Using Observed Residual Error Structure Yields the Best Estimates of Individual Growth Parameters

Marcelo Vidal Curiel Bernal EUGENIO ALBERTO ARAGON NORIEGA MIGUEL ANGEL CISNEROS MATA LAURA SANCHEZ VELASCO SYLVIA PATRICIA ADELHEID JIMENEZ ROSENBERG ALEJANDRO FRANCISCO PARES SIERRA (2021, [Artículo])

"Obtaining the best possible estimates of individual growth parameters is essential in studies of physiology, fisheries management, and conservation of natural resources since growth is a key component of population dynamics. In the present work, we use data of an endangered fish species to demonstrate the importance of selecting the right data error structure when fitting growth models in multimodel inference. The totoaba (Totoaba macdonaldi) is a fish species endemic to the Gulf of California increasingly studied in recent times due to a perceived threat of extinction. Previous works estimated individual growth using the von Bertalanffy model assuming a constant variance of length-at-age. Here, we reanalyze the same data under five different variance assumptions to fit the von Bertalanffy and Gompertz models. We found consistent significant differences between the constant and nonconstant error structure scenarios and provide an example of the consequences using the growth performance index _0 to show how using the wrong error structure can produce growth parameter values that can lead to biased conclusions. Based on these results, for totoaba and other related species, we recommend using the observed error structure to obtain the individual growth parameters."

multimodel inference, error structure, totoaba, growth performance BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA ANIMAL (ZOOLOGÍA) FISIOLOGÍA ANIMAL FISIOLOGÍA ANIMAL

Propuesta de aplicación móvil para el sistema de Registro Único de Animales de Compañía (RUAC) con tecnología QR

Delfino Luna Saavedra (2023, [Otro, Trabajo de grado, maestría])

El presente proyecto tiene como objetivo diseñar y desarrollar una aplicación móvil, que servirá de apoyo a la operación de la plataforma web del sistema de Registro Único De Animales de Compañía RUAC. Dicha aplicación móvil permitirá hacer uso y consulta de la información incorporada al registro, ya que por sí sola no se tiene algún método de consulta y

vinculación a la identificación oficial y registro generado, mediante la implementación de tecnologías de código QR.

Por tal motivo, se formuló la interrogante ¿Mejoraría la eficiencia, precisión y la usabilidad del proceso de registro y seguimiento de animales de compañía en una aplicación móvil, así como la experiencia del usuario?

Dentro de la metodología el tipo de estudio en el que nos enfocamos, fue de manera cuali-cuantitativo, la cual nos ayudó a proporcionar profundidad en los datos, dispersión, riqueza interpretativa, contextualización del ambiente o entorno,

detalles y experiencias únicas; así como en el análisis de las mediciones obtenidas utilizando métodos estadísticos, llegando a una serie de conclusiones.

El corte de la investigación fue transversal, se recolectaron datos en un solo momento y en un tiempo único. En esta investigación, las técnicas aplicadas fueron la encuesta y la entrevista. Nuestra población objeto, fueron usuarios del

sistema de registro único de animales de compañía implementado por el gobierno de la Ciudad de México, tomando una muestra de 200 personas. Obteniendo los siguientes resultados: un 75% se le hace muy fácil navegar en el sitio web de

Registro Único De Animales de Compañía RUAC, sin embargo un 60 % manifestó no estar muy satisfecho/a con su experiencia general en el sitio, por lo cual el 95% optó por el desarrollo de una aplicación móvil innovadora que integre tecnologías de códigos QR con el Sistema de Registro Único de Animales de Compañía (RUAC), para su implementación en conjunto al sistema web actual, el 93% consideraría que la experiencia del usuario sería mucho mejor, así como se

llevaría un mejor control en temas de salud animal (esterilización, vacunación y desparasitación), caso de extravío y responsabilidad social. Se concluye finalmente que el desarrollo de una aplicación móvil mejorará la experiencia de

usuario, así como el incremento de la audiencia y su difusión.

Tecnologías QR Aplicaciones móviles Animales de compañía Identificación animal Conectividad a Internet Identificación animal INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA CIENCIAS TECNOLÓGICAS TECNOLOGÍA DE LAS TELECOMUNICACIONES TECNOLOGÍA DE LAS TELECOMUNICACIONES

The cerato-mandibular ligament: a key functional trait for grazing in damselfishes (Pomacentridae)

Damien Olivier Bruno Frederich MILTON ALEJANDRO SPANOPOULOS ZARCO Eduardo Francisco Balart Páez Eric Parmentier (2014, [Artículo])

"The success of a taxonomic group can be promoted by a key character that allows the group to interact with its environment in a different way and to potentially occupy new niches. The Pomacentridae possess a synapomorphic trait, the cerato-mandibular (c-md) ligament, which joins the hyoid bar to the inner part of the lower jaw. It has previously been shown that this ligament is a key trait in communication in damselfishes because it enables them to slam the oral jaws shut causing teeth collision and sound production. This specific behavior of mouth closing could, however, also be used for other tasks, such as feeding. Many territorial damselfishes are referred to as farmers, due to their ability to manage algal crops on which they feed. This study hypothesizes that the c-md ligament provides an advantage for grazing filamentous algae, and should thus be considered a key trait for farming behavior."

Biomechanics, Evolution, Farming, Functional morphology BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA ANIMAL (ZOOLOGÍA) ZOOLOGÍA MARINA ZOOLOGÍA MARINA

De Novo assembly and annotation of the Pacific calico scallop (Argopecten ventricosus) transcriptome for immune-related gene discovery

RUTH ESCAMILLA MONTES GENARO DIARTE PLATA GABRIELA BERENICE MENDOZA MALDONADO Aarón Barraza Celis Carlos Eliud Angulo Valadez Seyed Hossein Hoseinifar Jesús Arturo Fierro Coronado ANTONIO LUNA GONZALEZ (2022, [Artículo])

"Invertebrates' immune defense mechanisms play a critical role in pathogen recognition and elimination. De novo assembly and annotation of the Argopecten ventricosus transcriptome were performed for the immune-related gene identification. Scallops (height: 4.4 cm) were challenged with inactivated Vibrio parahaemolyticus IPNGS16. The RNA from different tissues was pooled for a single cDNA library construction sequenced by NextSeq 500 platform 2×75 paired‐end chemistry. Before de novo assembling with Trinity, reads were analyzed with FastQC, Trimmomatic, and Prinseq. Assembled sequences were analyzed by CD-HIT-EST and TransDecoder. The corresponding annotation was performed against NCBI-nr, RefSeq protein, and KAAS (KEGG) databases. The Trinity assembly yielded 107,516 contigs. TransDecoder yielded 25,285 sequences as CDSs of which, 16,123 were annotated against the NCBI-nr protein, most of them scored with Crassostrea gigas data. Gene ontology mapped sequences (15,262) were classified in molecular functions (~13,000), cellular components (~11,000), and biological processes (~13,000). The KAAS analysis showed biological categories for metabolism (13%), cellular processes (12%), genetic information processing (10%), organismal systems (19%), environmental information (13%), and human diseases (33 %). Within the organismal systems, 467 immune-related genes (KO) were identified. Sixty-four immune-related genes were annotated/blasted against the NCBI-nr and RefSeq protein databases. An RT-qPCR was performed to analyze the expression level of immune-related genes obtained in the transcriptome analysis in scallops (height 4.5 cm) treated with probiotic bacilli added to culture water. Bacilli significantly increased the expression of the HSP70 and PGRP genes. The gene transcripts analysis of A. ventricosus will better understand its immune response against pathogens in culture systems."

Argopecten ventricosus, calico scallop, transcriptome, bivalve, immune genes BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA ANIMAL (ZOOLOGÍA) INMUNOLOGÍA INMUNOLOGÍA

Compuestos bioactivos presentes en geopropóleos de Melipona beecheii y su potencial uso en la medicina tradicional

ANGEL DANIEL HERRERA ESPAÑA OMAR ARISTEO PEÑA MORAN ROGER GASPAR CAUICH KUMUL (2023, [Artículo])

El interés actual por estudios con productos naturales, ha llevado a realizar investigaciones con geopropóleos. Este producto natural producido por especies de abejas sin aguijón (meliponinos), resulta de una mezcla de material resinoso vegetal, arcilla y secreciones salivales. Estudios farmacológicos realizados con extractos de geopropóleos de Melipona beecheii, han demostrado sus propiedades anticancerígenas, antimicrobianas y antioxidantes, las cuales se relacionan con la presencia de diversos compuestos bioactivos. Debido a sus propiedades terapéuticas, este producto natural puede ser considerado como una potencial alternativa dentro de la medicina tradicional maya.

ABEJA SIN AGUIJON ACTIVIDAD ANTIMICROBIANA FENOLES FLAVONOIDES PROPIEDADES TERAPEUTICAS BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA ANIMAL (ZOOLOGÍA) INVERTEBRADOS INVERTEBRADOS

A new species of Encelia (Compositae, Heliantheae, Enceliinae) from the southern Baja California Peninsula

JOSE LUIS LEON DE LA LUZ Isaac Lichter-Marck (2022, [Artículo])

"Se ilustra y describe a una nueva especie de Asteraceae, Encelia balandra. Se conoce solo de las laderas rocosas de los cerros próximos a puerto Balandra y Pichilingue, dentro de la bahía de La Paz, en Baja California Sur, México. Encontramos que esta nueva especie tiene ciertas semejanzas con otras de Encelia por su hábito semiarbustivo, las flores radiales neutras y cipselas comprimidas con ápice hendido. Confirmamos tal condición con datos de secuencia para las regiones ITS y ETS del genoma. También presentamos fotografías detalladas, un evaluación de conservación, y un clave dichotomus para los Encelia de Baja California sur. Se discute la semejanza con las especies peninsulares más cercanas de Encelia, se presenta una clave dicotómica para los taxonesaustrales de la península de Baja California, y finalmente se muestran imágenes detalladas de esta nueva especie."

"Here, we describe and illustrate Encelia balandra sp. nov., a new species of Compositae from the Baja Cal- ifornia Peninsula. It is rare and known only from the rocky hills around Puerto Balandra and Pichilingüe, inside the bay of La Paz, in the State of Baja California Sur, Mexico. We determine that this new species has affinities with Encelia, based on its suffruticose woody habit, neuter ray florets and compressed disc cypselae with a cleft apex. The taxonomic placement within Encelia is supported by nuclear ribosomal sequence data from two regions, ITS and ETS. We also present detailed photographs, a conservation assessment and a dichotomous key to the Encelia of the southern Baja California Peninsula. Finally, we discuss the uniqueness of Encelia balandra amongst peninsular Encelia and its potential significance for understanding the enigmatic biogeography of this ecologically important genus."

Asteraceae, Cape region, DNA barcoding, narrow endemism, synantherology, taxonomy Código de barras ADN, Micro-endemismo, Región de Los Cabos, Sinanterología, Taxonomía BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA VEGETAL (BOTÁNICA) ECOLOGÍA VEGETAL ECOLOGÍA VEGETAL

Parques vemos, biodiversidad no sabemos: el caso de la herpetofauna de la ciudad de Mérida

Roberto Carlos Barrientos Medina (2023, [Artículo])

La herpetofauna, constituida por las diferentes especies de anfibios y reptiles que se pueden encontrar en un hábitat, es un buen grupo indicador de diversidad, ya que presenta características de movilidad que los hacen ser más dependientes del hábitat (lugar en el que viven). En este trabajo se analizan los patrones de diversidad de los anfibios y reptiles que se pueden encontrar en los parques ecológicos de Mérida, en distintos niveles de expresión (alfa, beta y gamma). Los resultados señalan la influencia del grado de urbanización, de acuerdo con los patrones encontrados en las diversidades beta y gamma.

AMBIENTES ANTROPIZADOS ECOLOGIA URBANA NIVELES DE DIVERSIDAD PATRONES ECOLOGICOS YUCATAN BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA ANIMAL (ZOOLOGÍA) HERPETOLOGÍA HERPETOLOGÍA

Octopus maya white body show sex-specific transcriptomic profiles during the reproductive phase, with high differentiation in signaling pathways

Oscar Juárez (2019, [Artículo])

White bodies (WB), multilobulated soft tissue that wraps the optic tracts and optic lobes, have been considered the hematopoietic organ of the cephalopods. Its glandular appearance and its lobular morphology suggest that different parts of the WB may perform different functions, but a detailed functional analysis of the octopus WB is lacking. The aim of this study is to describe the transcriptomic profile of WB to better understand its functions, with emphasis on the difference between sexes during reproductive events. Then, validation via qPCR was performed using different tissues to find out tissue-specific transcripts. High differentiation in signaling pathways was observed in the comparison of female and male transcriptomic profiles. For instance, the expression of genes involved in the androgen receptor-signaling pathway were detected only in males, whereas estrogen receptor showed higher expression in females. Highly expressed genes in males enriched oxidation-reduction and apoptotic processes, which are related to the immune response. On the other hand, expression of genes involved in replicative senescence and the response to cortisol were only detected in females. Moreover, the transcripts with higher expression in females enriched a wide variety of signaling pathways mediated by molecules like neuropeptides, integrins, MAPKs and receptors like TNF and Toll-like. In addition, these putative neuropeptide transcripts, showed higher expression in females’ WB and were not detected in other analyzed tissues. These results suggest that the differentiation in signaling pathways in white bodies of O. maya influences the physiological dimorphism between females and males during the reproductive phase. © 2019 Juárez et al. This is an open access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License, which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original author and source are credited.

androgen receptor, integrin, mitogen activated protein kinase, neuropeptide, transcriptome, tumor necrosis factor, argonaute protein, corticotropin releasing factor receptor, corticotropin releasing factor receptor 2, DEAD box protein, estradiol 17be BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA ANIMAL (ZOOLOGÍA) BIOLOGÍA ANIMAL (ZOOLOGÍA)

Noteworthy record of the kit fox (Vulpes macrotis) and its relation to physiographic characteristics in Baja California, Mexico

SARAHI SANDOVAL ESPINOZA MARIANA DELGADO FERNANDEZ Jonathan Gabriel Escobar Flores (2017, [Artículo])

"The kit fox (Vulpes macrotis) lives in sandy and shallow soils of the Pacific coastal plains and the ecoregion of San Felipe desert. The reports of this species are scarce and in Mexico it is listed as a threatened species. The populations of V. macrotis tend to decrease due to the change in the habitat to agricultural land, which has been one of the causes of the disappearance of kit fox populations in Mexico. As part of the project “Characterisation of water bodies in Sierra Santa Isabel, Baja California”, 12 camera traps were placed in six watering holes that are visited by wildlife from January to August 2015. Digital terrain elevation models were used to describe three variables: roughness, slope inclination and orientation; these variables are essential for the kit fox to build its burrows, catch its preys and escape from predators. The analyses were also carried out in localities where this carnivore had previously been recorded in Baja California. An analysis of variance was used to determine the existence of similarities or differences between the topographical characteristics of the historical localities and the new record. The first photographic record of the kit fox was obtained in one of the watering holes located within the Valle de los Cirios Flora and Fauna Protection Area. The analyses of variance confirmed that there are no significant differences between roughness (F(4, 780) = 0.11, P > 0.05), slope inclination (F(4, 1275) = 0.319, P > 0.05) and orientation (F(4, 15) = 0.41, P > 0.05), between the historical localities and the site where the new record was obtained. Other carnivores were also recorded in the watering hole, such as the cougar (Puma concolor), bobcat (Lynx rufus), coyote (Canis latrans) and gray fox (Urocyon cinereoargenteus). The presence of the kit fox is likely occasional in the watering hole, because the slopes are greater than 10 degrees and, therefore, these sites are unsuitable for the construction of burrows. However, flat sites with sandy substrates that empty into the Gulf of California occur at a distance of less than 5 km from the watering hole, which are therefore suitable to be inhabited by the kit fox. the analysis of topographic variables of the historical records coupled with camera traps jointly confirmed that the site with the new record has characteristics that are suitable for the kit fox."

"La zorra norteña (Vulpes macrotis) habita en los suelos arenosos y pocos profundos de las planicies costeras del pacifico y de la ecorregión del desierto de San Felipe. Los reportes de esta especie son escasos y en México esta enlistada como una especie amenazada. Las poblaciones de V. macrotis tienden a disminuir por la transformación del hábitat a tierras agrícolas, la cual ha sido una de las causantes de la extirpación de poblaciones de zorra norteña en México. Como parte del proyecto “Caracterización de los cuerpos de agua en Sierra Santa Isabel, Baja California”, se colocaron 12 cámaras trampa en seis aguajes que son visitados por la fauna silvestre de enero a agosto de 2015. Mediante modelos digitales de elevación del terreno se describieron tres variables: rugosidad, pendiente y orientación de las laderas, estas variables son esenciales para que la zorra norteña construya sus madrigueras, capture a sus presas y escape de sus depredadores. Los análisis también se realizaron en localidades que previamente se había registrado a este carnívoro en Baja California. Por medio de un análisis de varianza de una vía se determinó si existen similitudes o diferencias entre las características topográficas de las localidades históricas y el nuevo registro. En uno de los aguajes que se ubica dentro del Área de Protección de Flora y Fauna Valle de los Cirios, se obtuvo el primero registro fotográfico de la zorra norteña. Con los análisis de varianza se confirmó que no hay diferencias significativas entre la rugosidad (F(4, 780) = 0.11, P > 0.05), pendiente (F(4, 1275) = 0.319, P > 0.05) y orientación (F(4, 15) = 0.41, P > 0.05), entre las localidades históricas y el sitio donde se obtuvo el nuevo registro. En el aguaje también se registraron otro carnívoros, como el puma (Puma concolor), gato montés (Lynx rufus), coyote (Canis latrans) y zorra gris (Urocyon cinereoargenteus). La presencia de la zorra norteña posiblemente es ocasional en el aguaje, debido a que las pendientes en el lugar son mayores a 10 grados y por lo tanto estos sitios no son idóneos para la construcción de madrigueras. Sin embargo, a una distancia menor a 5 km del aguaje se encuentran sitios planos con sustratos arenosos que desembocan al Golfo de California, y por lo tanto son idóneos para que la zorra norteña sea residente de esos lugares..."

Vulpes macrotis, Baja California BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA ANIMAL (ZOOLOGÍA) MAMÍFEROS MAMÍFEROS

Suppression of breast tumor growth and metastasis by an engineered transcription factor

Adriana Beltran Lopez (2011, [Artículo])

Maspin is a tumor and metastasis suppressor playing an essential role as gatekeeper of tumor progression. It is highly expressed in epithelial cells but is silenced in the onset of metastatic disease by epigenetic mechanisms. Reprogramming of Maspin epigenetic silencing offers a therapeutic potential to lock metastatic progression. Herein we have investigated the ability of the Artificial Transcription Factor 126 (ATF-126) designed to upregulate the Maspin promoter to inhibit tumor progression in pre-established breast tumors in immunodeficient mice. ATF-126 was transduced in the aggressive, mesenchymal-like and triple negative breast cancer line, MDA-MB-231. Induction of ATF expression in vivo by Doxycycline resulted in 50% reduction in tumor growth and totally abolished tumor cell colonization. Genome-wide transcriptional profiles of ATF-induced cells revealed a gene signature that was found over-represented in estrogen receptor positive (ER+) "Normal-like" intrinsic subtype of breast cancer and in poorly aggressive, ER+ luminal A breast cancer cell lines. The comparison transcriptional profiles of ATF-126 and Maspin cDNA defined an overlapping 19-gene signature, comprising novel targets downstream the Maspin signaling cascade. Our data suggest that Maspin up-regulates downstream tumor and metastasis suppressor genes that are silenced in breast cancers, and are normally expressed in the neural system, including CARNS1, SLC8A2 and DACT3. In addition, ATF-126 and Maspin cDNA induction led to the re-activation of tumor suppressive miRNAs also expressed in neural cells, such as miR-1 and miR-34, and to the down-regulation of potential oncogenic miRNAs, such as miR-10b, miR-124, and miR-363. As expected from its over-representation in ER+ tumors, the ATF-126-gene signature predicted favorable prognosis for breast cancer patients. Our results describe for the first time an ATF able to reduce tumor growth and metastatic colonization by epigenetic reactivation of a dormant, normal-like, and more differentiated gene program. © 2011 Beltran et al.

artificial transcription factor 126, complementary DNA, doxycycline, estrogen receptor, maspin, microRNA, retrovirus vector, transcription factor, unclassified drug, estrogen receptor, serine proteinase inhibitor, SERPIN B5, SERPIN-B5, transcription BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA ANIMAL (ZOOLOGÍA) BIOLOGÍA ANIMAL (ZOOLOGÍA)