A study of optical and radio properties of radio-loud AGN

ERIC FAUSTINO JIMÉNEZ ANDRADE (2015)

Studies of radio-loud AGN are crucial to address basic questions like how jets are formed,

accelerated and collimated, and what is the effect of the presence of such powerful jets in

the evolution of the host galaxy and the local environment. In this thesis we have focused

on two open issues relevant to the radio-loud AGN phenomenon, the nature of Giant Radio

Galaxies (GRGs) and the AGN-host galaxy coevolution.

We present a sample of 197 GRGs with a largest (projected) linear size (LLS) of at least

1 Mpc, divided into 93 low-z (z<0.4) and 104 high-z (z>0.4) sources for which optical

spectra from the Sloan Digital Sky Survey (SDSS) are available. We obtained optical and

radio parameters of GRGs in order to search for the reason for their having grown to Mpc

scales. Moreover, we studied the circumnuclear regions of GRGs and 5 BL Lacs in order to

get insights about the coevolution between the AGN and the host galaxy.

Master thesis

AGN phenomenon GRG sample Optical analysis Star formation history CIENCIAS FÍSICO MATEMÁTICAS Y CIENCIAS DE LA TIERRA ASTRONOMÍA Y ASTROFÍSICA RADIOASTRONOMÍA

Calidad sanitaria en la producción de nopal verdura (Opuntia sp) en Otumba, México

TALINA OLIVIA MARTINEZ MARTINEZ (2011)

Tesis (Doctorado en Ciencias, especialista en Entomología y Acarología).- Colegio de Postgraduados, 2011.

La calidad sanitaria en los productos hortofrutícolas debe considerarse una prioridad en la producción de alimentos. Actualmente en México, existe una gran preocupación por las asociaciones de productores y gobierno federal para adoptar sistemas de producción que reduzcan riesgos de contaminación (SRRC). Para la implementación de estos sistemas, es necesario cumplir con una serie de requisitos, entre ellos se encuentra la validación de procesos. Un método inmediato para efectuar este requerimiento, es la evaluación de la calidad sanitaria desde el punto de vista microbiológico y toxicológico, lo que hace necesario determinar un plan de muestreo y las técnicas apropiadas para la detección y cuantificación de patógenos indicadores. Con este propósito, en este estudio se determinó la calidad sanitaria de cladodios de nopal producido bajo un SRRC a través del recuento de bacterias mesofilas aerobias y coliformes totales, detección de Salmonella sp. y Escherichia coli, así como la determinación de residuos de plaguicidas (organoclorados, organofosforados, organonitrogenados y piretroides). Los resultados indicaron que la carga de bacterias mesófilas y coliformes totales no rebasaron los límites permisibles y no se detecto Salmonella, sin embargo, se detecto Escherichia coli. Se encontraron residuos de bifentrina, dimetoato, ometoato, clorpirifós etílico, malatión y paratión metílico, plaguicidas no autorizados para este cultivo. Por otra parte, se evaluó la capacidad de sobrevivencia de Salmonella y E. coli en cladodios de nopal verdura desespinados y con espinas a dos temperaturas (4 y 18 °C) por 16 días, a fin de evaluar su comportamiento una vez que han invadido a la hortaliza, bajo condiciones de manejo y almacenamiento comunes en el mercado. Salmonella y E. coli sobrevivieron durante el periodo de prueba a ambas temperaturas y condiciones de nopal, aunque la mayor sobrevivencia fue en nopal desespinado. Posteriormente, se identificaron y cuantificaron compuestos fenólicos en cladodios de nopal con potencial microbicida, se observó que ácido protocatequico y cafeíco se encontraban en mayor abundancia. En este mismo trabajo, se presenta una propuesta para elegir un tamaño de muestra para análisis microbiológicos, usando como base planes de muestreo de dos y tres clases y con referencia en el nivel de protección para el consumidor y el nivel de calidad del productor. Ambos muestreos permitieron diseñar esquemas de muestreo con un nivel de protección requerido por el mercado y comparar estadísticamente diferentes sistemas de producción de productos hortícolas. _______________ SANITARY QUALITY OF CACTUS LEAVES (Opuntia sp.) PRODUCTION IN OTUMBA, MÉXICO. ABSTRACT: The sanitary quality of horticultural products should be considered a priority in food production. In Mexico, there is a great concern from producers association and gubernamental authorities to implement production systems for reducing contamination risks (SRCR). However, for the implementation of this systems is required to do several requirements, one them, is the process validation. An immediate way to perform this requirement is the evaluation of the sanitary quality (microbiological and toxicology assessment), for this reason, is necessary a sampling plan and appropriate techniques for pathogen detection and quantification of indicators. For this purpose, in this study was determined the sanitary quality of nopal, which was produced under a SRCR, through aerobic mesophilic bacteria and total coliforms counts, Salmonella sp. and Escherichia coli detection, and pesticide residues determination (organochlorine, organophosphorus, organonitrogen and pyrethroid). The results were: mesophilic bacteria and total coliform levels were within the permissible, Salmonella was not detected, but Escherichia coli was detected. Bifenthrin, dimethoate, omethoate, chlorpyrifos ethyl, malathion and methyl parathion were detected, these pesticides are not allowed. On the other hand, was assessed the survival capacity of Salmonella and E. coli in peeled and whit spines cactus leaves at two temperatures (4 and 18 ° C) for 16 days, in order to determine the bacterias behavior once they have invaded nopal tissue, under common management and market storage. Salmonella and E. coli survived in this conditions, although the major survival was in peeled pads Later, phenolic compounds with potential microbicide in nopal was identified and quantified, (protochatequic and caffeic acids were the principal compounds. In this paper, we present a proposal to select a sample size for microbiological analysis, using two and three classes sampling and protection consumer level and the producer's quality level. Both sampling design allowed to obtain sampling schemes with a level of protection required by the market and to do statistically comparations between different systems of production of horticultural products.

Doctoral thesis

Salmonella Escherichia coli Pesticides Phenolic compounds Survival Sample size Entomología y Acarología Doctorado CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA

On testing the log-gamma distribution hypothesis by bootstrap

EDUARDO GUTIERREZ GONZALEZ OLGA VLADIMIROVNA PANTELEEVA HUMBERTO VAQUERA HUERTA (2013)

"In this paper we propose two bootstrap goodness of fit tests for the loggamma distribution with three parameters, location, scale and shape. These tests are built using the properties of this distribution family and are based on the sample correlation coefficient which has the property of invariance with respect to location and scale transformations. Two estimators are proposed for the shape parameter and show that both are asymptotically unbiased and consistent in mean squared error.

The test size and power is estimated by simulation. The power of the two proposed tests against several alternative distributions is compared to that of the Kolmogorov Smirnov, Anderson Darling, and chi square tests. Finally, an application to data from a production process of carbon fibers is presented."

Article

Shape parameter Sample correlation coefficient Location scale invariant statistic Goodness of fit test Parametric bootstrap CIENCIAS SOCIALES

Integración y caracterización de una colección núcleo de trigo duro (Triticum turgidum subsp durum) proveniente del centro de recursos fitogenéticos de CIMMyT

BIBIANA MERCEDES ESPINOSA GARCIA (2015)

Tesis (Doctorado en Cienicas, especialista en Genética).- Colegio de Postgraduados, 2014.

El Banco de Germoplasma de CIMMYT mantiene más de 21,000 accesiones de trigo duro incluyendo las líneas avanzadas incluidas en el Ensayo Internacional de Rendimiento de Trigo Duro (IDYN, por sus siglas en inglés) que ha sido distribuido anualmente a más de 100 países desde 1969. Estas líneas fueron seleccionadas para potencial de rendimiento, amplia adaptación, resistencia a enfermedades, calidad y uso final. En este proyecto se desarrollaron dos colecciones núcleo de las líneas del IDYN, una con base en la información fenotípica y la otra en la información genotípica. La colección núcleo con datos fenotípicos se definió utilizando un método probabilístico para el agrupamiento de las accesiones, dicho método fue muy estricto y produjo 30 subgrupos que dificultaron obtener una explicación biológica del agrupamiento. Para la conformación de la colección núcleo con información genotípica se utilizó un método jerárquico tradicional (Ward) en el que fue más sencillo identificar cinco grupos de germoplasma que se relacionaron con los objetivos y parámetros de selección en las diferentes etapas del programa de mejoramiento de trigo duro de CIMMYT. Los métodos utilizados en la asignación de las accesiones que conformarían ambas colecciones núcleo, permitieron conservar la estructura genética de la población original y revelaron la existencia de redundancia dentro del conjunto original de líneas del IDYN. Con los resultados de este trabajo de investigación, el Banco de Germoplasma de CIMMYT cuenta con dos opciones para el establecimiento de una colección núcleo de las líneas del IDYN, que podría poner a disponibilidad de los investigadores en trigo duro de todo el mundo para utilizarla en sus estudios. INTEGRATION AND CHARACTERIZATION OF A CORE COLLECTION OF DURUM WHEAT (Triticum turgidum subsp. durum) FROM THE CIMMYT PLANT GENETIC RESOURCES CENTER. ABSTRACT: The CIMMYT Germplasm Bank preserves over 21,000 accessions of durum wheat lines containing the advanced lines included within the International Durum Wheat Yield Trial (IDYN) which has been distributed annually over 100 countries since 1969. These lines were selected towards yield potential, wide adaptation, disease resistance, quality and end use. In this project two IDYN lines core collections were formed, one based on phenotypic data and the other on genotypic information. The core phenotypic data collection was defined using a probabilistic method for grouping the accessions, that method was very strict and produced 30 subgroups that hindered obtaining a biological explanation of the grouping. With the genotypic data a traditional hierarchical method (Ward) was used, and it allowed the identification of five groups of germplasm related with the objectives and selection parameters at different stages of the CIMMYT durum wheat breeding program. The methods used in the allocation of accessions that would form both core collections, allowed retaining the genetic structure of the original population and revealed the existence of redundancy within IDYN lines original complete set. With these results, the CIMMYT Germplasm Bank has two options for establishing an IDYN lines core collection, which might be available to durum wheat researches worldwide for use in their studies.

Master thesis

Diversidad genética IDYN Métodos de agrupamiento Métodos de elección de muestras Genetic diversity Clustering methods Sample allocation methods Genética Doctorado CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA

Realización eficiente de conversion de frecuencia de muestreo por un factor racional mediante el uso de filtros CIC

ARCESIO ARBELAEZ NIETO (2012)

Este trabajo presenta una nueva estructura para la realización eficiente de filtros para la

conversión de frecuencia de muestreo por un factor racional.

En primer lugar se muestran algunos conceptos fundamentales de los sistemas multi-razón,

que son aquellos que requieren diferentes frecuencias de muestreo para su funcionamiento.

Estos conceptos son claves para el análisis de las estructuras propuestas en este trabajo.

Posteriormente, se hace una revisión de los filtros usados a lo largo del documento, incluyendo

una corta descripción de los mismos y ejemplos que permiten la comprensión de su

funcionamiento.

En tercer lugar se presentan algunos de los métodos que permiten una conversión por

un factor racional de forma eficiente. Estos se basan principalmente en la descomposición

polifase y permiten realizar las operaciones necesarias en una frecuencia de muestreo reducida,

generando un ahorro en el consumo de potencia.

Después se presenta una revisión de varios métodos encontrados en la literatura para la

realización de los filtros usados para conversión racional. Algunos de ellos se usan para

sistemas que soportan múltiples estándares. Sin embargo, este trabajo se ocupa de aquellos

diseñados para valores de conversión específicos, que se usan para tareas particulares

buscando la mayor eficiencia.

Además se presentan algunas condiciones y consideraciones que permitirán la definición

de una propuesta para la conversión racional de frecuencias de muestreo.

Luego se presenta la propuesta para el diseño de los filtros para conversión racional. Este

método resulta de la combinación de dos métodos existentes en la literatura. Adicionalmente,

se presenta una modificación de la estructura propuesta que permite la realización

eficiente de la estructura. Finalmente, se presentan las respectivas implementaciones para

comprobar que efectivamente, estos filtros son realizables. Además, se incluyen sus respuestas

al impulso tanto en Simulink como en ModelSim.

Master thesis

Sample rate conversion Software radio Comb filters CIENCIAS FÍSICO MATEMÁTICAS Y CIENCIAS DE LA TIERRA FÍSICA ELECTRÓNICA

Infrared Spectroscopy Analysis of Oxyhydroxides as Intermediate Species in the Formation of Iron Oxides-Silica Xerogels

SELINA REBECA DEL CARMEN PONCE CASTAÑEDA SALVADOR ANTONIO PALOMARES SANCHEZ FACUNDO RUIZ OSCAR EDUARDO AYALA VALENZUELA JOSE ANDRES MATUTES AQUINO (2003)

A detailed infrared spectroscopy analysis in the 2500 to 3800 cm−1 region has

been used to study the formation of species in samples of iron oxides embedded in

silica xerogel matrix.We report the presence of α, β, and γ forms of iron oxyhydroxides

as intermediate species in the formation of α-Fe2O3, γ -Fe2O3 and ε-Fe2O3 starting from

three different iron precursors: iron nitrate, iron chloride and nanometric Fe particles

prepared by chemical reduction. Our results show that under thermal dehydration α and

γ forms of iron oxyhydroxides transform into hematite and maghemite, respectively,

whereas the β form transform to the ε-Fe2O3 without going through an intermediate iron

oxide phase.

Article

sol-gel vibrating sample magnetometry oxyhydroxides CIENCIAS FÍSICO MATEMÁTICAS Y CIENCIAS DE LA TIERRA FÍSICA OTRAS ESPECIALIDADES FÍSICAS OTRAS

Formation of Nickel-Zinc Ferrite Embedded in a Silica Xerogel Matrix

SELINA REBECA DEL CARMEN PONCE CASTAÑEDA SALVADOR ANTONIO PALOMARES SANCHEZ JOSE ANDRES MATUTES AQUINO (2002)

We report a study using X-ray diffraction, refinement Rietveld, IR absorption spectroscopy and vibrating sample magnetometry of the formation of particles of Ni-Zn ferrites embedded in a xerogel SiO2 matrix. Initial solutions were prepared mixing TEOS, distilled water, ethanol, and three different nitrates: iron, nickel and zinc. A molar ratio H2O:TEOS:Et-OH of 11.66:1.0:4.0 was used in all solutions. Formation of Ni0.5Zn0.5Fe2O4 as well as structural modifications of the SiO2 matrix induced by these particles are discussed. Ni-Zn crystals having dimensions varying from 4 to 16.5 nm have been synthesized by a suitable heat treatment schedule at temperatures varying from 700 to 1100◦C. The coercivity values for different heat-treated samples are found in the range 11–193 Oe, which are significantly larger than those presented by bulk Ni-Zn ferrites.

Article

Sol-gel vibrating sample magnetometry CIENCIAS FÍSICO MATEMÁTICAS Y CIENCIAS DE LA TIERRA FÍSICA OTRAS ESPECIALIDADES FÍSICAS OTRAS

Adapterama I: universal stubs and primers for 384 unique dual-indexed or 147,456 combinatorially-indexed Illumina libraries (iTru

&

iNext)

Travis Glenn Troy Kieran Jon Sanders NATALIA JULIANA BAYONA VASQUEZ John Finger Todd Pierson Swarnali Louha FRANCISCO JAVIER GARCIA DE LEON MIGUEL ANGEL DEL RIO PORTILLA (2019)

"Massively parallel DNA sequencing offers many benefits, but major inhibitory cost factors include: (1) start-up (i.e., purchasing initial reagents and equipment); (2) buyin (i.e., getting the smallest possible amount of data from a run); and (3) sample preparation. Reducing sample preparation costs is commonly addressed, but start-up and buy-in costs are rarely addressed. We present dual-indexing systems to address all three of these issues. By breaking the library construction process into universal, re-usable, combinatorial components, we reduce all costs, while increasing the number of samples and the variety of library types that can be combined within runs. We accomplish this by extending the Illumina TruSeq dual-indexing approach to 768 (384 C 384) indexed primers that produce 384 unique dual-indexes or 147,456 (384 _ 384) unique combinations. We maintain eight nucleotide indexes, with many that are compatible with Illumina index sequences. We synthesized these indexing primers, purifying them with only standard desalting and placing small aliquots in replicate plates. In qPCR validation tests, 206 of 208 primers tested passed (99% success). We then created hundreds of libraries in various scenarios. Our approach reduces startup and per-sample costs by requiring only one universal adapter that works with indexed PCR primers to uniquely identify samples. Our approach reduces buy-in costs because: (1) relatively few oligonucleotides are needed to produce a large number of indexed libraries; and (2) the large number of possible primers allows researchers to use unique primer sets for different projects, which facilitates pooling of simples during sequencing. Our libraries make use of standard Illumina sequencing primers and index sequence length and are demultiplexed with standard Illumina software, thereby minimizing customization headaches. In subsequent Adapterama papers, we use these same primers with different adapter stubs to construct amplicon and restriction-site associated DNAlibraries, but their use can be expanded to any type of library sequenced on Illumina platforms."

Article

Bioinformatics, Genetics, Genomics, Public Health, Illumina, Next Generation Sequencing, NovaSeq, Sample Preparation, Pooling, Multiplexing, Adapters, Primers BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA GENÉTICA GENÉTICA CLÍNICA GENÉTICA CLÍNICA