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CARLOS ABRAHAM GUERRERO RUIZ (2017, [Artículo])
Vibrio parahaemolyticus is an important human pathogen that has been isolated worldwide from clinical cases, most of which have been associated with seafood consumption. Environmental and clinical toxigenic strains of V. parahaemolyticus that were isolated in Mexico from 1998 to 2012, including those from the only outbreak that has been reported in this country, were characterized genetically to assess the presence of the O3:K6 pandemic clone, and their genetic relationship to strains that are related to the pandemic clonal complex (CC3). Pathogenic tdh+ and tdh+/trh+ strains were analyzed by pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) and multilocus sequence typing (MLST). Also, the entire genome of a Mexican O3:K6 strain was sequenced. Most of the strains were tdh/ORF8-positive and corresponded to the O3:K6 serotype. By PFGE and MLST, there was very close genetic relationship between ORF8/O3:K6 strains, and very high genetic diversities from non-pandemic strains. The genetic relationship is very close among O3:K6 strains that were isolated in Mexico and sequences that were available for strains in the CC3, based on the PubMLST database. The whole-genome sequence of CICESE-170 strain had high similarity with that of the reference RIMD 2210633 strain, and harbored 7 pathogenicity islands, including the 4 that denote O3:K6 pandemic strains. These results indicate that pandemic strains that have been isolated in Mexico show very close genetic relationship among them and with those isolated worldwide. © 2017 Guerrero et al. This is an open access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License, which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original author and source are credited.
Article, bacterial strain, biofouling, controlled study, Crassostrea, food intake, gene sequence, genetic analysis, genetic variability, Japan, Mexican, Mexico, molecular phylogeny, nonhuman, pandemic, pathogenicity island, sea food, serotyping, toxi BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA GENÉTICA GENÉTICA
JORGE BARRERA ALCOCER (2021, [Tesis de doctorado])
Introducción: Al origen infeccioso de la obesidad se le conoce como ¿infectobesidad¿. Los primeros estudios realizados en modelos animales, como pollos, ratones y primates no humanos, asociaron la presencia de anticuerpos contra HAd36 con el desarrollo de la obesidad y la ganancia de peso, de igual manera los ensayos realizados en preadipocitos (3T3-L1) y células madre adiposas humanas (hASCc) han demostrado que HAd36 se asocia con la expresión de genes implicados en la diferenciación celular y el metabolismo de lípidos. Los estudios realizados para identificar el DNA viral en tejido adiposo son pocos y los resultados inconsistentes. Objetivo: Analizar la presencia del DNA de HAd36 en biopsias de tejido adiposo subcutáneo y su relación con la obesidad, cambios morfológicos de los adipocitos y la expresión de genes adipogénicos y de metabolismo celular. Materiales y Métodos: Se recolectaron un total de 52 biopsias de tejido adiposo subcutáneo de mujeres sometidas a liposucción y/o lipectomia. Se realizó una evaluación antropométrica y clínico-bioquímica. La identificación del DNA de HAd36 se realizó por PCR convencional, la expresión de los genes C/EBPB, HIF-1A y ¿-actina se determinó utilizando sondas TaqMan. La morfología celular se analizó en secciones de tejido adiposo teñidas con H&E, la estimación del número y tamaño de las células se realizó con el software Image J Fiji. Resultados: Se identificó el DNA de HAd36 en 16 muestras de tejido adiposo subcutáneo (31%). La presencia del DNA viral no se asoció con los parámetros antropométricos o metabólicos, tampoco con cambios en la morfología del tejido adiposo. Los niveles de expresión de mRNA para C/EBPB y HIF-1A no mostraron diferencias significativas entre las muestras positivas y negativas al DNA viral (p>0.05). Conclusión: El DNA de HAd36 puede estar presente en el tejido adiposo subcutáneo, pero la presencia del DNA viral no se encontró relacionado con los cambios morfológicos en este tejido, ni con la expresión de genes como C/EBPB y HIF-1A.
BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA GENÉTICA GENÉTICA CLÍNICA
SERGIO GARCIA LAYNES VIRGINIA AURORA HERRERA VALENCIA Lilia Guadalupe Tamayo Torres VERONICA LIMONES BRIONES FELIPE ALONSO BARREDO POOL FRAY MARTIN BAAS ESPINOLA Ángel Gabriel Alpuche Solís CARLOS ALBERTO PUCH HAU SANTY PERAZA ECHEVERRIA (2022, [Artículo])
"WRKY transcription factors (TFs) play key roles in plant defense responses through phytohormone signaling pathways. However, their functions in tropical fruit crops, especially in banana, remain largely unknown. Several WRKY genes from the model plants rice (OsWRKY45) and Arabidopsis (AtWRKY18, AtWRKY60, AtWRKY70) have shown to be attractive TFs for engineering disease resistance. In this study, we isolated four banana cDNAs (MaWRKY18, MaWRKY45, MaWRKY60, and MaWRKY70) with homology to these rice and Arabidopsis WRKY genes. The MaWRKY cDNAs were isolated from the wild banana Musa acuminata ssp. malaccensis, which is resistant to several diseases of this crop and is a progenitor of most banana cultivars. The deduced amino acid sequences of the four MaWRKY cDNAs revealed the presence of the conserved WRKY domain of ~60 amino acids and a zinc-finger motif at the N-terminus. Based on the number of WRKY repeats and the structure of the zinc-finger motif, MaWRKY18 and MaWRKY60 belong to group II of WRKY TFs, while MaWRKY45 and MaWRKY70 are members of group III. Their corresponding proteins were located in the nuclei of onion epidermal cells and were shown to be functional TFs in yeast cells. Moreover, expression analyses revealed that the majority of these MaWRKY genes were upregulated by salicylic acid (SA) or methyl jasmonate (MeJA) phytohormones, although the expression levels were relatively higher with MeJA treatment. The fact that most of these banana WRKY genes were upregulated by SA or MeJA, which are involved in systemic acquired resistance (SAR) or induced systemic resistance (ISR), respectively, make them interesting candidates for bioengineering broad-spectrum resistance in this crop."
Banana Transcription factor WRKY Defense phytohormones Salicylic acid Methyl jasmonate SAR ISR Broad-spectrum resistance BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA GENÉTICA GENÉTICA
Adrián Andrés Morales Guadarrama (2024, [Tesis de maestría])
El ostión Magallana gigas es ampliamente cultivado a nivel mundial. En Baja California, México, los laboratorios de reproducción deben acondicionar ostiones para su maduración y producción de gametos, y abastecer de semilla a los productores. En nuestro laboratorio, Sistemas de Recirculación Acuícola (SRA), con control del sistema CO2-Carbonatos (SRA-R) o sin control (SRA-C), han permitido madurar ostiones M. gigas y M. sikamea. Recientemente, los ostiones M. gigas acondicionados en nuestros SRA no maduraron, y algunos presentaron prevalencia de polidóridos (PP), poliquetos parásitos excavadores de concha. Para comprender la condición de los ostiones, evaluamos el efecto del SRA y de la PP sobre la expresión relativa de ocho genes asociados a biomineralización (VpATP y Tyr), inmunidad innata (P38, PGRP-L y TLR2) y reproducción (GnRH-RI, Vasa-like y SP1b) de M. gigas en dos etapas del acondicionamiento, 18 °C y 24 °C. La PP se determinó por la presencia de ampollas en la concha. Mediante RT-qPCR se determinó la expresión de VpATP, Tyr, P38, PGRP-L y TLR2 en el manto, y de GnRH-RI, Vasa-like y SP1b en la gónada. La expresión relativa se evaluó con un enfoque estadístico basado en un análisis Bayesiano de dos vías y comparaciones múltiples, p-valor significativo < 0.05 y corrección de Bonferroni. En 18 °C, la expresión de VpATP, Tyr, TLR2 y P38 fue mayor en ostiones con PP (CPP) que sin PP (SPP). En contraste, la expresión de GnRH-RI, Vasa-like y SP1b fue menor CPP que SPP. Dentro del SRA-C, en los ostiones CPP hubo mayor expresión de Tyr y menor expresión de Vasa-like y SP1b, respecto a los ostiones SPP. Esto sugiere que la PP induce la reparación de la concha y las respuestas inmune e inflamatoria en el manto mientras que en la gónada reduce el desarrollo de las células germinales. En 24 °C, en el SRA-R hubo menor expresión de SP1b respecto del SRA-C y sugiere menor división celular en la gónada. En conclusión, el SRA-R y la PP afectaron el balance energético del ostión japonés, limitando la energía y reflejando menor esfuerzo reproductivo en los ostiones del SRA-R al final del acondicionamiento reproductivo.
The Japanese oyster (Magallana gigas) is highly cultured worldwide. In Baja California, Mexico, the reproduction laboratories must condition oysters to maturity and have gametes to supply oyster seeds to producers. In our laboratory, recirculating aquaculture systems (RAS), with control of the CO2-Carbonate system (RAS-R) and without this control (RAS-C), have allowed oysters M. gigas and M. sikamea to mature. Recently, the M. gigas oysters conditioned in our RAS did not mature, and some have the prevalence of Polidorids (PP), shell-boring polychaete parasites. To understand the oysters' condition, we evaluated the effect of RAS and the PP on the relative expression of eight genes associated with biomineralization (VpATP and Tyr), innate immunity (P38, PGRP-L, and TLR2), and reproduction (GnRH-RI, Vasa-like, and SP1b) of M. gigas at two phases of broodstock conditioning, 18 °C and 24 °C. The PP was determined by mud blisters at the inner oyster shell. RT-qPCR determined the expression of VpATP, Tyr, p38, PGRP-L, and TLR2 in the mantle tissue and GnRH-RI, Vasa-like, and SP1b in the gonad tissue. The relative gene expression was evaluated by a Bayesian statistics frame based on a two-way and multiple comparison analysis, with significant p-value < 0.05 and Bonferroni correction. At 18 °C, there was higher expression of VpATP, Tyr, TLR2, and P38 in oysters with PP (WPP) than without PP (WOPP). In contrast, the expression of GnRH-RI, Vasa-like, and SP1b was less WPP than WOPP. It suggests that the PP induces shell repair and immune and inflammatory responses in mantle tissue, while in gonad tissue, it reduces the development of germinal cells. At 24 °C, in RAS-R, there was less expression of SP1b respect RAS-C, and it suggests less cellular division in the gonad. In conclusion, the RAS-R and the PP affect the energetic balance of the Japanese oyster, limiting the energy and reflecting less reproduction effort in oysters from RAS-R at the end of broodstock conditioning.
SRA, biomineralización, Vasa-like, Tyr, ostión RAS, biomineralization, Vasa-like, Tyr, oyster BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA GENÉTICA CITOGENÉTICA ANIMAL CITOGENÉTICA ANIMAL
Delimitación del uso de compuertas como estructuras de aforo en canales de riego
FELIPE BENJAMIN DE LEON MOJARRO JORGE VICTOR PRADO HERNANDEZ LUIS RENDON PIMENTEL Braulio Robles JOSE JAVIER RAMIREZ LUNA (2006, [Artículo])
En los canales de los distritos de riego, el control de los caudales y los tirantes, así como la medición del agua, son fundamentales para ordenar la distribución y la entrega volumétrica a las áreas de riego. Los caudales y tirantes en los canales se controlan normalmente mediante compuertas y vertedores. Aunque la función de estas estructuras no es de medición, se deben establecer relaciones experimentales para estimar el caudal a partir de los tirantes y de la abertura de las compuertas o de la altura de la cresta de los vertedores. Debido a la importancia de las compuertas en la operación de los canales, se realizó un análisis sobre la precisión y la confiabilidad de la medición del agua en compuertas funcionando a descarga libre y ahogada. A partir de simplificaciones en las ecuaciones de flujo transitorio de Saint-Venant en la vecindad de las compuertas, se establecieron funciones que relacionan la variación del caudal y del tirante inmediatamente aguas arriba y aguas abajo de la estructura, así como de los tirantes y de la abertura para valores del flujo crítico y supercrítico aguas abajo de la compuerta. Estas funciones se probaron para diferentes rangos de precisión y confiabilidad en la estimación del caudal a través de las compuertas. Las diferencias existentes entre los caudales experimentales y los estimados con el modelo de calibración de las estructuras confirman que las compuertas pueden servir como estructuras de aforo siempre que se verifiquen las relaciones funcionales definidas.
Calibración de compuertas Estructuras de aforo Canales de riego CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA
Estudio de la estructura electrónica del diboruro de magnesio
Graciela del Carmen Ortiz Cortez (2004, [Tesis de maestría])
Se presenta un estudio de las propiedades estructurales y electrónica del estado base del diboruro de magnesio, MgB2. Se empleó el método de primeros principios para obtener las propiedades electrónicas relacionadas con el cálculo de la energía total del sistema, estructura de bandas, densidad de estados, análisis poblacional de Mulliken y densidad de carga electrónica; cálculos de masa efectiva de huecos ligeros y pesados, y de electrones, así como propiedades estructurales tales como parámetros de red y módulo de volumen. Los resultados se comparan con resultados experimentales y teóricos existentes en la literatura. Los cálculos ab initio fueron realizados por medio del método Hartree-Fock con correlación electrónica, el cual emplea combinaciones lineales de orbitales atómicos con un procedimiento de Campo Autoconsistente. Se empleó la aproximación de gradiente generalizado de Perdew-Wang de la teoría de funcional de la densidad para el término de correlación e intercambio. Todos los cálculos de la energía del estado base, funciones de onda electrónicas y propiedades del sistema fueron realizados con el programa computacional CRYSTAL98. Mediante cálculos de energía total se determinan los parámetros de red y el módulo de volumen, obteniéndose valores muy semejantes al valor experimental. Los cálculos de bandas de energía y densidad de estados obtenidos, así como también la información derivada del cálculo de la densidad de carga electrónica y masa efectiva, proporcionan información de la estructura electrónica de este material que concuerdan con otros resultados reportados. El análisis de la estructura de bandas indica un comportamiento metálico debido a contribuciones mayoritarias de las bandas p del B, observándose que dos bandas de valencia semillenas px,y cruzan el punto sobre el nivel de Fermi, proporcionando una región de huecos en la dirección -. La densidad de estados muestra contribuciones en mayor medida de orbitales p del B a la región de valencia y en menor medida de orbitales s y p del Mg. Se observa una banda ancha alrededor del nivel de Fermi formada por contribuciones de orbitales pz del Mg y B, denotando una gran correlación entre estos estados e indicando un fuerte enlace entre éllos. El estudio de la densidad de carga volumétrica muestra un enlace covalente B-B y un enlace tipo iónico Mg-B.
In this work we present a study of structural and electronic properties of the ground state of the magnesium diboride, MgB2. We performed an ab initio method to obtain electronic properties related with calculation of total energy of system, bands structure, density of states, Mulliken population analysis, and electronic charge density; the light and heavy hole and electron effective mass calculations, as well as structural properties such as lattice parameters and bulk modulus. The calculated data are compared with available experimental and theoretical results. The ab initio calculations were performed using Hartree-Fock method with electronic correlation, which employs linear combination of atomic orbital method (LCAO), in a self-consistent-field process. The generalized gradient correction of Perdew-Wang of the density functional theory approximation to the electron exchange-correlation potential was used. All the calculations of the ground state energy, electron wave functions and system properties were performed with the computational package CRYSTAL98. By means of total energy calculations, we determine the lattice parameters and bulk modulus and we obtained results very similar to the experimental data. The energy bands and density of state calculated, as well as the charge density and effective mass provide electronic structural information of this material, which agrees with other reported results. The analysis of the structural bands shows a metallic behavior due to a greater contribution of the B p bands. We observe that two unfilled px,y valence bands cross the point over the Fermi level and they provide a region of holes in - direction. Density of state shows that most of the contribution to the valence region comes from B p orbital, and to a lesser extent from Mg s and p orbital. We can observe a wide band around Fermi level made from contribution of both Mg and B pz orbital, which shows a strong correlation between these states, also, this indicates the strong bond between them. The study of the volumetric charge density shows a strong B-B covalent bond as well as an ionic bond MgB.
Superconductores de alta temperatura,Diboruro de magnesio,Estructuras electrónicas CIENCIAS FÍSICO MATEMÁTICAS Y CIENCIAS DE LA TIERRA FÍSICA OTRAS ESPECIALIDADES FÍSICAS OTRAS ESPECIALIDADES FÍSICAS
Structural violence against children in Chihuahua
Hector Castro-Loera Gabriela Orozco Lopez (2022, [Artículo, Artículo])
Within the framework of philosophy and its social function, structural violence against children in Chihuahua is studied; To approach the phenomenon and propose alternatives, three theories will be related: i) feminist studies regarding violence, concepts such as intersectionality, pedagogies of cruelty and structural violence will be used, ii) the philosophy of children's rights, child´s play will be appreciated as a necessity and legal position of freedom, and iii) the event of the Aufklärung, that is, the assimilation of the present of humanity or the Enlightenment in Foucault's thought.
Structural violence Philosophy and children´s rights Chihuahua Violencia estructural Filosofía y derechos de niños CIENCIAS SOCIALES CIENCIAS SOCIALES
HERENCIA MENDELIANA EN MICROSATÉLITES DE ABULÓN AMARILLO Haliotis corrugata
MENDELIAN INHERITANCE IN PINK ABALONE Haliotis corrugata MICROSATELLITES
HERANÇA MENDELIANA DOS MICROSSATÉLITES DE AMARELO ABULON Haliotis corrugata
NOE DIAZ VILORIA RICARDO PEREZ ENRIQUEZ DANIEL AGUILAR OSUNA Pedro Cruz Hernández (2013, [Artículo])
"En México la pesquería de abulón amarillo (Haliotis corrugata) se ha visto fuertemente afectada por la sobrepesca y factores ambientales. En este contexto, la repoblación de los bancos silvestres mediante liberación de larvas o juveniles producidos en laboratorio se ha vislumbrado como una alternativa para incrementar la producción. Cualquier programa de repoblamiento debe considerar una estrategia de manejo genético que evite la pérdida de diversidad genética y que permita dar seguimiento del pedigrí de los individuos producidos en laboratorio y liberados posteriormente en los bancos naturales. Uno de los requisitos de los marcadores moleculares tipo microsatélites empleados para la asignación de parentesco en análisis de pedigrí es su conformación al modelo de herencia mendeliana. En el presente estudio se analizaron larvas veliger de H. corrugata de tres familias no emparentadas (cada una de hermanos completos) con 11 loci microsatélites para evaluar si sus clases genotípicas se ajustaban a las proporciones esperadas bajo herencia mendeliana. Las proporciones genotípicas de ocho loci (Hco15, Hco19, Hco22, Hco47-2, Hco47-3, Hco194, Hka3 y Hka56) se ajustaron a las proporciones mendelianas esperadas, dos loci (Hco47-1 y Hco97) mostraron desviaciones significativas (P<0,05) y en un locus (Hco16) no se pudo comprobar segregación mendeliana. Para análisis de parentesco futuros en esta especie se recomienda el uso de un grupo de al menos seis loci en el cual deben incluirse Hco19, Hco22, Hco47-2 y Hka3 debido a sus moderados a altos polimorfismos."
"In Mexico, the pink abalone (Haliotis corrugata) fishery has been strongly affected by overfishing and environmental factors. In this context, reseeding of natural beds through the release of hatchery produced larvae or juveniles, has been envisioned as an alternative to increase production. Any reseeding program should take in account a genetic management strategy, which avoids the loss of genetic diversity and enables to follow the pedigree of hatchery produced individuals being released in the natural beds. One of the requisites of microsatellites as molecular markers for parentage assignment is their agreement to Mendelian inheritance model. In the present study, Haliotis corrugata veliger larvae from three unrelated families (of fullsibs each), were analyzed with 11 microsatellite loci, to assess if their genotypic classes were in agreement to expected ratios under Mendelian inheritance. The genotypic ratios of eight loci (Hco15, Hco19, Hco22, Hco47-2, Hco47-3, Hco194, Hka3, and Hka56) were in agreement with Mendelian expected ratios, two loci (Hco47-1 and Hco97) showed significant deviations (P<0.05), and in one locus (Hco16) Mendelian segregation could not be demonstrated. From the results we suggest the use a group of at least 6 loci in subsequent parentage analyses in which loci Hco19, Hco22, Hco47-2 and Hka3 should be included because their moderate to high polymorphisms."
Abalón, Haliotis corrugata, Hermanos Completos, Herencia Mendeliana, Microsatélites pink abalone, microsatellites BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA ANIMAL (ZOOLOGÍA) GENÉTICA ANIMAL GENÉTICA ANIMAL
JOSE LUIS LEON DE LA LUZ Isaac Lichter-Marck (2022, [Artículo])
"Se ilustra y describe a una nueva especie de Asteraceae, Encelia balandra. Se conoce solo de las laderas rocosas de los cerros próximos a puerto Balandra y Pichilingue, dentro de la bahía de La Paz, en Baja California Sur, México. Encontramos que esta nueva especie tiene ciertas semejanzas con otras de Encelia por su hábito semiarbustivo, las flores radiales neutras y cipselas comprimidas con ápice hendido. Confirmamos tal condición con datos de secuencia para las regiones ITS y ETS del genoma. También presentamos fotografías detalladas, un evaluación de conservación, y un clave dichotomus para los Encelia de Baja California sur. Se discute la semejanza con las especies peninsulares más cercanas de Encelia, se presenta una clave dicotómica para los taxonesaustrales de la península de Baja California, y finalmente se muestran imágenes detalladas de esta nueva especie."
"Here, we describe and illustrate Encelia balandra sp. nov., a new species of Compositae from the Baja Cal- ifornia Peninsula. It is rare and known only from the rocky hills around Puerto Balandra and Pichilingüe, inside the bay of La Paz, in the State of Baja California Sur, Mexico. We determine that this new species has affinities with Encelia, based on its suffruticose woody habit, neuter ray florets and compressed disc cypselae with a cleft apex. The taxonomic placement within Encelia is supported by nuclear ribosomal sequence data from two regions, ITS and ETS. We also present detailed photographs, a conservation assessment and a dichotomous key to the Encelia of the southern Baja California Peninsula. Finally, we discuss the uniqueness of Encelia balandra amongst peninsular Encelia and its potential significance for understanding the enigmatic biogeography of this ecologically important genus."
Asteraceae, Cape region, DNA barcoding, narrow endemism, synantherology, taxonomy Código de barras ADN, Micro-endemismo, Región de Los Cabos, Sinanterología, Taxonomía BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA VEGETAL (BOTÁNICA) ECOLOGÍA VEGETAL ECOLOGÍA VEGETAL
JULIO ANTONIO HERNANDEZ GONZALEZ RICARDO VAZQUEZ JUAREZ Jose Manuel Vazquez-Guillen Carlos Rangel Dávalos MARIA CRISTINA RODRIGUEZ PADILLA MAURILIA ROJAS CONTRERAS (2022, [Artículo])
"Pediococcus pentosaceus strain PP16CC comes from the intestine of Crassostrea corteziensis. A 1.82-Mbp draft genome of this strain was assembled using A5-miseq from illumina reads, resulting in 4 contigs and 1,856 predicted protein coding genes. Additionally, 23 proteins belonging to various glycosyl hydrolase families and 6 prophage regions were identified."
Genome Sequence, Pediococcus pentosaceus BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA ANIMAL (ZOOLOGÍA) GENÉTICA ANIMAL GENÉTICA ANIMAL