A simple extension to the CMASA method for the prediction of catalytic residues in the presence of single point mutations

David Israel Flores Granados (2014, [Artículo])

The automatic identification of catalytic residues still remains an important challenge in structural bioinformatics. Sequence-based methods are good alternatives when the query shares a high percentage of identity with a well-annotated enzyme. However, when the homology is not apparent, which occurs with many structures from the structural genome initiative, structural information should be exploited. A local structural comparison is preferred to a global structural comparison when predicting functional residues. CMASA is a recently proposed method for predicting catalytic residues based on a local structure comparison. The method achieves high accuracy and a high value for the Matthews correlation coefficient. However, point substitutions or a lack of relevant data strongly affect the performance of the method. In the present study, we propose a simple extension to the CMASA method to overcome this difficulty. Extensive computational experiments are shown as proof of concept instances, as well as for a few real cases. The results show that the extension performs well when the catalytic site contains mutated residues or when some residues are missing. The proposed modification could correctly predict the catalytic residues of a mutant thymidylate synthase, 1EVF. It also successfully predicted the catalytic residues for 3HRC despite the lack of information for a relevant side chain atom in the PDB file. © 2014 Flores et al.

1UU9 protein, 3HRC protein, protein, thymidylate synthase, unclassified drug, protein kinase, thymidylate synthase, accuracy, algorithm, Article, CMASA, CMASA Substitution Matrix, Contact Matrix Average Deviation, controlled study, correlation coeffi CIENCIAS FÍSICO MATEMÁTICAS Y CIENCIAS DE LA TIERRA MATEMÁTICAS ANÁLISIS NUMÉRICO ANÁLISIS NUMÉRICO

Suministro de agua potable en México: ni equidad ni eficiencia

JOSE LUIS MONTESILLO CEDILLO (2006, [Documento de trabajo])

Este artículo presenta un análisis económico de las tarifas de agua potable para uso doméstico en el ámbito estatal de México. Se aclara la diferencia existente entre los conceptos “servicio estratégico y de seguridad nacional” y “bien propiedad de la nación”. De igual manera, se plantean y estiman modelos econométricos con la finalidad de escrutar el grado de eficiencia de las tarifas del servicio de agua potable para uso doméstico, así como para ver, de manera nítida, el nivel de equidad de dicho servicio, en el entendido de que la eficiencia se refiere a lo que es y la equidad a lo que se desea. La principal conclusión, con base en información correspondiente al año 2000, es que las tarifas por el servicio bajo estudio no son equitativas ni eficientes. Finalmente, se hace una propuesta de tarifación.

Abastecimiento de agua Eficiencia Tarifas Análisis económico CIENCIAS SOCIALES

Análisis numérico del clima interior en un invernadero de tres naves con ventilación mecánica

JORGE FLORES VELAZQUEZ ENRIQUE MEJIA SAENZ ABRAHAM ROJANO AGUILAR (2011, [Artículo])

Uno de los principales problemas que enfrenta la agricultura en invernaderos, sobre todo en regiones de clima cálido, es moderar y controlar los problemas derivados del incremento de temperatura que ocurre en marcados periodos del año, ya que reducen la calidad y cantidad de la cosecha. Un método efectivo para el control del clima es la ventilación (natural o forzada) y aunque la ventilación forzada sea más predecible que la natural, su descripción es compleja y una simplificación obliga un mayor conocimiento del proceso. El objetivo de este trabajo fue validar y aplicar un modelo numérico basado en la dinámica de fluidos computacional (CFD) para el análisis climático de un invernadero cenital de tres naves sin cultivo y con ventilación forzada.

Invernaderos Análisis numérico Clima INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA

Presión hidrodinámica en tanques de almacenamiento producida por aceleración horizontal

ALDO IVAN RAMIREZ OROZCO (1996, [Artículo])

Almacenar agua en forma segura, a la vez que se le proporciona cierta carga, son actividades indispensables para el desarrollo de un grupo de individuos. En este trabajo se presenta una solución simplificada, basada en los estudios de G. W. Housner, para obtener expresiones explícitas destinadas a la distribución de presiones y a las fuerzas de presión total, producidas por aceleración horizontal y ejercidas sobre las paredes y el fondo de tanques superficiales, tanto rectangulares como cilíndricos (doblemente simétricos). Se muestra, además, una metodología para el análisis hidrodinámico de tanques de almacenamiento elevados. Las expresiones obtenidas, de fácil aplicación, son particularmente importantes para los ingenieros civiles interesados en el análisis hidrodinámico de tanques de almacenamiento sujetos a aceleraciones horizontales, principalmente para el pre-dimensionamiento de este tipo de estructuras.

Presión hidrodinámica Tanques de almacenamiento Análisis sísmico INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA

Estimación multivariada espacio-tiempo de la carga hidráulica en el valle de Querétaro-Obrajuelo

EDGAR YURI MENDOZA CAZARES GRACIELA DEL SOCORRO HERRERA ZAMARRON (2007, [Artículo])

En el presente trabajo se utilizó un método de estimación multivariada espacio-temporal, considerando la carga hidráulica en diferentes años como variables diferentes, pero correlacionadas temporalmente. Este tipo de método permite aumentar la información utilizada en la estimación de la carga hidráulica para cada año. El método se aplicó para estimar la carga hidráulica en tres años diferentes en el acuífero del valle de Querétaro-Obrajuelo, México, obteniéndose buenos resultados en la validación cruzada y en el sentido de que al utilizar la información de los tres años conjuntamente se pueden observar claramente características de las configuraciones de las cargas que no se obtienen cuando únicamente se utilizan los datos del año estimado.

Análisis multivariado Carga hidráulica Geoestadística Querétaro CIENCIAS FÍSICO MATEMÁTICAS Y CIENCIAS DE LA TIERRA

Nuevo método de diseño sísmico para cortinas de tierra y enrocamiento, y de taludes

EDUARDO BOTERO JARAMILLO JOSE RAUL FLORES BERRONES (2011, [Artículo])

Se presenta una descripción de algunos de los métodos bidimensionales tradicionales que se utilizan en la ingeniería práctica y de un nuevo método de análisis bidimensional para el diseño y la evaluación de la estabilidad de estructuras térreas, incluyendo cortinas de tierra y enrocamiento. Los métodos tratados en este artículo se enfocan al análisis de cortinas y taludes de mediana altura, que componen el vaso del embalse en regiones en las cuales el riesgo sísmico es intermedio y que no ameritan análisis en tres dimensiones por la geometría de la boquilla (en el caso de las cortinas), las características geológicas y la cercanía de sitios poblados.

Cortinas de tierra y enrocamiento Análisis sísmico Estabilidad de laderas INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA

Análisis probabilístico univariado de datos hidrológicos

DANIEL FRANCISCO CAMPOS ARANDA (2006, [Libro])

El objetivo general de este trabajo consiste en presentar de manera concisa las diversas técnicas del análisis probabilístico de datos hidrológicos de carácter univariado, exponiendo sus algoritmos o procedimientos con sus ecuaciones respectivas, así como sus aplicaciones numéricas relevantes, basadas en datos reales, los cuales también se exponen. Aunque su enfoque general es el de un manual, los temas expuestos incluyen sus planteamientos y bases teóricas; además se citan diversos temas o procedimientos complementarios, para los cuales se indica su bibliografía de referencia.

Estadísticas hidrológicas Recolección de datos Análisis probabilístico CIENCIAS FÍSICO MATEMÁTICAS Y CIENCIAS DE LA TIERRA

Cálculo de la dispersión longitudinal en corrientes

LUIS FRANCISCO LEON VIZCAINO (1990, [Artículo])

En años recientes, ante el aumento de los problemas por contaminación, se ha despertado un interés creciente dentro de la comunidad hidráulica por analizar y predecir la evolución de los contaminantes que son descargados en los cuerpos de agua. Las soluciones numéricas para resolver la ecuación de convección-difusión son numerosas y a veces demasiado refinadas, con el intento de eliminar comportamientos oscilatorios. Es bien conocido que la práctica común de separar efectos en la solución y en los análisis de estabilidad, no es siempre la mejor forma de resolver los problemas de dispersión. Este trabajo es una aportación en el campo del cálculo numérico de la difusión en ríos, específicamente en la solución de la ecuación de dispersión longitudinal en procesos sujetos a convección-difusión. Dicha ecuación se presenta en su forma unidimensional y se resuelve con esquemas explícitos de diferencias finitas. Se presentan los resultados de un nuevo método de estabilidad, dando los rangos de los números de Courant y Péclét que garantizan la solución numérica con esquemas explícitos. Por último, se comparan los resultados de los esquemas con soluciones analíticas y datos de laboratorio y se comprueba su exactitud. De esta manera, se obtienen métodos sencillos y estables para el cálculo de la dispersión.

Dispersión longitudinal Solución analítica INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA

Variación espacio-temporal del ensamblaje de peces criptobentónicos y conspicuos en dos áreas naturales protegidas, Bahía de los Ángeles y Huatulco

Spatial and temporal variation of the assemblage of cryptobenthic and conspicuous reef fish in two protected natural areas, Bahía delos Ángeles and Huatulco

Rodrigo Daniel Chiriboga Ortega (2023, [Tesis de maestría])

Los peces arrecifales desempeñan roles ecológicos muy importantes manteniendo la salud de los arrecifes siendo limpiadores, recicladores de materia orgánica y además fuente de alimento entre eslabones de la cadena trófica. El presente trabajo busca describir el ensamblaje de peces arrecifales crípticos y conspicuos, y evaluar los patrones espaciales y temporales del ensamblaje de peces arrecifales en Bahía de Los Ángeles, Baja California (BLA) y el Parque Nacional Huatulco (PNH), Oaxaca. Utilizamos dos métodos de muestreo censos visuales y estaciones cerradas. Para evaluar a los peces conspicuos, se realizaron censos visuales empleando transectos de banda de 20x4 m. Para cuantificar la biodiversidad de peces crípticos, se realizaron estaciones cerradas (0.4 m2 ) en donde se utilizó aceite de clavo como anestésico para recolectar los peces arrecifales criptobentónicos (PACr). Las dos metodologías se realizaron en dos gradientes de profundidad (somero; < 5 m y profundo; > 5 m) y en dos estaciones (cálida y fría). Se realizaron curvas de acumulación de especies y un análisis del número efectivo de especies para describir la riqueza y diversidad de cada zona de estudio. Finalmente, para determinar patrones espacio temporales se realizaron análisis nMDS, PERMANOVAS y SIMPER. La riqueza total fue de 43 especies para BLA y 62 para el PNH representando el 80% y 79% del promedio de los estimadores no paramétricos respectivamente. Se aumentó el número de especies registradas a 94 para BLA y 209 para el PNH utilizando las estaciones cerradas. Se observaron diferencias significativas entre estaciones y profundidad en el ensamblaje de PACs de BLA, pero no para los PACr. En el PNH se observaron diferencias significativas para la riqueza y abundancia de los PACr y variación temporal de la biomasa de los PACs. En conclusión se demostró que el uso de métodos de muestreo complementarios mejora la calidad de los inventarios de especies y permite detectar variaciones espacio temporales en la estructura de la comunidad íctica.

Reef fishes perform important ecological roles in maintaining reef health by cleaning and recycling organic material, and by providing a source of food between trophic linkages. The thesis describes cryptic and conspicuous reef fish assemblages and estimates their spatial and temporal patterns of in two sites, Bahía de Los Ángeles (BLA) in the state of Baja California and Huatulco National Park (PNH), in the state of Oaxaca. We used two sampling methods: visual census using SCUBA (band transects of 4x20m) for conspicuous reef fish (PAC) and enclosed stations (0.4 m2) using clove oil to anesthetize and collect the cryptobenthic reef fish (PACr). Sampling was conducted at two depth strata (shallow; < 5 m and deep; > 5m) and during two seasons (warm and cold). We used species accumulation curves and analysis of effective number of species to describe the richness and diversity of reef fish. Finally, nMDS, PERMANOVAS and SIMPER were performed to determine spatial and temporal patterns. The total species richness was 43 species for BLA and 62 species for the PNH, representing 80% and 79%, respectively, of the average of the non-parametric estimators. The number of species increased to 94 for BLA and 209 for PNH using enclosed stations. Significant differences between seasons and depth strata were found for the PACs assemblage at the BLA site, but not for the PACr assemblage. At the PNH site, significant differences were found for the richness and abundance of the PACr assemblage for depth as well as for the seasonal variation of the biomass of the PACs assemblage. In conclusion we demonstrated that the use of complementary sampling methods improves the quality of species inventories and allows for the detection of both spatial and temporal variations in the structure of the reef fish community.

diversidad, peces arrecifales, criptobentónico, biomasa, espacio-temporal biodiversity, reef fishes, cryptobenthic, biomass, spatial-temporal CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA CIENCIAS AGRARIAS PECES Y FAUNA SILVESTRE DINÁMICA DE LAS POBLACIONES DINÁMICA DE LAS POBLACIONES

RELACIONES SOCIALES Y TRABAJO EMOCIONAL EN EL ENTRAMADO DE LOS PROCESOS DE SALUD, ENFERMEDAD Y ATENCIÓN: EL CASO DE LAS CONSTELACIONES FAMILIARES EN MÉXICO

CLARA LUZ VILLANUEVA AGUILAR (2024, [Tesis de doctorado])

“Las constelaciones familiares (en adelante CF), como una modalidad o método terapéutico, han tenido un crecimiento importante en las últimas décadas, una muestra concreta es que diferentes plataformas de streaming tienen series completas que se focalizan en las CF o que al menos las presentan como una modalidad terapéutica en boga. Cuando se hace una búsqueda en internet, Google arroja cientos de respuestas, entre ellas: centros de CF, publicaciones, así como diferentes alcaldías de la CDMX, aparecen anuncios de centros de CF incluidas sus actividades. Este hecho en sí es un fenómeno social que es pertinente estudiar, más aún cuando el desarrollo de esta psicoterapia se acrecentó durante el confinamiento a causa de la pandemia por COVID 19, a partir del uso de recursos terapéuticos y digitales, lo cual fue novedoso y también indispensable para la continuidad de su desarrollo. En este sentido, nos interesó comprender qué objetivos llevan a lxs consultantes a utilizar esta terapéutica, cuáles son sus necesidades de salud física, mental y emocional y si están encontrando en esta psicoterapia una eficacia empírica y/o simbólica por la cual los grupos CF están creciendo sostenidamente, aun durante el confinamiento. También consideramos relevante comprender cuáles son los elementos más y menos cuestionables de este tipo de terapia para consultantes y curadorxs, tomando en cuenta que su auge no solo está relacionado a aspectos positivos, ya que existen otros elementos que están en juego en el desarrollo de todo método terapéutico. Consideramos que un aspecto fundamental en el estudio del crecimiento de esta terapéutica, es la descripción y el análisis comparativo entre las características y funciones de las CF en relación con las características y funciones de la biomedicina, desde la perspectiva de los actores involucrados; ya que por un lado, la búsqueda de atención a la salud en forma integral”.

Familias - Aspectos psicológicos. Sistemas sociales. Enfermos - Relaciones familiares. Terapia sistémica (Terapia familiar). Teoría de las constelaciones familiares. Tesis - Doctorado en Antropología, CDMX. CIENCIAS SOCIALES SOCIOLOGÍA PROBLEMAS SOCIALES ENFERMEDAD ENFERMEDAD