización del conocimiento sobre el manejo de la alimentación. Por ello, el

alimento es considerado como un producto fundamental.

En esta lógica, la producción de alimentos fue desarrollándose de manera que la

tecnificación de la agricultura permitía la generación de excedentes alimentarios, los

cuales en primera instancia sirvieron como una reserva alimentaria para asegurar su

alimentación. Sin embargo, la producción agrícola en el advenimiento de la revolución

industrial modificó los sistemas agrícolas tradicionales para el aprovechamiento de los

productos agrícolas de monocultivo, el cual origino una transformación económica que

impulsó la agricultura capitalista.

En este sentido, la agricultura dejo de producir alimentos para satisfacer la

necesidad concreta de alimentarse para producir productos agrícolas necesarios para el

mercado mundial, generando un proceso de transformación a una mercancía

fundamental. Es decir, algunas de las determinaciones generales del alimento fueron

absolutizadas, dejando por un lado la satisfacción de una necesidad para la reproducción

de la vida por la acumulación de riqueza; por tanto, el producto de esta transformación se

clasifica como alimento mercancía.

CIENCIAS SOCIALES DEMOGRAFÍA

Gestión colectiva del agua de uso doméstico y sus representaciones sociales. Medellín-Colombia (2000-2020)

LEIDY JOHANNA VALLEJO ARIAS (2023, [Tesis de maestría])

El manejo del agua ha sido de interés por parte de los grupos humanos desde el inicio de los tiempos, ya que sin ésta no sería posible la supervivencia humana. Con el paso de los años, el ser humano se ha encargado de crear sistemas tanto de infraestructura como de gestión del agua, los que le han permitido acceder a ella de manera rudimentaria en algunos casos y en otros de manera tecnificada (Quintana, 2016), prevaleciendo una gran variedad de posibilidades y combinaciones de situaciones y recursos. De ahí que Rolland y Vega (2015) puntualicen que “Los actos políticos, económicos y jurídicos relacionados con la gestión del agua responden a contextos geográficos, hídricos y demográficos, así como a la dinámica social, tanto en los ámbitos local, regional, nacional como internacional” (p. 156). Es por esto por lo que la gestión del agua debe ser entendida de manera específica y contextualizada, debido a que el territorio y las personas que lo habitan son quienes mediante sus relaciones posibilitan dicha gestión.

CIENCIAS SOCIALES DEMOGRAFÍA