Draft Genome Sequence of Pediococcus pentosaceus Strain PP16CC, Isolated from Oyster Crassostrea corteziensis

JULIO ANTONIO HERNANDEZ GONZALEZ RICARDO VAZQUEZ JUAREZ Jose Manuel Vazquez-Guillen Carlos Rangel Dávalos MARIA CRISTINA RODRIGUEZ PADILLA MAURILIA ROJAS CONTRERAS (2022, [Artículo])

"Pediococcus pentosaceus strain PP16CC comes from the intestine of Crassostrea corteziensis. A 1.82-Mbp draft genome of this strain was assembled using A5-miseq from illumina reads, resulting in 4 contigs and 1,856 predicted protein coding genes. Additionally, 23 proteins belonging to various glycosyl hydrolase families and 6 prophage regions were identified."

Genome Sequence, Pediococcus pentosaceus BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA ANIMAL (ZOOLOGÍA) GENÉTICA ANIMAL GENÉTICA ANIMAL

El curioso caso de Capsicum chinense (Solanaceae) en Puerto Rico: un fantasma botánico de amplio cultivo y consumo

JOHANN D. CRESPO ZAPATA STEVE MALDONADO SILVESTRINI William Gould (2023, [Artículo])

El género Capsicum incluye cinco especies domesticadas cuyos frutos constituyen parte fundamental de la gastronomía tradicional de diferentes culturas. En países de habla hispana se les conoce comúnmente como chiles, pimientos, ajíes y/o guindillas. En particular, Capsicum chinense es una especie de amplio cultivo y consumo en la isla de Puerto Rico, pero esta no se encuentra reportada en los listados florísticos y literatura botánica pertinentes a la región. Investigamos la presencia de Capsicum chinense en Puerto Rico, y presentamos los primeros registros botánicos y ejemplares de herbario de la isla.

AJI DULCE COLECTAS BOTANICAS EJEMPLARES DE HERBARIO PLANTAS EN CULTIVO REGISTROS BOTANICOS BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA VEGETAL (BOTÁNICA) ECOLOGÍA VEGETAL ECOLOGÍA VEGETAL

Distribución de nuevos grupos funcionales de bromeliáceas epífitas en la Reserva de Calakmul, Campeche

Casandra Reyes García NARCY ANAÍ PEREIRA ZALDÍVAR CELENE MARISOL ESPADAS MANRIQUE Manuela de Jesús Tamayo Chim NAHLLELI CIVI CHILPA GALVAN ALFREDO DORANTES EUAN MARYPAZ RAMIREZ MEDINA LIGIA GUADALUPE ESPARZA OLGUIN LILIAN JUAREZ TELLEZ MONICA GONZALEZ JARAMILLO (2022, [Artículo])

Evaluamos cómo cinco grupos funcionales recientemente descritos para las epífitas (plantas que viven sobre otras) de la familia Bromeliaceae pueden utilizarse para describir cambios ambientales entre dos tipos de selva con diferente grado de conservación. Los grupos funcionales son: tanque (profundo) C3, tanque CAM, tanque somero, nebulofita y pseudobulbosas. Los primeros dos tipos dependen de altas cantidades de lluvia, los tanques someros se asocian al uso de rocío, las nebulofitas al uso de neblina y las pseudobulbosas presentan alta suculencia en sus hojas. La distribución de estos grupos revela cambios ambientales dentro de la Reserva de Calakmul.

BROMELIACEAE FOTOSINTESIS CAM NEBULOFITAS TANQUE TILLANDSIA BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA VEGETAL (BOTÁNICA) ECOLOGÍA VEGETAL ECOLOGÍA VEGETAL

¿Dónde se producen los aceites esenciales en las plantas aromáticas?

DANIELA ALEJANDRA MARTINEZ NATAREN MARIA TERESA CASTILLO BURGUETE MARIANA CHAVEZ PESQUEIRA Luz María del Carmen Calvo Irabien (2023, [Artículo])

El aroma de las plantas que tanto nos deleita y transporta a un sinfín de sensaciones, se debe a la presencia de compuestos químicos altamente volátiles. Estos compuestos los podemos oler porque una vez liberados, como cuando frotamos con nuestros dedos la hoja de alguna especia, se difunden fácilmente en el aire por la alta presión de vapor que poseen. En las plantas aromáticas, existen unas glándulas epidérmicas que son las encargadas de producir y almacenar los compuestos volátiles. Sin embargo, estas estructuras son tan diminutas que son casi imperceptibles a simple vista. Por lo tanto, invitamos a conocer muy de cerca las formas, tamaños y funciones que poseen estas asombrosas glándulas.

COMPUESTOS VOLATILES CONDIMENTOS LAMIACEAE TRICOMAS GLANDULARES VERBENACEAE BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA VEGETAL (BOTÁNICA) ECOLOGÍA VEGETAL ECOLOGÍA VEGETAL

Evaluación del acondicionamiento reproductivo del ostión japonés (Magallana gigas) en dos sistemas de recirculación con prevalencia de polidóridos mediante la expresión de genes

Evaluation of Japanese oyster (Magallana gigas) broodstock conditioning in two recirculating systems with the prevalence of Polidorids through gene expression

Adrián Andrés Morales Guadarrama (2024, [Tesis de maestría])

El ostión Magallana gigas es ampliamente cultivado a nivel mundial. En Baja California, México, los laboratorios de reproducción deben acondicionar ostiones para su maduración y producción de gametos, y abastecer de semilla a los productores. En nuestro laboratorio, Sistemas de Recirculación Acuícola (SRA), con control del sistema CO2-Carbonatos (SRA-R) o sin control (SRA-C), han permitido madurar ostiones M. gigas y M. sikamea. Recientemente, los ostiones M. gigas acondicionados en nuestros SRA no maduraron, y algunos presentaron prevalencia de polidóridos (PP), poliquetos parásitos excavadores de concha. Para comprender la condición de los ostiones, evaluamos el efecto del SRA y de la PP sobre la expresión relativa de ocho genes asociados a biomineralización (VpATP y Tyr), inmunidad innata (P38, PGRP-L y TLR2) y reproducción (GnRH-RI, Vasa-like y SP1b) de M. gigas en dos etapas del acondicionamiento, 18 °C y 24 °C. La PP se determinó por la presencia de ampollas en la concha. Mediante RT-qPCR se determinó la expresión de VpATP, Tyr, P38, PGRP-L y TLR2 en el manto, y de GnRH-RI, Vasa-like y SP1b en la gónada. La expresión relativa se evaluó con un enfoque estadístico basado en un análisis Bayesiano de dos vías y comparaciones múltiples, p-valor significativo < 0.05 y corrección de Bonferroni. En 18 °C, la expresión de VpATP, Tyr, TLR2 y P38 fue mayor en ostiones con PP (CPP) que sin PP (SPP). En contraste, la expresión de GnRH-RI, Vasa-like y SP1b fue menor CPP que SPP. Dentro del SRA-C, en los ostiones CPP hubo mayor expresión de Tyr y menor expresión de Vasa-like y SP1b, respecto a los ostiones SPP. Esto sugiere que la PP induce la reparación de la concha y las respuestas inmune e inflamatoria en el manto mientras que en la gónada reduce el desarrollo de las células germinales. En 24 °C, en el SRA-R hubo menor expresión de SP1b respecto del SRA-C y sugiere menor división celular en la gónada. En conclusión, el SRA-R y la PP afectaron el balance energético del ostión japonés, limitando la energía y reflejando menor esfuerzo reproductivo en los ostiones del SRA-R al final del acondicionamiento reproductivo.

The Japanese oyster (Magallana gigas) is highly cultured worldwide. In Baja California, Mexico, the reproduction laboratories must condition oysters to maturity and have gametes to supply oyster seeds to producers. In our laboratory, recirculating aquaculture systems (RAS), with control of the CO2-Carbonate system (RAS-R) and without this control (RAS-C), have allowed oysters M. gigas and M. sikamea to mature. Recently, the M. gigas oysters conditioned in our RAS did not mature, and some have the prevalence of Polidorids (PP), shell-boring polychaete parasites. To understand the oysters' condition, we evaluated the effect of RAS and the PP on the relative expression of eight genes associated with biomineralization (VpATP and Tyr), innate immunity (P38, PGRP-L, and TLR2), and reproduction (GnRH-RI, Vasa-like, and SP1b) of M. gigas at two phases of broodstock conditioning, 18 °C and 24 °C. The PP was determined by mud blisters at the inner oyster shell. RT-qPCR determined the expression of VpATP, Tyr, p38, PGRP-L, and TLR2 in the mantle tissue and GnRH-RI, Vasa-like, and SP1b in the gonad tissue. The relative gene expression was evaluated by a Bayesian statistics frame based on a two-way and multiple comparison analysis, with significant p-value < 0.05 and Bonferroni correction. At 18 °C, there was higher expression of VpATP, Tyr, TLR2, and P38 in oysters with PP (WPP) than without PP (WOPP). In contrast, the expression of GnRH-RI, Vasa-like, and SP1b was less WPP than WOPP. It suggests that the PP induces shell repair and immune and inflammatory responses in mantle tissue, while in gonad tissue, it reduces the development of germinal cells. At 24 °C, in RAS-R, there was less expression of SP1b respect RAS-C, and it suggests less cellular division in the gonad. In conclusion, the RAS-R and the PP affect the energetic balance of the Japanese oyster, limiting the energy and reflecting less reproduction effort in oysters from RAS-R at the end of broodstock conditioning.

SRA, biomineralización, Vasa-like, Tyr, ostión RAS, biomineralization, Vasa-like, Tyr, oyster BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA GENÉTICA CITOGENÉTICA ANIMAL CITOGENÉTICA ANIMAL

Funcionalidad física de los arrecifes de coral en el Pacífico mexicano (Bahía de Los Ángeles, Bahía de La Paz, Bahía de Banderas y Bahías de Huatulco

Physical functionality of coral reefs in the mexican Pacific (Bahía de Los Ángeles, Bahía de La Paz, Bahía de Banderas y Bahías de Huatulco)

CLAUDIA REBECA NAVARRETE TORICES (2023, [Tesis de maestría])

Los corales son la base en la estructura y funcionamiento de los arrecifes. Sin embargo, en las últimas décadas, estos ecosistemas han sufrido un deterioro debido a presiones naturales, antrópicas y factores de gran escala como el cambio climático. En general, la cobertura de corales ha disminuido y aunque en algunos casos se ha observado su recuperación, la caracterización de la funcionalidad de la estructura física de los sistemas ha sido escasamente explorada. El presente trabajo evalúa la funcionalidad física de los arrecifes de coral en cuatro áreas a lo largo del Pacífico mexicano, empleando el Índice Funcional Arrecifal (IFA). El IFA considera la tasa de calcificación, la complejidad estructural y la abundancia de las especies de coral de en cada sitio; los valores que el índice puede adquirir varían de cero a uno, son valores cercanos a cero refieren a un arrecife con baja funcionalidad, mientras que los valores cercanos a uno indican un arrecife con alta funcionalidad. La cobertura coralina promedio de las cuatro áreas fue 35.62 ± 15.01%, siendo Bahías de Huatulco (BH) quien presentó la mayor cobertura coralina con 55.61 ± 21.94 %, mientras que Bahía de Los Ángeles (BLA) tuvo la menor cobertura coralina (17.16 ± 0.08 %). El IFA promedio de las áreas fue de 0.54 ± 0.12, y con base en el indicador, BH tuvo una mayor funcionalidad con un IFA de 0.68 ± 0.09, mientras que BLA tuvo una menor funcionalidad (0.34 ± 0.08). Los corales del género Pocillopora fueron los que mayor IFA aportaron en la mayoría de los sitios excepto en BLA que es representada por Porites panamensis. El coral con mayor coeficiente funcional (CF) fue Pocillopora grandis con 0.81, perteneciente a Bahía de Banderas (BB) y por ende fue el coral que mayor contribuyó al IFA en el área. El valor del IFA de 0.68 a lo largo del Pacífico mexicano, nos indica que tiene una alta complejidad estructural, debido a la forma de los corales Pocillopora que son clave para la permanencia de los arrecifes del área.

Corals are the basis for the structure and functioning of reefs. However, in recent decades, these ecosystems have suffered deterioration due to natural and anthropogenic pressures and large-scale factors such as climate change. In general, coral cover has decreased and although in some cases their recovery has been observed, the characterization of the functionality of the physical structure of the systems has been barely explored. This study evaluates the physical functionality of coral reefs in four areas along the Mexican Pacific, using the Reef Functional Index (IFA). The IFA considers the calcification rate, structural complexity, and abundance of coral species at each site; The values that the index can acquire vary from zero to one, values close to zero refer to a reef with low functionality, while values close to one indicate a reef with high functionality. The average coral cover of the four areas was 35.62 ± 15.01%, with Bahías de Huatulco (BH) having the highest coral cover with 55.61 ± 21.94%, while Bahía de Los Ángeles (BLA) had the lowest coral cover (17.16 ± 0.08%). The average IFA of the areas was 0.54 ± 0.12, and based on the indicator, BH had higher functionality with an IFA of 0.68 ± 0.09, while BLA had lower functionality (0.34 ± 0.08). Corals of the genus Pocillopora were the ones that contributed the highest IFA in most of the sites except in BLA, which is represented by Porites panamensis. The coral with the highest functional coefficient (CF) was Pocillopora grandis with 0.81, belonging to Bahía de Banderas (BB) and therefore was the coral that contributed the greatest to the IFA in the area. The IFA value of 0.68 along the Mexican Pacific indicates that it has a high structural complexity, due to the shape of the Pocillopora corals that are key to the permanence of the reefs in the area.

Corales, Pocillopora, Índice de función arrecifal, Pacífico mexicano Corals, Pocillopora, mexican Pacific, Reef Functional Index BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA OTRAS ESPECIALIDADES DE LA BIOLOGÍA OTRAS OTRAS

Variación morfológica de las hormigas Myrmecocystus de las dunas costeras de Baja California, México

Morphological variation of Myrmecocystus ants from the coastal dunes of Baja California, Mexico

Samuel Antonio Hernández Jiménez (2023, [Tesis de maestría])

La península de Baja California cuenta con dunas costeras aisladas sobre las cuales se distribuyen hormigas del género Myrmecocystus Snelling, 1976, cuya distribución se restringe en estos hábitats; la artropofauna de estas dunas es poco conocida. Se evaluaron las diferencias morfológicas de Myrmecocystus de seis poblaciones recolectadas a lo largo de la península de Baja California correspondientes a seis dunas. Para medir las diferencias morfológicas de las poblaciones, se analizaron 109 individuos, 20 por cada duna, a excepción de una duna en donde sólo se recolectaron nueve individuos. Para evaluar los cambios de forma intra e interpoblacionales, se analizaron dos estructuras morfológico-funcionales: 1) cabeza, incluyendo el clípeo relacionada con la competencia y alimentación y 2) tórax, incluyendo el propodeo, que muestra la diferencia de casta entre obreras. Con una cámara fija montada en un microscopio estereoscópico se tomaron 198 microfotografías digitales, para evaluar cambios de forma mediante un análisis de morfometría geométrica. Se detectaron diferencias asociadas al aislamiento geográfico. La variación observada en la cabeza puede ayudar a diferenciar las poblaciones del norte de la península (Santa Rosaliíta, Punta Mazo, Guerrero Negro y Punta Abreojos) y las del sur (Las Barrancas y Bahía Magdalena), la variación morfológica del tórax no mostró diferencias significativas. Existen variaciones intraespecíficas que podrían ser consecuencia de las condiciones ambientales (fenotípicas) o por procesos aleatorios como la deriva génica. El presente estudio arroja datos de la variación morfológica de seis poblaciones que representan dos especies de Myrmecocystus aun no descritas para la península de Baja California. Estos resultados repercutirán en la descripción y un aumento documentado de la biodiversidad de la artropofauna bajacaliforniana.

The Baja California peninsula has isolated coastal dunes on which ants of the genus Myrmecocystus Snelling, 1976 are distributed, whose distribution is restricted in these habitats; The arthropofauna of these dunes is poorly understood. The morphological differences of Myrmecocystus were evaluated from six populations collected along the Baja California peninsula corresponding to six dunes. To measure the morphological differences of the populations, 109 individuals were analyzed, 20 for each dune, except for one dune where only nine individuals were collected. To evaluate intra- and interpopulation shape changes, two morphological-functional structures were analyzed: 1) head, including the clypeus related to competition and feeding, and 2) thorax, including the propodeum, which shows the caste difference between workers. With a fixed camera mounted on a stereoscopic microscope, 198 digital microphotographs were taken to evaluate shape changes through a geometric morphometry analysis. Differences associated with geographic isolation were detected. The variation observed in the head can help to differentiate the populations of the north of the peninsula (Santa Rosaliíta, Punta Mazo, Guerrero Negro, and Punta Abreojos) and those of the south (Las Barrancas and Magdalena Bay), the morphological variation of the thorax did not show significant differences. There are intraspecific variations that could be a consequence of environmental conditions (phenotypic) or random processes such as gene drift. The present study yields data on the morphological variation of six populations representing two species of Myrmecocystus not yet described for the Baja California peninsula. These results will have an impact on the description and a documented increase in the biodiversity of the Baja Californian arthropofauna.

Alometría, Especiación, Morfometría Geométrica, Forma, Especies no descritas Allotometry, Speciation, Geometric Morphometry, Shape, Undescribed Species BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA DE INSECTOS (ENTOMOLOGÍA) MORFOLOGÍA DE LOS INSECTOS MORFOLOGÍA DE LOS INSECTOS

Frijol x'pelón: un tesoro en el mundo de los cultivos huérfanos

AMELIO ELI MORALES MORALES CESAR MARQUEZ QUIROZ SAYANI TERESA LOPEZ ESPINOSA (2023, [Artículo])

Vigna unguiculata, conocida comúnmente como frijol x'pelón, es la especie más importante del género Vigna en México. Esta especie forma parte del grupo de los “cultivos huérfanos”, que se refiere a cultivos que no se comercializan a nivel internacional, por lo que reciben menos atención en términos de investigación y desarrollo. A pesar de la falta de atención a nivel científico, juega un papel fundamental en la dieta de numerosas comunidades, principalmente en zonas rurales y de bajo ingreso, puesto que son ricos en nutrientes y tienen características que los hacen valiosos para la seguridad alimentaria y la biodiversidad.

CAUPI LEGUMINOSAS MEJORAMIENTO GENETICO VIGNA UNGUICULATA BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA VEGETAL (BOTÁNICA) ECOLOGÍA VEGETAL ECOLOGÍA VEGETAL

Plan de manejo de residuos sólidos urbanos del Parque Nacional Lagunas de Zempoala (delimitado a la subzona de uso público)

LILIANA SMITH MEDINA (2023, [Otro, Trabajo terminal, especialidad])

La generación de residuos derivados de la actividad antropogénica es un problema mundial a consecuencia de una economía lineal insostenible que se fundamenta en extraer-fabricar-consumir-eliminar (Ruiz et 2016), transformando los recursos naturales eventualmente en residuos (González y Vargas, 2017) y provocando a su vez problemas en la salud pública, contaminación, pérdida de la calidad paisajística y de la biodiversidad en zonas urbanas, rurales y áreas naturales (Colomina, 2005), afectando a estas últimas su nivel de vulnerabilidad. A nivel mundial se han impulsado la creación de Áreas Naturales Protegidas (ANP) como parte de una estrategia de política ambiental. Estas áreas son consideradas como reservorios de diversidad biológica y cultural, además de proveer servicios ambientales que son pilares para nuestra sobrevivencia. En México, la visión de conservación de estos espacios se inició en el siglo pasado con el primer decreto del Parque Nacional Desierto de los Leones para procurar a la capital del país la captura y abastecimiento de agua, así como salvaguardar los elementos culturales y proveer un espacio recreativo a la población (Vargas Marquez, 1997). Estas áreas se dividen en siete diferentes categorías. Para la conservación y uso de estos espacios, un instrumento fundamental son los programas de manejo, que se establecen como directrices rectoras de planificación y regulación de las actividades esenciales para la gestión y administración de las ANP ́s, según lo estipula la Ley General del Equilibrio Ecológico y Protección al Ambiente (LGEEPA). Sin embargo, aunque son muchos los esfuerzos en materia jurídica para su protección, estos espacios son vulnerables ante la depredación del ser humano por sus múltiples recursos naturales. En nuestro país, la Comisión Nacional de Áreas Naturales Protegidas (CONANP) administra 182 áreas naturales y 336 áreas destinadas voluntariamente a conservación (CONANP,2020).

La literatura reporta que una región particularmente afectada por el cambio de uso

de suelo para fines agrícolas y ganaderas, así como la explotación irracional de

recursos maderables es la zona centro del país y el eje Neovolcánico transversal. Esta

región alberga cinco Reservas de la Biósfera, veintiséis Parques Nacionales, tres Áreas

de Protección de Flora y Fauna y un Área de Protección de Recursos Naturales (CONANP,

2021). Su ubicación geográfica le otorga una biodiversidad notable y los suelos

volcánicos en esta zona son excepcionalmente fértiles, lo que los hace idóneos para

la realización de actividades productivas. Morelos se encuentra inmerso en esta

ubicación, lo que denota que las cinco ANP de carácter federal que alberga también

están expuestas a las mismas amenazas mencionadas anteriormente.

Dentro de este contexto, el Parque Nacional Lagunas de Zempoala (PNLZ), una de las

áreas naturales emblemáticas de nuestro estado, no ha sido inmune a la depredación

y alteración de su entorno. Entre las actividades perjudiciales destacan la sustracción

de tierra de monte, el sobrepastoreo, la cacería furtiva y la tala, que, en conjunto,

influyen en la pérdida de la infiltración y recarga de los mantos freáticos y de los

servicios ecosistémicos (Serafín, 2014). Paralelamente, el PNLZ ha sido considerado

como un lugar idóneo para fines económicos a través del turismo.

BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA

Detección de secuencias que codifican enzimas productoras de cianotoxinas, su expresión y relación con las características del agua en cenotes del noreste de la Península de Yucatán

Gerardo Ávila Torres (2023, [Tesis de doctorado])

BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA MICROBIOLOGÍA BACTERIOLOGÍA BACTERIOLOGÍA