RNAseq of diverse spring wheat cultivars released during last 110 years

awais rasheed Huihui Li (2023, [Artículo])

CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA RNA SEQUENCE SPRING WHEAT ROOT ARCHITECTURE GENES

miRNAs contained in extracellular vesicles cargo contribute to the progression of idiopathic pulmonary fibrosis: an in vitro aproach

JOVITO CESAR SANTOS ALVAREZ JUAN MANUEL VELAZQUEZ ENRIQUEZ ROSENDO GARCÍA CARRILLO CESAR RODRIGUEZ BEAS ALMA AURORA RAMIREZ HERNANDEZ EDILBURGA REYES JIMENEZ KARINA GONZÁLEZ GARCÍA ARMANDO LOPEZ MARTINEZ LAURA PEREZ CAMPOS MAYORAL SERGIO ROBERTO AGUILAR RUIZ MARIA DE LOS ANGELES ROMERO TLALOLINI HONORIO TORRES AGUILAR LUIS ALBERTO CASTRO SANCHEZ JAIME ARELLANES ROBLEDO VERONICA ROCIO VASQUEZ GARZON RAFAEL BALTIERREZ HOYOS (2022, [Artículo])

Idiopathic pulmonary fibrosis (IPF) is a chronic, progressive lung disease. Lesions in the lung epithelium cause alterations in the microenvironment that promote fibroblast accumulation. Extracellular vesicles (EVs) transport proteins, lipids, and nucleic acids, such as microRNAs (miRNAs). The aim of this study was to characterize the differentially expressed miRNAs in the cargo of EVs obtained from the LL97 and LL29 fibroblast cell lines isolated from IPF lungs versus those derived from the CCD19 fibroblast cell line isolated from a healthy donors. We characterized EVs by ultracentrifugation, Western blotting, and dynamic light scattering. We identified miRNAs by small RNA-seq, a total of 1144 miRNAs, of which

1027 were known miRNAs; interestingly, 117 miRNAs were novel. Differential expression analysis showed that 77 miRNAs were upregulated and 68 were downregulated. In addition, pathway enrichment analyses from the Gene Ontology and Kyoto Encyclopedia of Genomes identified several miRNA target genes in the categories, cell proliferation, regulation of apoptosis, pathways in cancer, and proteoglycans in cancer. Our data reveal that miRNAs contained in EVs cargo could be helpful as biomarkers for fibrogenesis, diagnosis, and therapeutic intervention of IPF.

MEDICINA Y CIENCIAS DE LA SALUD Idiopathic pulmonary fibrosis Extracellular vesicles Fibroblasts Small-RNA seq

Salivary effector Sm9723 of grain aphid sitobion miscanthi suppresses plant defense and is essential for aphid survival on wheat

Yong Zhang Leonardo Abdiel Crespo Herrera Julian Chen (2022, [Artículo])

Cereal Aphid Salivary Protein Plant Immunity RNA Interference Aphid Performance CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA APHIDOIDEA PLANTS RNA PROTEINS

Molecular characterization of divergent isolates of Citrus bent leaf viroid (CBLVd) from citrus cultivars of Punjab, Pakistan

Abdelfattah DABABAT Yong Suk Chung (2023, [Artículo])

Biological Indexing Sequencing Analysis Citrus Orchards CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA PHYLOGENETIC ANALYSIS CITRUS RNA DNA

The Pacific harbor seal gut microbiota in Mexico: Its relationship with diet and functional inferences

ARLETTE MARIMAR PACHECO SANDOVAL (2019, [Artículo])

Diet is a primary driver of the composition of gut microbiota and is considered one of the main routes of microbial colonization. Prey identification is fundamental for correlating the diet with the presence of particular microbial groups. The present study examined how diet influenced the composition and function of the gut microbiota of the Pacific harbor seal (Phoca vitulina richardii) in order to better understand the role of prey consumption in shaping its microbiota. This species is a good indicator of the quality of the local environment due to both its foraging and haul-out site fidelity. DNA was extracted from 20 fecal samples collected from five harbor seal colonies located in Baja California, Mexico. The V4 region of 16S rRNA gene was amplified and sequenced using the Illumina technology. Results showed that the gut microbiota of the harbor seals was dominated by the phyla Firmicutes (37%), Bacteroidetes (26%) and Fusobacteria (26%) and revealed significant differences in its composition among the colonies. Funtional analysis using the PICRUSt software suggests a high number of pathways involved in the basal metabolism, such as those for carbohydrates (22%) and amino acids (20%), and those related to the degradation of persistent environmental pollutants. In addition, a DNA metabarcoding analysis of the same samples, via the amplification and sequencing of the mtRNA 16S and rRNA 18S genes, was used to identify the prey consumed by harbor seals revealing the consumption of prey with mainly demersal habits. Functional redundancy in the seal gut microbiota was observed, irrespective of diet or location. Our results indicate that the frequency of occurrence of specific prey in the harbor seal diet plays an important role in shaping the composition of the gut microbiota of harbor seals by influencing the relative abundance of specific groups of gut microorganisms. A significant relationship was found among diet, gut microbiota composition and OTUs assigned to a particular metabolic pathway. © 2019 Pacheco-Sandoval et al. This is an open access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License, which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original author and source are credited.

RNA 16S, RNA 18S, amino acid analysis, animal food, Article, bacterium colony, Bacteroidetes, basal metabolic rate, biodegradation, controlled study, DNA barcoding, feces analysis, Firmicutes, Fusobacteria, intestine flora, metabolism, Mexico, microb BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA ANIMAL (ZOOLOGÍA) BIOLOGÍA ANIMAL (ZOOLOGÍA)

Verificación de procedimientos numéricos de simulación de maniobras en compuertas

GILBERTO DE JESUS LOPEZ CANTEÑS JORGE VICTOR PRADO HERNANDEZ FELIPE BENJAMIN DE LEON MOJARRO VICTOR MANUEL RUIZ CARMONA MAURICIO CARRILLO GARCIA LAURA ALICIA IBAÑEZ CASTILLO (2014, [Artículo])

La aplicación de las ecuaciones de Saint Venant en los tramos de canales de riego requiere definir condiciones de frontera interna en los sitios donde se ubican estructuras de control como compuertas, considerando su ecuación dinámica para transmitir información hidráulica hacia ambos lados de la estructura, por lo que en el trabajo se verifican tres procedimientos numéricos de ejecución de maniobra de compuertas, con la finalidad de representar el movimiento de las estructuras de control, minimizándose el desfasamiento de caudales posteriores a una ejecución. Para ello se utilizó el canal Rehbock, de la Universidad Autónoma Chapingo, México, realizándose de forma automatizada la medición de los niveles de agua y gasto, obteniéndose que en la maniobra progresiva con reinicialización de tirante, la tendencia del gasto en la vecindad y la compuerta es similar, atenuándose las oscilaciones en el tiempo, el cual se corresponde con la dinámica del agua en los canales; además, cuando la variable a regular es el tirante, se recomienda usar la ejecución de maniobra instantánea o la progresiva con reinicialización de gasto; pero si la variable es el gasto, es preferible la maniobra progresiva con reinicialización de tirante; además, el procedimiento de simulación de la maniobra progresiva con reinicialización de tirante es el que mejor representa la dinámica del agua en la estructura.

Movimiento de compuertas Simulación Régimen no permanente Estructuras de control INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA

The national drought policy in Mexico

Felipe Ignacio Arreguín Cortés Mario Lopez Perez David Ortega Gaucin (2016, [Artículo])

Traditionally, drought effects in Mexico have been attended through governmental reactive efforts directed to provide water and food, to assure health protection, and to restore economic impact once the phenomena occurred. The Mexican Government through National Water Commission (CONAGUA, for its acronym in Spanish), interested in changing the paradigm for preventive actions to cope with droughts in Mexico in the past, decided to launch in 2013 the National Program Against Drought (PRONACOSE, for its acronym in Spanish) and created the Intersecretarial Commission on Droughts and Floods (CIASI, for its acronym in Spanish) to take charge of coordinating, implementing and following-up of the PRONACOSE. This program has its main focus on reducing vulnerability through the implementation of planned preventive actions under a comprehensive and participative approach. As key part of the program, Programmes of Preventive and Mitigation Drought Measures (PMPMS, for its acronym in Spanish) for each one of the 26 river basin councils established in the country and for the principal cities of Mexico were developed. These programmes include the measures that can be implemented within the river basin councils and the cities to cope with drought in three ways: before the phenomenon occurs (strategic measures), when it is starting (tactical measures) or when it is already happening (emergency measures). Also, since 2014, the National Meteorological Service (SMN, for its acronym in Spanish) releases timely alerts and monitors the evolution of the drought including affected areas and level of severity of the phenomenon at a basin, state and municipality level. It is noteworthy that in all these activities the Mexican Institute of Water Technology (IMTA, for its acronym in Spanish) has played an important role, as this institute has provided the necessary technical support for the designing and implementation of the PRONACOSE. It is concluded that drought risk cannot be fully eliminated, nevertheless the actions that are implemented as part of this program are useful to mitigate its effects.

Sequías Políticas públicas México CIENCIAS FÍSICO MATEMÁTICAS Y CIENCIAS DE LA TIERRA

Modelo de la calidad del agua en redes de distribución con flujo permanente

Velitchko Tzatchkov FELIPE IGNACIO ARREGUIN CORTES (1996, [Artículo])

Se presenta una metodología para la simulación de la calidad del agua potable en redes de distribución, estructurada con un modelo hidráulico y un modelo fisicoquímico. Considerando flujo y concentraciones permanentes y redes con varias fuentes, se presentan algoritmos para los siguientes casos: a) cálculo de la concentración en los nodos con sustancias conservativas y no conservativas; b) cálculo de la contribución de cada fuente sobre el consumo en los nodos; c) tiempo mínimo de residencia del agua en la red. Se propone una variante del algoritmo de Dijkstra del análisis combinatorio; d) tiempo máximo de residencia del agua en la red. Se propone una variante del algoritmo de Ford-Bellman del análisis combinatorio; e) tiempo promedio de residencia del agua. Se comenta el programa MOCARD, el cual realiza los algoritmos propuestos.

Redes de distribución de agua Modelos matemáticos Calidad del agua Simulación INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA

Peligro, vulnerabilidad y riesgo por sequía en el contexto del cambio climático en México

David Ortega Gaucin JESUS DE LA CRUZ BARTOLON HEIDY VIVIANA CASTELLANO BAHENA (2018, [Capítulo de libro])

El cambio climático está provocando una intensificación en la variabilidad climática natural, con un aumento en la frecuencia y severidad de las sequias en muchas partes del mundo. El peligro por sequía se refiere a la probabilidad de que ocurra un evento de sequía en un espacio y tiempo determinados con suficiente intensidad como para producir daños; la vulnerabilidad ante la sequía es el grado en que un sistema es susceptible e incapaz de hacer frente a los efectos adversos, danos o perjuicios causados por este fenómeno natural; y el riesgo por sequía está determinado por la confluencia del peligro y la vulnerabilidad. Con base en estos conceptos, en este artículo se presentan los resultados de la aplicación de una metodología desarrollada por los autores para determinar índices municipales de peligro, vulnerabilidad y riesgo por sequía en México. Los resultados indican que la metodología es viable para su aplicación a nivel nacional, e inclusive puede ser adaptado para aplicarse a nivel estatal o regional.

Sequía Cambio climático CIENCIAS FÍSICO MATEMÁTICAS Y CIENCIAS DE LA TIERRA

Plan de medidas preventivas y de mitigación de la sequía en la cuenca del río Balsas: primera fase, octubre-diciembre 2013

ISRAEL VELASCO VELASCO DAVID ORTEGA GAUCIN (2013, [Documento de trabajo])

Este proyecto se enmarca dentro de la problemática actual que vive México en relación con la sequía. Se analiza el caso específico de la cuenca del río Balsas y se presenta un plan preventivo y de mitigación que permita afrontar los embates del fenómeno con estrategias adecuadas y que contribuya a reducir la vulnerabilidad de los diferentes sectores de usuarios del agua, así como las pérdidas económicas derivadas del déficit hídrico ocasionados por los periodos de sequía y el uso irracional del agua.

Informes de proyectos Sequías Impacto ambiental Aspectos económicos Prevención y mitigación Río Balsas CIENCIAS FÍSICO MATEMÁTICAS Y CIENCIAS DE LA TIERRA