Solanum tuberosum Microtuber Development under Darkness Unveiled through RNAseq Transcriptomic Analysis

ELIANA VALENCIA LOZANO LISSET HERRERA ISIDRON Osiel Salvador Recoder-Meléndez Aarón Barraza Celis JOSE LUIS CABRERA PONCE (2022, [Artículo])

"Potato microtuber (MT) development through in vitro techniques are ideal propagules for producing high quality potato plants. MT formation is influenced by several factors, i.e., photoperiod, sucrose, hormones, and osmotic stress. We have previously developed a protocol of MT induction in medium with sucrose (8% w/v), gelrite (6g/L), and 2iP as cytokinin under darkness. To understand the molecular mechanisms involved, we performed a transcriptome-wide analysis. Here we show that 1715 up- and 1624 down-regulated genes were involved in this biological process. Through the protein–protein interaction (PPI) network analyses performed in the STRING database (v11.5), we found 299 genes tightly associated in 14 clusters. Two major clusters of up-regulated proteins fundamental for life growth and development were found: 29 ribosomal proteins (RPs) interacting with 6 PEBP family members and 117 cell cycle (CC) proteins. The PPI network of up-regulated transcription factors (TFs) revealed that at least six TFs–MYB43, TSF, bZIP27, bZIP43, HAT4 and WOX9–may be involved during MTs development. The PPI network of down-regulated genes revealed a cluster of 83 proteins involved in light and photosynthesis, 110 in response to hormone, 74 in hormone mediate signaling pathway and 22 related to aging."

transcriptome-wide analysis, microtubers, potato, Solanum tuberosum, darkness, cell cycle, ribosomal proteins, PEBP family genes, cytokinin BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA GENÉTICA GENÉTICA MOLECULAR DE PLANTAS GENÉTICA MOLECULAR DE PLANTAS

Dzit bacalito y las variedades de maíz frente a transgénico

Adriana Tapia Hernández Elda Miriam Aldasoro Maya (2023, [Libro])

La historieta está dirigida a público en general con interés en la vida campesina, y particularmente a niñas y niños, honrando las reflexiones y acciones de quienes conservan y resguardan las variedades nativas de maíz, conteniendo así la dispersión transgénica en el Área de Protección de Flora y Fauna Cañón del Usumacinta (Tenosique, Tabasco; México), territorio biocultural donde convergen saberes contemporáneos de las familias tseltales, choles, chontales y mestizas y donde recientemente se confirmó la presencia de los marcadores transgénicos P35S y T-NOS.

Dzit bacal Maíz nativo Variedades del maíz Maíz transgénico Conservación del maíz Área de Protección de Flora y Fauna Cañón del Usumacinta (Tabasco, México) CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA CIENCIAS AGRARIAS AGRONOMÍA DESARROLLO VEGETAL DESARROLLO VEGETAL

The banana MaWRKY18, MaWRKY45, MaWRKY60 and MaWRKY70 genes encode functional transcription factors and display differential expression in response to defense phytohormones

SERGIO GARCIA LAYNES VIRGINIA AURORA HERRERA VALENCIA Lilia Guadalupe Tamayo Torres VERONICA LIMONES BRIONES FELIPE ALONSO BARREDO POOL FRAY MARTIN BAAS ESPINOLA Angel Alpuche-Solis CARLOS ALBERTO PUCH HAU SANTY PERAZA ECHEVERRIA (2022, [Artículo])

WRKY transcription factors (TFs) play key roles in plant defense responses through phytohormone signaling pathways. However, their functions in tropical fruit crops, especially in banana, remain largely unknown. Several WRKY genes from the model plants rice (OsWRKY45) and Arabidopsis (AtWRKY18, AtWRKY60, AtWRKY70) have shown to be attractive TFs for engineering disease resistance. In this study, we isolated four banana cDNAs (MaWRKY18, MaWRKY45, MaWRKY60, and MaWRKY70) with homology to these rice and Arabidopsis WRKY genes. The MaWRKY cDNAs were isolated from the wild banana Musa acuminata ssp. malaccensis, which is resistant to several diseases of this crop and is a progenitor of most banana cultivars. The deduced amino acid sequences of the four MaWRKY cDNAs revealed the presence of the conserved WRKY domain of ~60 amino acids and a zinc-finger motif at the N-terminus. Based on the number of WRKY repeats and the structure of the zinc-finger motif, MaWRKY18 and MaWRKY60 belong to group II of WRKY TFs, while MaWRKY45 and MaWRKY70 are members of group III. Their corresponding proteins were located in the nuclei of onion epidermal cells and were shown to be functional TFs in yeast cells. Moreover, expression analyses revealed that the majority of these MaWRKY genes were upregulated by salicylic acid (SA) or methyl jasmonate (MeJA) phytohormones, although the expression levels were relatively higher with MeJA treatment. The fact that most of these banana WRKY genes were upregulated by SA or MeJA, which are involved in systemic acquired resistance (SAR) or induced systemic resistance (ISR), respectively, make them interesting candidates for bioengineering broad-spectrum resistance in this crop. © 2022 by the authors.

BANANA TRANSCRIPTION FACTOR WRKY DEFENSE PHYTOHORMONES SALICYLIC ACID METHYL JASMONATE SAR ISR BROAD-SPECTRUM RESISTANCE BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA GENÉTICA GENÉTICA MOLECULAR DE PLANTAS GENÉTICA MOLECULAR DE PLANTAS

Retención larvaria en abulón azul Haliotis fulgens mediante análisis de parentesco en B.C.S., México

ADRIANA MAX AGUILAR (2014, [Tesis de maestría])

El abulón azul (Haliotis fulgens) es un molusco gasterópodo de importancia comercial en México. Es un recurso de alto valor comercial (70 M en 2011) debido a su gran demanda a nivel internacional; su pesquería constituye una de las actividades más importantes que se desarrollan en la costa occidental de la península de Baja California. Esta pesquería ha sufrido de manera histórica una disminución significativa, por lo que es necesario reforzar y continuar los programas de investigación y manejo actual para garantizar la recuperación de los bancos abuloneros. Un aspecto crucial en el manejo y administración de las pesquerías, es el claro entendimiento del concepto de unidad de stock, el cual requiere un mejor conocimiento del reclutamiento en función de la dinámica larvaria y la conectividad entre bancos (dados por los niveles de retención y dispersión), lo que ampliaría la precisión de las estrategias de manejo actuales. En el caso del abulón se han propuesto dos modelos de conectividad: (1) Las larvas son transportadas a grandes distancias de sus padres y llegan a sustentar otros bancos; y (2) el intercambio larvario entre bancos es limitado y cada banco es un pequeño stock que es autosustentable. En cualquier caso, es necesario determinar si en un banco lo que ocurre preponderantemente es el auto-reclutamiento, o si por el contrario, las larvas provienen principalmente de otros sitios. El objetivo del presente trabajo fue estimar el índice de retención larvaria del abulón azul Haliotis fulgens en dos sitios de la costa occidental de Baja California Sur, mediante el uso de marcadores genéticos tipo microsatélite en análisis de parentesco. Se estandarizaron y caracterizaron nuevos loci microsatélites específicos para H. fulgens con los cuales se determinó el índice de retención larvaria a través de la asignación genética de juveniles a progenitores que se encontraran en el mismo sitio de muestreo mediante análisis de paternidad con el programa CERVUS 3.0. Se obtuvieron 24 loci microsatélites potenciales para utilizarlos en análisis genéticos, de los cuales se caracterizaron 12 loci polimórficos. Se determinó que 11 de ellos son factibles de utilizar en análisis de parentesco por su alto polimorfismo (Número de alelos: de 5-17; HE de 0.69-0.92; PIC de 0.64-0.90) y presentar Equilibrio de Hardy-Weinberg [...]

The green abalone (Haliotis fulgens) is a marine gastropod mollusk in Mexico with a high commercial value (70 M in 2011) because of its high demand in the international market. Its fishery is an important commercial activity in the west coast of Baja California Sur, and has historically suffered a significant decline in its captures. Thus it is necessary to continue research and current management programs to ensure the recovery of abalone in reef systems. A crucial consideration in management and administration of this fishery is a clear understanding of the concept of a stock unit, which requires a better understanding of recruitment on defined spatial scales, depending on the larval dynamics and connectivity among reefs (given by the levels of retention and dispersal). This knowledge will extend the accuracy of current management strategies. Two different models on connectivity have been proposed for abalone: (1) the larvae can be transported for long distances from their parent’s reef and supply other distant reefs; and (2) larval exchange between reefs is limited, and each one is a small self-replenishing bank. In any case, it is necessary to determine whether a reef is mainly maintained by self-recruitment, or if larvae come mainly from other sites. The objective of this work was estimate the proportion of green abalone Haliotis fulgens larval retention in two sites on the western coast of Baja California Sur, using microsatellite markers in paternity analysis. New microsatellite markers in H. fulgens were standardized and characterized. The larval retention was estimated by the proportion of juveniles genetically assigned to the possible parents in the same site by paternity analysis using CERVUS 3.0. Twenty-four microsatellite loci potentially useful in genetic analysis were obtained, from which 12 polymorphic loci were characterized. From these, 11 were useful in paternity analysis due to their high polymorphism (number of alleles: 5-17; HE: 0.69-0.92; PIC: 0.64-0.90) and because they were in Hardy-Weinberg equilibrium [...]

Retención larvaria; microsatélites; auto-reclutamiento BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA GENÉTICA GENÉTICA DE POBLACIONES GENÉTICA DE POBLACIONES

Transcriptome mining provides insights into cell wall metabolism and fiber lignification in Agave tequilana Weber

Luis Fernando Maceda Lopez ELSA BEATRIZ GONGORA CASTILLO Enrique Ibarra-Laclette DALIA C. MORAN VELAZQUEZ AMARANTA GIRON RAMIREZ Matthieu Bourdon José Luis Villalpando Aguilar Gabriela Chavez-Calvillo Toomer John Tang Parastoo Azadi Jorge Manuel Santamaría Fernández Itzel López-Rosas Mercedes G Lopez June Simpson FULGENCIO ALATORRE COBOS (2022, [Artículo])

Resilience of growing in arid and semiarid regions and a high capacity of accumulating sugar-rich biomass with low lignin percentages have placed Agave species as an emerging bioen-ergy crop. Although transcriptome sequencing of fiber-producing agave species has been explored, molecular bases that control wall cell biogenesis and metabolism in agave species are still poorly understood. Here, through RNAseq data mining, we reconstructed the cellulose biosynthesis pathway and the phenylpropanoid route producing lignin monomers in A. tequilana, and evaluated their expression patterns in silico and experimentally. Most of the orthologs retrieved showed differential expression levels when they were analyzed in different tissues with contrasting cellulose and lignin accumulation. Phylogenetic and structural motif analyses of putative CESA and CAD proteins allowed to identify those potentially involved with secondary cell wall formation. RT-qPCR assays revealed enhanced expression levels of AtqCAD5 and AtqCESA7 in parenchyma cells associated with extraxylary fibers, suggesting a mechanism of formation of sclerenchyma fibers in Agave similar to that reported for xylem cells in model eudicots. Overall, our results provide a framework for un-derstanding molecular bases underlying cell wall biogenesis in Agave species studying mechanisms involving in leaf fiber development in monocots. © 2022 by the authors. Licensee MDPI, Basel, Switzerland.

AGAVE CELL WALLS LIGNOCELLULOSE CAD PROTEIN CESA PROTEIN SCLERENCHYMA BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA GENÉTICA GENÉTICA MOLECULAR DE PLANTAS GENÉTICA MOLECULAR DE PLANTAS

Draft Genome Sequence of Pediococcus pentosaceus Strain PP16CC, Isolated from Oyster Crassostrea corteziensis

JULIO ANTONIO HERNANDEZ GONZALEZ RICARDO VAZQUEZ JUAREZ Jose Manuel Vazquez-Guillen Carlos Rangel Dávalos MARIA CRISTINA RODRIGUEZ PADILLA MAURILIA ROJAS CONTRERAS (2022, [Artículo])

"Pediococcus pentosaceus strain PP16CC comes from the intestine of Crassostrea corteziensis. A 1.82-Mbp draft genome of this strain was assembled using A5-miseq from illumina reads, resulting in 4 contigs and 1,856 predicted protein coding genes. Additionally, 23 proteins belonging to various glycosyl hydrolase families and 6 prophage regions were identified."

Genome Sequence, Pediococcus pentosaceus BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA ANIMAL (ZOOLOGÍA) GENÉTICA ANIMAL GENÉTICA ANIMAL

Daily rainfall interpolation models obtained by means of genetic programming

Modelos de interpolación de precipitación diaria obtenidos a partir de programación genética.

MARITZA LILIANA ARGANIS JUAREZ KATYA RODRIGUEZ VAZQUEZ (2015, [Artículo])

Se aplicó el algoritmo de cómputo evolutivo de programación genética (PG) para obtener modelos matemáticos de interpolación de precipitación diaria en una estación climatológica, utilizando datos medidos en las estaciones cercanas a la cuenca del Río Cutzamala en México. Los modelos obtenidos toman en cuenta tanto las coordenadas geográficas de las estaciones climatológicas como su elevación; la respuesta de los modelos se comparó contra los resultados obtenidos con ayuda de regresiones lineales múltiples, presentando un mejor desempeño programación genética. Adicionalmente, se construyeron mapas de isoyetas para comparar las formas espaciales entre los datos de precipitación medidos y calculados en la cuenca del río Cutzamala para una tormenta máxima histórica registrada en el año 2006, observándose concordancia en los resultados en el caso de precipitaciones mayores de 23 mm. La programación genética representa una herramienta de utilidad práctica para aproximar modelos matemáticos de variables aplicadas en problemas de ingeniería y se pueden obtener nuevos modelos en distintas cuencas al aplicar estos algoritmos.

Medidas de precipitación Programación genética Modelos matemáticos CIENCIAS FÍSICO MATEMÁTICAS Y CIENCIAS DE LA TIERRA

Modelación de la variación del consumo de agua potable con métodos estocásticos

Velitchko Tzatchkov VICTOR HUGO ALCOCER YAMANAKA (2016, [Artículo])

El presente artículo describe una metodología para obtener la variación diaria estocástica de la demanda instantánea de agua potable, aplicable a una sola casa o cualquier número de casas con base en los parámetros estadísticos del consumo de agua en casas individuales, nivel de fugas dado y la variación del gasto, medida en la tubería de abastecimiento, considerando casos de suministro continuo e intermitente. La metodología propuesta ofrece una base racional para determinar la variación de la demanda a cualquier nivel de agregación. Los resultados se compararon con mediciones de campo en una ciudad mexicana donde el suministro de agua potable es continuo. La variación de los gastos en las tuberías con suministro intermitente o con servicio continuo, pero con cisternas y tinacos en los domicilios, es muy diferente de aquella en tuberías con suministro continuo sin cisternas y tinacos. El coeficiente de demanda máxima horaria es más alto en suministro intermitente que en suministro continuo, pero más bajo en redes que tienen servicio continuo y cisternas o tinacos en los domicilios.

Abastecimiento de agua Demanda de agua Coeficiente de variación INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA

HERENCIA MENDELIANA EN MICROSATÉLITES DE ABULÓN AMARILLO Haliotis corrugata

MENDELIAN INHERITANCE IN PINK ABALONE Haliotis corrugata MICROSATELLITES

HERANÇA MENDELIANA DOS MICROSSATÉLITES DE AMARELO ABULON Haliotis corrugata

NOE DIAZ VILORIA RICARDO PEREZ ENRIQUEZ DANIEL AGUILAR OSUNA Pedro Cruz Hernández (2013, [Artículo])

"En México la pesquería de abulón amarillo (Haliotis corrugata) se ha visto fuertemente afectada por la sobrepesca y factores ambientales. En este contexto, la repoblación de los bancos silvestres mediante liberación de larvas o juveniles producidos en laboratorio se ha vislumbrado como una alternativa para incrementar la producción. Cualquier programa de repoblamiento debe considerar una estrategia de manejo genético que evite la pérdida de diversidad genética y que permita dar seguimiento del pedigrí de los individuos producidos en laboratorio y liberados posteriormente en los bancos naturales. Uno de los requisitos de los marcadores moleculares tipo microsatélites empleados para la asignación de parentesco en análisis de pedigrí es su conformación al modelo de herencia mendeliana. En el presente estudio se analizaron larvas veliger de H. corrugata de tres familias no emparentadas (cada una de hermanos completos) con 11 loci microsatélites para evaluar si sus clases genotípicas se ajustaban a las proporciones esperadas bajo herencia mendeliana. Las proporciones genotípicas de ocho loci (Hco15, Hco19, Hco22, Hco47-2, Hco47-3, Hco194, Hka3 y Hka56) se ajustaron a las proporciones mendelianas esperadas, dos loci (Hco47-1 y Hco97) mostraron desviaciones significativas (P<0,05) y en un locus (Hco16) no se pudo comprobar segregación mendeliana. Para análisis de parentesco futuros en esta especie se recomienda el uso de un grupo de al menos seis loci en el cual deben incluirse Hco19, Hco22, Hco47-2 y Hka3 debido a sus moderados a altos polimorfismos."

"In Mexico, the pink abalone (Haliotis corrugata) fishery has been strongly affected by overfishing and environmental factors. In this context, reseeding of natural beds through the release of hatchery produced larvae or juveniles, has been envisioned as an alternative to increase production. Any reseeding program should take in account a genetic management strategy, which avoids the loss of genetic diversity and enables to follow the pedigree of hatchery produced individuals being released in the natural beds. One of the requisites of microsatellites as molecular markers for parentage assignment is their agreement to Mendelian inheritance model. In the present study, Haliotis corrugata veliger larvae from three unrelated families (of fullsibs each), were analyzed with 11 microsatellite loci, to assess if their genotypic classes were in agreement to expected ratios under Mendelian inheritance. The genotypic ratios of eight loci (Hco15, Hco19, Hco22, Hco47-2, Hco47-3, Hco194, Hka3, and Hka56) were in agreement with Mendelian expected ratios, two loci (Hco47-1 and Hco97) showed significant deviations (P<0.05), and in one locus (Hco16) Mendelian segregation could not be demonstrated. From the results we suggest the use a group of at least 6 loci in subsequent parentage analyses in which loci Hco19, Hco22, Hco47-2 and Hka3 should be included because their moderate to high polymorphisms."

Abalón, Haliotis corrugata, Hermanos Completos, Herencia Mendeliana, Microsatélites pink abalone, microsatellites BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA ANIMAL (ZOOLOGÍA) GENÉTICA ANIMAL GENÉTICA ANIMAL

Estudios de genética en poblaciones de abulón y sus aplicaciones en ordenamiento pesquero

RICARDO PEREZ ENRIQUEZ NOE DIAZ VILORIA JOSE LUIS GUTIERREZ GONZALEZ ALEJANDRA ARCINIEGA DE LOS SANTOS ADRIANA MAX AGUILAR Pedro Cruz Hernández Fernando Aranceta Garza (2016, [Artículo])

"Se presenta la integración de más de 10 años de investigación científica en genética de las poblaciones de abulón en México realizada en el CIBNOR. Esta investigación muestra cómo se pueden aplicar los marcadores genéticos tanto en estudios de genética poblacional como en identificación forense con la finalidad de contribuir al conocimiento aplicado para manejo de la pesquería. Se desarrollaron marcadores genéticos tipo microsatélites de ADN enfocados tanto al abulón azul Haliotis fulgens como amarillo Haliotis corrugata para diferenciación de poblaciones y análisis de parentesco. Un análisis de estructura genética de las poblaciones silvestres de ambas especies de abulón mostró homogeneidad genética en la costa del Pacífico en la región centro-sur de la Península de Baja California, México, pero con diferenciación genética en localidades distantes debido a un flujo genético limitado producto del aislamiento reproductivo. Por ello, no existen elementos que den soporte a un manejo pesquero delimitado por bancos en ambas especies. De manera particular, el abulón amarillo mostró una menor de diversidad genética que el azul, posiblemente debido a una mayor explotación pesquera histórica. Los resultados obtenidos en pruebas de parentesco han indicado que la retención larvaria en bancos específicos es reducida, por lo que ni la agregación de reproductores ni la liberación de larvas han mostrado ser estrategias eficientes para favorecer el incremento de reclutas en bancos definidos. Un análisis de perfiles genéticos con el gen de la lisina permitió la identificación de las especies de abulón que se capturan y enlatan en México. El análisis comparativo de perfi les genéticos, basado en el gen nuclear 18S de abulón y otros moluscos, detectó producto enlatado conteniendo especies de moluscos comercializadas falsamente como abulón, lo que puede constituirse como una herramienta forense en futuras disputas legales. Este tipo de aplicación es potencialmente utilizable con otros productos comestibles en los cuales se sospecha de prácticas fraudulentas, ya sea por captura o comercialización ilegal o por sustitución de contenidos en productos procesados."

"This is an integrative work of more than 10 years of research in population genetics of abalone in Mexico performed at CIBNOR. It shows how molecular tools have the potential to support abalone fisheries management through population genetics and forensic analyses. Microsatellite DNA markers were developed on blue (green for its name in English) Haliotis fulgens and yellow abalone (pink for its name in English) H. corrugata to be used for genetic differentiation on populations and for parentage analysis. The analysis of genetic structure on wild populations of both species revealed genetic homogeneity in the Pacific coast of the central region of the Baja California Peninsula, Mexico, with genetic differentiation on distant localities due to a limited gene flow as a result of reproduction isolation. From this result we suggest that no evidences were found supporting the management of the fishery based on individual abalone beds. Pink abalone shows lower genetic diversity than green abalone, possibly due to higher historical fishery exploitation. The parentage analysis suggested that larval retention within beds is reduced, indicating that neither broodstockaggregation nor the release of abalone larvae for stock enhancement are efficient strategies to increase recruitment in specific beds.

An analysis of the genetic profiles with the lysine gene allowed the identification of abalone species captured and processed in Mexico. The comparative analysis, based on the 18S gene, among abalone and other mollusks, detected canned product containing mollusks that are commercialized allegedly as abalone or ‘abalone type’, which could constitute a forensic tool in future legal disputes. This type of application can also be used with other edible products in which fraudulent practices are suspected either because of illegal catch or commercialization or substitution in processed products."

Análisis forense, diversidad genética, gen 18S, genética de poblaciones, marcadores genéticos, retención larvaria Forensic analysis, genetic diversity, 18S gene, genetic markers, population genetics, larval retention BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA GENÉTICA GENÉTICA DE POBLACIONES GENÉTICA DE POBLACIONES