De Novo assembly and annotation of the Pacific calico scallop (Argopecten ventricosus) transcriptome for immune-related gene discovery

RUTH ESCAMILLA MONTES GENARO DIARTE PLATA GABRIELA BERENICE MENDOZA MALDONADO Aarón Barraza Celis Carlos Eliud Angulo Valadez Seyed Hossein Hoseinifar Jesús Arturo Fierro Coronado ANTONIO LUNA GONZALEZ (2022, [Artículo])

"Invertebrates' immune defense mechanisms play a critical role in pathogen recognition and elimination. De novo assembly and annotation of the Argopecten ventricosus transcriptome were performed for the immune-related gene identification. Scallops (height: 4.4 cm) were challenged with inactivated Vibrio parahaemolyticus IPNGS16. The RNA from different tissues was pooled for a single cDNA library construction sequenced by NextSeq 500 platform 2×75 paired‐end chemistry. Before de novo assembling with Trinity, reads were analyzed with FastQC, Trimmomatic, and Prinseq. Assembled sequences were analyzed by CD-HIT-EST and TransDecoder. The corresponding annotation was performed against NCBI-nr, RefSeq protein, and KAAS (KEGG) databases. The Trinity assembly yielded 107,516 contigs. TransDecoder yielded 25,285 sequences as CDSs of which, 16,123 were annotated against the NCBI-nr protein, most of them scored with Crassostrea gigas data. Gene ontology mapped sequences (15,262) were classified in molecular functions (~13,000), cellular components (~11,000), and biological processes (~13,000). The KAAS analysis showed biological categories for metabolism (13%), cellular processes (12%), genetic information processing (10%), organismal systems (19%), environmental information (13%), and human diseases (33 %). Within the organismal systems, 467 immune-related genes (KO) were identified. Sixty-four immune-related genes were annotated/blasted against the NCBI-nr and RefSeq protein databases. An RT-qPCR was performed to analyze the expression level of immune-related genes obtained in the transcriptome analysis in scallops (height 4.5 cm) treated with probiotic bacilli added to culture water. Bacilli significantly increased the expression of the HSP70 and PGRP genes. The gene transcripts analysis of A. ventricosus will better understand its immune response against pathogens in culture systems."

Argopecten ventricosus, calico scallop, transcriptome, bivalve, immune genes BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA ANIMAL (ZOOLOGÍA) INMUNOLOGÍA INMUNOLOGÍA

Emprendimiento innovador: el caso de los empresarios de software en Yucatán

ANEL FLORES NOVELO ANA LAURA BOJORQUEZ CARRILLO (2018, [Artículo])

La mayor parte de los estudios de innovación y emprendimiento se han desarrollado en países desarrollados, por lo que es relevante el estudio de las características del emprendimiento innovador contextualizados en países latinoamericanos. Es así que este trabajo aporta conocimientos tendientes a entender mejor el fenómeno emprendimiento mediante el análisis de la actividad emprendedora innovadora desarrollada en el sureste de México. Específicamente se estudia a los empresarios desarrolladores de software ubicados en el estado de Yucatán. Este trabajo aporta conocimiento sobre los factores que propician el desarrollo de innovaciones en empresas tecnológicas ubicadas en contextos de economía tradicional y el impacto de estas innovaciones en el desempeño empresarial. Se analiza los factores que propician el desarrollo de estas innovaciones como son los antecedentes familiares, la formación profesional. Asimismo se destaca la importancia de los emprendimientos proactivos y el papel de este tipo de motivación para lograr que negocios innovadores de corte tecnológico como el software generen buenos resultados en un ecosistema emprendedor poco favorable, como el de Yucatán. Finalmente aporta evidencia empírica de la relación entre el desarrollo de innovaciones y el desempeño empresarial.

CIENCIAS SOCIALES Emprendimiento Innovación Software Desempeño

PERFILOMETRÍA LÁSER DE FORMA LIBRE PARA LA INSPECCIÓN DE TUBERÍAS Y RECONSTRUCCIONES CILÍNDRICAS EN 3D

Mario Montoya (2022, [Tesis de maestría])

"La inspección de infraestructura de tuberías es esencial en la gestión de su integridad para evitar formación de agentes corrosivos y prevenir fracturas. Sin embargo, los métodos actuales están limitados por baja resolución y bajo alcance físico de medición. En este trabajo, se establece un modelo teórico de propagación láser basado en perfilometría láser de forma libre. Además, incorpora un sistema láser totalmente funcional compuesto por un espejo cónico dentro del sistema óptico para recuperar la información de desplazamiento. El dispositivo óptico presenta alta resolución, precisión y velocidad de adquisición en comparación con tecnologías actuales."

Perfilometría Sensores Haz láser Inspección Emisión láser de superficie Tuberías CIENCIAS FÍSICO MATEMÁTICAS Y CIENCIAS DE LA TIERRA FÍSICA ÓPTICA LÁSERES LÁSERES

Gobierno abierto y agua

JUANA AMALIA SALGADO LOPEZ (2021, [Artículo])

DOI: doi.org/10.24850/b-imta-perspectivas-2021-17

Desde hace unos años se ha ido posicionando el concepto de gobierno abierto como una promesa para reinventar la gestión pública y ampliar las capacidades de acción de la ciudadanía. Incluso algunos países —como México— se han adherido a la Alianza para el Gobierno Abierto, la cual es una iniciativa internacional, integrada por 79 países y varias organizaciones de la sociedad civil. Pero ¿qué implicaciones tiene el concepto?, ¿cuáles son sus desafíos de implementación?, ¿qué oportunidades ofrece? En esta breve reflexión nos planteamos estas preguntas y esbozamos cómo se puede observar el concepto en el sector hídrico.

Gobierno abierto Participación ciudadana Información Recursos hídricos CIENCIAS SOCIALES

Vibrissa growth rate in California sea lions based on environmental and isotopic oscillations

MARTHA PATRICIA ROSAS HERNANDEZ (2018, [Artículo])

Pinniped vibrissae provide information on changes in diet at seasonal and annual scales; however, species-specific growth patterns must first be determined in order to interpret these data. In this study, a simple linear model was used to estimate the growth rate of vibrissae from adult female California sea lions (Zalophus californianus) from San Esteban Island in the Gulf of California, Mexico. The δ15N and δ13C values do not display a marked oscillatory pattern that would permit direct determination of the time period contained in each vibrissa; thus, time (age) was calculated in two ways: 1) based on the correlation between the observed number of peaks (Fourier series) in the δ15N profile and the length of each vibrissa, and 2) through direct comparison with the observed number of peaks in the δ15N profile. Cross-correlation confirmed that the two peaks in the δ15N profile reflected the two peaks in the chlorophyll-a concentration recorded annually around the island. The mean growth rate obtained from the correlation was 0.08 ± 0.01 mm d-1, while that calculated based on the observed number of peaks was 0.10 ± 0.05 mm d-1. Both are consistent with the rates reported for adult females of other otariid species (0.07 to 0.11 mm d-1). Vibrissa growth rates vary by individual, age, sex, and species; moreover, small differences in the growth rate can result in significant differences over the time periods represented by the isotopic signal. Thus, it is important to assess this parameter on a species-by-species basis. © 2018 Rosas-Hernández et al. This is an open access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License, which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original author and source are credited.

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Chronic toxicity of shrimp feed added with silver nanoparticles (Argovit-4®) in Litopenaeus vannamei and immune response to white spot syndrome virus infection

Carlos Rosendo Romo Quiñonez Píndaro Álvarez Ruiz CLAUDIO HUMBERTO MEJIA RUIZ NINA BOGDANCHIKOVA Alexey Pestryakov CARINA GAMEZ JIMENEZ WENCESLAO VALENZUELA QUIÑONEZ Magnolia Montoya Mejía EUSEBIO NAVA PEREZ (2022, [Artículo])

"In recent years, the application of silver nanoparticles (AgNPs) as antibacterial compounds has been widely used in human and veterinary medicine. In this work, we investigated the effects of AgNPs (Argovit-4 R ) as feed additives (feed-AgNPs) on shrimp (Litopenaeus vannamei) using three different methods: 1) chronic toxicity after 28 days of feeding, 2) Effects against white spot syndrome virus (WSSV) challenged by oral route, and 3) transcriptional responses of immune-related genes (PAP, ProPO, CTL-3, Crustin, PEN3, and PEN4) following WSSV infection. The results showed that the feed-AgNPs did not interfere with the growth and survival of shrimp. Also, mild lesions in the hepatopancreas were recorded, proportional to the frequency of the feed-AgNP supply. Challenge test versus WSSV showed that feeding every 7 days with feed-AgNPs reduced mortality, reaching a survival rate of 53%, compared to the survival rates observed in groups fed every 4 days, daily and control groups of feed-AgNPs for the 30%, 10%, and 7% groups, respectively. Feed-AgNPs negatively regulated the expression of PAP, ProPO, and Crustin genes after 28 days of treatment and altered the transcriptional responses of PAP, ProPO, CTL-3, and Crustin after WSSV exposure. The results showed that weekly feeding-AgNPs could partially prevent WSSV infection in shrimp culture. However, whether or not transcriptional responses against pathogens are advantageous remains to be elucidated."

Silver nanoparticles, Shrimp, Aquaculture, Chronic toxicity, WSSV, AgNP, Argovit, Litopenaeus vannamei , Silver fed, White spot syndrome virus BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA INMUNOLOGÍA INMUNIZACIÓN INMUNIZACIÓN

Impactos de la proximidad geográfica y organizacional en el desarrollo de un sistema productivo: ganadería bovina de doble propósito en Suaqui Grande, Sonora.

ALMA DELIA SANTIAGO SOLANO (2020, [Tesis de doctorado])

Cuando el Estado asigna a las grandes corporaciones agroalimentarias la toma de decisiones sobre los lineamientos rectores de la producción, el desarrollo de los sistemas productivos de pequeña escala depende de las estrategias implementadas por los actores locales para adaptarse a los condicionamientos del mercado. En el entorno económico adverso de 2008, los Soakis, un grupo de pequeños productores ganaderos del municipio de Suaqui Grande, Sonora, México, impulsaron una estrategia de integración de cadenas de valor mediante la adquisición de competencias que incrementaron su competitividad. Este trabajo tiene como objetivo caracterizar y analizar la influencia de los factores de proximidad geográfica y organizacional en el desempeño de un sistema bovino doble propósito. Para ello se realizó un estudio mixto transeccional, que incorpora indicadores de tipo geoespacial, cuantitativo y cualitativo en varias fases: consulta de bases de datos, georeferenciación, 29 entrevistas a profundidad y semiestructuradas aplicadas a informantes clave y a los actores productivos, además de observación participante. El resultado inmediato de la estrategia fue obtener capacidad para sortear los efectos de la crisis multifactorial sobre la ganadería sonorense en el periodo 2010-2016; mientras que el resto de los municipios del distrito reportaron pérdidas y parálisis en sus sistemas productivos con una contracción a nivel distrital de 31% en el stock ganadero, los Soakis presentaron un hato más resistente al cambio climático derivado de su estrategia de depuración genética, lo cual les habilitó para aumentar en 86% el volumen y en 99% el valor de la producción de leche. Una de las principales conclusiones de esta investigación, es que la especificidad de las condiciones geográficas del municipio incidió en la construcción de capital humano capaz de activar los recursos territoriales y de consolidar el sistema productivo pecuario. Por un lado, las características espaciales del territorio favorecieron las interrelaciones, la transmisión del conocimiento y de las experiencias bajo una visión compartida de la problemática generando una respuesta coordinada de los actores; y, por otra parte, la organización en redes vinculadas a instituciones gubernamentales y de investigación, facilitó el proceso de capacitación y difusión de tecnologías.

CIENCIAS SOCIALES Ganadería bovina Proximidad geográfica Proximidad organizacional Innovación Desarrollo territorial

The input reduction principle of agroecology is wrong when it comes to mineral fertilizer use in sub-Saharan Africa

Gatien Falconnier Marc Corbeels Frédéric Baudron Antoine Couëdel leonard rusinamhodzi bernard vanlauwe Ken Giller (2023, [Artículo])

Can farmers in sub-Saharan Africa (SSA) boost crop yields and improve food availability without using more mineral fertilizer? This question has been at the center of lively debates among the civil society, policy-makers, and in academic editorials. Proponents of the “yes” answer have put forward the “input reduction” principle of agroecology, i.e. by relying on agrobiodiversity, recycling and better efficiency, agroecological practices such as the use of legumes and manure can increase crop productivity without the need for more mineral fertilizer. We reviewed decades of scientific literature on nutrient balances in SSA, biological nitrogen fixation of tropical legumes, manure production and use in smallholder farming systems, and the environmental impact of mineral fertilizer. Our analyses show that more mineral fertilizer is needed in SSA for five reasons: (i) the starting point in SSA is that agricultural production is “agroecological” by default, that is, very low mineral fertilizer use, widespread mixed crop-livestock systems and large crop diversity including legumes, but leading to poor soil fertility as a result of widespread soil nutrient mining, (ii) the nitrogen needs of crops cannot be adequately met solely through biological nitrogen fixation by legumes and recycling of animal manure, (iii) other nutrients like phosphorus and potassium need to be replaced continuously, (iv) mineral fertilizers, if used appropriately, cause little harm to the environment, and (v) reducing the use of mineral fertilizers would hamper productivity gains and contribute indirectly to agricultural expansion and to deforestation. Yet, the agroecological principles directly related to soil fertility—recycling, efficiency, diversity—remain key in improving soil health and nutrient-use efficiency, and are critical to sustaining crop productivity in the long run. We argue for a nuanced position that acknowledges the critical need for more mineral fertilizers in SSA, in combination with the use of agroecological practices and adequate policy support.

Manure Crop Yields Smallholder Farming Systems Environmental Hazards CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA BIOLOGICAL NITROGEN FIXATION LEGUMES NUTRIENT BALANCE SOIL FERTILITY AGROECOLOGY YIELD INCREASES LITERATURE REVIEWS

Los valores egocéntricos desfavorecen el comportamiento pro-ambiental de los guías de buceo en el Parque Nacional Arrecifes de Cozumel

The egocentric values disfavor the pro-environmental behavior of the diving guides in the Arrecifes de Cozumel National Park

SANDRA BEATRIZ CHAN CHAN AURORA IRMA MAYNEZ GUADERRAMA ALEJANDRO LUIS COLLANTES CHAVEZ COSTA LUIS CARLOS SANTANDER BOTELLO (2019, [Artículo])

El buceo como actividad turística ha potencializado la economía, pero también ha impactado a las zonas arrecifales. Durante el buceo, el guía es el principal actor en la protección del ambiente marino, pues en él recae el control de las actividades realizadas por los buzos. En esta investigación se analiza la relación entre los valores, creencias y normas sobre la intensión que tienen los guías de buceo por conservar el ambiente marino. El estudio se abordó a través de la teoría de Valores, Creencias y Normas (VCN) y fue analizado a través de modelos de ecuaciones estructurales con el método de Partial Least Squares. Se confirma la causalidad del modelo VCN y se identifica que la valoración de los recursos marinos podría estar influenciada por los valores egocéntricos lo cual no permitió la concepción de una intención de un comportamiento que sea favorable.

Diving as a touristic activity has boosted the economy, but it has also impacted the reef areas. During this activity, the guide is the main actor in the protection of the marine environment, since he has the control of the activities carried out by the divers. This research analyzes the relationship between values, beliefs and norms about the intension of diving guides to preserve the marine environment. The study was approached through the theory of Values, Beliefs and Norms (VCN) and was analyzed through structural equation models with the method of Partial Least Squares. The causality of the VCN model is confirmed, and it is identified that the valuation of the marine resources could be influenced by the egocentric values, which did not allow the conception of an intention of a favorable behavior.

CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA Intención Área natural protegida Problemáticas ambientales Actividad turística Intention Protected areas Environmental issues Tourism

Determinantes tecnológicos de las decisiones de inversión: un análisis de la industria manufacturera mexicana

Technological determinants and investment decisions: a Mexican manufacturing industry analysis

CELINA LOPEZ MATEO SANJUANA MARTHA RIOS MANRIQUEZ RUBEN MOLINA SANCHEZ (2015, [Artículo])

En este trabajo se analiza la influencia de determinantes tecnológicos en las decisiones de inversión de las empresas manufactureras mexicanas. Se utilizan estimaciones de eficiencia obtenidas a partir del Análisis Envolvente de Datos (DEA, por sus siglas en inglés), así como indicadores tecnológicos para las regresiones a través de Mínimos Cuadrados Ordinarios (MCO). El análisis se realiza partiendo de datos de corte transversal. La evidencia empírica sugiere que la eficiencia técnica a partir de los factores productivos capital y trabajo puede incentivar los niveles de inversión.

The influence of technological determinants on the investment decisions of Mexican manufacturing firms is discussed in this work. Efficiency estimates obtained from the Data Envelopment Analysis (DEA) and technology indicators for the regressions through Ordinary Least Squares (OLS) are used to develop the study. The analysis is based on cross-sectional data. Empirical evidence suggests that the technological efficiency that arises from productive factors (capital and labor) may encourage investment.

CIENCIAS SOCIALES Inversión Tecnología Manufactura Investment Technology Manufacture