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De Novo assembly and annotation of the Pacific calico scallop (Argopecten ventricosus) transcriptome for immune-related gene discovery

RUTH ESCAMILLA MONTES GENARO DIARTE PLATA GABRIELA BERENICE MENDOZA MALDONADO Aarón Barraza Celis Carlos Eliud Angulo Valadez Seyed Hossein Hoseinifar Jesús Arturo Fierro Coronado ANTONIO LUNA GONZALEZ (2022, [Artículo])

"Invertebrates' immune defense mechanisms play a critical role in pathogen recognition and elimination. De novo assembly and annotation of the Argopecten ventricosus transcriptome were performed for the immune-related gene identification. Scallops (height: 4.4 cm) were challenged with inactivated Vibrio parahaemolyticus IPNGS16. The RNA from different tissues was pooled for a single cDNA library construction sequenced by NextSeq 500 platform 2×75 paired‐end chemistry. Before de novo assembling with Trinity, reads were analyzed with FastQC, Trimmomatic, and Prinseq. Assembled sequences were analyzed by CD-HIT-EST and TransDecoder. The corresponding annotation was performed against NCBI-nr, RefSeq protein, and KAAS (KEGG) databases. The Trinity assembly yielded 107,516 contigs. TransDecoder yielded 25,285 sequences as CDSs of which, 16,123 were annotated against the NCBI-nr protein, most of them scored with Crassostrea gigas data. Gene ontology mapped sequences (15,262) were classified in molecular functions (~13,000), cellular components (~11,000), and biological processes (~13,000). The KAAS analysis showed biological categories for metabolism (13%), cellular processes (12%), genetic information processing (10%), organismal systems (19%), environmental information (13%), and human diseases (33 %). Within the organismal systems, 467 immune-related genes (KO) were identified. Sixty-four immune-related genes were annotated/blasted against the NCBI-nr and RefSeq protein databases. An RT-qPCR was performed to analyze the expression level of immune-related genes obtained in the transcriptome analysis in scallops (height 4.5 cm) treated with probiotic bacilli added to culture water. Bacilli significantly increased the expression of the HSP70 and PGRP genes. The gene transcripts analysis of A. ventricosus will better understand its immune response against pathogens in culture systems."

Argopecten ventricosus, calico scallop, transcriptome, bivalve, immune genes BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA ANIMAL (ZOOLOGÍA) INMUNOLOGÍA INMUNOLOGÍA

Intercalibración de las pruebas con Daphnia magna y Pseudokirchneriella subcapitata en México: herramientas potenciales para el monitoreo ambiental

ANIA MENDOZA CANTU PATRICIA RAMIREZ ROMERO YOLANDA PICA GRANADOS ALMA SOCORRO SOBRINO FIGUEROA (2013, [Artículo])

En México, como en otros países en desarrollo, el conocimiento sobre el grado de contaminación y sus efectos en los ecosistemas locales se ha generado siguiendo objetivos de investigación específicos que emplean metodologías de distinta naturaleza. Dado que aún existen vacíos de información en el tema, es importante impulsar el uso generalizado de pruebas ecotoxicológicas que empleen protocolos estandarizados y que sirvan como herramientas regulatorias para establecer medidas integrales de protección al ambiente. Por lo anterior, el presente estudio tuvo como objetivo demostrar, a través de ejercicios de intercalibración, previo desarrollo de talleres de homologación de capacidades, el potencial de los protocolos de ensayo con Daphina magna y Pseudokirchneriella subcapitata (antes Selenastrum capricornutum) para generar resultados confiables en laboratorios con poca experiencia en este campo. Esto permitirá impulsar el empleo de herramientas bioanalíticas en México para el monitoreo ambiental, las cuales favorecen la evaluación integral de los problemas de contaminación en los cuerpos de agua. Los resultados de los ejercicios de calibración interna de los laboratorios demostraron que en un corto plazo es posible lograr una repetibilidad aceptable en las pruebas y un desempeño adecuado de los protocolos, lo cual apoya la idea de que estos protocolos son pertinentes para su empleo en programas de monitoreo ambiental, aún en países donde actualmente se cuenta con pocos recursos humanos capacitados y laboratorios aptos para tal fin.

Intercalibración Daphnia magna Monitoreo del ambiente Ambiente acuático BIOLOGÍA Y QUÍMICA

Hidrología superficial en México: estado del arte y necesidades de investigación

JAIME COLLADO MOCTEZUMA (1990, [Artículo])

Tabla de contenido: Introducción – Hidrología y problemas nacionales - Modelos hidrológicos - Limitaciones en el desarrollo de la hidrología - Necesidades de investigación – Conclusiones.

La hidrología en México tiene un nivel satisfactorio para resolver problemas actuales con teorías ya establecidas, pero se vislumbran otros problemas que requieren elaborar nuevas hipótesis hidrológicas, especialmente ligadas a cambios climáticos.

Introducción – Hidrología y problemas nacionales - Modelos hidrológicos - Limitaciones en el desarrollo de la hidrología - Necesidades de investigación – Conclusiones.

Hidrología Modelos hidrológicos Investigación CIENCIAS FÍSICO MATEMÁTICAS Y CIENCIAS DE LA TIERRA

Chronic toxicity of shrimp feed added with silver nanoparticles (Argovit-4®) in Litopenaeus vannamei and immune response to white spot syndrome virus infection

Carlos Rosendo Romo Quiñonez Píndaro Álvarez Ruiz CLAUDIO HUMBERTO MEJIA RUIZ NINA BOGDANCHIKOVA Alexey Pestryakov CARINA GAMEZ JIMENEZ WENCESLAO VALENZUELA QUIÑONEZ Magnolia Montoya Mejía EUSEBIO NAVA PEREZ (2022, [Artículo])

"In recent years, the application of silver nanoparticles (AgNPs) as antibacterial compounds has been widely used in human and veterinary medicine. In this work, we investigated the effects of AgNPs (Argovit-4 R ) as feed additives (feed-AgNPs) on shrimp (Litopenaeus vannamei) using three different methods: 1) chronic toxicity after 28 days of feeding, 2) Effects against white spot syndrome virus (WSSV) challenged by oral route, and 3) transcriptional responses of immune-related genes (PAP, ProPO, CTL-3, Crustin, PEN3, and PEN4) following WSSV infection. The results showed that the feed-AgNPs did not interfere with the growth and survival of shrimp. Also, mild lesions in the hepatopancreas were recorded, proportional to the frequency of the feed-AgNP supply. Challenge test versus WSSV showed that feeding every 7 days with feed-AgNPs reduced mortality, reaching a survival rate of 53%, compared to the survival rates observed in groups fed every 4 days, daily and control groups of feed-AgNPs for the 30%, 10%, and 7% groups, respectively. Feed-AgNPs negatively regulated the expression of PAP, ProPO, and Crustin genes after 28 days of treatment and altered the transcriptional responses of PAP, ProPO, CTL-3, and Crustin after WSSV exposure. The results showed that weekly feeding-AgNPs could partially prevent WSSV infection in shrimp culture. However, whether or not transcriptional responses against pathogens are advantageous remains to be elucidated."

Silver nanoparticles, Shrimp, Aquaculture, Chronic toxicity, WSSV, AgNP, Argovit, Litopenaeus vannamei , Silver fed, White spot syndrome virus BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA INMUNOLOGÍA INMUNIZACIÓN INMUNIZACIÓN

Impactos de la proximidad geográfica y organizacional en el desarrollo de un sistema productivo: ganadería bovina de doble propósito en Suaqui Grande, Sonora.

ALMA DELIA SANTIAGO SOLANO (2020, [Tesis de doctorado])

Cuando el Estado asigna a las grandes corporaciones agroalimentarias la toma de decisiones sobre los lineamientos rectores de la producción, el desarrollo de los sistemas productivos de pequeña escala depende de las estrategias implementadas por los actores locales para adaptarse a los condicionamientos del mercado. En el entorno económico adverso de 2008, los Soakis, un grupo de pequeños productores ganaderos del municipio de Suaqui Grande, Sonora, México, impulsaron una estrategia de integración de cadenas de valor mediante la adquisición de competencias que incrementaron su competitividad. Este trabajo tiene como objetivo caracterizar y analizar la influencia de los factores de proximidad geográfica y organizacional en el desempeño de un sistema bovino doble propósito. Para ello se realizó un estudio mixto transeccional, que incorpora indicadores de tipo geoespacial, cuantitativo y cualitativo en varias fases: consulta de bases de datos, georeferenciación, 29 entrevistas a profundidad y semiestructuradas aplicadas a informantes clave y a los actores productivos, además de observación participante. El resultado inmediato de la estrategia fue obtener capacidad para sortear los efectos de la crisis multifactorial sobre la ganadería sonorense en el periodo 2010-2016; mientras que el resto de los municipios del distrito reportaron pérdidas y parálisis en sus sistemas productivos con una contracción a nivel distrital de 31% en el stock ganadero, los Soakis presentaron un hato más resistente al cambio climático derivado de su estrategia de depuración genética, lo cual les habilitó para aumentar en 86% el volumen y en 99% el valor de la producción de leche. Una de las principales conclusiones de esta investigación, es que la especificidad de las condiciones geográficas del municipio incidió en la construcción de capital humano capaz de activar los recursos territoriales y de consolidar el sistema productivo pecuario. Por un lado, las características espaciales del territorio favorecieron las interrelaciones, la transmisión del conocimiento y de las experiencias bajo una visión compartida de la problemática generando una respuesta coordinada de los actores; y, por otra parte, la organización en redes vinculadas a instituciones gubernamentales y de investigación, facilitó el proceso de capacitación y difusión de tecnologías.

CIENCIAS SOCIALES Ganadería bovina Proximidad geográfica Proximidad organizacional Innovación Desarrollo territorial

Vibrissa growth rate in California sea lions based on environmental and isotopic oscillations

MARTHA PATRICIA ROSAS HERNANDEZ (2018, [Artículo])

Pinniped vibrissae provide information on changes in diet at seasonal and annual scales; however, species-specific growth patterns must first be determined in order to interpret these data. In this study, a simple linear model was used to estimate the growth rate of vibrissae from adult female California sea lions (Zalophus californianus) from San Esteban Island in the Gulf of California, Mexico. The δ15N and δ13C values do not display a marked oscillatory pattern that would permit direct determination of the time period contained in each vibrissa; thus, time (age) was calculated in two ways: 1) based on the correlation between the observed number of peaks (Fourier series) in the δ15N profile and the length of each vibrissa, and 2) through direct comparison with the observed number of peaks in the δ15N profile. Cross-correlation confirmed that the two peaks in the δ15N profile reflected the two peaks in the chlorophyll-a concentration recorded annually around the island. The mean growth rate obtained from the correlation was 0.08 ± 0.01 mm d-1, while that calculated based on the observed number of peaks was 0.10 ± 0.05 mm d-1. Both are consistent with the rates reported for adult females of other otariid species (0.07 to 0.11 mm d-1). Vibrissa growth rates vary by individual, age, sex, and species; moreover, small differences in the growth rate can result in significant differences over the time periods represented by the isotopic signal. Thus, it is important to assess this parameter on a species-by-species basis. © 2018 Rosas-Hernández et al. This is an open access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License, which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original author and source are credited.

carbon, nitrogen, animal, California, chemistry, diet, female, island (geological), Mexico, Otariidae, physiology, Animals, California, Carbon Isotopes, Diet, Female, Islands, Mexico, Nitrogen Isotopes, Sea Lions BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA INMUNOLOGÍA INMUNOLOGÍA

Gobierno abierto y agua

JUANA AMALIA SALGADO LOPEZ (2021, [Artículo])

DOI: doi.org/10.24850/b-imta-perspectivas-2021-17

Desde hace unos años se ha ido posicionando el concepto de gobierno abierto como una promesa para reinventar la gestión pública y ampliar las capacidades de acción de la ciudadanía. Incluso algunos países —como México— se han adherido a la Alianza para el Gobierno Abierto, la cual es una iniciativa internacional, integrada por 79 países y varias organizaciones de la sociedad civil. Pero ¿qué implicaciones tiene el concepto?, ¿cuáles son sus desafíos de implementación?, ¿qué oportunidades ofrece? En esta breve reflexión nos planteamos estas preguntas y esbozamos cómo se puede observar el concepto en el sector hídrico.

Gobierno abierto Participación ciudadana Información Recursos hídricos CIENCIAS SOCIALES

Resolución de disputas comerciales y flujos de Inversión Extranjera Directa (IED) hacia los Estados Mexicanos

MITZI MAGALI MORENO VARGAS MANUEL DE JESUS GOMEZ ZALDIVAR (2018, [Artículo])

En este trabajo se analiza la relación existente entre los flujos de IED que reciben los distintos estados del país, y el estado de derecho en las entidades, para el periodo 2007-2015. El estado de derecho en las entidades se aproxima con una medida de eficiencia de su sistema de justicia; específicamente, se mide el número de días que toma resolver disputas comerciales en cortes locales. En principio, un menor tiempo en la resolución judicial de las disputas debería incentivar que las entidades reciban mayores flujos de IED; esto debido a que los procesos judiciales tienen costos, potencialmente importantes para las empresas. Los resultados muestran una relación negativa y significativa entre el número de días que toma resolver las disputas comerciales y la cantidad de inversión extranjera directa que recibe el estado

In this work, we analyze the relationship between FDI flows and a rule of law indicator in Mexican states, during the period 2007-2015. The states’ rule of law is a measure of the efficiency in their justice system; specifically, it measures the number of days that takes to solve commercial disputes in local courts. In principle, we expect that the shorter the time it takes to resolve commercial disputes should encourage entities to receive higher flows of FDI. Long, drawn-out court disputes are costly for firms, which in turn may translate into lower growth rates due to the negative impact of these costs on their levels of investment. The results show a negative and significant relationship between the number of days it takes to resolve commercial disputes and the amount of direct foreign investment the state receives

CIENCIAS SOCIALES Inversión extranjera directa Sistema de Justicia Datos de panel

Mejora en el manejo de plantas acuáticas exóticas invasoras

MARICELA MARTINEZ JIMENEZ María Antonieta Gómez Balandra (2019, [Documento de trabajo])

TC1526.7

El presente informe describe las acciones de mapeo de plantas acuáticas exóticas invasoras en los siguientes estados de la república mexicana: Aguascalientes, Chiapas, Chihuahua, Guanajuato, Guerrero, Hidalgo, Jalisco, México, Michoacán, Morelos, Nuevo León, Oaxaca, Puebla, Querétaro, Sinaloa, Sonora, Tabasco, Tamaulipas y Tlaxcala. Se realizaron visitas de campo a 71 cuerpos de agua correspondientes a 11 de las principales cuencas hidrológicas de nuestro país. En estos embalses se detectaron 42 especies, de las cuales 10 son exóticas invasoras, 28 nativas con comportamiento de invasoras y 4 nativas, siendo el lirio acuático (Eichhornia crassipes) la principal especie acuática exótica invasora presente en casi todos los cuerpos de agua mapeados. Con esta información se elaboró un manual que contiene las fichas técnicas de cada especie detectada, con el objeto de facilitar la identificación de la planta y la problemática ligada a su proliferación.

Plantas acuáticas Especies invasoras Prevención y mitigación Cuencas BIOLOGÍA Y QUÍMICA