Title
$organism
Author
Gabriel Moreno-Hagelsieb
Access level
Open Access
Subjects
Description
Abstract - Ortólogos basados en el método de "Reciprocal Best Hit" Definición de ortólogo Un ortólogo se define como aquel gene que han divergido después de un evento de especiación (Fitch, 2000). Otra forma de definirlo podría ser como el "mismo gene" en diferentes organismos. Esta relación evolutiva implica que los productos de genes ortólogos deben tender a mantener sus funciones originales (Ward N. And Moreno-Hagelsieb G., 2014). Método de detección El método de mejor hit recíproco(RBH) es el más común para ortología en genómica comparativa. Esencialmente, un RBH se encuentra cuando las proteínas codificadas por dos genes, cada uno en un genoma diferente, se encuentran entre sí como la mejor coincidencia de puntuación en el otro genoma. El BLAST de NCBI es el software más utilizado para las comparaciones de secuencias necesarias para encontrar los RBH. El primer paso es hacer las comparaciones BLASTP de NCBI de todas las proteínas codificadas por los genes anotados de cada organismo contra todas las proteínas codificadas por los genes anotados en cualquier otro genoma, y viceversa, con un umbral de valor E máximo de 1 × 10 - 6 ; un tamaño de base de datos fijado a 5 × 108 (-z 5e8). También se requiere una cobertura de al menos el 50% de cualquiera de las secuencias de proteínas en las alineaciones.Para encontrar ortólogos como RBH, se clasifican los hits BLASTP del puntaje más alto al más bajo, y, si los puntajes de bits son idénticos, entonces ordenamos desde los valores E más pequeños hasta los más altos. El primer hit dentro de estas clasificaciones sería el mejor hit. Si el siguiente hit tuviera los mismos puntajes de bits y valores E, habría más de un mejor resultado (pueden ocurrir múltiples ortólogos). Para más detalles de la metodología consultar las referencias listadas en la sección de referencias. Conjunto de Datos El archivo incluido en éste registro es un archivo .zip, que al descomprimirlo genera un directorio con el identificador del organismo (identificador de la base de datos RefSeq). Dentro de la carpeta, se encuentran cientos de archivos donde cada uno representa los ortólogos encontrados del organismo de referencia contra el resto de los genomas donde hubo ortólogos. También se encuentra un archivo llamado readme.txt que contiene una descripción del contenido de la carpeta y su estructura.
Publisher
Centro de Ciencias Genómicas (UNAM)
Publish date
2018
Resource Type
Dataset
Information Resource
oai:hdl.handle.net/20.500.12148/BMAJ2A
Source repository
REPOSITORIO INSTITUCIONAL DE CONOCIMIENTO GENÓMICO
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