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GONZALO DAUDEN BENGOA (2023)
Marine fishes have complex life stages requiring different habitat types and distinct environmental conditions. Larval habitat depends on the adult distribution and spawning, but larvae can be dispersed to regions with unsuitable conditions that may negatively affect survival and recruitment. In oceanic systems, larval dispersion is highly influenced by mesoscale circulation, which influences connectivity, population dynamics and the structure of marine fish populations. Ocean circulation models can be used in particle tracking experiments, thereby applying a Lagrangian framework to follow a large number of virtual larvae through space and time and examine dispersion and connectivity. They can be coupled with ecological information (adult spawning habitat and period) or biological characteristics (planktonic stage duration, larval growth rates) to obtain detailed insight into the physical and biological interactions and evaluate larval dispersion pathways and connectivity between regions. In this study, the larval occurrence, distribution and density of six fish species were examined as a function of oceanographic variables using Generalized Additive Models (GAM) based on data from 15 cruises held from April to November (2011 to 2018) in the Gulf of Mexico (GoM). Twelve cruises covered the southern GoM’s (sGoM) deep-water region (> 1000 m) and three the Yucatan Shelf. The distribution of oceanic species was related to oceanographic variables indicative of higher productivity, which may lead to greater larval feeding success and survival. In contrast, the presence of neritic species in oceanic waters close to the shelves is likely mediated by regional cross-shelf transport and may lead to high mortality. On the Yucatan Shelf, neritic larvae were distributed beyond the 40 m isobath, with the highest densities in the central shelf. Larval densities were significantly related to salinity and wind speed, but their distribution reflects adult spawning regions and periods. GAMs were subsequently applied to a ten-year climatology of hydrographic data to predict each species’ potential habitat and delimit the origin of the particle dispersion pathways. Two contrasting mesoscale circulation patterns were selected: (1) a high level of Loop Current (LC) intrusion and no interaction between anticyclonic eddies (AE) and the cyclonic eddy (CE) of the Bay of Campeche (BoC), and (2) a low level of LC intrusion, the presence of a recently detached LC-AE, and AE-CE ...
Los peces marinos tienen etapas de vida complejas que requieren diferentes hábitats y condiciones ambientales. El hábitat larvario depende de la distribución y desove de adultos, pero pueden dispersarse a regiones con condiciones inadecuadas que afecten la supervivencia y reclutamiento. En sistemas oceánicos, la circulación de mesoescala influye la dispersión larvaria, la conectividad, dinámica y estructura de poblaciones de peces. Los modelos de circulación son utilizados en experimentos de seguimiento de partículas, aplicando un marco de Lagrange que siguen gran cantidad de larvas virtuales en el espacio y tiempo, examinando dispersión y conectividad. Pueden combinarse con información ecológica (hábitats y períodos de desove) o características biológicas (duración de etapa planctónica, tasas de crecimiento larvaria) obteniendo información sobre interacciones físicas y biológicas y evaluar las vías de dispersión larvaria y conectividad entre regiones. Este estudio, examinó la distribución y densidad de larvas de seis especies en función de variables oceanográficas usando Modelos Aditivos Generalizados (GAM) con datos de 15 cruceros realizados entre abril y noviembre (2011 a 2018) en el Golfo de México (GoM). Doce en aguas profundas (> 1000 m) del sur del GoM (sGoM) y tres en la plataforma de Yucatán. La distribución larvaria de especies oceánicas se relacionó con variables oceanográficas indicativas de mayor productividad, que puede conducir a un mayor éxito alimenticio y supervivencia. Especies neríticas en aguas oceánicas próximas a plataformas probablemente mediado por transporte hacia fuera, puede conducir a una alta mortalidad. En la plataforma de Yucatán, las larvas neríticas se distribuyeron más allá de la isóbata de 40 m, con mayores densidades en el centro. Sus densidades estuvieron relacionadas significativamente con salinidad y velocidad del viento, pero su distribución refleja las regiones y períodos de desove de adultos. Posteriormente se aplicaron los GAM a una climatología de diez años de datos hidrográficos para predecir el hábitat potencial de cada especie y delimitar el origen de dispersión de partículas. Se seleccionaron dos patrones de circulación de mesoescala contrastantes: (1) alto nivel de intrusión de la Corriente de Lazo (LC), sin interacción entre remolinos anticiclónicos (AE) y ciclónico (CE) de la Bahía de Campeche (BoC), y (2) bajo nivel de intrusión de LC, un LC-AE recientemente desprendido e interacciones AE-CE en el ...
Doctoral thesis
Ichthyoplankton, deep-water region, Gulf of Mexico, GAM, connectivity Ictioplancton, región aguas profundas, Golfo de México, GAM, conectividad BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA OTRAS ESPECIALIDADES DE LA BIOLOGÍA OTRAS OTRAS
COMPOSICIÓN FLORÍSTICA EN POTREROS DE LOS TUXTLAS, VERACRUZ, MÉXICO
ANDRES LIRA NORIEGA Sergio Antonio Guevara Sada Francisco Javier Laborde Dovalí GRACIELA SANCHEZ RIOS (2007)
Se hizo un inventario de especies de plantas fanerógamas y pteridofitas en potreros en áreas desprovistas de árboles, en la zona del volcán San Martín Tuxtla, en Los Tuxtlas, Veracruz. Con el fin de tener la composición florística más completa posible, se realizaron muestreos durante la temporada seca y la de lluvia del año de 1992, en dos localidades: el ejido Balzapote y la colonia agrícola-ganadera La Palma. En cada localidad se seleccionaron cinco potreros dominados por especies de pastos nativas (conocidos como potreros de grama) y cinco en que prevalece la gramínea introducida Cynodon plectostachyus (llamados potreros de estrella). En cada potrero, dentro de una hectárea se ubicaron al azar 10 cuadros fijos de 2 x 2 m en los que se registró a toda planta presente y se estimó su cobertura, además de medir la altura de la vegetación dentro de cada cuadro. El resultado arrojó un total de 200 especies de angiospermas y 14 de pteridofitas, pertenecientes a 55 familias. Las familias con 10 especies o más fueron Asteraceae, Euphorbiaceae, Poaceae y Leguminosae (sensu lato). Las plantas con cobertura mayor de 10% del área muestreada fueron C. plectostachyus, Axonopus spp., Paspalum conjugatum (Poaceae), Hyptis atrorubens (Lamiaceae) y Mimosa pudica (Leguminosae: Mimosaceae). La mayoría de las especies encontradas en potreros fueron malezas y pastos; sin embargo, también se registraron plántulas de árboles y arbustos.
Article
BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA VEGETAL (BOTÁNICA) BOTÁNICA GENERAL BOTÁNICA GENERAL
Jerzy Rzedowski Rotter Rosalinda Medina Lemos GRACIELA CALDERON DIAZ BARRIGA (2007)
Uno de los grupos taxonómicamente más difíciles del género Bursera es el que comprende los elementos ubicados alrededor de B. simaruba, pues varias de tales especies son morfológicamente tan parecidas que no siempre resultan fáciles de distinguir de esta última entidad, a la vez muy variable, ni tampoco muchas veces entre sí.
En 1936 Bullock redujo a varios componentes de este conjunto a la sinonimia de uno solo, para el que usó el nombre de B. ovalifolia (Schltdl.) Engl., pues juzgó que la propia B. simaruba, cuyo tipo procede de Jamaica, no existe en México. Estudios posteriores, sin embargo, indicaron que muchas poblaciones de nuestro país son suficientemente semejantes a las plantas antillanas para considerarlas pertenecientes a este último taxon y en consecuencia el epíteto de Schlechtendal cayó en desuso.
En esta contribución se reivindica la denominación B. ovalifolia para una especie caracterizada por frutos relativamente pequeños y hojas con 3 o 5 (rara vez 7) foliolos abruptamente acuminados o cuspidados en el ápice, glabros o con escasa pubescencia desde su juventud. Tales plantas se distribuyen desde la comarca costera de Jalisco al menos hasta Costa Rica y son particularmente abundantes en la región oaxaqueña del Istmo de Tehuantepec, donde registran una gran diversidad de formas de foliolos.
Por otra parte se propone el nombre de B. roseana para otro miembro de este conjunto, originalmente descrito como Terebinthus acuminata y que hasta ahora no se había transferido de forma legítima al género Bursera. Este taxon, que prospera esencialmente en altitudes superiores a 1200 m, no pocas veces en convivencia con encinares y pinares, extiende su área de distribución desde Nayarit, Zacatecas y Aguascalientes hasta el Estado de México y Guerrero.
Article
BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA VEGETAL (BOTÁNICA) BOTÁNICA GENERAL BOTÁNICA GENERAL
ISMAEL CABRAL CORDERO José Ángel Villarreal Quintanilla ANDRES EDUARDO ESTRADA CASTILLON (2007)
Se propone como especie nueva a Agave albopilosa, un maguey pequeño rupícola del grupo Striatae, de la Sierra Madre Oriental. Su característica más sobresaliente es un mechón circular de pelos blancos en la porción distal de las hojas, justo debajo de la espina terminal. Las flores son ligeramente campanuladas, similares a las de A. stricta, pero con lóbulos más cortos y también los frutos son más pequeños. Se incluye una ilustración de la planta y una clave para la separación de las especies del grupo.
Article
BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA VEGETAL (BOTÁNICA) BOTÁNICA GENERAL BOTÁNICA GENERAL
Adriana Belén Castillejos-Pérez (2023)
El objetivo del proyecto fue evaluar la actividad antioxidante y antiinflamatoria, in vitro e in vivo, de extractos de callos y suspensiones de Mammillaria candida (Mc) y Turbinicarpus laui (Tl). Los callos se irradiaron con luz UV y las suspensiones se expusieron a quitosano para incrementar el contenido de metabolitos. La actividad antioxidante se determinó mediante ensayos FRAP y TBARS, y la antiinflamatoria cuantificando el TNFα usando dos modelos de inflamación aguda. Los resultados mostraron que los metabolitos de Mc y Tl tienen actividad antioxidante similar o superior a la vitamina E y actividad antiinflamatoria (in vitro e in vivo) mayor a la indometacina. Se concluye que los cultivos de Mc y Tl son fuente de metabolitos antioxidantes y antiinflamatorios.
The aim of this project was to evaluate the in vitro and in vivo antioxidant and anti-inflammatory activity of callus and suspensions from Mammillaria candida (Mc) and Turbinicarpus laui (Tl). To increase metabolite content, the callus was irradiated with UV light and cellular suspensions were exposed to chitosan. Antioxidant activity was determined by FRAP and TBRAS assays, and the anti-inflammatory activity by quantifying TNFα using two acute inflammation models. The results showed that Mc and Tl metabolites have antioxidant activity similar or superior to vitamin E, and an anti-inflammatory activity (in vivo and in vitro) major to indomethacin. In conclusion, the in vitro cultures from Mc and Tl are a source of antioxidants and anti-inflammatory metabolites.
Master thesis
BIOLOGÍA Y QUÍMICA MEDICINA Y CIENCIAS DE LA SALUD CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA
Control de malezas acuáticas en México
MARICELA MARTINEZ JIMENEZ MARIA DEL PILAR SALDAÑA FABELA ERIC DANIEL GUTIERREZ LOPEZ (2003)
Las malezas acuáticas continúan constituyendo un problema en el país, por lo que los intentos realizados para su combate, ya sea en forma manual, mecánica o química, sólo han tenido resultados temporales a un costo elevado, pues las semillas de la flor que se depositan en los sedimentos son la fuente de futuras re-infestaciones. En este sentido, el Instituto Mexicano de Tecnología del Agua (IMTA) ha investigado soluciones sustentables y con menos impacto al medio ambiente, encontrando que el uso de agentes biológicos podría constituir una solución al problema. El artículo detalla la experiencia del IMTA en el uso de artrópodos y hongos específicos para su desarrollo como bioherbicidas para controlar el crecimiento del lirio acuático.
Article
Malezas acuáticas Control de malezas Control biológico Bioherbicidas BIOLOGÍA Y QUÍMICA
Gabriel Moreno-Hagelsieb (2018)
Ortólogos basados en el método de "Reciprocal Best Hit" Definición de ortólogo Un ortólogo se define como aquel gene que han divergido después de un evento de especiación (Fitch, 2000). Otra forma de definirlo podría ser como el "mismo gene" en diferentes organismos. Esta relación evolutiva implica que los productos de genes ortólogos deben tender a mantener sus funciones originales (Ward N. And Moreno-Hagelsieb G., 2014). Método de detección El método de mejor hit recíproco(RBH) es el más común para ortología en genómica comparativa. Esencialmente, un RBH se encuentra cuando las proteínas codificadas por dos genes, cada uno en un genoma diferente, se encuentran entre sí como la mejor coincidencia de puntuación en el otro genoma. El BLAST de NCBI es el software más utilizado para las comparaciones de secuencias necesarias para encontrar los RBH. El primer paso es hacer las comparaciones BLASTP de NCBI de todas las proteínas codificadas por los genes anotados de cada organismo contra todas las proteínas codificadas por los genes anotados en cualquier otro genoma, y viceversa, con un umbral de valor E máximo de 1 × 10 - 6 ; un tamaño de base de datos fijado a 5 × 108 (-z 5e8). También se requiere una cobertura de al menos el 50% de cualquiera de las secuencias de proteínas en las alineaciones.Para encontrar ortólogos como RBH, se clasifican los hits BLASTP del puntaje más alto al más bajo, y, si los puntajes de bits son idénticos, entonces ordenamos desde los valores E más pequeños hasta los más altos. El primer hit dentro de estas clasificaciones sería el mejor hit. Si el siguiente hit tuviera los mismos puntajes de bits y valores E, habría más de un mejor resultado (pueden ocurrir múltiples ortólogos). Para más detalles de la metodología consultar las referencias listadas en la sección de referencias. Conjunto de Datos El archivo incluido en éste registro es un archivo .zip, que al descomprimirlo genera un directorio con el identificador del organismo (identificador de la base de datos RefSeq). Dentro de la carpeta, se encuentran cientos de archivos donde cada uno representa los ortólogos encontrados del organismo de referencia contra el resto de los genomas donde hubo ortólogos. También se encuentra un archivo llamado readme.txt que contiene una descripción del contenido de la carpeta y su estructura.
Dataset
BIOLOGÍA Y QUÍMICA Medicine, health and life sciences Medicina, salud y ciencias de la vida
Gabriel Moreno-Hagelsieb (2018)
Ortólogos basados en el método de "Reciprocal Best Hit" Definición de ortólogo Un ortólogo se define como aquel gene que han divergido después de un evento de especiación (Fitch, 2000). Otra forma de definirlo podría ser como el "mismo gene" en diferentes organismos. Esta relación evolutiva implica que los productos de genes ortólogos deben tender a mantener sus funciones originales (Ward N. And Moreno-Hagelsieb G., 2014). Método de detección El método de mejor hit recíproco(RBH) es el más común para ortología en genómica comparativa. Esencialmente, un RBH se encuentra cuando las proteínas codificadas por dos genes, cada uno en un genoma diferente, se encuentran entre sí como la mejor coincidencia de puntuación en el otro genoma. El BLAST de NCBI es el software más utilizado para las comparaciones de secuencias necesarias para encontrar los RBH. El primer paso es hacer las comparaciones BLASTP de NCBI de todas las proteínas codificadas por los genes anotados de cada organismo contra todas las proteínas codificadas por los genes anotados en cualquier otro genoma, y viceversa, con un umbral de valor E máximo de 1 × 10 - 6 ; un tamaño de base de datos fijado a 5 × 108 (-z 5e8). También se requiere una cobertura de al menos el 50% de cualquiera de las secuencias de proteínas en las alineaciones.Para encontrar ortólogos como RBH, se clasifican los hits BLASTP del puntaje más alto al más bajo, y, si los puntajes de bits son idénticos, entonces ordenamos desde los valores E más pequeños hasta los más altos. El primer hit dentro de estas clasificaciones sería el mejor hit. Si el siguiente hit tuviera los mismos puntajes de bits y valores E, habría más de un mejor resultado (pueden ocurrir múltiples ortólogos). Para más detalles de la metodología consultar las referencias listadas en la sección de referencias. Conjunto de Datos El archivo incluido en éste registro es un archivo .zip, que al descomprimirlo genera un directorio con el identificador del organismo (identificador de la base de datos RefSeq). Dentro de la carpeta, se encuentran cientos de archivos donde cada uno representa los ortólogos encontrados del organismo de referencia contra el resto de los genomas donde hubo ortólogos. También se encuentra un archivo llamado readme.txt que contiene una descripción del contenido de la carpeta y su estructura.
Dataset
BIOLOGÍA Y QUÍMICA Medicine, health and life sciences Medicina, salud y ciencias de la vida
JOSÉ LUIS COSME MENDOZA (2022)
Egeria densa Planch es una planta acuática que se encuentra en el estado de Morelos donde existen importantes sistemas acuáticos, como el Parque Estatal Urbano Barranca de
Chapultepec, cuyas características ha permitido el desarrollo de la misma, convirtiéndose en una amenaza para su diversidad, ya que su comportamiento es invasivo, por lo que es necesario llevar a cabo trabajos que coadyuven al manejo y control de dicha especie. El Objetivo es establecer un sistema de manejo de Egeria densa mediante el proceso de compostaje en el Parque Estatal Urbano Barranca de Chapultepec, Así mismo determinar los parámetros fisicoquímicos del agua y sedimento; donde se recolectaron 500 kg de planta, se trituró a un tamaño de 2 a 5 cm. Se elaboraron pilas de 1m² por 30 cm. de alto, se les adiciono estiércol de caballo, gallina y residuos de cocina en proporción tres a uno. Los parámetros evaluados fueron pH, temperatura, materia orgánica, nitrógeno, carbono, fósforo, potasio: para sedimentos y agua se realizaron cuatro muestreos.
Se obtuvo lo siguiente: una temperatura de 28 °C, un pH neutro, el color en seco va de pardo grisáceo oscuro a pardo muy oscuro mientras que en húmedo va de pardo a pardo muy oscuro a excepción del tratamiento 3 que llego a negro, en relación al carbono la mínima fue de 3.87 g/ml y la máxima de 9.73 g/ml, el mayor porcentaje de carbono lo obtuvo el tratamiento de caballaza con 9.74%, los resultados de nitrógeno van de 0.22 a 0.42 que corresponde al tratamiento de caballaza, la relación carbono nitrógeno es de 22 y 24 el valor máximo de materia orgánica fue 16: con relación a los sedimentos el color en seco va de gris a gris muy oscuro, en húmedo de pardo oscuro a negro, el pH es moderadamente acido, en la época de lluvias se presentan los porcentajes más altos con 25.18% de MO, 0.63% de N y 12.18% de C; el agua presenta un pH moderadamente acido a neutro, una temperatura fría de 16.35 °C a 17.40 °C.
Por los resultados obtenidos de materia orgánica, se deduce que Egeria densa al ser una especie acuática, carece de suficiente tejido vegetal que aporte dicho material al elaborar una composta. De acuerdo con las características fisicoquímicas y al Índice de la Calidad del Agua (ICA), arroja que son aguas dulces blandas, aptas para abastecimiento humano deseable, buena cuenca baja. Así mismo los sedimentos, cumplen con los requerimientos nutricionales (pH, M. O., C, N. P y K) en el desarrollo de la planta.
Egeria densa Planch is an aquatic plant found in the state of Morelos where there are important aquatic systems, such as the Barranca de Chapultepec Urban State Park, whose characteristics have allowed its development, becoming a threat to its diversity, since Its behavior is invasive, so it is necessary to carry out work that contributes to the management and control of this species. The objective is to establish a management system for Egeria densa through the composting process in the Barranca de Chapultepec Urban State Park, as well as to determine the physicochemical parameters of water and sediment; where 500 kg of plant were collected, it was crushed to a size of 2 to 5 cm. Stacks of 1m2 by 30 cm were made, high horse manure, chicken manure and kitchen waste were added in a three to one ratio. The parameters evaluated were pH, temperature, organic matter, nitrogen, carbon, phosphorus, potassium: for sediments and water, four samples were taken.
The following was obtained: a temperature of 28 °C, a neutral pH, the dry color goes from dark grayish brown to very dark brown while in the wet it goes from brown to very dark brown except for treatment 3 that reached black, in In relation to carbon, the minimum was 3.87 g/ml and the maximum was 9.73 g/ml, the highest percentage of carbon was obtained by the mackerel treatment with 9.74%, the nitrogen results range from 0.22 to 0.42, which corresponds to the mackerel treatment. , the carbon-nitrogen ratio is 22 and 24, the maximum value of organic matter was 16: in relation to the sediments, the dry color ranges from gray to very dark gray, in the wet from dark brown to black, the pH is moderately acid, in the rainy season the highest percentages are presented with 25.18% MO, 0.63% N and 12.18% C; The water has a moderately acid to neutral pH, a cold temperature of 16.35 °C to 17.40
From the results obtained from organic matter, it can be deduced that Egeria densa, being an aquatic species, lacks sufficient plant tissue to provide said material when making a compost. According to the physicochemical characteristics and the Water Quality Index (ICA), it shows that they are soft freshwater, suitable for desirable human supply, good low basin. Likewise, the sediments me
Master thesis
Función de ríos tributarios en la dinámica de la vegetación, en selva baja de Morelos
MARIA ALEJANDRA DE LEON IBARRA (2019)
Las selvas bajas caducifolias por sí solas son ecosistemas de gran importancia ecológica, el
territorio ocupado originalmente en México por las selvas bajas iba entre 8 y 14 % de la superficie del país (Trejo y Dirzo, 2000), estas selvas aportan el 40% de especies vegetales endémicas de México (Rzedowski, 1991), es el tipo de vegetación que da hogar a familias de importancia antropogénica y ecológica en el país como Fabaceae, Poaceae y Asteraceae (Arias, Dorado, y Maldonado, 2002).
Las selvas bajas son ambientes estacionales por naturaleza, regidos por la disponibilidad del agua a lo largo del año, lo que genera una gran heterogeneidad espacial y gran diversidad (CONANP, 2005).
Dicha estacionalidad genera un paisaje ripario muy particular, presentando ríos perennes, que presentan agua en toda la época del año variando considerablemente su caudal, la fuente de agua puede ser manantiales, ríos subterráneos o fuentes superficiales. Sin embargo, también son comunes los ríos intermitentes y efímeros, que llevan agua solamente en época de lluvias. Además es muy común que los ríos perennes en estos ambientes estacionales tengan tramos con flujos perennes y otros tramos con flujos intermitentes (Reyes Amaya, 2018; Stromberg et al., 2005).
Estos ríos están inmersos en un ecosistema ripario que funciona como un corredor de protección y establecimiento de diversos seres vivíos (Ceballos et al., 2010) la vegetación dentro de dichos corredores en ocasiones conformada por especies que pueden o no encontrarse dentro de la selva baja caducifolia, son influenciados por el agua y los nutrientes cercanos a ellas y ocasiona que los individuos de estos corredores sean de mayor tamaño y más frondosos que los encontrados en el interior de la selva aun cuando sean de la misma especie (De León-Ibarra y Valenzuela G., 2005).
Los ecosistemas riparios son de importancia fundamental porque en ellos se llevan a cabo una gran cantidad de procesos físicos, abióticos y bióticos (Nilsson y Svedmark, 2002) que proporcionan recursos importantes al resto de la selva. La vegetación de las zonas riparias en estos ambientes, se puede ver influenciada por características de los flujos de agua superficial: la estacionalidad o temporalidad de los flujos altos y bajos, la magnitud, la frecuencia y la duración con la que ocurren ciertos eventos, como también, por los flujos de aguas subterráneas, las descargas de los manantiales (Stromberg et al., 2009) y por los procesos relacionados a las zonas de mezcla de agua superficial y subterránea, o zonas hiporreicas. Así como, por características físicas y geomorfológicas del terreno: tipos de suelo, estructura geológica, pendientes, extensión de las zonas de inundación entre otras (Stromberg et al., 2009).
Así mismo, las alteraciones y variabilidad de los flujos de agua de un río pueden afectar los patrones temporales de la dispersión de semillas, la composición de especies, y el reclutamiento potencial de plántulas (Esper-Reyes et al., 2018; Greet, Cousens, y Webb, 2012), el mantenimiento de la estructura y la composición de la comunidad de la vegetación riparia (Esper-Reyes et al., 2018; Greet, Angus Webb, y Cousens, 2011), y la integridad general del ecosistema (Poff et al., 1997).
Doctoral thesis