Variación morfológica de las hormigas Myrmecocystus de las dunas costeras de Baja California, México

Morphological variation of Myrmecocystus ants from the coastal dunes of Baja California, Mexico

Samuel Antonio Hernández Jiménez (2023, [Tesis de maestría])

La península de Baja California cuenta con dunas costeras aisladas sobre las cuales se distribuyen hormigas del género Myrmecocystus Snelling, 1976, cuya distribución se restringe en estos hábitats; la artropofauna de estas dunas es poco conocida. Se evaluaron las diferencias morfológicas de Myrmecocystus de seis poblaciones recolectadas a lo largo de la península de Baja California correspondientes a seis dunas. Para medir las diferencias morfológicas de las poblaciones, se analizaron 109 individuos, 20 por cada duna, a excepción de una duna en donde sólo se recolectaron nueve individuos. Para evaluar los cambios de forma intra e interpoblacionales, se analizaron dos estructuras morfológico-funcionales: 1) cabeza, incluyendo el clípeo relacionada con la competencia y alimentación y 2) tórax, incluyendo el propodeo, que muestra la diferencia de casta entre obreras. Con una cámara fija montada en un microscopio estereoscópico se tomaron 198 microfotografías digitales, para evaluar cambios de forma mediante un análisis de morfometría geométrica. Se detectaron diferencias asociadas al aislamiento geográfico. La variación observada en la cabeza puede ayudar a diferenciar las poblaciones del norte de la península (Santa Rosaliíta, Punta Mazo, Guerrero Negro y Punta Abreojos) y las del sur (Las Barrancas y Bahía Magdalena), la variación morfológica del tórax no mostró diferencias significativas. Existen variaciones intraespecíficas que podrían ser consecuencia de las condiciones ambientales (fenotípicas) o por procesos aleatorios como la deriva génica. El presente estudio arroja datos de la variación morfológica de seis poblaciones que representan dos especies de Myrmecocystus aun no descritas para la península de Baja California. Estos resultados repercutirán en la descripción y un aumento documentado de la biodiversidad de la artropofauna bajacaliforniana.

The Baja California peninsula has isolated coastal dunes on which ants of the genus Myrmecocystus Snelling, 1976 are distributed, whose distribution is restricted in these habitats; The arthropofauna of these dunes is poorly understood. The morphological differences of Myrmecocystus were evaluated from six populations collected along the Baja California peninsula corresponding to six dunes. To measure the morphological differences of the populations, 109 individuals were analyzed, 20 for each dune, except for one dune where only nine individuals were collected. To evaluate intra- and interpopulation shape changes, two morphological-functional structures were analyzed: 1) head, including the clypeus related to competition and feeding, and 2) thorax, including the propodeum, which shows the caste difference between workers. With a fixed camera mounted on a stereoscopic microscope, 198 digital microphotographs were taken to evaluate shape changes through a geometric morphometry analysis. Differences associated with geographic isolation were detected. The variation observed in the head can help to differentiate the populations of the north of the peninsula (Santa Rosaliíta, Punta Mazo, Guerrero Negro, and Punta Abreojos) and those of the south (Las Barrancas and Magdalena Bay), the morphological variation of the thorax did not show significant differences. There are intraspecific variations that could be a consequence of environmental conditions (phenotypic) or random processes such as gene drift. The present study yields data on the morphological variation of six populations representing two species of Myrmecocystus not yet described for the Baja California peninsula. These results will have an impact on the description and a documented increase in the biodiversity of the Baja Californian arthropofauna.

Alometría, Especiación, Morfometría Geométrica, Forma, Especies no descritas Allotometry, Speciation, Geometric Morphometry, Shape, Undescribed Species BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA DE INSECTOS (ENTOMOLOGÍA) MORFOLOGÍA DE LOS INSECTOS MORFOLOGÍA DE LOS INSECTOS

Predicción de actividad antimicrobiana usando modelos de escala evolutiva a través de un flujo de trabajo en la plataforma KNIME

Prediction of antimicrobial activity using models of evolutionary scale through a workflow in the KNIME platform

Karla Lorena MartÍnez Mauricio (2023, [Tesis de maestría])

Dentro de las estrategias para combatir la resistencia antimicrobiana, se está llevando a cabo investigación para la creación de nuevos fármacos basados en péptidos antimicrobianos. En los últimos años, se han realizado esfuerzos para incorporar herramientas computacionales que ayuden a acelerar la identificación de péptidos con actividad antimicrobiana. Una de estas herramientas son los modelos QSAR basados en aprendizaje tradicional, que permiten predecir la actividad antimicrobiana en péptidos a partir de información basada en su secuencia. Un componente clave en este proceso es el tipo de características moleculares a utilizar. Recientemente, ha surgido una familia de modelos pre-entrenados llamados ESM-2, los cuales generan incrustaciones (características) que fueron aprendidas a partir de 65 millones de secuencias que abarcan diversidad evolutiva. En este trabajo de tesis, se analiza la contribución de las incrustaciones ESM-2 de diferentes dimensiones de forma individual y en conjunto en el desarrollo de modelos QSAR basados en aprendizaje tradicional para la clasificación de péptidos antimicrobianos, así como sus tipos funcionales, como antibacteriano, antifúngico y antiviral. A partir de este estudio se concluye que aumentar la capacidad de los modelos ESM-2 no implica una mejora en el rendimiento de los modelos para predecir péptidos antimicrobianos. Los modelos ESM-2 t30 y ESM-2 t33 son los más apropiados para extraer características y mejorar la exactitud en las predicciones de péptidos antimicrobianos. Además, fusionar características de diferentes incrustaciones ESM-2 es una estrategia efectiva para construir mejores modelos QSAR que el uso exclusivo de características derivadas de un modelo ESM-2 específico. Se construyeron modelos más simples con un rendimiento comparable o superior a los modelos basados en aprendizaje profundo reportados en la literatura. Para llevar a cabo este estudio se implementó un flujo de trabajo en KNIME que genera de forma automática hasta 1980 modelos de clasificación binaria basados en aprendizaje tradicional. Incorpora diversas técnicas de selección de características, algoritmos de clasificación, métricas de desempeño y una fase de limpieza de datos. Este flujo de trabajo se encuentra disponible en https://github.com/cicese-biocom/classification-QSAR-bioKom.

Molecular features play an important role in different bio-chem-informatics tasks, such as the Quantitative Structure-Activity Relationships (QSAR) modeling. Several pre-trained models have been recently created to be used in downstream tasks either by fine-tuning a specific model or by extracting features to feed traditional classifiers. In this sense, a new family of Evolutionary Scale Modeling models (termed as ESM-2 models) has been recently introduced, demonstrating outstanding results in structure protein prediction benchmarks. Herein, we are devoted to assessing the usefulness of different-dimensional embeddings derived from ESM-2 models in the prediction of antimicrobial peptides, given the great deal of attention received because of their potential to become a plausible option to mainly fight multi-drug resistant bacteria. To this end, we created a KNIME workflow to guarantee using the same modeling methodology, and consequently, carrying out fair comparisons. As a result, it can be drawn that the 640- and 1,280- dimensional embeddings are the most appropriate to be used in modeling because statistically better results were achieved from them. We also combined features from different embeddings, and we can draw that the fusion of features of different embeddings contributes to getting better models than only using a specific model ESM-2. Comparisons regarding state-of-the-art deep learning models confirm that when performing methodologically principled studies in the prediction of AMPs, non-DL based models yield comparable-to-superior results to DL-based models. The implemented KNIME workflow is availablefreely at https://github.com/cicese-biocom/classification-QSAR-bioKom. We consider that this workflow can be valuable to prevent unfair comparisons regarding new computational methods, as well as to propose new non-DL based models.

péptidos antimicrobianos, QSAR, aprendizaje automático ESM-2, KNIME antimicrobial peptides, QSAR, machine learning, ESM-2, KNIME INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA CIENCIAS TECNOLÓGICAS TECNOLOGÍA DE LOS ORDENADORES DISEÑO CON AYUDA DE ORDENADOR DISEÑO CON AYUDA DE ORDENADOR

Método de pulso de calor y flujo de savia para medir la transpiración en el cultivo de cacao

Heat pulse method and sap flow for measuring transpiration in cacao

RUTILO LOPEZ LOPEZ WALDO OJEDA BUSTAMANTE ERNESTO ALONSO CATALAN VALENCIA (2013, [Artículo])

Se utiliza el método de pulso de calor para determinar la transpiración en función de la cantidad de agua que fluye dentro del tallo de cultivos perenes como el caso de cacao. Los objetivos del presente trabajo fueron, determinar la transpiración horaria a partir del medidor de flujo de savia y estimar los coeficientes de cultivo (Kc) en las diferentes etapas de desarrollo, para de¬terminar los requerimientos hídricos del cultivo. Se concluye que el método de pulso de calor y flujo de savia estima de manera razonable la transpiración de árboles de cacao y detecta adecuadamente la dirección del flujo. La transpiración en el cultivo de cacao varía de 10 a 40 litros por día, en un árbol de 10 años de edad durante el periodo de requerimiento de riego. Los valores de coeficientes de cultivo Kc estimados con árboles de sombra durante su crecimiento y desarrollo varían de 0.6 a 0.7 en los meses de febrero a mayo, donde se requiere el riego debido al déficit hídrico que se presenta de acuerdo con el balance hidrológico del cultivo.

Cultivos alimenticios Cacao Transpiración Método de pulso de calor INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA

Adecuación de fechas de siembra por variabilidad climática en frijol (Phaseolus vulgaris) mediante Aquacrop-FAO, en Sinaloa, México

VLADIMIR RUIZ PEREZ ERNESTO SIFUENTES IBARRA WALDO OJEDA BUSTAMANTE JAIME MACIAS CERVANTES (2018, [Objeto de congreso])

En el presente trabajo se simuló la productividad del cultivo de frijol utilizando el modelo de simulación biológica AQUACROP como herramienta para generar información sobre planificación y manejo del cultivo, proporcionando al productor herramientas que le permitan la adaptación requerida para hacer frente a los problemas productivos causados por la variabilidad climática El objetivo de esta investigación fue calibrar el modelo AQUACROP en la simulación de cobertura foliar, balance de humedad en el suelo y producción de biomasa seca, así como, generar información sobre planeación y manejo cultivo definiendo la mejor fecha de siembra.

Cultivos alimenticios Estrés hídrico Demanda de agua Frijol INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA

Requerimientos de riego para tomate de invernadero

Requerimientos de riego para tomate de invernadero

JORGE FLORES VELAZQUEZ WALDO OJEDA BUSTAMANTE ABRAHAM ROJANO AGUILAR (2007, [Artículo])

El tomate es la principal hortaliza cultivada, tanto a cielo abierto como en invernadero, en todo el mundo. Uno de los problemas principales en la producción de tomate en el centro de México es la escasa información sobre sus requerimientos de riego, en consecuencia, la calendarización del riego es empírica. En este trabajo se estimaron los requerimientos diarios de riego del tomate por medio de lisímetros de drenaje en las condiciones típicas de infraestructura y densidad de población, así como de manejo agronómico y ambiental del área de Chapingo, México. Se estudió el tomate en invernadero tipo saladette (Lycopersicon esculentum Mill. cv. Tequila), con una densidad típica de la zona de 4.3 plantas m-2 en un invernadero de polietileno con un sustrato de tezontle y riego por goteo. Los resultados indican que la evapotranspiración diaria del cultivo es del orden de 0.2 L planta-1 en la etapa inicial y hasta 1.5 L planta-1 en la etapa de máxima demanda. El volumen bruto aplicado por planta en todo el ciclo fue de 143 L, con una productividad del agua de 35 kg m-3 y un rendimiento de 20 kg m-2. Se presentan las demandas hídricas del tomate en sus diferentes etapas fenológicas.

Programación del riego Invernaderos Cultivos alimenticios INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA

Análisis de cuatro variables del período de lluvias asociadas al cultivo de maíz temporal

Analysis of four variables associated with rainy seasonal in maize cultivation

MAURO IÑIGUEZ COVARRUBIAS WALDO OJEDA BUSTAMANTE CARLOS DIAZ DELGADO (2013, [Artículo])

Caracterizar y conocer las variables: inicio, duración, terminación de la estación lluviosa y la cantidad de precipitación con fines de precisar su magnitud y relacionarlas con la agricultura bajo condiciones de temporal, es y ha sido una preocupación importante para los agricultores y estudiosos de las ciencias agrícolas. En la región centro norte de México este problema se acentúa por la alta variabilidad de la estación lluviosa y la gran dependencia climática de la agricultura de temporal. La metodología indicada recrea cuatro variables climáticas de la estación lluviosa, analizadas por métodos reconocidos, y con base en un análisis probabilístico se asocian a la agricultura del cultivo del maíz de temporal. El estudio fue realizado para la región ubicada en el sur del estado de Zacatecas, México, sobre la estación climatológica Tlaltenango.

Agricultura de temporal Lluvias Cultivos alimenticios INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA

El envejecimiento en las enfermedades neurológicas y psiquiátricas

MARISOL LOPEZ LOPEZ NANCY MONROY JARAMILLO ALBERTO ORTEGA VAZQUEZ ERNESTO SOTO REYES SOLIS (2023, [Libro])

Es un placer presentar el libro "El envejecimiento en las enfermedades neurológicas y psiquiátricas" escrito por un grupo de autores destacados y expertos en diversas áreas del conocimiento. Cada capítulo ha sido cuidadosamente elaborado para ofrecer una visión actualizada y rigurosa de los temas abordados, en los cuales se ha integrado una amplia gama de enfoques interdisciplinarios y de técnicas de investigación. Este libro se enfoca en el tema del envejecimiento desde varios vértices relacionados con las enfermedades neurológicas y psiquiátricas. A través de sus trece capítulos, los autores discutes detalladamente la relación del envejecimiento con la enfermedad del Alzheimer, la enfermedad de Parkinson, la enfermedad de Huntington, la esquizofrenia, el trastorno bipolar, la epilepsia y otras enfermedades neurológicas que impactan en la salud

MEDICINA Y CIENCIAS DE LA SALUD Vejez y salud mental - México Envejecimiento - Aspectos sociales - México Enfermedades mentales - México Enfermedades de los ancianos -aspectos sociales - México

El riego suplementario en el cultivo de palma de aceite en el trópico húmedo

Juan Manuel Angeles HELENE EMMI KARIN UNLAND WEISS (2013, [Objeto de congreso])

Los periodos de exceso de agua donde el drenaje es requerido para evacuar estos excedentes, y los periodos de baja precipitación, donde el riego es demando, constituyen las principales limitantes para la producción agrícola en las zonas tropicales de México. Un periodo de escasez de agua provoca la disminución de rendimientos de los cultivos, en cantidad y/o calidad y, en algunas condiciones, pone en peligro toda una cosecha. La posibilidad de incrementar el potencial de los cultivos del trópico húmedo de México requiere, entre otras cosas, de la implementación de un sistema de riego durante la época de escasez de agua o aún, dentro del mismo periodo de lluvias. En este artículo se presentan los resultados obtenidos en la aplicación de un sistema de riego por aspersión en un predio de 10 hectáreas, en el municipio de Villa Comaltitlán, Chiapas, donde se cultiva palma de aceite.

Riego Cultivos alimenticios Palma de aceite INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA

Métodos de riego y prácticas de manejo del cultivo para el uso de las aguas residuales tratadas en la agricultura en México

JUAN MANUEL ANGELES HERNANDEZ WALDO OJEDA BUSTAMANTE Olga Xochitl Cisneros Estrada (2018, [Ítem publicado en memoria de congreso])

El crecimiento demográfico y la urbanización han generado un volumen mayor de aguas residuales, que se podría considerar como una nueva fuente de agua. Desde la antigüedad, esta fuente de agua, siempre ha sido importante para la producción agrícola, se utilizaba sobre todo para incrementar la fertilidad de la tierra; hoy en día, la principal motivación es la escasez de agua. Se realiza una revisión de la calidad del agua residual para uso agrícola, de sus riesgos y beneficios, así como los métodos de riego y prácticas de cultivos recomendados para minimizar los problemas de contaminación a trabajadores y al producto de la cosecha para reducir problemas de infección al consumidor final.

Riego Uso de aguas residuales Cultivos alimenticios INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA

Tecnología de agricultura urbana para la producción de alimentos

CARLOS ARMANDO DE LOS SANTOS GARCIA HELENE EMMI KARIN UNLAND WEISS (2013, [Documento de trabajo])

Guía para la construcción y producción de tres modelos físicos de agricultura urbana: Modelo de producción vertical en tubos de PVC, Modelo de producción en capas, Módulo de producción hidropónico en tubos de PVC – Actividades complementarias y de promoción para la agricultura urbana: Manejo de la fertilidad en macetas y contenedores individuales, Control de plagas y enfermedades, Validación de un composteador, Asesoría para implementación de agricultura urbana.

Agricultura urbana Cultivos alimenticios Informes de proyectos INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA