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Estatus taxonómico y estructura genética poblacional del género Merluccius en el Pacífico Nororiental y Central, mediante la aplicación de marcadores mitocondriales y nucleares

CLAUDIA ALICIA SILVA SEGUNDO (2011)

"En el Pacífico Nororiental y Central se han descrito cuatro morfo-tipos de merluzas: Merluccius productus, M. angustimanus, M. hernandezi y uno conocido como “merluza enana”. De estos morfo-tipos solo los dos primeros son considerados como especies válidas, no obstante, su delimitación taxonómica es confusa debido al alto traslape de los caracteres morfológicos diagnósticos y a la falta de una revisión exhaustiva de material biológico a lo largo de su distribución. Desde el punto de vista poblacional se han descrito hasta el momento cuatro stocks en la región del Pacífico Nororiental: dos localizados en aguas parcialmente aisladas (la Sonda de Puget y el Estrecho de Georgia), uno denominado stock “costero” genéticamente homogéneo y altamente migratorio a lo largo de las costas del Pacífico Nororiental y por último un stock denominado “enano” distribuido en el sur de Baja California. El objetivo del presente estudio fue investigar el estatus taxonómico y la estructura genética poblacional de las merluzas del Pacífico Nororiental y Central, empleando marcadores mitocondriales y microsatélites y un muestreo más exhaustivo a lo largo de la distribución geográfica en dicha región. Los sitios de muestreo fueron los siguientes: cinco ubicados en las costas de Estados Unidos de América (la Sonda de Puget, Washington, Oregón, Eureka y San Francisco), tres en las costas de México (Alto Golfo de California, Bahía Sebastián Vizcaíno y en la parte sureña del estado de Baja California Sur) y uno en Costa Rica. Se analizaron secuencias de tres genes mitocondriales (Citocromo b, Citocromo Oxidasa subunidad I y 16S ADN ribosómico) y diez loci microsatélites. Los índices de diversidad haplotípica y nucleotídica, las distancias genéticas y los análisis filogenéticos de los genes mitocondriales indicaron que los cuatro morfo-tipos representan en realidad una misma especie, la cual corresponde a M. productus. Además la variabilidad genética de los tres genes mitocondriales y diez loci microsatélites mostró altos niveles de diferenciación genética entre las merluzas que habitan en aguas parcialmente aisladas (la Sonda de Puget y el Alto Golfo de California) y las merluzas presentes en las costas abiertas del Pacífico Nororiental y Central (representantes del stock “costero”)..."

"In the northeast and central Pacific four morphological types of hake have been described: Merluccius productus, M. angustimanus, M. hernandezi and one known as "dwarf hake". From these morphological types only the first two are considered valid species; however, their taxonomic delimitation is unclear due to the high overlap of diagnostic morphological characters and lack of a comprehensive review of biological material over its distribution. From a population point of view, until now only four stocks have described in the northeastern Pacific region: two located in waters partially isolated (the Puget Sound and the Strait of Georgia), another stock called "coastal" genetically homogeneous and highly migratory along the coasts of the northeast Pacific and finally a stock called "dwarf" distributed in southern Baja California. The aim of this study was to investigate the taxonomic status and population genetic structure of Pacific hake in the northeast and central Pacific, using mitochondrial and microsatellite markers and a more comprehensive sampling across the geographical distribution in the region. The collection sites were: five located on the shores of the United States of America (the Puget Sound, Washington, Oregon, Eureka and San Francisco), three off the coast of Mexico (Gulf of California, Bahía Sebastián Vizcaíno and the southern part of Baja California Sur) and one in Costa Rica. We analyzed sequences of three mitochondrial genes (Cytochrome b, Cytochrome Oxidase Subunit I and 16S ribosomal DNA) and ten microsatellite loci. The nucleotide and haplotype diversity, genetic distances and phylogenetic analysis of mitochondrial genes indicated that the four morpho-types actually represent the same species, which corresponds to M. productus. Also the genetic variability of the three mitochondrial genes and ten microsatellite loci showed high levels of genetic differentiation between hakes living in partially isolated waters (the Puget Sound and the Upper Gulf of California) and hake present in the open coasts of the Pacific Eastern and Central (representatives of the coastal stock). In prior studies, the coastal stock had not detected significant genetic differences between populations separated by several miles..."

Doctoral thesis

merluza, ADN mitocondrial, microsatélites hake, mitochondrial DNA, microsatellites BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA ANIMAL (ZOOLOGÍA) TAXONOMÍA ANIMAL

Estudios sobre la estructura genética del camarón blanco, (Litopenaeus vannamei), del Pacífico Oriental inferidos del análisis de microsatélites y ADN mitocondrial

RUBEN VALLES JIMENEZ (2005)

El camarón blanco, (Litopenaeus vannamei), es una de las especies comerciales más importantes del Pacífico oriental por sus pesquerías y cultivo. En México, la pesquería de camarón en el litoral del Pacífico tiene los niveles más altos de producción. Durante el 2002 las capturas de organismos de manglares, bahías y altamar alcanzaron las 25,343 , y la producción por cultivo 42,513 ton. El camarón capturado por estas pesquerías incluye principalmente cuatro especies: camarón café, (Farfantepenaeus californiensis), camarón azul, (L. stylirostris), camarón rosado, (F. brevirostris) y camarón blanco, (L. vannamei); esta última especie es usada principalmente en el cultivo. El camarón blanco tiene un amplío rango de distribución desde el norte de México hasta el norte del Perú y habita en lagunas costeras y mar abierto. La definición genética de stocks es esencial en la pesquería de camarón blanco para el manejo y la conservación de la biodiversidad acuática, y en la acuicultura como un recurso disponible de diversidad genética para ser usado en la domesticación y selección de reproductores. El uso de marcadores genéticos ha incrementando en gran medida nuestro entendimiento de la diversidad genética y la estructura poblacional de peneidos. Recientemente, marcadores moleculares como el ADN mitocondrial (ADNmt) y los microsatélites han revelado una mayor variabilidad que las alozimas. Aunque, el camarón blanco es una especie muy importante en la pesquería y la acuicultura, la información de la diversidad y estructura genética de poblaciones naturales a través de su rango de distribución es limitada. Para evaluar la diversidad y estructura genética de L. vannamei, se analizaron muestras de cuatro localidades geográficamente distintas (Sinaloa, Guerrero, Guatemala y Panamá) a lo largo de su área de distribución en el Pacífico oriental con base en cinco microsatélites (Pvan0013, Pvan0040, Pvan1003, Pvan1758, Pvan1815), y el análisis de RFLP del ADNmt de la región control. Usando microsatélites, la diversidad genética varió entre poblaciones indicada por el promedio en el número de alelos por locus y la heterocigosidad media, en un rango de 7.4 a 8.6 y de 0.241 a 0.388, respectivamente. En 19 de 20 pruebas posibles, se observaron desviaciones significativas del Equilibrio de Hardy-Weinberg (HWE) en las poblaciones para cada uno de los loci con excepción de Guatemala con el microsatélite Pvan0013, causadas por una elevada deficiencia de heterocigotos [...]

The white shrimp, (Litopenaeus vannamei), is one of the most important commercial shrimp species of the Eastern Pacific with fisheries and cultured production. In México, the shrimp fisheries of Pacific litoral have the highest levels of production. During 2002 the captures from salt marshes, bays, and open sea reached 25,343 ton, and the cultured production was 42,513 ton. The shrimp captured for those wild fisheries included principally four species: brown shrimp, (Farfantepenaeus californiensis), blue shrimp, (L. stylirostris), rose shrimp, (F. brevirostris) and white shrimp, (Litopenaeus vannamei); this last species is the main one used in culture. White shrimp has a wide range of distribution, from northern Mexico to northern Perú, and inhabits coastal lagoons and open coastal waters. The genetic definition of stocks in white shrimp is essential in fishery for resource management and conservation of aquatic biodiversity, and for aquaculture as an available resource of genetic diversity to be used in domestication and breeding selection. The use of genetic markers has greatly improved our understanding of genetic diversity and structure population in penaeids. More recently, molecular markers such as restriction fragment length polymorphism (RFLP) of mitochondrial DNA (mtDNA) and microsatellites loci have revealed more variability than allozymes. Still, in spite of the importance of white shrimp for fisheries and aquaculture activities, information of genetic diversity and population genetic structure of natural populations throughout its distributed range is limited. In order to evaluate the genetic diversity and population genetic structure of wild L. vannamei, samples from four geographically distant locations (Sinaloa, Guerrero, Guatemala y Panamá) along part of its area of distribution in the Eastern Pacific were analyzed based at five microsatellite loci (Pvan0013, Pvan0040, Pvan1003, Pvan1758, Pvan1815) and by Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) analysis of the mitochondrial DNA (mtDNA) control region. Using microsatellite loci, the genetic diversity among populations, indicated by the mean number of alleles per locus and mean observed heterozygosity, ranged from 7.4 to 8.6 and from 0.241 to 0.388, respectively. In 19 of 20 possible test, significant departures from Hardy-Weinberg Equilibrium (HWE) were found at most locations and were caused by high heterozygote deficiencies [...]

Doctoral thesis

Estructura y genética poblacional; microsatélites; ADN mitocondrial; camarón blanco; Litopenaeus vannamei BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA GENÉTICA GENÉTICA DE POBLACIONES

Efecto de la estructura del paisaje en la diversidad genética de Artibeus jamaicensis Leach, 1821: un enfoque espacialmente explícito

Elida María Leiva González (2020)

Se asume que los murciélagos debido a su capacidad de vuelo no son afectados de forma negativa por la pérdida y fragmentación de bosques, esto en términos de riqueza y abundancias. Sin embargo, estudios recientes han encontrado evidencias de respuestas negativas a la fragmentación del paisaje sobre la diversidad genética de algunas especies de murciélagos filostómidos. En específico, estos estudios han encontrado una respuesta negativa a una escala geográfica pequeña y en matrices dominadas por prácticas agrícolas. El objetivo principal del presente estudio fue evaluar atributos de la estructura del paisaje (composición y configuración) que podrían estar influenciando la diversidad genética de Artibeus jamaicensis Leach, 1821 (Chiroptera: Phyllostomidae) en un área caracterizada por la presencia de extensos terrenos agrícolas. El estudio se llevó a cabo en un área que incluye al Parque Nacional Lagunas de Montebello (PNLM) y fragmentos boscosos ubicados en sus alrededores. A través de secuencias de la región control de ADN mitocondrial se estimó la diversidad genética de poblaciones de A. jamaicensis en el área de estudio, la cual se relacionó con atributos del paisaje obtenidos a partir de la caracterización con métricas que describen aspectos de composición y configuración, como el porcentaje de bosque y el grado de aislamiento de los fragmentos de bosque. Para determinar esta posible relación, se empleó un análisis exploratorio que permitió conocer la contribución independiente de cada atributo del paisaje sobre la diversidad genética. Se encontró que aspectos relacionados con la configuración de los paisajes (cantidad de borde en los paisajes), presentaron contribuciones significativas sobre diversidad genética.

Master thesis

Artibeus jamaicensis Murciélagos frugívoros ADN mitocondrial Variación genética Paisajes fragmentados La Trinitaria (Chiapas, México) Parque Nacional Lagunas de Montebello (Chiapas, México) BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA ANIMAL (ZOOLOGÍA) MAMÍFEROS MAMÍFEROS

Simulation of the spatial Ca2+ dynamics in cardiac cells

HUGO ENRIQUE ROMERO CAMPOS (2018)

59 páginas. Maestría en Ingeniería de Procesos.

En años recientes se ha verificado que el metabolismo mitocondrial y la dinámica de Ca2+ se encuentran acoplados de forma compleja, lo cual se debe a la capacidad de la mitocondria de captar, almacenar y liberar iones Ca2+, así como a la activación del metabolismo energético por el Ca2+ mitocondrial. En los cardiomiocitos (células cardiacas), la alta demanda energética y la regulación del Ca2+ sobre el acople excitacióncontracción, vuelven determinante la interrelación entre los procesos antes mencionados. Incluso, el problema de la dinámica de Ca2+ y el metabolismo mitocondrial se ha definido como uno de los campos centrales en la fisiología y patología cardiacas. En este sentido, los métodos experimentales han enfrentado grandes dificultades para medir Ca2+ mitocondrial dinámico dentro de la estructura celular de los cardiomiocitos, lo que ha llevado a resultados experimentales controversiales. En el presente trabajo, la relación entre la dinámica de Ca2+ y el metabolismo mitocondrial se abordó mediante un enfoque de modelado y simulación. Además, dado que los cardiomiocitos presentan incrementos de Ca2+ altamente heterogéneos, por su estructura celular, la investigación se centró en el aspecto espacial. Así, la hipótesis de investigación es que, en los miocitos cardiacos, la localización de la mitocondria con respecto al espacio diádico determina los cambios en la dinámica de calcio y el metabolismo mitocondrial. En una primera etapa, se utilizó un modelo recientemente publicado (Wacquier et al., 2016) que describe la interrelación entre la señalización del Ca2+ y el metabolismo mitocondrial en células no excitables para desarrollar un modelo mitocondrial (MM) capaz de reproducir las características particulares de la mitocondria en las células cardiacas. En la segunda etapa se utilizó un enfoque de modelado compartamental con el fin de tomar en cuenta los aspectos espaciales, y se obtuvo un modelo acoplado (CM) integrado por el MM y un modelo de miocito ventricular humano (Grandi, Pasqualini, and Bers, 2010). Finalmente, el nuevo modelo integral se utilizó para demostrar que la posición de la mitocondria tiene un efecto significativo en la dinámica del Ca2+ y el metabolismo mitocondrial, lo anterior se realizó mediante el análisis de tres escenarios que corresponden distribuciones e interacciones particulares entre la mitocondria y los compartimentos intracelulares del modelo de célula cardiaca.

It is well known that mitochondrial metabolism is linked to Ca2+ dynamics in a complex manner. This relation underlies on the capacity of mitochondria to uptake, release and storage Ca2+ as well as on the activation of the energetic metabolism by mitochondrial Ca2+. In cardiomyocytes (cardiac cells) this interplay becomes very important because of both the high energy demand (tissue-characteristic) and the regulation of excitationcontraction coupling by Ca2+. Ca2+ dynamics and mitochondrial metabolism has been defined as a key issue in cardiac physiology and pathology. However, experimental methods have strong limitations due to the difficulties in measuring dynamic mitochondrial

Ca2+ in the intricated cellular structure of cardiomyocytes, leading to controversial experimental results. In the present project the relationship between Ca2+ dynamics and mitochondrial metabolism was addressed by modelling and simulation approach. Since in cardiomyocytes, Ca2+ increases are highly heterogeneous due to the cell structure, spatial aspects are considered as a main aspect. In fact, the working hypothesis is that the location of mitochondria with respect to Ca2+ channels plays a crucial role in determining the kinetics of Ca2+ changes and metabolism. As a first step, a previous model that properly describes the coupling between Ca2+ signalling and mitochondrial metabolism in a non-excitable cells (Wacquier et al., 2016) was used as a base to develop a new mitochondrial model (MM) able to account for the particular features of mitochondria in cardiac cells. In a second step, a compartmental modelling approach was used to account for the spatial aspects, so a coupled model (CM) was developed with the MM inside a model of a human ventricular myocyte (Grandi, Pasqualini, and Bers, 2010). Finally, the whole new model was used to prove that mitochondrial position has significant effect on Ca2+ dynamics and mitochondrial metabolism through the design of three scenarios corresponding to particular distributions and interactions between mitochondria and other intracellular compartments of the cardiac cell model.

Master thesis

Biological models. Heart cells. Modelos biológicos. Calcio -- Metabolismo -- Trastornos. ADN mitocondrial. QH324.8 .B36 MEDICINA Y CIENCIAS DE LA SALUD CIENCIAS MÉDICAS BIOLOGÍA HUMANA METABOLISMO HUMANO

Diversidad genética de razas mexicanas de maíz de altitudes intermedias

MIRIAM SANCHEZ VEGA (2014)

Tesis (Doctorado en Ciencias, especialista en Producción de Semillas).- Colegio de Postgraduados, 2014.

El maíz es una de las especies cultivadas con mayor diversidad a nivel mundial. México es considerado centro de origen y diversificación. Los patrones de la diversidad de esta especie resultan de la interacción constante de diferentes factores externos e internos, lo que conlleva a generar nueva variabilidad entre las poblaciones o razas, y a establecer un continuo de esta variabilidad dando lugar a diferentes variantes dentro de una misma raza. En este trabajo se caracterizó de manera morfológica y con marcadores moleculares SSR a 88 poblaciones de diez razas mexicanas de maíz (Bofo, Celaya, Coscomatepec, Dulce, Elotes Occidentales, Mushito, Palomero de Jalisco, Serrano de Jalisco, Tablilla de Ocho y Zamorano Amarillo), con la finalidad de examinar y entender las relaciones raciales y la diversidad genética entre y dentro de las poblaciones. Las dos bases de datos de cada análisis (morfológico y molecular) se conjuntaron para hacer un análisis simultáneo y dilucidar de mejor manera las relaciones entre las razas bajo estudio. Con cada análisis fue posible determinar un continuo entre las poblaciones, determinado por aspectos diferentes; en el caso de la caracterización morfológica el continuo se relacionó con aspectos fenotípicos de cada población formando grupos raciales que comparten características morfológicas similares en caracteres poco influenciados por el ambiente. Por otro lado, el continuo apreciado con los marcadores moleculares está relacionado con la ubicación geográfica. La diversidad genética en las razas estudiadas es amplia y confirma interrelaciones raciales por medio de complejos. Las clasificaciones y el estudio de la diversidad estuvo mejor sustentado con el uso simultáneo de caracteres de diferente índole analizados en conjunto. _______________ GENETIC DIVERSITY OF MEXICAN MAIZE RACES FROM INTERMEDIATE ALTITUDES. ABSTRACT: Maize is one of the most diverse cultivated species at the global level. Mexico is considered as the center of origin and one of the centers of diversification of maize. The diversity patterns of this species result from the constant interaction of different external and internal factors, which has led to generate new variability among populations or races, and to establish a continuum of this variability, generating different variants within a race. In this study, 88 populations of ten races of Mexican maize (Bofo, Celaya, Coscomatepec, Dulce, Elotes Occidentales, Mushito, Palomero de Jalisco, Serrano de Jalisco, Tablilla de Ocho and Zamorano Amarillo) were characterized using both morphological and SSR molecular markers with the aim of examining and understanding racial relationships and genetic diversity among and within populations. Databases of each analysis (morphological and molecular) were combined to perform a simultaneous analysis and to elucidate in a more comprehensive racial relationships. From each analysis, it was possible to determine a continuum among the populations, determined by different aspects; in case of the morphological characterization the continuum is related to phenotypic aspects of each population forming racial groups that share similar morphological characteristics, especially with those characters slightly influenced by the environment. On the other hand, the continuum detected with molecular markers, is related to geographic location. Genetic diversity is large, and it confirms racial relationships structured into complexes. Classifications and the study of diversity were better supported through the simultaneous use of characters of different nature analyzed in combination.

Doctoral thesis

Zea mays L. Razas de maíz Caracteres morfológicos Marcadores moleculares Microsatélites Diversidad genética Maize races Morphological characters Molecular markers Microsatellites Genetic diversity Producción de Semillas Doctorado CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA

Genética del paisaje y estructura genética de Anolis nebulosus en un bosque tropical caducifolio del occidente de México

Martha Elena Mejía Maya (2020)

Instituto de Investigaciones sobre los Recursos Naturales. Maestría en Ciencias en Ecología Integrativa

Habitat loss has led populations to decrease their functional connectivity due to increased fragmentation. The Tropical Dry Forest (TDF) has been reported to have suffered a 60% reduction in original vegetation, increasing the local extinction rate for species that are particularly sensitive to rapid urban development, such as small vertebrates. The objective of this study was to determine and evaluate which elements of the landscape, natural or anthropogenic, have an influence on genetic structure and functional connectivity, using Anolis nebulosus as a model in the TDF of Western Mexico. For this, DNA extractions and 9 microsatellite amplification were performed from 147 individuals collected in the field, and estimates of genetic structure and gene flow were made. Then, a landscape analysis was carried out using a multivariate matrix that includes the following layers: land cover type, grade of slope, distance to rivers and roads for the Chamela-Cuixmala Biosphere Reserve area and its surroundings covering an approximate area of 154,842 ha. Two landscape connectivity models were built, one based on graphs and the other on current flows. They were subsequently correlated with genetic data to determine which elements of the landscape are affecting the genetic structure of the populations. Low genetic structure was found among populations, however, the distance to roads, land cover type, the distance to rivers and the geographical distance, had a significant relationship with the genetic structure; the first two limiting gene flow and the rivers promoting it. Likewise, the least cost path was obtained between the different points with ranges from 103 m to 17.9 km.

La pérdida de hábitat ha conducido a las poblaciones naturales de muchos organismos a disminuir su conectividad funcional debido al incremento de la fragmentación por factores naturales y antropogénicos. Se ha reportado que el Bosque Tropical Caducifolio (BTC) en México ha sufrido una reducción del 60% de la cobertura original, aumentando la tasa de extinción local para las especies que son particularmente sensibles al rápido desarrollo urbano, como los vertebrados pequeños. El objetivo de este estudio fue determinar y evaluar qué elementos del paisaje, naturales o antropogénicos, tienen influencia en la estructura genética y en la conectividad funcional, utilizando como modelo Anolis nebulosus (Dactyloidae) en el BTC del Occidente de México. Para ello, se realizaron extracciones de ADN y amplificación de nueve microsatélites de 147 individuos colectados en campo, se hicieron estimaciones de estructura genética y flujo genético. Posteriormente, se realizó un análisis del paisaje utilizando una matriz multivariada que incluye las siguientes capas: tipo de cobertura, grado de pendiente, distancia a ríos y a carreteras para la zona de la Reserva de la Biosfera Chamela-Cuixmala y sus alrededores con un área aproximada de 154,842 ha. Para evaluar la conectividad funcional del paisaje, se construyeron dos modelos, uno bajo un enfoque basado en grafos y el otro en flujos de corriente. Posteriormente, los modelos de conectividad se correlacionaron con los datos genéticos para determinar qué elementos del paisaje están afectando la estructura genética de las poblaciones. Se encontró baja estructura genética entre las poblaciones, sin embargo, la distancia a las carreteras, el tipo de cobertura, la distancia a ríos y la distancia geográfica, tuvieron una relación significativa con la estructura genética; las dos primeras limitando el flujo genético y los ríos promoviéndolo. Asimismo, se obtuvo la ruta de menor costo entre los distintos puntos con rangos de 103 m a 17.9 km.

Master thesis

BIOLOGÍA Y QUÍMICA INIRENA-R-M-2020-0635 Conectividad Fragmentación Microsatélites

Microsatellite loci and paternity analysis in Nubia and Boer goats

Loci de microsatélites y análisis de paternidad en cabras Nubia y Boer

LUISA EUGENIA DEL SOCORRO HERNANDEZ ARTEAGA RUBEN HIPOLITO LOPEZ REVILLA Carlos Cruz-Vázquez (2012)

"Los loci SRCRSP (Small Ruminant Collaborative Research Support Program) son secuencias de microsatélites polimórficos de 100-300 pares de bases de dinucleótidos repetidos que pueden ser amplificados por la reacción en cadena de la polimerasa (PCR). Los alelos de un determinado locus son los productos de PCR de longitud única amplificados con iniciadores específicos. Los loci SRCRSP se han utilizado para identificar individuos, pero no para determinar la paternidad en el ganado caprino. En el presente trabajo se reporta el desarrollo de un método para evaluar la paternidad en caprinos mediante el análisis del polimorfismo de loci SRCRSP en un rebaño de 20 animales, que incluía nueve de raza Nubia y 11 Boer. Se amplificaron 36 alelos: 6 del SRCRSP-1, 5 del SRCRSP-2, 4 del SRCRSP-3, 5 del SRCRSP-4, 5 del SRCRSP-5, 6 del SRCRSP-6 y 5 del SRCRSP-9. Cuatro alelos aparecieron exclusivamente en el grupo Nubia, mientras que sólo ocho en el grupo Boer. El análisis del polimorfismo llegó a 0.995 de certeza en la exclusión correcta del segundo padre. Los loci descritos en este trabajo podrían ser utilizados para controlar la paternidad así como para identificar a los individuos en ganado caprino."

"SRCRSP (Small Ruminant Collaborative Research Support Program) loci are polymorphic 100-300 base pair-long microsatellite sequences of repeated dinucleotides that can be amplified by the polymerase chain reaction (PCR). Alleles of a given locus are the PCR products of unique length amplified with a set of specific primers. SRCRSP loci have been used to identify individuals but not to assess paternity in goats. We have developed a method to assess caprine paternity by polymorphism analysis of SRCRSP loci in a herd of 20 goats from two breeds, nine Nubia and 11 Boer, respectively. Thirty six alleles were amplified: 6 SRCRSP-1; 5 SRCRSP-2; 4 SRCRSP-3; 5 SRCRSP-4; 5 SRCRSP-5; 6 SRCRSP-6 and 5 SRCRSP-9. four alleles appeared only in the Nubia group and eight only in the Boer group. Polymorphism analysis led to a 0.995 certainty for correct exclusion of the second parent. The loci described in this work could be used to control goat paternity as well as to identify individuals."

Article

Cabras Microsatélites Paternidad Alelos SRCRSP CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA CIENCIAS AGRARIAS CIENCIAS VETERINARIAS

Huella genética en el ganado caprino por amplificación de microsatélites

LUISA EUGENIA DEL SOCORRO HERNANDEZ ARTEAGA (2004)

"Un serio problema de la caprinocultura mexicana es el elevado número de animales de escaso valor genético que constituye el hato nacional. Debido a que los sistemas de producción caprina predominantes son la ganadería extensiva y simi-extensiva, la mayoría de los apareamientos se dan en el campo, con escaso o nulo control y sin registro de paternidad. La caprinocultura nacional mejoraría sustancialmente con programas de mejoramiento genético que incrementen la producción y la productividad. Este trabajo pretende iniciar un sistema de pedigri basado en el uso de la huella genética en el ganado caprino para el mejoramiento genético. Utilizando muestras de sangre de 4 sementales, 8 madres y 8 crías de razas Boer y Nubia que conformaron 8 tríos (padre, madre y cría) con registro de monta confiables, estandarizamos un sistema para la identificación de individuos y la determinación de la paternidad basado en la amplificación por PCR de alelos de microsatélites con las parejas de primers SR Caprine Repeat Short Polymorphics (SR CRSP). El sistema nos ha permitido 1) identificar los alelos de microsatélites caprinos en los dos hatos incluidos en el trabajo, 2) confirmar la paternidad de los tríos analizados, y 3) cuantificar la endogamia de la muestra."

"A serious problem of Mexican goat breeding is the high number of animals with scarce genetic value that constitute the national flock. Because predominant goat production systems are extensive and semiextensive cattle raising, most of the matings occur in the field, with scarce or null control and lack of paternity records. Goat breeding would improve substantially with genetic improvement programs to increase production and productivity. This work seeks to start a pedigree system based on the use of genetic fingerprinting in goat livestock that could be used in genetic improvement programs. Using blood samples of 4 stud animals, 8 mothers and 8 kids of Boer and Nubia breeds conforming 8 trios (father, mother and kid) with reliable breeding records, we standardized a system identifying individuals and determining paternity based on PCR amplification of microsatellite alleles with SR Caprine Repeat Short Polymorphics (SR CRSP) primer couple. The system has allowed us 1) to identify goat microsatellite alleles of the flocks included in this work, 2) to confirm the paternity of the trios analyzed, and 3) to quantify the endogamy in the sample."

Master thesis

Raza Boer Raza Nubia Endogamia Identificación individual Paternidad SR CRSP PCR Microsatélites BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA MOLECULAR

Diversidad y estructura genética de poblaciones de hongos patógenos infectando larvas de gallina ciega en Guanajuato, México

MARIA GUADALUPE CARRILLO BENITEZ (2012)

Tesis (Doctorado en Ciencias, especialista en Entomología y Acarología).- Colegio de Postgraduados, 2012.

Los hongos entomopatógenos se encuentran comúnmente en el suelo, por lo que el estudio y determinación de poblaciones nativas de estos microorganismos, previos es importante, previos a la introducción de aislamientos exóticos, es importante. Las larvas de gallina ciega causan daños a cultivos importantes como el maíz en Guanajuato y otras regiones de México. La principal estrategia de manejo de esta plaga es el control químico; sin embargo, su efecto no ha sido suficiente por lo que se requiere de otras alternativas. El control microbiano es una de las estrategias más importantes para plagas de suelo, y especies dentro de los géneros Beauveria y Metarhizium estánson consideradosconsideradas entre los candidatos más prometedores. Esta investigación reporta los resultados de un estudio que se llevó a cabo para encontrar hongos entomopatógenos infectando larvas de gallina ciega en diferentes regiones de Guanajuato, México. Larvas de gallina ciega fueron colectadas, incubadas en el laboratorio y los hongos entomopatógenos encontrados fueron aislados. La infectividad de los aislamientos obtenidos fue confirmada en larvas sanas de la especie Phyllophaga polyphylla. Los aislamientos fueron identificados con métodos morfológicos y moleculares. La estructura y diversidad genética de poblaciones de los aislamientos de B. pseudobassiana se evaluó a través de Microsatélites y la detección de secuencias concensoconsenso repetitivas intragénicas de enterobacterias (secuencias ERIC). Se obtuvieron 17 aislamientos de Beauveria y dos de Metarhizium. Todos los aislamientos infectaron a larvas de P. polyphyilla en diferentes proporciones pero nunca por encima del 50%. Con base de secuencias parciales obtenidas de los genes Factor de Elongación 1-α, región ITS del ARN riobosomal y β-tubulina, todos los aislamientos de Beauveria fueron identificados como Beauveria pseudobassiana y los aislamientos de Metarhizium fueron identificados como M. pingshaense. Se agregaron tres aislamientos de Metarhizium colectados en otrsotras regiones de Guanajuato pero un año antes, y estos fueron identificados como M. pingshaense, M. anisopliae y M. robertsii. Los microsatélites genotipificados mostraron que todos los aislamientos de B. pseudobassiana fueron agrupados en un solo haplotipo. El análisis ERIC confirmó que no hay variación genética entre aislamientos de B. pseudobassiana. Se discute la función ecológica de estos aislamientos y su impacto en poblaciones de larvas de gallinas ciegas. _______________ ABSTRACT: Fungal entomopathogens are commonly found in soil, therefore knowledge of endemic isolates should be considered before any attempt to introduce exotic isolates in a determinated geographical region. White grub larvaei are important pests in Guanajuato and other regions of Mexico as they attack many important crops such as maize. Although chemical control of this insect species is the main strategy applied, its use has not been efficient and other alternatives are needed. Mmicrobial control of soil dwelling pests is an important strategy; the fungal species within the genus Beauveria and Metarhizium are considered amongst the most promising candidates. Here we report the results of a survey carried out to find entomopathogenic fungi infecting white grub larvae in different regions of Guanajuato, Mexico. Healthy larvae were sampled, incubated in laboratory and any fungal pathogen found was isolated. Infectivity of isolates obtained was confirmed in healthy larvae of Phyllophaga polyphylla. Isolates were identified using morphological and molecular methods. The genetic population structure using microsatellites and genetic diversity were assessed using microsatellite markers and ERIC fingerprinting respectively, for the Beauveria isolates. Seventeen Beauveria and two Metarhizium isolates were obtained. All isolates infected healthy larvae of P. polyphyilla in different proportions but never above 50%. Based on Elongation Factor 1 α, ITS and β-tubulin genes sequence information, all Beauveria isolates were identified as Beauveria pseudobassiana and the Metarhizium isolates were identified as M. pingshaense. Three additional Metarhizium isolates obtained in the same region but a year before were identified as M. pingshaense, M. anisopliae and M. robertsii. Microsatellite genotyping showed that all B. pseudobassiana isolates were grouped in one haplotype. ERIC fingerprinting information confirmed no significant variation amongst the B. pseudobassiana isolates. The ecological role of these isolates and their impact on white grub larvae populations is discussed.

Doctoral thesis

Beauveria pseudobassiana Metarhizium anisopliae Metarhizium pingshaense Metarhizium robertsii Taxonomía molecular Microsatélites ERIC Phyllophaga polyphylla Entomología y Acarología Doctorado CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA

Caracterización de colectas de chile de Árbol y Soledad con microsatélites y análisis de la heterosis de sus cruzas.

DIANA GARFIAS SANCHEZ (2015)

Tesis (Maestría en Ciencias, especialista en Genética).- Colegio de Postgraduados, 2015.

Para el mejoramiento genético del chile se requiere información sobre la diversidad y estructura de las poblaciones, así como la relación que guardan entre ellas, para aportar información que permita la conservación de este recurso y para identificar genotipos que puedan aprovecharse en un programa de mejoramiento genético. Por ello, el objetivo de la presente investigación fue analizar la variabilidad genética de poblaciones de chiles de Árbol, “Cola de Rata” y Soledad y explorar la expresión heterótica en caracteres agronómicos y bioquímicos en las cruzas de dichas poblaciones. En primer lugar se hizo el análisis de la diversidad genética de 24 poblaciones de chile de Árbol y 16 poblaciones de chile Soledad, de diferentes regiones, con 19 loci de microsatélites, se determinaron parámetros de diversidad genética, la estructura genética de las poblaciones, la relación entre las poblaciones mediante un ACP y un análisis de conglomerados y se determinó mediante un análisis discriminante las diferencias entre las poblaciones de chile de Árbol y Soledad de las distintas regiones. Posteriormente se hicieron cruzas entre poblaciones de chile de Árbol, Cola de Rata y Soledad y se obtuvieron 12 cruzas, las cuales fueron evaluadas en condiciones de campo abierto en dos experimentos mediante el diseño experimental de bloques completos al azar. Se evaluó la heterosis en rendimiento, caracteres de fruto y planta. En la última parte se cuantificó la concentración de carotenoides, flavonoides y capsaicinoides totales y la medición del color de frutos, tanto en las 12 cruzas intervarietales como en los seis progenitores de los tipos de chile de Árbol, Cola de Rata y Soledad. Los resultados obtenidos del análisis con microsatélites mostraron que las poblaciones de chile de Árbol y Soledad tienen un alto nivel de diversidad genética, debido a su distribución y adaptación a diferentes regiones, que la mayor variación está dentro de las poblaciones y que existen diferencias suficientes tanto entre las poblaciones de chile de Árbol como en las de Soledad, tales que diferenciaron a las poblaciones por la región de origen. En cuanto al análisis de la heterosis las cruzas de la combinación Cola de Rata x Soledad y Árbol x Soledad presentaron un incremento en el rendimiento; algunas de sus cruzas mostraron un rendimiento alto tanto en fruto verde como en seco, debido al uso de dos tipos de chile como progenitores, el tipo Árbol y el Soledad. En el análisis bioquímico las cruzas que presentaron valores significativos de heterosis en la acumulación de capsaicinoides fueron las de chile de Árbol x Soledad y Cola de Rata x Soledad; en algunas de las cruzas de Cola de Rata x Árbol se identificaron cruzas que presentaron un incremento de capsaicinoides en fruto seco. _______________ CHARACTERIZATION OF CHILE DE ARBOL AND SOLEDAD COLLECTIONS AND ANALYSIS OF HETEROSIS OF CROSSBREDS. ABSTRACT: For Chili breeding information on diversity and structure of populations and their relationship to each other to provide information that allows the conservation of this resource and to identify genotypes that can be exploited in a program of genetic improvement is required. Therefore the aim of this research was to analyze the genetic variability of chile de Arbol, Cola de rata and Soledad populations and explore the heterotic expression in agronomic and biochemical characters in crosses of these populations. First analysis of the genetic diversity of 24 populations of chile de Arbol and 16 Soledad populations, from different regions, with 19 microsatellite loci was made, genetic diversity parameters were determined the genetic structure of populations, relationship between the PCA and populations by cluster analysis and discriminant analysis determined by the differences between chile de Arbol and Soledad populations from different regions. Later crosses between populations chile de Arbol, Cola de Rara and Soledad 12 crosses were obtained, were evaluated under field conditions in two experiments on the experimental design of randomized complete block, heterosis was evaluated in performance, characters fruit and plant. In the last part the concentration of carotenoids, flavonoids and total capsaicinoids and fruit color measurement in 12 intervarietal cross and six parents of the types of chile de Arbol, Soledad and Cola de rata were quantified. The results of microsatellite analysis showed that populations of chile de Arbol and Soledad had a high level of genetic diversity, this due to its distribution and adaptation to different regions, which is the highest variation within populations and that there are enough differences between the towns of chile de Arbol as in Soledad such that populations differed by region of origin. For analysis of heterosis in population inter cross crosses the combination of Cola de rata x Soledad and Árbol x Soledad showed an increase in performance, some of its crosses showed high performance in both green fruit and dry, this due the use of two types of chili as parents, the Arbol and Soledad type. Finally in the biochemical analysis crosses that had significant values of heterosis in the accumulation of capsaicinoids they were the chile de Arbol x Soledad and Cola de Rata x Soledad and finally some of the crosses Cola de Rata x Arbol and identified you cross that they presented an increase of capsaicinoids in dry fruit.

Master thesis

Capsicum annuum L. Diversidad genética Microsatélites Heterosis Fitoquímicos Genetic diversity Microsatellites Phytochemicals Genética Maestría CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA CIENCIAS AGRARIAS AGRONOMÍA SEMILLAS