A simple extension to the CMASA method for the prediction of catalytic residues in the presence of single point mutations

David Israel Flores Granados (2014, [Artículo])

The automatic identification of catalytic residues still remains an important challenge in structural bioinformatics. Sequence-based methods are good alternatives when the query shares a high percentage of identity with a well-annotated enzyme. However, when the homology is not apparent, which occurs with many structures from the structural genome initiative, structural information should be exploited. A local structural comparison is preferred to a global structural comparison when predicting functional residues. CMASA is a recently proposed method for predicting catalytic residues based on a local structure comparison. The method achieves high accuracy and a high value for the Matthews correlation coefficient. However, point substitutions or a lack of relevant data strongly affect the performance of the method. In the present study, we propose a simple extension to the CMASA method to overcome this difficulty. Extensive computational experiments are shown as proof of concept instances, as well as for a few real cases. The results show that the extension performs well when the catalytic site contains mutated residues or when some residues are missing. The proposed modification could correctly predict the catalytic residues of a mutant thymidylate synthase, 1EVF. It also successfully predicted the catalytic residues for 3HRC despite the lack of information for a relevant side chain atom in the PDB file. © 2014 Flores et al.

1UU9 protein, 3HRC protein, protein, thymidylate synthase, unclassified drug, protein kinase, thymidylate synthase, accuracy, algorithm, Article, CMASA, CMASA Substitution Matrix, Contact Matrix Average Deviation, controlled study, correlation coeffi CIENCIAS FÍSICO MATEMÁTICAS Y CIENCIAS DE LA TIERRA MATEMÁTICAS ANÁLISIS NUMÉRICO ANÁLISIS NUMÉRICO

Suministro de agua potable en México: ni equidad ni eficiencia

JOSE LUIS MONTESILLO CEDILLO (2006, [Documento de trabajo])

Este artículo presenta un análisis económico de las tarifas de agua potable para uso doméstico en el ámbito estatal de México. Se aclara la diferencia existente entre los conceptos “servicio estratégico y de seguridad nacional” y “bien propiedad de la nación”. De igual manera, se plantean y estiman modelos econométricos con la finalidad de escrutar el grado de eficiencia de las tarifas del servicio de agua potable para uso doméstico, así como para ver, de manera nítida, el nivel de equidad de dicho servicio, en el entendido de que la eficiencia se refiere a lo que es y la equidad a lo que se desea. La principal conclusión, con base en información correspondiente al año 2000, es que las tarifas por el servicio bajo estudio no son equitativas ni eficientes. Finalmente, se hace una propuesta de tarifación.

Abastecimiento de agua Eficiencia Tarifas Análisis económico CIENCIAS SOCIALES

Análisis numérico del clima interior en un invernadero de tres naves con ventilación mecánica

JORGE FLORES VELAZQUEZ ENRIQUE MEJIA SAENZ ABRAHAM ROJANO AGUILAR (2011, [Artículo])

Uno de los principales problemas que enfrenta la agricultura en invernaderos, sobre todo en regiones de clima cálido, es moderar y controlar los problemas derivados del incremento de temperatura que ocurre en marcados periodos del año, ya que reducen la calidad y cantidad de la cosecha. Un método efectivo para el control del clima es la ventilación (natural o forzada) y aunque la ventilación forzada sea más predecible que la natural, su descripción es compleja y una simplificación obliga un mayor conocimiento del proceso. El objetivo de este trabajo fue validar y aplicar un modelo numérico basado en la dinámica de fluidos computacional (CFD) para el análisis climático de un invernadero cenital de tres naves sin cultivo y con ventilación forzada.

Invernaderos Análisis numérico Clima INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA

Natural disasters and economic growth: a synthesis of empirical evidence

Fernando Antonio Ignacio González (2023, [Artículo, Artículo])

Natural disasters pose a serious threat globally and, in the future, their frequency and severity are expected to increase due to climate change. Empirical evidence has reported conflicting results in terms of the impact of disasters on economic growth. In this context, the present work seeks to synthesize the recent empirical evidence related to this topic. More than 650 estimates, from studies published in the last five years (2015-2020), are used. Meta-analysis and meta-regression techniques are employed. The review includes three sources (Scopus, Science Direct, and Google Scholar). The results identified the existence of a negative and significant combined effect (-0.015). Developing countries are especially vulnerable to disasters. The negative impact is greater for disasters that occurred in the last decade -in relation to previous disasters-. These findings constitute a call for attention in favor of mitigation and adaptation policies.

Disasters GDP meta-analysis meta-regression desastres crecimiento PIB meta-análisis meta-regresión CIENCIAS SOCIALES CIENCIAS SOCIALES

La diversidad funcional en el calichal yucateco: una estrategia que permite entender su riqueza desde una perspectiva ecológica

Mayte Aguilar RODRIGO STEFANO DUNO DIEGO FRANCISCO ANGULO PEREZ (2022, [Artículo])

La huella ecológica y el impacto de las acciones humanas han afectado gravemente los ecosistemas y estamos lejos de entender la complejidad que contienen, así como el papel de las especies que los integran. Este ensayo ilustra la diversidad funcional como una estrategia crítica a los estudios de biodiversidad, ya que nos permite entender la riqueza desde una perspectiva ecológica y evolutiva. Es urgente conocer nuestros ecosistemas para establecer estrategias de conservación eficaces, y la diversidad funcional representa una herramienta útil para lograr dicho objetivo.

ADAPTACION ECOLOGICA COMUNIDAD FILTROS AMBIENTALES RASGOS FUNCIONALES MEXICO YUCATAN BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA VEGETAL (BOTÁNICA) ECOLOGÍA VEGETAL ECOLOGÍA VEGETAL

Modelos ARX para predecir la temperatura del aire de un invernadero: una metodología

ARX models for predicting greenhouse air temperature: a methodology

Irineo López-Cruz ABRAHAM ROJANO AGUILAR WALDO OJEDA BUSTAMANTE RAQUEL SALAZAR MORENO (2007, [Artículo])

Se presenta un procedimiento para obtener un modelo dinámico lineal de autoregresión con variables exógenas (ARX) para predecir el comportamiento de la temperatura del aire en el interior de un invernadero. Los ARX son modelos matemáticos dinámicos derivados de la teoría de Identificación de Sistemas. Las variables de entrada del modelo fueron temperatura del aire, radiación solar, velocidad del viento afectando el área de ventilación del invernadero y humedad relativa, cuantificadas en una estación meteorológica ubicada a 700 m de un invernadero en Chapingo, Estado de México.

A procedure is presented for obtaining a dynamic linear model of auto-regression with exogenous variables (ARX) for predicting the behaviour of the air temperature inside a greenhouse. The ARX are dynamic mathematical models derived from the theory of Systems Identification. The input variables of the model were air temperature, solar radiation, wind velocity affecting the ventilation area of the greenhouse and relative humidity, quantified in a meteorological station located 700 m from a greenhouse in Chapingo, State of México.

Invernaderos Temperatura ambiental Modelos ARX INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA

Las presas y el hombre

GUSTAVO ADOLFO PAZ SOLDAN CORDOVA HUMBERTO JUAN FRANCISCO MARENGO MOGOLLON Arreguin Felipe (2005, [Libro])

Tabla de contenido: Inauguración -- Usos de las presas -- Red de laboratorios de hidráulica en México -- Docencia, investigación y desarrollo tecnológico en México -- Consideraciones sociales -- Equipamiento electromecánico -- Tendencias en el diseño de presas -- Impactos y beneficios ambientales -- Construcción de presas -- Operación, mantenimiento y seguridad de presas -- Presentación de casos -- Financiamiento de las presas -- Conclusiones y clausura.

El libro compendia las ponencias presentadas en el Foro Internacional Las Presas y el Hombre, celebrado en Nayarit en 2005.

Inauguración -- Usos de las presas -- Red de laboratorios de hidráulica en México -- Docencia, investigación y desarrollo tecnológico en México -- Consideraciones sociales -- Equipamiento electromecánico -- Tendencias en el diseño de presas -- Impactos y beneficios ambientales -- Construcción de presas -- Operación, mantenimiento y seguridad de presas -- Presentación de casos -- Financiamiento de las presas -- Conclusiones y clausura.

Presas Docencia Investigación Impactos ambientales Operación y mantenimiento Financiamiento del capital Impactos sociales INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA

Postularse como punto nacional de contacto sectorial en el área prioritaria de medio ambiente y cambio climático

CARLOS PATIÑO GOMEZ (2012, [Documento de trabajo])

Como punto nacional de contacto sectorial en medio ambiente y cambio climático, el IMTA realizó el mapeo de expertos, instituciones y empresas que trabajan con los temas de medio ambiente y cambio climático en México, con el objetivo de generar mecanismos de promoción y difusión para fortalecer la internacionalización de las instituciones científicas y tecnológicas mexicanas y generar proyectos de alto valor agregado con un efecto positivo sobre la competitividad, el crecimiento y el empleo en la economía nacional. Uno de los principales logros de este proyecto deriva en el potencial para promover la vinculación de científicos y expertos nacionales en proyectos de cooperación internacional mediante el acceso a información relevante sobre expertos e instituciones con la finalidad de identificar y localizar la capacidad de las instituciones mexicanas en el tema de medio ambiente y cambio climático, a través de una aplicación web amigable y de fácil uso para los usuarios.

Cambio climático Contaminación ambiental Efecto invernadero Prevención y mitigación Programas gubernamentales Informes de proyectos CIENCIAS FÍSICO MATEMÁTICAS Y CIENCIAS DE LA TIERRA

Indicadores de sustentabilidad hídrica

FRANCISCO JAVIER APARICIO MIJARES ALBERTO GUITRON DE LOS REYES (2011, [Documento de trabajo])

El objetivo del proyecto fue integrar un conjunto de indicadores sobre los aspectos hidrológicos, ambientales, socioeconómicos y políticos que reflejen la sustentabilidad de las 19 subcuencas que componen la cuenca Lerma-Chapala.

Indicadores ambientales Indicadores sociales Cuencas Informes de proyectos Cuenca Lerma-Chapala INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA

Evaluación del impacto del cambio climático en la productividad de la agricultura de riego y temporal del estado de Sinaloa

WALDO OJEDA BUSTAMANTE (2010, [Documento de trabajo])

El documento se centra en tres temas: el impacto del cambio climático en la fisiología de los principales cultivos establecidos en el estado de Sinaloa, descripción de los paquetes tecnológicos de los cultivos y su ajuste por impacto del cambio climático, y las acciones de adaptación de la agricultura de Sinaloa al cambio climático. Los resultados obtenidos y la información generada permitirán apoyar a los tomadores de decisiones relacionados con las actividades agrícolas, a considerar los posibles impactos y realizar los ajustes necesarios en las políticas estatales y municipales para responder con congruencia ante las amenazas y oportunidades que resultan del impacto del cambio climático en el sector agrícola Sinaloense.

Agricultura de riego Agricultura de temporal Cambio climático Impacto ambiental Prevención y mitigación Informes de proyectos CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA