Genomic prediction of yield performance among single-cross maize hybrids using a partial diallel cross design

Junjie Fu XUECAI ZHANG (2023, [Artículo])

Genomic Prediction Prediction Model Genetic Effects Hybrid Performance CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA MAIZE GENETICS HYBRIDS PERFORMANCE ASSESSMENT

Propuesta paisajística integral para la UAM, Unidad Azcapotzalco

Cynthia García Marín (2023, [Tesis de maestría])

315 páginas. Maestría en Diseño, Planificación y Conservación de Paisajes y Jardines.

En México, la educación superior comienza en 1521 cuando la universidad se crea como institución educativa, inaugurando en 1553 La Real y Pontificia Universidad de México. En 1910 se funda la Universidad Nacional de México y en 1954 fue inaugurada la Ciudad Universitaria de la UNAM, esta fecha representa un hito en la historia de los espacios físicos de las universidades mexicanas. Debido a la demanda de educación superior y al movimiento estudiantil de 1968, se concibe la idea de crear una nueva universidad en la ZONA METROPOLITANA de la Ciudad de México, la Universidad Autónoma Metropolitana con sus Unidades al norte, al oriente y al sur, posteriormente se abrieron 2 Unidades más. Cada una de estas Unidades funciona de manera independiente, teniendo sus propios órganos de decisión, lo que se refleja en la planta física de conjunto. Es al norte de la ciudad donde surge la Unidad Azcapotzalco, que con el paso de los años se ha ido conformando de acuerdo a sus necesidades inmediatas tratando de seguir el proyecto inicial, sin embargo, debido a los ajustes en sus diferentes intervenciones arquitectónicas, se ha propiciado una falta de integración entre el espacio arquitectónico y el espacio abierto impactando directamente en el paisaje y en la pérdida gradual de identidad de la Unidad. Este trabajo reúne la información que describe la conformación del paisaje en la Unidad a lo largo de casi 50 años, en donde se analizan los componentes del paisaje en sus diferentes sistemas; ecológico-conformación medioambiental, sociocultural-conformación de la estructura urbana, polisensorial-conformación a través de los sentidos y su contexto histórico-conformación a través del tiempo. Esta identificación, permite realizar el análisis detallado de los factores que intervienen directa e indirectamente en el estado actual del paisaje de la Unidad, con este diagnóstico se elabora una síntesis creativa que especifica las limitaciones y potencialidades que afectan la conformación del espacio abierto. A partir de esto se elaboró un plan maestro, que integra las principales líneas de acción, estructuradas en ejes de diseño que tienen como propósito ordenar y facilitar la programación para mejorar las condiciones actuales por medio de acciones específicas que contribuyan al mejoramiento, conservación y creación de un paisaje que se integre en su conjunto y permita a la UAM-Azcapotzalco ser revalorizada como un sitio con identidad y con valores históricos, sociales, estéticos, biológicos y paisajísticos.

In Mexico, higher education began in 1521 when the university was created as an educational institution, inaugurating in 1553 La Real y Pontificia Universidad de México. The National University of Mexico was founded in 1910 and the UNAM University City was inaugurated in 1954, this date represents a milestone in the history of the physical spaces of Mexican universities. Due to the demand for higher education and the student movement of 1968, the idea of creating a new university in the METROPOLITAN ZONE of Mexico City was conceived, the Universidad Autónoma Metropolitana with its Units to the north, east and south, later 2 more Units were opened. Each one of these Units works independently, having its own decision-making bodies, which is reflected in the physical plant as a whole. It is to the north of the city where the Azcapotzalco Unit arises, which over the years has had to conform according to its immediate needs trying to follow the initial project, however, due to adjustments in its different architectural interventions, a lack of integration between the architectural space and the open space has been fostered, directly impacting the landscape and the gradual loss of identity of the Unit. This work gathers the information that describes the conformation of the landscape in the Unit over almost 50 years, where the components of the landscape in its different systems are analyzed; ecological-environmental conformation, sociocultural-conformation of the urban structure, polysensory-conformation through the senses and its historical context-conformation through time. This identification allows a detailed analysis of the factors that intervene directly and indirectly in the current state of the landscape of the Unit, with this diagnosis a creative synthesis is elaborated that specifies the limitations and potentialities that affect the conformation of the open space. Based on this, a master plan was prepared, which integrates the main lines of action, structured into design axes whose purpose is to order and facilitate programming to improve current conditions through specific actions that contribute to the improvement, conservation and creation of a landscape that is integrated as a whole and allows the UAM-Azcapotzalco to be revalued as a site with identity and with historical, social, aesthetic, biological and landscape values.

Paisaje, universidad, conformación, diagnóstico, lineamientos, identidad, integrar, revalorizar, plan maestro, propuesta. Landscape, university, conformation, diagnosis, guidelines, identity, integrate, revalue, master plan, proposal. Landscape design. Landscape assessment. Landscape changes. Landscapes--Social aspects. Universidad Autónoma Metropolitana. Diseño de paisajes. Evaluación del paisaje. Cambios de paisaje. SB472.45 HUMANIDADES Y CIENCIAS DE LA CONDUCTA CIENCIAS DE LAS ARTES Y LAS LETRAS ARQUITECTURA JARDINES Y PARQUES

Sustainability assessment of vegetables farms in Benin: preliminary results

Sylvanus Odjo (2023, [Objeto de congreso])

CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA SUSTAINABILITY ASSESSMENT VEGETABLES STAPLE FOODS AGRIFOOD SYSTEMS FRUITS FARMERS

The fate of rice crop residues and context-dependent greenhouse gas emissions: Model-based insights from Eastern India

Sonam Sherpa virender kumar Andrew Mcdonald (2024, [Artículo])

Crop residue burning is a common practice in many parts of the world that causes air pollution and greenhouse gas (GHG) emissions. Regenerative practices that return residues to the soil offer a ‘no burn’ pathway for addressing air pollution while building soil organic carbon (SOC). Nevertheless, GHG emissions in rice-based agricultural systems are complex and difficult to anticipate, particularly in production contexts with highly variable hydrologic conditions. Here we predict long-term net GHG fluxes for four rice residue management strategies in the context of rice-wheat cropping systems in Eastern India: burning, soil incorporation, livestock fodder, and biochar. Estimations were based on a combination of Tier 1, 2, and 3 modelling approaches, including 100-year DNDC simulations across three representative soil hydrologic categories (i.e., dry, median, and wet). Overall, residue burning resulted in total direct GHG fluxes of 2.5, 6.1, and 8.7 Mg CO2-e in the dry, median, and wet hydrologic categories, respectively. Relative to emissions from burning (positive values indicate an increase) for the same dry to wet hydrologic categories, soil incorporation resulted in a −0.2, 1.8, or 3.1 Mg CO2-e change in emissions whereas use of residues for livestock fodder increased emissions by 2.0, 2.1, or 2.3 Mg CO2-e. Biochar reduced emissions relative to burning by 2.9 Mg CO2-e in all hydrologic categories. This study showed that the production environment has a controlling effect on methane and, therefore, net GHG balance. For example, wetter sites had 2.8–4.0 times greater CH4 emissions, on average, than dry sites when rice residues were returned to the soil. To effectively mitigate burning without undermining climate change mitigation goals, our results suggest that geographically-target approaches should be used in the rice-based systems of Eastern India to incentivize the adoption of regenerative ‘no burn’ residue management practices.

Soil Carbon Rice Residue Burning Life Cycle Assessment CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA SOIL CARBON RICE LIFE CYCLE GREENHOUSE GASES CLIMATE CHANGE

Probando transductores de presión sumergibles para monitorear el nivel del agua en tanques

Serge Tamari ARIOSTO AGUILAR CHAVEZ (2010, [Artículo])

A menudo se desea monitorear el tirante en cuerpos de agua con una incertidumbre menor a ± 5 mm. En este contexto, el objetivo del presente trabajo ha sido probar dos modelos de transductores de presión sumergibles de “nueva generación”. Es decir, instrumentos que cuentan con un sensor de temperatura integrado y un datalogger que corrige automáticamente el efecto de la temperatura sobre la respuesta del sensor de presión. Los resultados experimentales y unas consideraciones teóricas sugieren que con estos transductores se puede monitorear durante semanas el tirante en tanques de agua potable, con una incertidumbre entre ± 5 y ± 7 mm [p = 0.95], mientras el tirante es menor a 5 m y la temperatura del agua permanece en un rango de ± 5 °C. En forma indirecta se muestra que no sería tan fácil monitorear el tirante en otros cuerpos de agua (lagos, ríos, canales, embalses de presas y mar), con una incertidumbre de ± 5 mm [p = 0.95].

Monitoreo automático en un tanque Sensor de presión Densidad del agua Efectos térmicos INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA

Predicción de actividad antimicrobiana usando modelos de escala evolutiva a través de un flujo de trabajo en la plataforma KNIME

Prediction of antimicrobial activity using models of evolutionary scale through a workflow in the KNIME platform

Karla Lorena MartÍnez Mauricio (2023, [Tesis de maestría])

Dentro de las estrategias para combatir la resistencia antimicrobiana, se está llevando a cabo investigación para la creación de nuevos fármacos basados en péptidos antimicrobianos. En los últimos años, se han realizado esfuerzos para incorporar herramientas computacionales que ayuden a acelerar la identificación de péptidos con actividad antimicrobiana. Una de estas herramientas son los modelos QSAR basados en aprendizaje tradicional, que permiten predecir la actividad antimicrobiana en péptidos a partir de información basada en su secuencia. Un componente clave en este proceso es el tipo de características moleculares a utilizar. Recientemente, ha surgido una familia de modelos pre-entrenados llamados ESM-2, los cuales generan incrustaciones (características) que fueron aprendidas a partir de 65 millones de secuencias que abarcan diversidad evolutiva. En este trabajo de tesis, se analiza la contribución de las incrustaciones ESM-2 de diferentes dimensiones de forma individual y en conjunto en el desarrollo de modelos QSAR basados en aprendizaje tradicional para la clasificación de péptidos antimicrobianos, así como sus tipos funcionales, como antibacteriano, antifúngico y antiviral. A partir de este estudio se concluye que aumentar la capacidad de los modelos ESM-2 no implica una mejora en el rendimiento de los modelos para predecir péptidos antimicrobianos. Los modelos ESM-2 t30 y ESM-2 t33 son los más apropiados para extraer características y mejorar la exactitud en las predicciones de péptidos antimicrobianos. Además, fusionar características de diferentes incrustaciones ESM-2 es una estrategia efectiva para construir mejores modelos QSAR que el uso exclusivo de características derivadas de un modelo ESM-2 específico. Se construyeron modelos más simples con un rendimiento comparable o superior a los modelos basados en aprendizaje profundo reportados en la literatura. Para llevar a cabo este estudio se implementó un flujo de trabajo en KNIME que genera de forma automática hasta 1980 modelos de clasificación binaria basados en aprendizaje tradicional. Incorpora diversas técnicas de selección de características, algoritmos de clasificación, métricas de desempeño y una fase de limpieza de datos. Este flujo de trabajo se encuentra disponible en https://github.com/cicese-biocom/classification-QSAR-bioKom.

Molecular features play an important role in different bio-chem-informatics tasks, such as the Quantitative Structure-Activity Relationships (QSAR) modeling. Several pre-trained models have been recently created to be used in downstream tasks either by fine-tuning a specific model or by extracting features to feed traditional classifiers. In this sense, a new family of Evolutionary Scale Modeling models (termed as ESM-2 models) has been recently introduced, demonstrating outstanding results in structure protein prediction benchmarks. Herein, we are devoted to assessing the usefulness of different-dimensional embeddings derived from ESM-2 models in the prediction of antimicrobial peptides, given the great deal of attention received because of their potential to become a plausible option to mainly fight multi-drug resistant bacteria. To this end, we created a KNIME workflow to guarantee using the same modeling methodology, and consequently, carrying out fair comparisons. As a result, it can be drawn that the 640- and 1,280- dimensional embeddings are the most appropriate to be used in modeling because statistically better results were achieved from them. We also combined features from different embeddings, and we can draw that the fusion of features of different embeddings contributes to getting better models than only using a specific model ESM-2. Comparisons regarding state-of-the-art deep learning models confirm that when performing methodologically principled studies in the prediction of AMPs, non-DL based models yield comparable-to-superior results to DL-based models. The implemented KNIME workflow is availablefreely at https://github.com/cicese-biocom/classification-QSAR-bioKom. We consider that this workflow can be valuable to prevent unfair comparisons regarding new computational methods, as well as to propose new non-DL based models.

péptidos antimicrobianos, QSAR, aprendizaje automático ESM-2, KNIME antimicrobial peptides, QSAR, machine learning, ESM-2, KNIME INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA CIENCIAS TECNOLÓGICAS TECNOLOGÍA DE LOS ORDENADORES DISEÑO CON AYUDA DE ORDENADOR DISEÑO CON AYUDA DE ORDENADOR

Interfaces hápticas para identificar marcadores digitales del Trastorno del Espectro Autista

Haptic interfaces to identify digital markers of Autism Spectrum Disorder

GLORIA IVONNE MONARCA PINTLE (2023, [Tesis de doctorado])

El uso de herramientas de cribado durante la infancia es de suma importancia para identificar a niños que pueden Trastorno del Espectro Autista (TEA); sin embargo, las pruebas que existen en la actualidad se basan en cuestionarios y observaciones contestadas por los padres por lo que el resultado puede ser subjetivo. Además, la mayoría de las pruebas de cribado se enfocan en el área social y de comunicación, dejando a un lado las características sensoriales, un área donde los padres notan las primeras señales de un desarrollo atípico. En los últimos años, ha crecido el interés por identificar marcadores digitales del TEA que puedan apoyar el cribado de dicho trastorno, usando tecnología que pueda ser usada en cualquier lugar y momento para agilizar el proceso de cribado. Hasta el momento, la investigación en torno a marcadores digitales del TEA relacionados con el procesamiento táctil, ha sido poco explorada debido a que la investigación se ha centrado en explorar otros comportamientos, como la atención visual, movimientos motores, y voz. El crecimiento de las interfaces hápticas abre la posibilidad de explorar el procesamiento táctil e identificar marcadores digitales del TEA. En esta tesis exploramos si las interfaces hápticas pueden ser usadas para promover y recolectar interacciones táctiles que revelen marcadores digitales del TEA. Para tener un mejor entendimiento de las interfaces hápticas, en este trabajo de tesis exploramos dos interfaces hápticas. Una interfaz háptica pasiva llamada BendableSound, la cual cuenta con una retroalimentación por textura y espacio; y una interfaz háptica activa llamada Feel and Touch, la cual es un juego móvil que utiliza patrones vibrotactiles para retroalimentar las interacciones de los niños. Los resultados muestran que las interfaces hápticas tienen la capacidad recolectar interacciones táctiles y revelar marcadores digitales que pueden estar asociados al TEA. En el caso pasivo, participaron 37 niños neurotípicos (NT) y 22 niños con TEA quienes interactuar con BendableSound; los resultados muestran que existen diferencias entre los niños NT y TEA en cuanto al ancho de las interacciones táctiles, la fuerza que aplican y el tiempo que utilizan para realizar interacciones táctiles. En el caso activo, participaron 36 niños NT y 19 niños con TEA quienes interactuaron con Feel and Touch; los resultados muestran que existen diferencias entre los niños NT y TEA en cuanto a la ...

The use of screening tools during infancy is crucial to identify children who are likely to have Autism Spectrum Disorder (ASD); however, the current screening tests are based on questionnaires and observations that parents answer bases on their observations; however, the results might be subjective. In addition, most screening tests focus on the assessment of social and communication skills, disregard sensory skills, an area where parents often notice the first signals of ASD. In recent years, there has been growing interest in identifying digital markers of ASD that can support screening, particularly those that that can be used at any time and any place to speed up the screening process. So far, research on digital markers of ASD related to tactile processing has been little explored due to the lack of tools to assess it. The growth of haptic interfaces opens the possibility to explore tactile processing and identify digital markers of ASD. In this thesis, we propose to investigate the use of haptic interfaces to promote and collect tactile interactions that can reveal digital markers of ASD. To have a better understanding of haptic interfaces, in this thesis work we explore two types of haptic interface. A passive haptic interface called BendableSound, which features texture and spatial feedback; and an active haptic interface called Feel and Touch, which is a mobile game that uses vibrotactile patterns to provide feedback on children’s interactions. The results show that haptic interfaces have the potential to collect touch interactions and reveal digital markers that may be associated with ASD. In the first case, 37 neurotypical (NT) children and 22 children with ASD participated and interacted with BendableSound; the results show that there are differences between NT and ASD children in the width of tactile interactions, the force they apply, and the time they use to perform tactile interactions. In the second case, 36 NT children and 19 children with ASD participated and interacted with Feel and Touch; the results show that there are differences between NT and ASD children in terms of the tilt they produce on the mobile when performing tactile interactions, the total acceleration they produce, and the closeness to the center of the screen of their tactile interactions. The results of this thesis indicate that haptic interfaces have the ability to gather touch interactions and uncover digital markers associated with ASD. The findings of this ...

autismo, cribado, marcadores digitales, interfaces hápticas, aprendizaje automático autism, screnning, digital markers, haptic interfaces, machine learning INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA CIENCIAS TECNOLÓGICAS TECNOLOGÍA DE LOS ORDENADORES ORDENADORES DIGITALES ORDENADORES DIGITALES

Competencia socioemocional y toma de decisiones en el rendimiento académico de estudiantes universitarios

MAYRA DELGADO VILLALOBOS (2023, [Tesis de doctorado])

Las emociones sociales forman parte de la complejidad interna de una sociedad donde

confluyen niveles de estructura social: las interacciones entre sus individuos, los patrones

de relación entre ellos y sus principios de organización. Las emociones sociales subyacen

a esta complejidad e incluyen mecanismos de autorregulación que permiten a los

individuos desarrollar habilidades socioemocionales para evaluar cuándo y con quién

cooperar o competir, regular las respuestas emocionales y el comportamiento en

situaciones sociales, mantener relaciones de largo plazo, favorecer la prosocialidad y la

cohesión grupal. Estas habilidades son fundamentales en nuestros entornos culturales

dinámicos. Por ello, la OECD las considera habilidades del siglo XXI.

Desde una perspectiva interdisciplinar con énfasis en la cognición social, en la

presente investigación se revisó la importancia y la función de las emociones sociales, y

con base en los diferentes niveles de complejidad social se propone una distinción entre

habilidades y competencias socioemocionales. También se revisaron diversos enfoques

teóricos sobre estas competencias, así como la metodología para su evaluación en la

educación universitaria. Asimismo, se realizó un estudio exploratorio con un diseño

transversal y la muestra se conformó por 104 estudiantes universitarios. El modelo teórico

propuesto se probó mediante ecuaciones estructurales, encontrándose diferencias

significativas entre el compromiso académico y el rendimiento académico, la resiliencia

y el razonamiento.

Social emotions are part of the internal complexity of a society where levels of social

structure converge: the interactions between its individuals, the relationships patterns

between them and their organizational principles. Social emotions underlie this

complexity and include self-regulation mechanisms that allow individuals to develop

socioemotional skills to assess when and with whom to cooperate or compete, regulate

emotional responses and behavior in social situations, maintain long-term relationships,

promote prosociality and group cohesion. These skills are essential in our dynamic

cultural environments. For this reason, the OECD considers them 21st century skills.

From an interdisciplinary perspective with an emphasis on social cognition, this

research reviewed the importance and function of social emotions, and based on the

different levels of social complexity, a distinction between socio-emotional skills and

competencies is proposed. Various theoretical approaches to these competencies were

also reviewed, as well as the methodology for their evaluation in university education.

Likewise, an exploratory study was carried out with a cross-sectional design and the

sample consisted of 104 university students. The proposed theoretical model was tested

using structural equations, finding significant differences between academic commitment

and academic performance, resilience and reasoning.

HUMANIDADES Y CIENCIAS DE LA CONDUCTA PEDAGOGÍA cognición social, desarrollo socioemocional, competencias socioemocionales, evaluación socioemocional y aprendizaje socioemocional. social cognition, social-emotional development, social-emotional competencies, social-emotional assessment and social-emotional learning

Reconocimiento continuo de la Lengua de Señas Mexicana

Continuous recognition of Mexican Sign Language

Ricardo Fernando Morfín Chávez (2023, [Tesis de maestría])

La Lengua de Señas Mexicana (LSM) es la lengua utilizada por la comunidad Sorda en México, y, a menudo, subestimada y pasada por alto por la comunidad oyente, lo que resulta en la exclusión sistemática de las personas Sordas en diversos aspectos de la vida. Sin embargo, la tecnología puede desempeñar un papel fundamental en acercar a la comunidad Sorda con la comunidad oyente, promoviendo una mayor inclusión y comprensión entre ambas. El objetivo principal de este trabajo es diseñar, implementar y evaluar un sistema de reconocimiento continuo de señas estáticas en LSM mediante, visión por computadora y técnicas de aprendizaje máquina. Se establecieron objetivos específicos, que incluyen la generación de un conjunto de datos de señas estáticas, pertenecientes al alfabeto manual de la LSM, el diseño de un modelo de reconocimiento, y la evaluación del sistema, tanto en la modalidad aislada como en la continua. La metodología involucra dos evaluaciones distintas. La primera se enfoca en el reconocimiento de señas estáticas en el dominio aislado, para ello se capturaron datos de 20 participantes realizando movimientos de la mano en múltiples ángulos. Se evaluaron diversas técnicas de aprendizaje automático, destacando que el enfoque basado en Máquinas de Soporte Vectorial (SVM) obtuvo los mejores resultados (F1-Score promedio del 0.91). La segunda evaluación se concentra en el reconocimiento continuo de señas estáticas, con datos recopilados de seis participantes con diferentes niveles de competencia en LSM, logrando un rendimiento sólido con errores cercanos al 7 %. Además, se evaluó la viabilidad del sistema en aplicaciones de tiempo real, demostrando un excelente desempeño (velocidad promedio de procesamiento de 45 cuadros por segundo). A pesar de los logros alcanzados, es importante reconocer que este proyecto se centró en el reconocimiento continuo de señas estáticas en LSM. Queda pendiente, como un desafío interesante, la exploración del reconocimiento continuo de señas dinámicas en LSM para futuras investigaciones. Se considera esencial explorar enfoques orientados a la escalabilidad y aplicaciones en tiempo real en investigaciones posteriores.

This study focuses on the continuous recognition of static signs in Mexican Sign Language (Lengua de Señas Mexicana (LSM)), the language used by the Deaf community in Mexico. Despite its significance, LSM is often underestimated and overlooked, leading to the systematic exclusion of Deaf individuals in various aspects of life. The primary objective of this work is to design, implement, and evaluate a continuous static sign recognition system in LSM using computer vision and machine learning techniques. Specific goals were established, including the creation of a dataset of static signs belonging to the manual alphabet of LSM, the design of a recognition model, and the evaluation of the system in both isolated and continuous modes. The methodology involves two distinct evaluations. The first one focuses on the recognition of static signs in the isolated domain, for which data from 20 participants performing hand movements at various angles were collected. Various machine learning techniques were evaluated, with the Máquinas de Soporte Vectorial (SVM)-based approach achieving the best results (average F1-Score of 0.91). The second evaluation centers on the continuous recognition of static signs, using data collected from six participants with varying levels of competence in LSM, achieving robust performance with errors close to 7 %. Furthermore, the feasibility of the system in real-time applications was assessed, demonstrating excellent performance (average processing speed of 45 frames per second). Despite the achievements, it is important to recognize that this project focused on continuous recognition of static signs in LSM. It remains an interesting challenge to explore the continuous recognition of dynamic signs in LSM for future research. It is considered essential to explore scalability-oriented approaches and real-time applications in subsequent investigations.

Lengua de Señas Mexicana (LSM), visión por computadora, aprendizaje automático, alfabeto manual de la LSM, reconocimiento automático de señas estáticas, reconocimiento aislado de señas, reconocimiento continuo de señas, aplicacion Mexican Sign Language (LSM), computer vision, machine learning, LSM manual alpahbet, automatic recognition of static signs, isolated sign recognition, continuous sign recognition, real-time aplications INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA CIENCIAS TECNOLÓGICAS TECNOLOGÍA DE LOS ORDENADORES ENSEÑANZA CON AYUDA DE ORDENADOR ENSEÑANZA CON AYUDA DE ORDENADOR