De Novo assembly and annotation of the Pacific calico scallop (Argopecten ventricosus) transcriptome for immune-related gene discovery

RUTH ESCAMILLA MONTES GENARO DIARTE PLATA GABRIELA BERENICE MENDOZA MALDONADO Aarón Barraza Celis Carlos Eliud Angulo Valadez Seyed Hossein Hoseinifar Jesús Arturo Fierro Coronado ANTONIO LUNA GONZALEZ (2022, [Artículo])

"Invertebrates' immune defense mechanisms play a critical role in pathogen recognition and elimination. De novo assembly and annotation of the Argopecten ventricosus transcriptome were performed for the immune-related gene identification. Scallops (height: 4.4 cm) were challenged with inactivated Vibrio parahaemolyticus IPNGS16. The RNA from different tissues was pooled for a single cDNA library construction sequenced by NextSeq 500 platform 2×75 paired‐end chemistry. Before de novo assembling with Trinity, reads were analyzed with FastQC, Trimmomatic, and Prinseq. Assembled sequences were analyzed by CD-HIT-EST and TransDecoder. The corresponding annotation was performed against NCBI-nr, RefSeq protein, and KAAS (KEGG) databases. The Trinity assembly yielded 107,516 contigs. TransDecoder yielded 25,285 sequences as CDSs of which, 16,123 were annotated against the NCBI-nr protein, most of them scored with Crassostrea gigas data. Gene ontology mapped sequences (15,262) were classified in molecular functions (~13,000), cellular components (~11,000), and biological processes (~13,000). The KAAS analysis showed biological categories for metabolism (13%), cellular processes (12%), genetic information processing (10%), organismal systems (19%), environmental information (13%), and human diseases (33 %). Within the organismal systems, 467 immune-related genes (KO) were identified. Sixty-four immune-related genes were annotated/blasted against the NCBI-nr and RefSeq protein databases. An RT-qPCR was performed to analyze the expression level of immune-related genes obtained in the transcriptome analysis in scallops (height 4.5 cm) treated with probiotic bacilli added to culture water. Bacilli significantly increased the expression of the HSP70 and PGRP genes. The gene transcripts analysis of A. ventricosus will better understand its immune response against pathogens in culture systems."

Argopecten ventricosus, calico scallop, transcriptome, bivalve, immune genes BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA ANIMAL (ZOOLOGÍA) INMUNOLOGÍA INMUNOLOGÍA

Emprendimiento innovador: el caso de los empresarios de software en Yucatán

ANEL FLORES NOVELO ANA LAURA BOJORQUEZ CARRILLO (2018, [Artículo])

La mayor parte de los estudios de innovación y emprendimiento se han desarrollado en países desarrollados, por lo que es relevante el estudio de las características del emprendimiento innovador contextualizados en países latinoamericanos. Es así que este trabajo aporta conocimientos tendientes a entender mejor el fenómeno emprendimiento mediante el análisis de la actividad emprendedora innovadora desarrollada en el sureste de México. Específicamente se estudia a los empresarios desarrolladores de software ubicados en el estado de Yucatán. Este trabajo aporta conocimiento sobre los factores que propician el desarrollo de innovaciones en empresas tecnológicas ubicadas en contextos de economía tradicional y el impacto de estas innovaciones en el desempeño empresarial. Se analiza los factores que propician el desarrollo de estas innovaciones como son los antecedentes familiares, la formación profesional. Asimismo se destaca la importancia de los emprendimientos proactivos y el papel de este tipo de motivación para lograr que negocios innovadores de corte tecnológico como el software generen buenos resultados en un ecosistema emprendedor poco favorable, como el de Yucatán. Finalmente aporta evidencia empírica de la relación entre el desarrollo de innovaciones y el desempeño empresarial.

CIENCIAS SOCIALES Emprendimiento Innovación Software Desempeño

Vibrissa growth rate in California sea lions based on environmental and isotopic oscillations

MARTHA PATRICIA ROSAS HERNANDEZ (2018, [Artículo])

Pinniped vibrissae provide information on changes in diet at seasonal and annual scales; however, species-specific growth patterns must first be determined in order to interpret these data. In this study, a simple linear model was used to estimate the growth rate of vibrissae from adult female California sea lions (Zalophus californianus) from San Esteban Island in the Gulf of California, Mexico. The δ15N and δ13C values do not display a marked oscillatory pattern that would permit direct determination of the time period contained in each vibrissa; thus, time (age) was calculated in two ways: 1) based on the correlation between the observed number of peaks (Fourier series) in the δ15N profile and the length of each vibrissa, and 2) through direct comparison with the observed number of peaks in the δ15N profile. Cross-correlation confirmed that the two peaks in the δ15N profile reflected the two peaks in the chlorophyll-a concentration recorded annually around the island. The mean growth rate obtained from the correlation was 0.08 ± 0.01 mm d-1, while that calculated based on the observed number of peaks was 0.10 ± 0.05 mm d-1. Both are consistent with the rates reported for adult females of other otariid species (0.07 to 0.11 mm d-1). Vibrissa growth rates vary by individual, age, sex, and species; moreover, small differences in the growth rate can result in significant differences over the time periods represented by the isotopic signal. Thus, it is important to assess this parameter on a species-by-species basis. © 2018 Rosas-Hernández et al. This is an open access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License, which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original author and source are credited.

carbon, nitrogen, animal, California, chemistry, diet, female, island (geological), Mexico, Otariidae, physiology, Animals, California, Carbon Isotopes, Diet, Female, Islands, Mexico, Nitrogen Isotopes, Sea Lions BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA INMUNOLOGÍA INMUNOLOGÍA

PERFILOMETRÍA LÁSER DE FORMA LIBRE PARA LA INSPECCIÓN DE TUBERÍAS Y RECONSTRUCCIONES CILÍNDRICAS EN 3D

Mario Montoya (2022, [Tesis de maestría])

"La inspección de infraestructura de tuberías es esencial en la gestión de su integridad para evitar formación de agentes corrosivos y prevenir fracturas. Sin embargo, los métodos actuales están limitados por baja resolución y bajo alcance físico de medición. En este trabajo, se establece un modelo teórico de propagación láser basado en perfilometría láser de forma libre. Además, incorpora un sistema láser totalmente funcional compuesto por un espejo cónico dentro del sistema óptico para recuperar la información de desplazamiento. El dispositivo óptico presenta alta resolución, precisión y velocidad de adquisición en comparación con tecnologías actuales."

Perfilometría Sensores Haz láser Inspección Emisión láser de superficie Tuberías CIENCIAS FÍSICO MATEMÁTICAS Y CIENCIAS DE LA TIERRA FÍSICA ÓPTICA LÁSERES LÁSERES

Gobierno abierto y agua

JUANA AMALIA SALGADO LOPEZ (2021, [Artículo])

DOI: doi.org/10.24850/b-imta-perspectivas-2021-17

Desde hace unos años se ha ido posicionando el concepto de gobierno abierto como una promesa para reinventar la gestión pública y ampliar las capacidades de acción de la ciudadanía. Incluso algunos países —como México— se han adherido a la Alianza para el Gobierno Abierto, la cual es una iniciativa internacional, integrada por 79 países y varias organizaciones de la sociedad civil. Pero ¿qué implicaciones tiene el concepto?, ¿cuáles son sus desafíos de implementación?, ¿qué oportunidades ofrece? En esta breve reflexión nos planteamos estas preguntas y esbozamos cómo se puede observar el concepto en el sector hídrico.

Gobierno abierto Participación ciudadana Información Recursos hídricos CIENCIAS SOCIALES

Los valores egocéntricos desfavorecen el comportamiento pro-ambiental de los guías de buceo en el Parque Nacional Arrecifes de Cozumel

The egocentric values disfavor the pro-environmental behavior of the diving guides in the Arrecifes de Cozumel National Park

SANDRA BEATRIZ CHAN CHAN AURORA IRMA MAYNEZ GUADERRAMA ALEJANDRO LUIS COLLANTES CHAVEZ COSTA LUIS CARLOS SANTANDER BOTELLO (2019, [Artículo])

El buceo como actividad turística ha potencializado la economía, pero también ha impactado a las zonas arrecifales. Durante el buceo, el guía es el principal actor en la protección del ambiente marino, pues en él recae el control de las actividades realizadas por los buzos. En esta investigación se analiza la relación entre los valores, creencias y normas sobre la intensión que tienen los guías de buceo por conservar el ambiente marino. El estudio se abordó a través de la teoría de Valores, Creencias y Normas (VCN) y fue analizado a través de modelos de ecuaciones estructurales con el método de Partial Least Squares. Se confirma la causalidad del modelo VCN y se identifica que la valoración de los recursos marinos podría estar influenciada por los valores egocéntricos lo cual no permitió la concepción de una intención de un comportamiento que sea favorable.

Diving as a touristic activity has boosted the economy, but it has also impacted the reef areas. During this activity, the guide is the main actor in the protection of the marine environment, since he has the control of the activities carried out by the divers. This research analyzes the relationship between values, beliefs and norms about the intension of diving guides to preserve the marine environment. The study was approached through the theory of Values, Beliefs and Norms (VCN) and was analyzed through structural equation models with the method of Partial Least Squares. The causality of the VCN model is confirmed, and it is identified that the valuation of the marine resources could be influenced by the egocentric values, which did not allow the conception of an intention of a favorable behavior.

CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA Intención Área natural protegida Problemáticas ambientales Actividad turística Intention Protected areas Environmental issues Tourism

EECTO DE NANOESTRUCTURAS ORO-SÍLICE EN ARTRITIS REUMATOIDE INDUCIDA POR COLÁGENA

ROSA ISELA RUVALCABA ONTIVEROS (2023, [Tesis de doctorado])

La artritis reumatoide (AR) es una enfermedad inflamatoria autoinmune crónica que

afecta a las articulaciones y causa un daño progresivo que, en la ausencia de un

tratamiento adecuado, puede terminar en discapacidad. Se caracteriza por un

reclutamiento excesivo de células inflamatorias dentro de la membrana sinovial que

conlleva a hiperplasia sinovial, neovascularización, erosión secundaria de cartílago y

hueso y posteriormente la destrucción de la articulación y su deformación. Además de

las características articulares, la inflamación sistemática que presenta la AR repercute

negativamente a nivel sistémico afectando varios órganos, incluyendo las estructuras

cardiovasculares (McInnes & Schett, 2011).

Las sales de oro han demostrado ser eficaces en el control de algunos pacientes con AR

(Massai et al., 2021) y otros padecimientos relacionados como el lupus eritematoso

sistémico (Wallace, 2013) y la artritis psoriásica (Salvarani et al., 1989). Sin embargo, su

uso ha sido limitado en las últimas décadas por la llegada de terapias presumiblemente

más seguras y efectivas. Al aplicar estos tratamientos, los iones de oro se unen a la

albúmina y su vida promedio esta entre los 5 y 7 días (Balfourier et al., 2020). Sin

embargo, después de varios tratamientos, su vida media se eleva y sus trazas son

detectables en varios tejidos incluyendo el hígado, riñones y membrana sinovial. Estas

trazas pueden permanecer en el tejido por décadas (James et al., 2015) y probablemente

de manera indefinida debido a que los iones de oro provenientes de las sales se

combinan con el azufre formando aurosomas que aparecen como vesículas densas

intracelulares (Yamashita, 2021).

Aun así, los efectos benéficos de las sales de oro en el control del proceso inflamatorio

y la remisión sostenida por una porción de los pacientes siguen siendo de interés en la

búsqueda de tratamientos efectivos para AR y condiciones relacionadas. Por esta razón

y gracias a los avances en nanotecnología, se han desarrollado métodos alternativos

para el tratamiento de la AR con oro, ya sea en forma de nanopartículas (Jhun et al.,

2020; Kirdaite et al., 2019; Leonavičienė et al., 2012; Sumbayev et al., 2013) o

nanoestructuras de oro combinadas con polímeros (Yaqoob et al., 2020) que podrían ser

una estrategia más segura de acarrear compuestos de oro dentro de la membrana

sinovial inflamada.

Los modelos animales son un paso crucial para evaluar nuevas terapias en AR (Hong et

al., 2020). Particularmente, la AIC en

Nanoestructuras Oro-sílice Artritis reumatoide BIOLOGÍA Y QUÍMICA QUÍMICA OTRAS ESPECIALIDADES QUÍMICAS OTRAS OTRAS

Integrative taxonomy and molecular phylogeny of genus Aplysina (Demospongiae: Verongida) from Mexican Pacific

José Antonio Cruz-Barraza (2012, [Artículo])

Integrative taxonomy provides a major approximation to species delimitation based on integration of different perspectives (e.g. morphology, biochemistry and DNA sequences). The aim of this study was to assess the relationships and boundaries among Eastern Pacific Aplysina species using morphological, biochemical and molecular data. For this, a collection of sponges of the genus Aplysina from the Mexican Pacific was studied on the basis of their morphological, chemical (chitin composition), and molecular markers (mitochondrial COI and nuclear ribosomal rDNA: ITS1-5.8-ITS2). Three morphological species were identified, two of which are new to science. A. clathrata sp. nov. is a yellow to yellow-reddish or -brownish sponge, characterized by external clathrate-like morphology; A. revillagigedi sp. nov. is a lemon yellow to green, cushion-shaped sometimes lobate sponge, characterized by conspicuous oscules, which are slightly elevated and usually linearly distributed on rims; and A. gerardogreeni a known species distributed along the Mexican Pacific coast. Chitin was identified as the main structural component within skeletons of the three species using FTIR, confirming that it is shared among Verongida sponges. Morphological differences were confirmed by DNA sequences from nuclear ITS1-5.8-ITS2. Mitochondrial COI sequences showed extremely low but diagnostic variability for Aplysina revillagigedi sp. nov., thus our results corroborate that COI has limited power for DNA-barcoding of sponges and should be complemented with other markers (e.g. rDNA). Phylogenetic analyses of Aplysina sequences from the Eastern Pacific and Caribbean, resolved two allopatric and reciprocally monophyletic groups for each region. Eastern Pacific species were grouped in general accordance with the taxonomic hypothesis based on morphological characters. An identification key of Eastern Pacific Aplysina species is presented. Our results constitute one of the first approximations to integrative taxonomy, phylogeny and evolutionary biogeography of Eastern Pacific marine sponges; an approach that will significantly contribute to our better understanding of their diversity and evolutionary history. © 2012 Cruz et al.

chitin, genomic DNA, mitochondrial DNA, molecular marker, ribosome DNA, allopatry, Aplysina clatharata, Aplysina gerardogreeni, Aplysina revillagigedi, article, DNA barcoding, DNA sequence, genetic polymorphism, genetic variability, infrared spectros CIENCIAS FÍSICO MATEMÁTICAS Y CIENCIAS DE LA TIERRA CIENCIAS DE LA TIERRA Y DEL ESPACIO OCEANOGRAFÍA OCEANOGRAFÍA

Waterhole detection using a vegetation index in desert bighorn sheep (Ovis canadensis cremnobates) habitat

Jonathan Gabriel Escobar Flores (2019, [Artículo])

In arid ecosystems, desert bighorn sheep are dependent on natural waterholes, particularly in summer when forage is scarce and environmental temperatures are high. To detect waterholes in Sierra Santa Isabel, which is the largest area of desert bighorn sheep habitat in the state of Baja California, Mexico, we used the normalized difference vegetation index (NDVI) and normalized difference water index (NDWI) from Sentinel-2 satellite images. Waterhole detection was based on the premise that sites with greater water availability, where NDVI was higher, can be identified by their density of vegetation greenness. For the detected waterholes, we estimated the escape terrain (presence of cliffs or steep, rocky slopes) around each by the vector ruggedness measure to determine their potential use by desert bighorn sheep based on the animals’ presence as documented by camera traps. We detected 14 waterholes with the NDVI of which 11 were known by land owners and 3 were unrecorded. Desert bighorn were not detected in waterholes with high values of escape terrain, i.e., flat areas. Waterhole detection by NDVI is a simple method, and with the assistance and knowledge of the inhabitants of the Sierra, it was possible to confirm the presence each waterhole in the field. © 2019 Escobar-Flores et al. This is an open access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License, which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original author and source are credited.

Article, bighorn sheep, environmental aspects and related phenomena, environmental parameters, habitat, Mexico, nonhuman, normalized difference vegetation index, normalized difference water index, water availability, waterhole, animal, bighorn sheep, CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA CIENCIAS AGRARIAS CIENCIA FORESTAL CIENCIA FORESTAL

“Mexico half way of making”: Carlos Chávez and the foundation of the National Institute of Fine Arts (INBA) (1945-1947)

Ana Garduño (2023, [Artículo, Artículo])

I am focusing on the interaction between a cultural agent, Carlos Chávez, and the government elite, related to the circumstances of the enunciation of a public and official organism, INBA (The National Institute of Fine Arts), because I assume that political relations are fundamental to understand a process that endorsed the official culture as an appendage of politics. In spite of its relevance, this subject has not been studied. Based on archival documentation (at the National Archive of Mexico and the archive of INBA) I am examining the cultural policies derived from the foundation of INBA. Due to the current pandemic situation, it was not possible to consult other documental sources. I am formulating that the concept of “high culture” was at the core of a wider conflict between governmental interests and those of representative social actors, and I conclude that this obstacle would have conferred a major political and symbolical importance to the Institute, and consequently, would restrict its budget.

Carlos Chávez INBA Agentes culturales Políticas institucionales Centralización artística HUMANIDADES Y CIENCIAS DE LA CONDUCTA HUMANIDADES Y CIENCIAS DE LA CONDUCTA Foundation of the National Institute of Fine Arts in Mexico (INBA), Cultural agents Institutional policies Artistic centralization