Advanced search


Knowledge area




235 results, page 1 of 10

Complex vertebral malformation: relationship between carrier status and milk yield in three holstein herds in western Mexico

Complejo de malformación vertebral: relación entre animales portadores y la producción de leche en tres hatos de la raza holstein en el occidente de México

THEODOR DUIFHUIS RIVERA MIGUEL ANGEL AYALA VALDOVINOS CLEMENTE LEMUS FLORES JORGE GALINDO GARCIA DAVID ROMAN SANCHEZ CHIPRES (2019)

El complejo de malformación vertebral (CVM) es un síndrome genético autosómico recesivo presente en el ganado Holstein. La enfermedad causa pérdidas económicas directas para los ganaderos debido a los abortos y la muerte de becerros neonatos. El propósito del estudio fue estimar las frecuencias génicas y genotípicas del síndrome CVM en tres hatos de vacas Holstein en el occidente de México y determinar si existe un efecto mejorante entre el genotipo CVM y la producción de leche. Se genotiparon 308 vacas usando la técnica de reacción en cadena de la polimerasa con polimorfismos de longitud de fragmento de restricción (PCR/RFLP, por sus siglas en inglés). Se compararon los genotipos de las vacas y los promedios de producción de leche de primera y segunda lactancia ajustados a 305 días utilizando un modelo estadístico mixto, y se calcularon frecuencias génicas y genotípicas. La frecuencia total del alelo recesivo de CVM fuede 0.06. La producción de leche por lactancia no difirió entre los portadores CVM y las vacas normales. Se concluyó que no hay una relación directa entre la producción de leche y el genotipo de portador de CVM en los hatos mexicanos muestreados

Complex vertebral malformation (CVM) is an autosomal recessive genetic syndrome present in Holstein cattle. The disease results in direct economic losses for cattle ranchers due to abortions and deaths of newborn calves. The purpose of the study was to estimate the allelic and genotypic frequencies of CVM syndrome in three Holstein cow herds in western Mexico and determine whether an improving effect between CVM genotype and milk production exists. A total of 308 cows were genotyped using the polymerase chain reaction–restrictionfragment length polymorphism (PCR/RFLP) assays. The cow’s genotypes and first-and second-lactation total milk yield adjusted to 305 days were compared using a mixed statistical model, and the genotypic frequencies were calculated. The total recessive allele frequency of the CVM was 0.06. Milk production by lactation did not differ between CVM carriers and normal cows. It is concluded that not a direct relationship was found between milk production and CVM carrier status in the Mexican herds sampled.

Article

CVM (Complex Vertebral Malformation) Holstein cattle CMV (Complejo de Malformación Vertebral) Ganado Holstein BIOLOGÍA Y QUÍMICA Dairy production Genetic diseases Molecular markers Population genetics Producción láctea Enfermedades genéticas Marcadores moleculares Genética de poblaciones

Aislamiento de microsatélites y flujo genético en Dosidicus Gigas (D`Orbigny, 1835) entre el Golfo de California y la Costa Occidental de la península de Baja California, México.

MILLÁN MÁRQUEZ ANA MARÍA (2010)

El calamar gigante, Dosidicus gigas (D´Orbigny, 1835) es una especie semioceánica y nerítica endémica del Pacífico Oriental, distribuida desde el norte de California E.U.A (43º N) hasta el sur de Chile (20°S), incluyendo el Golfo de California. Habita aguas desde la superficie hasta 1000 metros de profundad. Particularmente dentro del Golfo de California (México), es considerado uno de los recursos pesqueros más importantes, sin embargo el manejo de la pesquería de éste cefalópodo enfrenta varias dificultades entre las que se encuentran: un corto ciclo de vida, tasa de crecimiento desigual y falta de caracteres morfométricos y/o merísticos debido a la extrema plasticidad morfológica. Con el fin de determinar si existe estructura genética poblacional en D. gigas, se aislaron y caracterizaron 10 microsatélites mediante una librería genómica enriquecida. La mayoría de éstos loci presentaron una baja amplificación y un déficit de heterocigotos atribuido a la alta frecuencia de alelos nulos. Finalmente se usaron cinco loci para determinar la variabilidad intraespecífica en tres localidades dentro del Golfo de California y dos en la costa occidental de la península de California durante diferentes años (2005 y 2008). La prueba de FST pareado dió como resultado que los individuos de D. gigas dentro del Golfo de California y en la costa oeste de la península de Baja California pertenecen a la misma población. No hay relación entre la distancia geográfica y la genética (Prueba de Mantel) y la mayor variabilidad esta relacionada con la temporalidad, apoyada por un análisis de varianza molecular (AMOVA) entre grupos de diferentes años (2005 y 2008).

The jumbo squid, Dosidicus gigas (D´Orbigny, 1835) is a neritic and semioceanic species endemic from the eastern Pacific, ranging from north California, U.S.A (43ºN) to south Chile (40ºS) including the Gulf of California, inhabiting from the surface, down to 1000 meters depth. Particularly in the Gulf of California, is highly exploited where it’s considered one of the most important natural resources of the area. The management of this fishery faces many problems associated with the biology of the species as short life cycle, uneven growth rates and the lack of morphometric and/or meristic characters due to extreme plasticity, makes the studies neither accurate nor consistent. To assess the genetic structure of D. gigas 10 microsatellites were isolated and characterized, through an enriched genomic library. Most of the loci exhibited low amplification yield and heterocigosity deficit due to a high null allele frequency. Finally five loci were used to evaluate the intraspecific variability in tree localities in the Gulf and two in the west coast of the peninsula of California, from different years (2005 and 2008). FST paired test points that D.gigas in the sampled area is conformed by a single population, and there is no relationship between the geographic and genetic distance (Mantel test), the highest variability is temporal as indicated by the AMOVA between groups of different years.

Master thesis

Dosidicus Gigas, genética poblacional, microsatélites Dosidicus Gigas, population genetics, microsatellites BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA GENÉTICA GENÉTICA DE POBLACIONES

Estudio genético poblacional de Macrobrachium americanum, en los sitios: Oasis San Pedro de la Presa, Baja California Sur y el Río Coyuca, Guerrero

ANDRES RASO RAMIREZ (2019)

"Este trabajo representa el primer estudio genético poblacional del langostino de río, Macrobrachium americanum en Baja California Sur (Oasis San Pedro de la Presa, La Paz, B.C.S.), y en el Rio Coyuca, Guerrero (Coyuca de Benítez, Gro.), utilizando marcadores moleculares tipo mitocondrial especie-específicos. Dado que M. americanum es un importante recurso en la pesquería artesanal de BCS y Guerrero, existe interés por preservar el recurso langostino y generar biotecnología de cultivo, por lo que, el conocimiento genético poblacional representaría un valioso instrumento de manejo y regulación; sin embargo, la información sobre los diversos procesos genéticos de este organismo es limitada y no hay estudios genéticos poblacionales de la especie M. americanum. Considerando las características de historia de vida del recurso, así como la gran la complejidad geográfica y diferentes ambientes en las zonas de distribución, en este trabajo se planteó la hipótesis de que M. americanum presenta diferencias genéticas (en términos de diversidad y estructura) entre áreas geográficas. Se planteó como objetivo principal realizar un estudio genético poblacional evaluando la variación y estructura genética en dos sitios con características ambientales diferentes, mediante marcadores mitocondriales específicos de la especie, para lo cual se utilizaron primers para tres genes mitocondriales (16S rADN, COI ADNmt y Región Control). Se obtuvieron organismos del langostino de rio mediante colectores artesanales, bajo un track de investigación. Los parámetros estimados para evaluar los niveles de variación genética fueron: número de haplotipos (h), diversidad haplotípica (Hd) y diversidad nucleotídica (π).La estructura genética se determinó mediante el cálculo del índice de fijación φst de Weir y Cockerham(análogo al índice Fst de Wright) y el análisis de varianza molecular (AMOVA). Para inferir los procesos demográficos que han operado en las poblaciones de esta especie, se realizó un análisis de distribución Mismatch. Los resultados indicaron que la diversidad genética se encontró dentro del rango observado para otras especies de crustáceos decápodos y en otras especies del genero Macrobrachium, presentando valores altos (Hd = 0.99; π = 0.011)..."

"This work is the first population genetic study on the river prawn, Macrobrachium americanum in Baja California Sur (Oasis San Pedro de la Presa, La Paz, BCS), and in Coyuca River, Guerrero (Coyuca de Benítez, Gro.) with mitochondrial species-specific molecular markers type. M. americanum is an important product catched with artisanal fisheries in BCS and Guerrero, so it needs to be preserved and culture technology must be produced. Among required studies, those of population genetic are a valuable instrument for population management. However, information in this topic is scarce. Considering the the life history of this prawn as well as its geographical complexity and different environments in which they live, this work hypothesized that M. americanum have genetic differences (in terms of diversity and structure) in populations from different geographic areas. Prawns were obtained from fishermen in every spot. The main goal was to evaluate genetic variations in the structure of the population of two different places with different environmental features, using specific mitochondrial markers of the species. For this purpose, primers were used for three mitochondrial genes (16S mtDNA, COI mtDNA and Region Control). The parameters used to evaluate genetic variations were: Number of haplotypes (h), Haplotypic diversity (Hd) and Nucleotide diversity (π). The genetic structure was determined by calculating the fixation index φst of Weir and Cockerham (analogous to the Fst index of Wright) and the analysis of molecular variance (AMOVA). In order to deduce the demographic processes that had conducted in the populations of this species, a Mismatch distribution analysis was performed. Results indicated similar genetic diversity in comparison with that observed for other Decapoda and in other Macrobrachium prawns, having high values (Hd = 0.99; π = 0.011). The genetic diversity observed in some spots of the two selected places suggest that they are potential places for conservation and design of future genetic management plans for this prawns, as well as for the development of culture biotechnologies. The values of genetic differentiation (φst) were low and significant (φst = 0.006 - 0.2), and the results of the AMOVA analysis did not indicate two or more genetically different populations..."

Master thesis

Macrobrachium americanum, langostino de río, ADN mitocondrial, genética poblacional river prawn, mitochondrial DNA, population genetics BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA ANIMAL (ZOOLOGÍA) GENÉTICA ANIMAL GENÉTICA ANIMAL

Extreme genetic divergence in the endemic fish Chirostoma humboldtianum: implications for its conservation

Divergencia genética extrema en el pez endémico Chirostoma humboldtianum: implicaciones para su conservación

ROSA MARIA GARCIA MARTINEZ HECTOR OMAR MEJIA GUERRERO FRANCISCO JAVIER GARCIA DE LEON IRENE DE LOS ANGELES BARRIGA SOSA (2015)

"Chirostoma humboltianum is an endemic species widely distributed in isolated basins of Central México. However, habitat alteration had reduced the range of distribution and led to the local extinction of the species in some basins. During the Miocene these basins were connected, allowing dispersal and colonization of new hydrological systems. Later on, tectonic, volcanic and climatic events of the Plio-Pleistocene promoted continuous periods of isolation and reconnection allowing the species evolve through continuous cycles of expansion and contraction of its distribution. Therefore it is expected that these events have left signals in the geographical distribution and genetic diversity and divergence of existing populations. Although the analysis of genetic diversity and genetic structure in the population becomes an important factor for the conservation of a species, few studies have been made in this taxon. In this study we used a 341pb segment of the domain I of the hypervariable region of the mitochondrial control region to analyze the genetic diversity and their distribution in 20 individuals of each one of six lakes located in central México. The values of haplotypic (0 - 0.938) and nucleotide (0 - 0.0352) diversity suggested continuous periods of expansion and population contraction related with the formation of the lakes during the Pleistocene which is supported by the BSP and mismatch analysis, and recent anthropogenic factors. In addition, the large number of exclusive haplotypes (66%) and the highly significant genetic differentiation among populations suggests that each one of the population must be conserved because each one is an important component in the evolutionary legacy of the species. "

"Chirostoma humboltianum es una especie endémica ampliamente distribuida en cuencas aisladas del Centro de México. Sin embargo, la alteración del hábitat ha reducido drásticamente el área de distribución y llevado a la extinción local de la especie en algunas cuencas. Durante el Mioceno estas cuencas estuvieron conectadas, permitiendo la colonización y dispersión en nuevos sistemas hidrológicos. Posteriormente, los eventos tectónicos, volcánicos y climáticos del Plio-Pleistoceno promovieron continuos periodos de aislamiento y reconexión, permitiendo que la especie evolucionara a través de ciclos de expansión y contracción de su distribución. Por lo tanto, se espera que estos eventos hayan dejado huella en la distribución geográfica y diversidad genética de las poblaciones existentes. Si bien, el análisis de la diversidad genética en una población llega a ser un factor importante para la conservación de una especie, pocos estudios han sido realizados en este taxón. En este trabajo usamos un segmento de 341pb del dominio I hipervariable de la región control mitocondrial, para analizar la diversidad genética y su distribución para 20 individuos de cada uno de los seis lagos localizados en la región central de México. Los valores de diversidad haplotípica (0-0.938) y nucleotídica (0-0.0352) sugieren continuos periodos de expansión y contracción poblacional relacionado con la formación de los lagos en el Pleistoceno lo cual es soportado por los análisis BSP y mismatch; y de factores antropogénicos recientes. En adición, la gran cantidad de haplotipos exclusivos (66%) y la alta diferenciación genética significativa entre las poblaciones, sugiere que cada una de las poblaciones debe de ser conservada porque cada una es un componente importante en el legado evolutivo de la especie."

Article

Chirostoma humboldtinaum, control region, genetic diversity, population genetics diversidad genética, genética poblacional, región control BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA ANIMAL (ZOOLOGÍA) GENÉTICA ANIMAL GENÉTICA ANIMAL

Genetic structure of populations of Anastrepha ludens (Diptera: Tephritidae) in Mexico

Mayra Carolina Molina Nery Lorena Ruiz Montoya Cristina Silvia Zepeda Cisneros Pablo Liedo (2014)

Resumen en español: "La amplia distribución de Anastrepha ludens (Loew) (Diptera: Tephritidae) en México y el uso de diferentes plantas hospederas taxonómicamente no relacionadas sugiere que esta es una especie con alto potencial evolutivo y representa una plaga de alto riesgo. Se investigó la diversidad y estructura genética de poblaciones de Anastrepha ludens en siete estados de la República Mexicana (Chiapas, Yucatán, Morelos, Veracruz, San Luis Potosí, Tamaulipas y Durango). Las moscas se colectaron como larvas dentro de frutos de cítricos en cada estado, y se enviaron como pupas al Laboratorio de Sexado Genético de la planta “Moscafrut” en Metapa, Chiapas, en donde emergieron los adultos y se analizaron genéticamente. La diversidad genética de las poblaciones se estimó con base en la heterocigosidad observada y esperada, se obtuvo el número promedio de alelos y el polimorfismo, con base en las frecuencias alélicas y genotípicas de seis loci enzimáticos revelados en acetatos de celulosa. La heterocigosidad esperada (He) fue de 0.199 a 0.330, y el porcentaje de loci polimórficos (P) fue entre 50 y 67%. Se encontró un alto coeficiente de endogamia (Fis= 0.393, Fit = 0.456) y una diferenciación genética moderada entre poblaciones (Fis = 0.393, Fit = 0.456). La correlación entre la altitud y He fue negativa. Concluimos que las poblaciones de A. ludens son genéticamente diversas y con nivel de diferenciación moderado. La estructura genética no pudo ser atribuida a la distancia geográfica entre poblaciones. Probablemente, la diferenciación pueda ser resultado de la selección asociada al proceso de colonización. La deriva genetica y las prácticas de manejo posiblemente han contribuido a esta diferenciación en menor grado. "

Resumen en inglés: "The wide geographic range of Anastrepha ludens (Loew) (Diptera: Tephritidae) in Mexico and its ability to use various taxonomically unrelated host plant species suggests that this species has considerable evolutionary potential and represents a high risk pest. The genetic diversity and structure of A. ludens populations from 7 Mexican states (Chiapas, Yucatán, Morelos, Veracruz, San Luis Potosí, Tamaulipas and Durango) were investigated. Flies were collected as larvae from infested citrus fruits in each state, and sent as pupae to the Genetic Sexing Laboratory at the “Moscafrut ” facility in Metapa, Chiapas, where adults emerged and were used in isoenzymatic analysis. Genetic diversity was estimated based on expected and observed heterozygosity, mean number of alleles and polymorphism obtained from allelic and genotypic frequencies of 6 enzyme loci revealed in cellulose acetate. Expected heterozygosity (He) ranged from 0.199 to 0.330, and percentage of polymorphic loci (P) was between 50 and 67%. We found a high level of inbreeding (Fis = 0.393, Fit = 0.456) and moderate genetic differentiation among populations (Fst = 0.105). A negative correlation was found between elevation and He. We conclude that A. ludens populations are genetically diverse with moderate levels of differentiation. Genetic structure could not be attributed to the geographic distance among populations. Differentiation could be the result of natural selection associated with the colonization process. Genetic drift and pest management practices may have contributed to this differentiation to a lesser extent. "

Article

Moscas de la fruta;Variación genética;Genética de población;Citrus aurantium;Naranjas;Citrus paradisi Fruit flies;Genetic variation;Population genetics;Citrus aurantium;Oranges;Grapefruit BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA CIENCIAS DE LA VIDA

Forward genetics by sequencing EMS variation induced inbred lines

Charles Addo-Quaye (2017)

In order to leverage novel sequencing techniques for cloning genes in eukaryotic organisms with complex genomes, the false positive rate of variant discovery must be controlled for by experimental design and informatics. We sequenced five lines from three pedigrees of EMS mutagenized Sorghum bicolor, including a pedigree segregating a recessive dwarf mutant. Comparing the sequences of the lines, we were able to identify and eliminate error prone positions. One genomic region contained EMS mutant alleles in dwarfs that were homozygous reference sequence in wild-type siblings and heterozygous in segregating families. This region contained a single non-synonymous change that cosegregated with dwarfism in a validation population and caused a premature stop codon in the sorghum ortholog encoding the gibberellic acid biosynthetic enzyme ent-kaurene oxidase. Application of exogenous gibberellic acid rescued the mutant phenotype. Our method for mapping did not require outcrossing and introduced no segregation variance. This enables work when line crossing is complicated by life history, permitting gene discovery outside of genetic models. This inverts the historical approach of first using recombination to define a locus and then sequencing genes. Our formally identical approach first sequences all the genes and then seeks co-segregation with the trait. Mutagenized lines lacking obvious phenotypic alterations are available for an extension of this approach: mapping with a known marker set in a line that is phenotypically identical to starting material for EMS mutant generation.

Article

CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA Maize Inbred lines Genetics