A simple extension to the CMASA method for the prediction of catalytic residues in the presence of single point mutations

David Israel Flores Granados (2014, [Artículo])

The automatic identification of catalytic residues still remains an important challenge in structural bioinformatics. Sequence-based methods are good alternatives when the query shares a high percentage of identity with a well-annotated enzyme. However, when the homology is not apparent, which occurs with many structures from the structural genome initiative, structural information should be exploited. A local structural comparison is preferred to a global structural comparison when predicting functional residues. CMASA is a recently proposed method for predicting catalytic residues based on a local structure comparison. The method achieves high accuracy and a high value for the Matthews correlation coefficient. However, point substitutions or a lack of relevant data strongly affect the performance of the method. In the present study, we propose a simple extension to the CMASA method to overcome this difficulty. Extensive computational experiments are shown as proof of concept instances, as well as for a few real cases. The results show that the extension performs well when the catalytic site contains mutated residues or when some residues are missing. The proposed modification could correctly predict the catalytic residues of a mutant thymidylate synthase, 1EVF. It also successfully predicted the catalytic residues for 3HRC despite the lack of information for a relevant side chain atom in the PDB file. © 2014 Flores et al.

1UU9 protein, 3HRC protein, protein, thymidylate synthase, unclassified drug, protein kinase, thymidylate synthase, accuracy, algorithm, Article, CMASA, CMASA Substitution Matrix, Contact Matrix Average Deviation, controlled study, correlation coeffi CIENCIAS FÍSICO MATEMÁTICAS Y CIENCIAS DE LA TIERRA MATEMÁTICAS ANÁLISIS NUMÉRICO ANÁLISIS NUMÉRICO

La experiencia profesional de quienes asesoran los talleres proyectuales de Diseño de la Comunicación Gráfica, Industrial y Arquitectura

Yoshiaki Ando (2023, [Capítulo de libro])

Un factor determinante para la formación de las y los futuros diseñadores de la comunicación gráfica, industriales y arquitectos en los talleres proyectuales es la experiencia profesional que debe tener quien asesora principalmente los proyectos terminales. El perfil deseable de esta, puede ser de experiencia como empleado, emprendedor o ejercicio libre y es quien refuerza las bases para que el alumnado se enfrente al mercado laboral, debido a que conoce la práctica de las diferentes perspectivas de las y los profesionistas, así como las capacidades que deben aprender en su formación universitaria. Por lo tanto, en el presente y futuro, las disciplinas de la división de CyAD deberán reforzar este criterio dada la importancia de la inserción de los futuros profesionistas al mercado laboral.

A determining factor for the training of future graphic communication designers, industrial designers and architects in project workshops, is the professional experience that those who mainly advise terminal projects must have.The desirable profile of them can be experience as an employee, entrepreneur or professional free exercise, and is who can reinforce the bases so that the students can face the labor market, because they know the practice of the different perspectives of the professionals, as well as the skills they must learn in their university education. Therefore, in the present and in the future, the disciplines of the CyAD division must reinforce this criterion due to the importance of the insertion of future professionals in the labor market.

Taller proyectual, experiencia profesional, mercado laboral, egresados, profesionistas. Project workshop, professional experience, labor market, graduates, professionals. College teachers--Professional relationships. College teaching. Reflective teaching. Group work in education. Maestros universitarios. Talleres pedagógicos. LB1778 HUMANIDADES Y CIENCIAS DE LA CONDUCTA PEDAGOGÍA ORGANIZACIÓN Y PLANIFICACIÓN DE LA EDUCACIÓN

Trophic ecology of Mexican Pacific harbor seal colonies using carbon and nitrogen stable isotopes

MARICELA JUAREZ RODRIGUEZ (2020, [Artículo])

There is limited information that provides a comprehensive understanding of the trophic ecology of Mexican Pacific harbor seal (Phoca vitulina richardii) colonies. While scat analysis has been used to determine the diet of some colonies, the integrative characterization of its feeding habits on broader temporal and spatial scales remains limited. We examined potential feeding grounds, trophic niche width, and overlap, and inferred the degree of dietary specialization using stable carbon and nitrogen isotope ratios (δ13C and δ15N) in this subspecies. We analyzed δ13C and δ15N on fur samples from pups collected at five sites along the western coast of the Baja California Peninsula, Mexico. Fur of natal coat of Pacific harbor seal pups begins to grow during the seventh month in utero until the last stage of gestation. Therefore pup fur is a good proxy for the mother's feeding habits in winter (∼December to March), based on the timing of gestation for the subspecies in this region. Our results indicated that the δ13C and δ15N values differed significantly among sampling sites, with the highest mean δ15N value occurring at the southernmost site, reflecting a well-characterized north to south latitudinal 15N-enrichment in the food web. The tendency identified in δ13C values, in which the northern colonies showed the most enriched values, suggests nearshore and benthic-demersal feeding habits. A low variance in δ13C and δ15N values for each colony (<1‰) and relatively small standard ellipse areas suggest a specialized foraging behavior in adult female Pacific harbor seals in Mexican waters. © 2020 Juárez-Rodríguez et al.

carbon, delta carbon 13, delta nitrogen 15, isotope, nitrogen, unclassified drug, carbon, nitrogen, Article, correlational study, feeding behavior, latitude, Mexico, nonhuman, organism colony, Pinnipedia, population abundance, species richness, troph BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA ANIMAL (ZOOLOGÍA) BIOLOGÍA ANIMAL (ZOOLOGÍA)

Clima y disponibilidad de agua: análisis del pasado para prever el futuro

Climate and water availability: analysis of the past for predicting the future

IGNACIO SANCHEZ COHEN WALDO OJEDA BUSTAMANTE JOSE VILLANUEVA DIAZ GABRIEL DIAZ PADILLA MIGUEL AGUSTIN VELASQUEZ VALLE JESUS ARCADIO MUÑOZ VILLALOBOS (2007, [Artículo])

Las variables de entrada para el análisis del ciclo hidrológico son predominantemente climáticas (radiación, precipitación, temperaturas, etc.); así, la alteración en patrones de precipitación trae como consecuencia las modificaciones al resto de las variables involucradas en este proceso (infiltración, escurrimiento, evaporación, etc.). Es claro entonces que la disponibilidad de agua está fuertemente ligada a las variaciones climáticas. En esta tesitura, el análisis histórico del clima es fundamental para conocer las leyes que rigen su variación y así poder predecir su comportamiento. En el presente trabajo se muestran algunos estudios de caso de variabilidad climática puntualizando algoritmos para su cuantificación.

Disponibilidad de agua Cambio climático Modelos matemáticos CIENCIAS FÍSICO MATEMÁTICAS Y CIENCIAS DE LA TIERRA

Estación meteorológica convencional versus automática sus diferencias evaluadas con índices estadísticos Chapingo, México

Conventional versus automatic weather station evaluated differences with statistical indexes Chapingo, Mexico

RAMON ARTEAGA RAMIREZ ROCIO CERVANTES OSORNIO MARIO ALBERTO VAZQUEZ PEÑA WALDO OJEDA BUSTAMANTE (2017, [Artículo])

El objetivo del presente trabajo fue realizar la comparación de los datos meteorológicos medidos por una estación convencional contra los mismos obtenidos por una automática, ambas estaciones están ubicadas en la Universidad Autónoma Chapingo, estos datos fueron: temperatura máxima, mínima, humedad relativa máxima y mínima, colectados de manera diaria y analizados de forma gráfica y estadística, por medio del coeficiente de inconsistencia y consistencia, la raíz cuadrada del cuadrado medio del error y normalizado, el índice de concordancia o Willmott, el coeficiente de determinación, un análisis de regresión, error sistemático y error aleatorio, el periodo comprendido de enero 2004 a junio, 2013. Se encontró, que para las variables temperatura máxima y temperatura mínima, se pueden usar indistintamente los datos de la estación meteorológica automática o los de la convencional ya que los datos son semejantes.

Estaciones meteorológicas Sistemas de información Modelos matemáticos CIENCIAS FÍSICO MATEMÁTICAS Y CIENCIAS DE LA TIERRA

Escenarios futuros de eventos extremos de precipitación y temperatura en México

Future changes of precipitation and temperature extremes in Mexico

Ernesto Ramos Esteban (2024, [Tesis de maestría])

Diferentes estudios a escala mundial indican un incremento en frecuencia de eventos climáticos extremos debido al calentamiento global y sugieren que podrían intensificarse en el futuro. El objetivo de este trabajo es analizar los posibles cambios de 12 índices climáticos extremos (ICE) de precipitación y temperatura en 15 regiones de México, el sur de los Estados Unidos y Centroamérica para un período histórico (1981-2010), un futuro cercano (2021-2040), un futuro intermedio (2041-2060) y un futuro lejano (2080-2099). Se utilizó el reanálisis ERA5 como referencia en la evaluación histórica de los modelos climáticos globales (MCG) y para las proyecciones se analizaron los ICE de diez MCG del Proyecto de Intercomparación de Modelos Climáticos, fase 6 (CMIP6), de acuerdo con dos escenarios de Vías Socioeconómicas Compartidas (SSPs), uno de bajas emisiones (SSP2-4.5) y otro de altas emisiones (SSP3-7.0). Los MCG reproducen muy bien los índices extremos de temperatura histórica y los días consecutivos secos, pero subestiman la lluvia promedio y la lluvia extrema en las zonas más lluviosas desde el centro de México hasta Centroamérica. Históricamente, se observaron tendencias positivas de las temperaturas extremas (TXx y TNn) en todas las regiones, pero sólo en algunas regiones fueron significativas, mientras que los índices de lluvia extrema (R95p, R10mm y R20mm) presentaron tendencias negativas, pero pequeñas. Las proyecciones indican que las temperaturas extremas podrían seguir incrementándose en el futuro, desde 2° C hasta 5° C a mitad y final de siglo, respectivamente. La contribución de la precipitación extrema arriba del percentil 95 (R95p) se podría incrementar entre un 10 % y 30 %, especialmente en la región subtropical, mientras que la precipitación podría disminuir en las regiones tropicales. Este estudio es el primero que analiza los cambios futuros de índices extremos del CMIP6 a escala regional (en 15 regiones) de México, el sur de Estados Unidos y Centroamérica.

Global-scale studies indicate an increase in the frequency of extreme weather events due to global warming and suggest that they could further intensify in the future. This study aims to assess potential changes in 12 extreme climate indices (ECI) related to precipitation and temperature in 15 regions in Mexico, the southern United States, and Central America for different periods: a historical period (1981-2010), a near future (2021-2040), an intermediate future (2041-2060), and a far future (2080-2099). The ERA5 reanalysis was used as a reference for the historical evaluation of global climate models (GCMs), and ECI from ten GCMs of phase 6 (CMIP6) from the Coupled Model Intercomparison Project were employed for the projections and examined under two Shared Socioeconomic Pathways (SSPs) scenarios, one characterized by low emissions (SSP2-4.5) and another representing high greenhouse gas emissions (SSP3-7.0). The GCMs reproduce historical extreme temperature indices and consecutive dry days very well. However, they underestimate average and extreme rainfall from central Mexico to Central America in the wetter areas. Historically, positive trends in extreme temperatures (TXx and TNn) were observed across all regions. However, statistical significance was only present in certain regions, while extreme rainfall indices (R95p, R10mm, and R20mm) exhibited small negative trends. The projections suggest that extreme temperatures could continue to increase in the future, from 2°C to 5°C by the mid and late century, respectively. The contribution of extreme precipitation above the 95th percentile (R95p) could increase by 10% to 30%, particularly in the subtropical regions, while precipitation might decrease in tropical regions. This study is the first to analyze future changes in extreme indices from CMIP6 at a regional scale (across 15 regions) in Mexico, the southern United States, and Central America.

Centroamérica, CMIP6, escenarios SSP, extremos climáticos, intercomparación de modelos climáticos, México Central America, climate extremes, CMIP6, intercomparison of climate models, Mexico, SSP scenarios CIENCIAS FÍSICO MATEMÁTICAS Y CIENCIAS DE LA TIERRA CIENCIAS DE LA TIERRA Y DEL ESPACIO OCEANOGRAFÍA OCEANOGRAFÍA FÍSICA (VE R 5603 .04) OCEANOGRAFÍA FÍSICA (VE R 5603 .04)

Modelo de calidad del agua en redes de distribución

Velitchko Tzatchkov Arreguin Felipe (2004, [Artículo])

Se presenta un modelo de calidad del agua potable en una red de distribución, el cual incluye las tuberías de tres pulgadas de diámetro y mayores. La aplicación se realizó en la zona norte de Culiacán, Sinaloa, México, que cuenta con una población de 61,500 habitantes. Se determinó la constante de primer orden de reacción del cloro con el agua ka= 0.0988 horas-1 y la de reacción con la pared del tubo kp = 0.4140 m/día, para un diámetro de 16 pulgadas, y kp = 0.1509 m/día para 10 pulgadas. Con lo anterior, para el caso de la ciudad de Culiacán, los valores del coeficiente total de decaimiento k son de 0.2478 a 0.189 horas-1. La comparación de resultados entre medición y modelo muestra que en 70.83% del total de los puntos se tienen diferencias menores al 25%. En la región uno del sitio de aplicación, los resultados presentan diferencias menores al 20% en el 90% de los nodos.

Calidad del agua Redes de distribución de agua Modelos matemáticos Decaimiento del cloro INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA

Decaimiento del cloro por reacción con el agua en redes de distribución

Velitchko Tzatchkov VICTOR HUGO ALCOCER YAMANAKA Felipe Arreguin (2004, [Artículo])

Se analiza la ecuación cinética de la reacción del cloro residual libre con el agua, separada de la reacción con la pared de las tuberías, con base en muestras tomadas en 64 puntos de la red de agua potable de una ciudad. Se obtiene que la ecuación cinética de primer orden no describe adecuadamente el decaimiento real y, en su lugar, se propone una ecuación cinética de orden mixto, caracterizada por dos parámetros k1 y k2, cuyos valores dependen de la concentración en el inicio de la reacción. Se muestran ecuaciones de regresión que expresan los parámetros k1 y k2 en términos de la concentración inicial para los casos de agua superficial tratada en planta potabilizadora y agua subterránea clorada, válidas para el sitio de medición. El valor de k1 es positivo y disminuye ligeramente con el incremento de la concentración inicial. El valor de k2 es negativo para concentraciones iniciales medianas y altas (mayores de 80 mg/I), y positivo para las concentraciones iniciales menores. La magnitud de k1/k2 muestra una tendencia estable, disminuyendo ligeramente (en valor absoluto) con el incremento de la concentración inicial. La tasa de decaimiento del cloro es marcadamente más alta cuando la concentración inicial es baja. La ecuación cinética obtenida puede ser usada en modelos matemáticos de la calidad del agua en redes de distribución, calibrando los coeficientes k1 y k2 por mediciones de campo similares a las presentadas.

Calidad del agua Redes de agua potable Decaimiento del cloro Modelos matemáticos INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA

Caracterización de habilidades cognitivas en infantes con Parálisis Cerebral atendidos a través del modelo Petö: un estudio retrospectivo en la asociación civil Con Nosotros, A.C. en Morelos, México

IRIS ANAID RODRÍGUEZ SÁNCHEZ (2023, [Tesis de maestría])

En esta investigación se describen los diversos elementos que componen el modelo Petö 1

identificando en sus programas las habilidades cognitivas que desarrollan los infantes, ya que es de gran

relevancia la autonomía que logran durante su crianza y educación con este modelo.

Se realizó una revisión de los expedientes de 9 infantes con Parálisis Cerebral (PC) entre 6 y 13

años, específicamente se analizaron los resultados de la Prueba Progress Assesment Chart P.A.C2 en el

área de comunicación, socialización, independencia personal y ocupación del año 2017 al 2020, con el

objetivo de caracterizar las habilidades cognitivas en infantes con Parálisis Cerebral atendidos a través

del modelo Petö en la asociación civil Con Nosotros, A.C. en Morelos, México.

Los resultados de las pruebas de cada infante fueron vaciados en rúbricas diseñadas para poder

caracterizar las habilidades cognitivas que el modelo Petö desarrolla en atención a los infantes con

Parálisis Cerebral de la asociación civil Con Nosotros, A.C. Morelos, México.

Así mismo, se realizó un análisis cuantitativo en graficas con porcentajes, así como cualitativos de los

resultados de las evaluaciones de las áreas de comunicación, socialización, independencia personal y

ocupación de dichos 9 expedientes.

La presente investigación fue un estudio longitudinal, descriptivo, basado en el análisis y

sistematización retrospectiva de la revisión de 9 expedientes de infantes con Parálisis Cerebral entre 6 y

13 años de la asociación civil Con Nosotros, A.C. Morelos, México, durante el período 2017-2020. El

objetivo de esta revisión fue caracterizar las habilidades cognitivas que desarrolla el Modelo Petö. Los

resultados del análisis de las pruebas muestran que independientemente del nivel de discapacidad que

presenten los infantes, el modelo desarrolla en ellos habilidades cognitivas, motrices, sociales y de

independencia.

En conclusión, estas habilidades cognitivas que los infantes desarrollan durante su rutina escolar

les da las herramientas para lograr una ortofuncionalidad en sus vidas y con esto lograr una mejor calidad

de vida para ellos y para sus familias.

HUMANIDADES Y CIENCIAS DE LA CONDUCTA PSICOLOGÍA Parálisis Cerebral, Modelo Petö, habilidades cognitivas.

Stability of FeVO4-II under Pressure: A First-Principles Study

PRICILA BETBIRAI ROMERO VAZQUEZ SINHUE LOPEZ MORENO Daniel Errandonea (2022, [Artículo])

"In this work, we report first-principles calculations to study FeVO4 in the CrVO4-type (phase II) structure under pressure. Total-energy calculations were performed in order to analyze the structural parameters, the electronic, elastic, mechanical, and vibrational properties of FeVO4-II up to 9.6 GPa for the first time. We found a good agreement in the structural parameters with the experimental results available in the literature. The electronic structure analysis was complemented with results obtained from the Laplacian of the charge density at the bond critical points within the Quantum Theory of Atoms in Molecules methodology. Our findings from the elastic, mechanic, and vibrational properties were correlated to determine the elastic and dynamic stability of FeVO4-II under pressure. Calculations suggest that beyond the maximum pressure covered by our study, this phase could undergo a phase transition to a wolframite-type structure, such as in CrVO4 and InVO4."

FeVO4 under pressure CrVO4-type structure First-principles Mechanical properties Vibrational properties Electronic properties CIENCIAS FÍSICO MATEMÁTICAS Y CIENCIAS DE LA TIERRA FÍSICA FÍSICA DEL ESTADO SÓLIDO CRISTALOGRAFÍA CRISTALOGRAFÍA