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A document recommendation system using a document-similarity ontology

RODRIGO VENCES NAVA VICTOR HUGO MENENDEZ DOMINGUEZ JORGE RICARDO GOMEZ MONTALVO (2016)

In this paper, we present a proposal for searching, retrieving and recommending documents, based on the similarity of their content, using an ontology of the type “Friend of a Friend” that establishes, if it is the case, the transitivity of similarity between the document selected by the user and the other documents in the repository. Document similarity is calculated as the cosine of the angle between the vectors of terms that represent them. The Vector Space Model is used for representing the documents and the weight of the terms is obtained by using the TF-IDF metric. The architecture that implements the proposal is presented as well as experimental results.

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INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA CIENCIAS TECNOLÓGICAS Recommender systems FOAF ontology TF-IDF Cosine similarity

Autonomous Motion Planning for Avatar Limbs

CRISTIAN EDUARDO BOYAIN Y GOYTIA LUNA ANDRES MENDEZ VAZQUEZ Marco Antonio Ramos Corchado (2015)

In this work, a new algorithm for autonomous avatar motion is presented. The new algorithm is based in the Rapidly-exploring Random Tree (RRT) and an appropriate ontology. It uses a novel approach for calculating the motion sequence planning for the different avatar limbs: legs or arms. First, the algorithm uses the information stored in the ontology concerning the avatar structure and the Degrees Of Freedom (DOFs) to obtain the basic actions for motion planning. Second, this information is used to perform the growth process in the RRT algorithm. Then, all this information is used to produce planning. The plans are generated by a random search for possible motions that respect the structural restrictions of the avatar on kinesiology studies. To avoid a big configuration space search, exploration, exploitation, and hill climbing are used in order to obtain motion plans.

Article

Computación Avatar rapidly-exploring random tree degree of freedom ontology kinesiology INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA

Automatic mapping magnetic resonance images into multimedia database using SIFT

JENNIFER LYNN REYNOSO MUÑOZ ALMA DELIA CUEVAS RASGADO Farid García Lamont ADOLFO GUZMAN ARENAS (2015)

This paper focuses on the representation of magnetic resonances of different parts of the human body, such as knees, spinal column, arms, elbows, etc., using ontologies. First, it maps the resonance images in a multimedia database. Then, automatically, using the SIFT pattern recognition algorithm, descriptors of the images stored in the database are extracted in order to recover useful data for the user; it uses the ontologies as an artificial intelligence tool and, in consequence, reduces generation of useless data. Why do we think this is an interesting task? Because, if the user requires information about any topics or (s)he has some illness or needs to undergo magnetic resonance, this tool will show him/her images and text to convey a better understanding, helping to obtain useful conclusions. Artificial intelligence techniques are used, such as machine learning, knowledge representation, and pattern recognition. The ontological relations introduced here are based on the common representation of language, using definition dictionaries, Roget’s thesaurus, synonym dictionaries, and other resources. The system generates an output in the OM ontological language [1]. This language represents a structure where our system adds the data scanned by the SIFT algorithm. The tests have been made in Spanish; however, thanks to the portability of our system, it is possible to extend the method to any language.

Proyecto UAEM 3454CHT/2013

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artificial intelligence ontology multimedia database pattern recognition magnetic resonance INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA

La ontología social de John R. Searle: un recorrido de los estados Intencionales al Hacktivismo

ALEJANDRO ERICK ERNESTO BAUTISTA PADILLA (2014)

130 páginas. Maestría en Sociología.

El presente trabajo es una revisión e interpretación muy personal de la teoría de la Ontología Social acuñada por Searle. Decidí desarrollarla con amplitud debido a que su reciente manufactura no ha permitido una atención adecuada, por parte de los cientistas sociales de habla hispana. Hay además la necesidad de brindar un panorama amplio de la teoría que pudiese ser esclarecedor para su aplicación en futuras investigaciones. No obstante, sigo creyendo que las teorías son formas de visión desechables que pretenden ayudarnos a entender la realidad del mejor modo posible. Y lo sobresaliente en ellas es que siempre están en posibilidad de ser modificadas, ampliadas o simplemente ignoradas, pudiendo resultar útiles bajo ciertos enfoques y totalmente irrelevantes desde otros. Lo mismo vale para el presente entramado teórico.

Master thesis

Teoría general de las Instituciones; Comunicación digital. Ontology. Ontología. Epistemología social. Relaciones sociales. BD300 HUMANIDADES Y CIENCIAS DE LA CONDUCTA FILOSOFÍA FILOSOFÍA GENERAL METAFÍSICA, ONTOLOGÍA

Automatic mapping magnetic resonance images into multimedia database using SIFT

JENNIFER LYNN REYNOSO MUÑOZ ALMA DELIA CUEVAS RASGADO Farid García Lamont ADOLFO GUZMAN ARENAS (2015)

I. INTRODUCCIÓN STE proyecto de representación de la información a través de ontologías, analiza las imágenes de una base de datos multimedia, la cual contiene imágenes de tomografías, resonancia magnética de rodillas, brazos, columna vertebral (por citar algunas) con su descripción en texto y las ubica de manera automática en una ontología, que es nuestra base de conocimiento. Una ontología es un hipergrafo dirigido con vértices relacionados mediante aristas. En ella, un vértice representa un concepto o idea, mientras que un enlace representa la relación entre los vértices que une. Las características o propiedades de un concepto también se representan con aristas emanando del nodo correspondiente (Fig. 5). Nuestro sistema extrae imágenes de la base de datos multimedia, y coloca automáticamente cada imagen en el nodo correspondiente en la ontología, atendiendo a la categoría del objeto extraído. Esta ontología así enriquecida con imágenes es útil para consultas en comercio electrónico, aplicaciones 1 J. L. Reynoso, Universidad Autónoma del Estado de México, lynnreynoso@gmail.com. A. D. Cuevas, Universidad Autónoma del Estado de México, almadeliacuevas@gmail.com. F. García, Universidad Autónoma del Estado de México, fgarcial@uaemex.mx. A. Guzmán, Centro de Investigación en Computación del IPN , aguzman@ieee.org. médicas, rostros de criminales, marcas registradas, imágenes satelitales, etc. Para el reconocimiento de imágenes se usa el algoritmo SIFT (Scale Invariant Feature Transform) que extrae puntos clave que describen o modelan a los objetos en la escena [2]. Se construye un conjunto de entrenamiento que contiene los puntos clave extraídos de diferentes imágenes de objetos que se desean reconocer, en este caso, resonancias magnéticas de diferentes partes del cuerpo. En la fase de reconocimiento, a una imagen nueva se le extraen sus puntos clave y se comparan con los almacenados en el conjunto de entrenamiento para poder reconocer el objeto que aparece en la imagen. Es importante mencionar que los puntos clave son invariantes a la escala, rotación, pequeños cambios de iluminación y en la dirección de la vista, lo que hace que el reconocimiento sea robusto, hasta cierto punto. Además del algoritmo de reconocimiento de patrones y la carga automática de las imágenes de acuerdo al concepto al que pertenece, una interfaz del sistema permite a un usuario no sofisticado poder consultar las características de cada concept o y con ello su imagen. Está dirigido por ejemplo a usuarios no especializados en temas de medicina o a estudiantes de medicina que, por fines didácticos, pueden buscar información sobre un padecimiento a lo cual, una interfaz presenta información en texto estructurado como la glosa del concepto, palabras, idiomas, propiedades o características, imagen, nodos antecesores y sucesores en la ontología. La organización de este trabajo es la siguiente: En la sección I se presenta una introducción al tema, en la II se explica la principal idea que motivó nuestro desarrollo. En la sección III se presentan los conceptos básicos usados. La sección IV contiene los trabajos relacionados. En la sección V se presenta la metodología utilizada para el desarrollo del sistema. La sección VI contiene pruebas con los ejemplos de resonancia magnética de rodilla y resonancia magnética de columna lumbar, cráneo, brazo, pierna y mama. En la sección VII se muestran los resultados obtenidos de acuerdo a textos e imágenes analizadas. Las conclusiones aparecen en la sección VIII.

This paper focuses on the representation of magnetic resonances of different parts of the human body, such as knees, spinal column, arms, elbows, etc., using ontologies. First, it maps the resonance im ages in a multimedia database. Then, automatically, using the SIFT pattern recognition algorithm, descriptors of the images stored in the database ar e extracted in order to recover useful data for the user; it use s the ontologies as an artificial intelligence tool and, in consequen ce, reduces generation of useless data. Why do we think this is an interesting task? Because, if the user requires information abo ut any topics or (s)he has some illness or needs to undergo magnet ic resonance, this tool will show him /her images and text to conve y a better understanding, helping t o obtain useful conclusions. Artificial intelligence techniques are used, such as machine learning, knowledge representat ion, and pattern recognition. The ontological relations introduced here are based on the common representation of language , using definition dictionarie s, Roget’s thesaurus, synonym dictionaries, and other resources The system generates an output in the OM ontological language [1]. This language represents a structure where our system adds the data scanned by the SIFT algorithm. The tests have been made in Spanish; however, thanks to the portability of our system, it is possible to extend the method to any language.

Sistema Nacional de Investigadores SNI, El Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología CONACYT del gobierno Mexicano, La Secretaría de Investigación y Posgrado del Instituto Politécnico Nacional SIP-IPN. Universidad Autónoma del Estado de México, Centro Universitario Texcoco La Secretaría de Investigación y Estudios Avanzados SIEA. El proyecto: 3454CHT/2013

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artificial intelligence ontology multimedia database pattern recognition magnetic resonance INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA

Bridging the phenotypic and genetic data useful for integrated breeding through a data annotation using the Crop Ontology developed by the crop communities of practice

Rosemary Shrestha Glenn Hyman Elizabeth Arnaud (2012)

The Crop Ontology (CO) of the Generation Challenge Program (GCP) (http://cropontology.org/) is developed for the Integrated Breeding Platform (IBP) (https://www.integratedbreeding.net/) by several centers of The Consultative Group on International Agricultural Research (CGIAR): bioversity, CIMMYT, CIP, ICRISAT, IITA, and IRRI. Integrated breeding necessitates that breeders access genotypic and phenotypic data related to a given trait. The CO provides validated trait names used by the crop communities of practice (CoP) for harmonizing the annotation of phenotypic and genotypic data and thus supporting data accessibility and discovery through web queries. The trait information is completed by the description of the measurement methods and scales, and images. The trait dictionaries used to produce the Integrated Breeding (IB) fieldbooks are synchronized with the CO terms for an automatic annotation of the phenotypic data measured in the field. The IB fieldbook provides breeders with direct access to the CO to get additional descriptive information on the traits. Ontologies and trait dictionaries are online for cassava, chickpea, common bean, groundnut, maize, Musa, potato, rice, sorghum, and wheat. Online curation and annotation tools facilitate (http://cropontology.org) direct maintenance of the trait information and production of trait dictionaries by the crop communities. An important feature is the cross referencing of CO terms with the Crop database trait ID and with their synonyms in Plant Ontology (PO) and Trait Ontology (TO). Web links between cross referenced terms in CO provide online access to data annotated with similar ontological terms, particularly the genetic data in Gramene (University of Cornell) or the evaluation and climatic data in the Global Repository of evaluation trials of the Climate Change, Agriculture and Food Security programme (CCAFS). Cross-referencing and annotation will be further applied in the IBP.

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Crop Ontology breeding trait plant phenotype trait dictionaries breeding fieldbook data annotation integrated breeding platform crop community of practice CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA

A context-awareness architecture for managing thermal energy in an nZEB building

OSCAR HERNANDEZ URIBE Matilde Santos Peñas María C. García-Alegre Domingo Guinea Díaz (2015)

Global warming is seriously affecting society, but also to a lesser extent the longevity of the population and migration of people from the countryside to the cities present challenges for governments. Smart applications (smart city, smart grid, smart buildings, smart water, smart health) offer an alternative to deal with these challenges. Pervasive sensors, with increasingly powerful features, allow innovative developments, making possible a progressive growth in the so-called smart applications. Because information is the backbone of any type of smart environment, this work presents an architecture approach to take advantage of the capabilities of advanced sensors. Specifically in this work this architecture is applied to renewable energy systems for a better management of the thermal energy. A semantic sensors network has been developed to provide context awareness for managing thermal flow in a near Zero Energy Building (nZEB). The key elements are an Ontology Web Language (OWL) to describe the sensors and contextual knowledge, and a Semantic Web Rule Language (SWRL) to represent rule-based inferences for context reasoning. The main goal is to improve thermal energy comfort in a building with a reduction in the energy used.

O. H. U. thanks to the Alternative Energies Research and Development Foundation for a pre-doctoral grant and also CONACYT-CIATEQ for additional economic support.

Conference proceedings

Smart energy Control architecture Web ontology Context-awareness Semantic sensor nZEB building Decision support systems Ubiquitous computing Building management systems Ontologies (artificial intelligence) Power engineering computing INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA CIENCIAS TECNOLÓGICAS TECNOLOGÍA DE LOS ORDENADORES SISTEMAS DE CONTROL DEL ENTORNO

The proteome map of the escamolera ant (Liometopum apiculatum Mayr) larvae reveals immunogenic proteins and several hexamerin proteoforms

José Ángel Huerta Ocampo María Soledad García Muñoz AIDA JIMENA VELARDE SALCEDO Eric Edmundo Hernández Domínguez JORGE LUIS GONZALEZ ESCOBAR Alberto Barrera Pacheco ALICIA GRAJALES LAGUNES Ana Paulina Barba de la Rosa (2018)

"The larvae of escamolera ant (Liometopum apiculatum Mayr) have been considered a delicacy since Pre-Hispanic times. The increased demand for this stew has led to massive collection of ant nests. Yet biological aspects of L. apiculatum larvae remain unknown, and mapping the proteome of this species is important for understanding its biological characteristics. Two-dimensional gel electrophoresis (2-DE) followed by liquid chromatography-tandem mass spectrometry (LC-MS/MS) analysis was used to characterize the larvae proteome profile. From 380 protein spots analyzed, 174 were identified by LC-MS/MS and homology search against the Hymenoptera subset of the NCBInr protein database using the Mascot search engine. Peptide de novo sequencing and homology-based alignment allowed the identification of 36 additional protein spots. Identified proteins were classified by cellular location, molecular function, and biological process according to the Gene Ontology annotation. Immunity- and defense-related proteins were identified including PPIases, FK506, PEBP, and chitinases. Several hexamerin proteoforms were identified and the cDNA of the most abundant protein detected in the 2-DE map was isolated and characterized. L. apiculatum hexamerin (LaHEX, GeneBank accession no. MH256667) contains an open reading frame of 2199?bp encoding a polypeptide of 733 amino acid residues with a calculated molecular mass of 82.41?kDa. LaHEX protein is more similar to HEX110 than HEX70 from Apis mellifera. Down-regulation of LaHEX was observed throughout ant development. This work represents the first proteome map as well as the first hexamerin characterized from L. apiculatum larvae."

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Escamoles Peptide de novo sequencing Gene ontology LC-MS/MS qRT-PCR Two-dimensional gel electrophoresis BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA MOLECULAR BIOLOGÍA MOLECULAR

Identificación y caracterización funcional de las proteínas olfativas no receptoras en el transcriptoma de Dendroctonus adjunctus (Coleoptera: Curculionidae).

BRENDA TORRES HUERTA (2020)

Tesis (Maestría en Ciencias, especialista en Entomología y Acaraología).- Colegio de Postgraduados, Campus Montecillo, 2020.

El descortezador de las alturas Dendoroctonus adjunctus (Coleoptera: Curculionidae: Scolytinae) es una de las cinco plagas primarias más importantes en ecosistemas forestales de México, su comportamiento de dispersión y de apareamiento, están regulados por un sistema de comunicación mediado por semioquímicos, cuyo conocimiento a nivel molecular tiene el potencial para el desarrollo de herramientas y aplicaciones biotecnológicas. Este estudio, representa el primer análisis del transcriptoma de cabeza de machos y hembras de D. adjunctus y la identificación del repertorio de genes olfativos no receptores involucrados en la percepción de odores y su caracterización funcional, mediante la búsqueda de dominios proteicos, patrones de motivos de novo y su comparación en el análisis filogenético con OBPs, CSPs y SNMPs de especies relacionadas, además del diseño de la estructura tridimensional de proteínas mediante modelización comparativa y por homología . El ensamble de novo resultó en 44,420 unigenes y la ontología de genes fue similar al de transcriptomas de antenas de otras especies de insectos, que reflejan procesos metabólicos relacionados al olfato y transducción de señales. En este estudio, se identificaron tres familias de genes olfativos no receptores que incluyen 27 DadjOBPs, 7 DadjCSPs y 2 DadjSNMPs, cuyos transcritos se anotaron con base a la similitud-homología y búsqueda de dominios conservados. El análisis de motivos de las proteínas no receptoras, proporcionó información clara sobre las características distintivas de cada familia y sus subclases, además, la comparación de los patrones de motivos conservados y los árboles filogenéticos, sugieren agrupamientos en las tres familias de proteínas con regiones distintivas que podrían tener importancia funcional y que junto con las relaciones con proteínas homologas, cuyos perfiles de expresión han sido estudiados, proporciona un valioso recurso para futuras investigaciones de diferentes especies de Dendroctonus. Finalmente, las cinco estructuras tridimensionales de DadjOBPs (2), DadjCSPs (3) y DadjSNMP1a, resultaron en modelos precisos y de alta calidad que pueden utilizarse para estudios de acoplamiento o simulación molecular. Estos resultados incrementan el conocimiento sobre las bases moleculares del sistema perireceptor para especies de descortezadores y ayudará al desarrollo de herramientas que complementen las estrategias de manejo de estas plagas. _______________ IDENTIFICATION AND FUNCTIONAL CHARACTERIZATION OF NON-RECEPTOR OLFACTORY PROTEINS IN THE TRANSCRIPTOME OF Dendroctonus adjunctus (COLEOPTERA: CURCULIONIDAE). ABSTRACT: The round-headed pine beetle Dendroctonus adjunctus is one of the five most critical primary pests in forest ecosystems in Mexico, whose dispersion, and colonization behavior are linked to a communication system mediated by semiochemicals, its study at molecular level has the potential for the development of biotechnological tools and applications. This study provides the first head transcriptome analysis of D. adjunctus and the identification of the non-receptor olfactory genes involved in the perception of odors. De novo assembly resulted in 44,420 unigenes and, GO annotations were similar to antennal transcriptomes of other beetle species, which reflect metabolic processes related to smell and signal transduction. We identified three families of non-receptor olfactory genes that includes 27 DadjOBPs, 7 DadjCSPs, and 2 DadjSNMPs, whose transcripts were annotated based on similarity/homology and searching for conserved domains. Motif analysis of non-receptor proteins provided clear information about the distinctive features of each family and its subclasses. The comparison of conserved motif patterns with the phylogenetic trees suggested clusters in the three families with distinctive regions that could have functional importance, and in addition to relationships with homologous proteins with expression profiles that have been studied, provides a valuable resource for future research on different Dendroctonus species. Finally, the five three-dimensional structures of DadjOBPs (2), DadjCSPs (3), and DadjSNMP1a, resulted in accurate and high-quality models that can be used for docking and molecular simulation studies. These results increase the knowledge about the molecular basis of the perireceptor system for bark beetle species and will contribute to the development of tools to complement management strategies.

Master thesis

Transcriptoma Ontología de genes Proteínas olfativas Dominios Motivos Transcriptome Gene ontology Chemosensory proteins Domains Motifs Entomología y Acarología Maestría BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA DE INSECTOS (ENTOMOLOGÍA) ENTOMOLOGÍA GENERAL