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Autor: Vázquez, F. J.
BGGE: A new package for genomic prediction incorporating genotype by environments models
Italo Granato Jaime Cuevas Francisco Javier Luna Vázquez Jose Crossa Juan Burgueño Roberto Fritsche-Neto (2018)
One of the major issues in plant breeding is the occurrence of genotype by environment (GE) interaction. Several models have been created to understand this phenomenon and explore it by selecting the most stable genotypes. In the genomic era, several models were employed to simultaneously improve selection by using markers and account for GE interaction. Some of these models use special genetic covariance matrices. In addition, multi-environment trials scales are getting larger, and this increases the computational challenges. In this context, we propose an R package that, in general, allows building GE genomic covariance matrices and fitting linear mixed models, in particular, to a few genome GE models. Here we propose a function to create the genomic kernels needed to fit these models. This function makes genome predictions through a Bayesian linear mixed model approach. A particular treatment is given for structured dispersed covariance matrices; in particular, those structured as a block diagonal that are present in some GE models in order to decrease the computational demand. In empirical comparisons with Bayesian Genomic Linear Regression (BGLR), accuracies and the mean squared error were similar; however, the computational time was up to five times lower than when using the classic approach. Bayesian Genomic Genotype × Environment Interaction (BGGE) is a fast, efficient option to create genome GE kernels and make genomic predictions.
Dataset
A variational Bayes genomic-enabled prediction model with genotype × environment interaction
Osval Antonio Montesinos-Lopez Jose Crossa Francisco Javier Luna Vázquez JOSAFHAT SALINAS RUIZ (2017)
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Dataset
A variational Bayes genomic-enabled prediction model with genotype × environment interaction
Osval Antonio Montesinos-Lopez Jose Crossa Francisco Javier Luna Vázquez JOSAFHAT SALINAS RUIZ (2017)
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Dataset
Spatial phylogenetics in Hechtioideae (Bromeliaceae) reveals recent diversification and dispersal
La filogenética espacial de Hechtioideae (Bromeliaceae) revela diversificación y dispersión reciente
Ricardo Rivera Martinez Ivón Mercedes Ramírez Morillo José Arturo de Nova Vázquez GERMAN CARNEVALI FERNANDEZ CONCHA Juan Pablo Pinzón Katya J. Romero-Soler NESTOR EDUARDO RAIGOZA FLORES (2022)
Background: Hechtioideae is a group of Bromeliaceae that is distributed in Megamexico III. In recent years, evolutionary relationships within this lineage have been studied; however, the biogeography of these plants have not yet been explored from a phylogenetic framework. The integration of geographic and phylogenetic information in the evolutionary study of organisms has facilitated the identification of patterns, as well as the exploration of new hypotheses that allow for the understanding the processes that have influenced the evolutionary history of lineages. Questions and/or Hypotheses: What is the biogeographic history of this lineage? How Hechtioideae has diversified over time? Results: The Neotropical region has the highest species richness of Hechtioideae and the Mexican Transition Zone is the area with the greatest phylogenetic diversity. This lineage presented its highest diversification rate during the late Miocene and Pleistocene (6.5-1 Ma). The ancestral area of the group corresponds to the Neotropical region and the Mexican Transition Zone. In addition, Hechtioideae spread across its current ranges through multiple dispersal events associated with climatic and geological events during the last 10 Ma. Conclusions: Hechtioideae is a group of recent origin whose evolutionary history has been strongly influenced by geological and climatic events over the past 10 Ma, such as the glacial and interglacial periods of the Pleistocene and the great tectonic and volcanic activity that led to the formation of the Trans-Mexican Volcanic Belt. © 2022 Sociedad Botanica de Mexico, A.C. All rights reserved.
Artículo
ANCESTRAL AREA RECONSTRUCTION BIOGEOGRAPHY CONSERVATION DISTRIBUTION PHYLOGENETIC DIVERSITY BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA VEGETAL (BOTÁNICA) ECOLOGÍA VEGETAL ECOLOGÍA VEGETAL
La lechuga de mar, una planta invasora en las costas de la Península de Yucatán, México
GONZALO CASTILLO CAMPOS María Luisa Martínez Vázquez JOSE GUADALUPE GARCIA FRANCO (2022)
Artículo
FLORA GOODENIACEAE HORTICOLA, INVASORA PLANTAS EXOTICAS SCAEVOLA TACCADA BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA VEGETAL (BOTÁNICA) ECOLOGÍA VEGETAL ECOLOGÍA VEGETAL
María del Pilar Saldaña Fabela Jorge Luis Izurieta Dávila Camilo Vázquez Bustos Maria Antonieta Gomez Balandra JUAN GABRIEL GARCIA MALDONADO (2019)
El deterioro de los recursos hídricos es una constante en países en desarrollo; ríos contaminados; procesos de eutroficación en lagos, reservorios y ríos por el incremento en nitrógeno y fósforo; ecosistemas de agua dulce severamente afectados por actividades antrópicas, son factores que tienen en común los países de América Latina, incluido México y que deben revertirse. Tal es el caso de la cuenca baja del río Grijalva en el estado de Tabasco. Aunado a lo anterior, los efectos por la fragmentación del sistema hidrológico por la creación de canales en el sistema Bitzales, así como los cambios climáticos por las severas sequías que se presentan, ocasionaron la mortandad masiva del manatí del Caribe (Trichechus manatus) en 2018, una especies emblemáticas de la zona, enlistada en la Norma Oficial Mexicana NOM-059-SEMARNAT-2010, bajo el estatus de Peligro de Extinción (P) y en estatus de especie vulnerable por la Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza (UICN).
El objetivo del proyecto fue determinar las fuentes de contaminación en la zona. Se presentan los resultados que se obtuvieron del total de 777 análisis, correspondiendo 252 a las mediciones de campo (in situ), 480 a los parámetros de laboratorio (ex situ) y 45 parámetros biológicos también en laboratorio. Se encontró que existe una correlación alta entre el OD y ORP en el sistema, por lo que estas dos variables pueden ser utilizadas como indicadoras de deterioro y cambio en la calidad del agua, además de los indicadores para florecimientos de cianobacterias.
Documento de trabajo
Eutroficación Contaminación química del agua Cianobacterias Especies endémicas BIOLOGÍA Y QUÍMICA
María del Pilar Saldaña Fabela Jorge Luis Izurieta Dávila María Antonieta Gómez Balandra MARICELA MARTINEZ JIMENEZ Camilo Vázquez Bustos (2019)
En 2009 se detectaron los primeros varamientos de sargazo en las costas de África, y de 2011 a 2015 se presentaron en México. La biomasa de sargazo que llegó en 2015 a México se consideró un evento masivo, y el evento que se registró en 2018 en el Caribe mexicano fue 5 veces más grande. Este fenómeno de arribazón del sargazo plantea graves problemas para los ecosistemas locales e industrias importantes, como el turismo y la pesca. Ante esta problemática SEMARNAT planteo 9 ejes rectores, siendo abordados en el proyecto los correspondientes a dos ejes. El de monitoreo de la zona costera y la investigación sobre las dos especies de macroalgas que llegan al Mar Caribe, planteándose el siguiente objetico: Evaluar la calidad del agua de la zona costera, así como caracterizar los aspectos fenológicos del sargazo en las playas donde existe varamiento de la macroalga.
Documento de trabajo
Calidad del agua Agua costera Eutroficación Monitoreo del ambiente BIOLOGÍA Y QUÍMICA