Integrative transcriptome and metabolome analysis reveals the mechanisms of light-induced pigmentation in purple waxy maize

XUECAI ZHANG Yunbi Xu Prasanna Boddupalli (2023, [Artículo])

Pigment Accumulation Light Response CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA ANTHOCYANINS LIGHT METABOLOMICS TRANSCRIPTOMICS WAXY MAIZE

Catching-up with genetic progress: Simulation of potential production for modern wheat cultivars in the Netherlands

João Vasco Silva Frits K. Van Evert Pytrik Reidsma (2023, [Artículo])

Context: Wheat crop growth models from all over the world have been calibrated on the Groot and Verberne (1991) data set, collected between 1982 and 1984 in the Netherlands, in at least 28 published studies to date including various recent ones. However, the recent use of this data set for calibration of potential yield is questionable as actual Dutch winter wheat yields increased by 3.1 Mg ha-1 over the period 1984 – 2015. A new comprehensive set of winter wheat experiments, suitable for crop model calibration, was conducted in Wageningen during the growing seasons of 2013–2014 and of 2014–2015. Objective: The present study aimed to quantify the change of winter wheat variety traits between 1984 and 2015 and to examine which of the identified traits explained the increase in wheat yield most. Methods: PCSE-LINTUL3 was calibrated on the Groot and Verberne data (1991) set. Next, it was evaluated on the 2013–2015 data set. The model was further recalibrated on the 2013–2015 data set. Parameter values of both calibrations were compared. Sensitivity analysis was used to assess to what extent climate change, elevated CO2, changes in sowing dates, and changes in cultivar traits could explain yield increases. Results: The estimated reference light use efficiency and the temperature sum from anthesis to maturity were higher in 2013–2015 than in 1982–1984. PCSE-LINTUL3, calibrated on the 1982–1984 data set, underestimated the yield potential of 2013–2015. Sensitivity analyses showed that about half of the simulated winter wheat yield increase between 1984 and 2015 in the Netherlands was explained by elevated CO2 and climate change. The remaining part was explained by the increased temperature sum from anthesis to maturity and, to a smaller extent, by changes in the reference light use efficiency. Changes in sowing dates, biomass partitioning fractions, thermal requirements for anthesis, and biomass reallocation did not explain the yield increase. Conclusion: Recalibration of PCSE-LINTUL3 was necessary to reproduce the high wheat yields currently obtained in the Netherlands. About half of the reported winter wheat yield increase was attributed to climate change and elevated CO2. The remaining part of the increase was attributed to changes in the temperature sum from anthesis to maturity and, to a lesser extent, the reference light use efficiency. Significance: This study systematically addressed to what extent changes in various cultivar traits, climate change, and elevated CO2 can explain the winter wheat yield increase observed in the Netherlands between 1984 and 2015.

Light Use Efficiency Potential Yield CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA CROP MODELLING LIGHT PHENOLOGY MAXIMUM SUSTAINABLE YIELD TRITICUM AESTIVUM WINTER WHEAT

GENERATION OF LG VECTOR MODES WITH ULTRAHIGH STABILITY BASED ON COMPLEX AMPLITUDE MODULATION IN AN ON-AXIS CONFIGURATION

Gloria Elizabth Rodríguez García (2023, [Tesis de maestría])

"This thesis presents a novel technique for generating vector beams using complex amplitude modulation (CAM) in an on-axis configuration. The holograms used to generate the beams were created using the Mathlab software and displayed on a reflective spatial light modulator (SLM). The main goal of this research was to address both the purity and stability of the beams during generation and propagation, introducing a quantitative approach to assess their stability. As a proof-of-concept, Laguerre-Gaussian vector beams have been generated and characterized using Stokes polarimetry with the proposed experimental set up."

Structured light Laguerre-Gauss vector beams Stokes polarimetry Beam generation Spatial light modulators CIENCIAS FÍSICO MATEMÁTICAS Y CIENCIAS DE LA TIERRA FÍSICA ÓPTICA OPTICA FÍSICA OPTICA FÍSICA

Intercalibración de las pruebas con Daphnia magna y Pseudokirchneriella subcapitata en México: herramientas potenciales para el monitoreo ambiental

ANIA MENDOZA CANTU PATRICIA RAMIREZ ROMERO YOLANDA PICA GRANADOS ALMA SOCORRO SOBRINO FIGUEROA (2013, [Artículo])

En México, como en otros países en desarrollo, el conocimiento sobre el grado de contaminación y sus efectos en los ecosistemas locales se ha generado siguiendo objetivos de investigación específicos que emplean metodologías de distinta naturaleza. Dado que aún existen vacíos de información en el tema, es importante impulsar el uso generalizado de pruebas ecotoxicológicas que empleen protocolos estandarizados y que sirvan como herramientas regulatorias para establecer medidas integrales de protección al ambiente. Por lo anterior, el presente estudio tuvo como objetivo demostrar, a través de ejercicios de intercalibración, previo desarrollo de talleres de homologación de capacidades, el potencial de los protocolos de ensayo con Daphina magna y Pseudokirchneriella subcapitata (antes Selenastrum capricornutum) para generar resultados confiables en laboratorios con poca experiencia en este campo. Esto permitirá impulsar el empleo de herramientas bioanalíticas en México para el monitoreo ambiental, las cuales favorecen la evaluación integral de los problemas de contaminación en los cuerpos de agua. Los resultados de los ejercicios de calibración interna de los laboratorios demostraron que en un corto plazo es posible lograr una repetibilidad aceptable en las pruebas y un desempeño adecuado de los protocolos, lo cual apoya la idea de que estos protocolos son pertinentes para su empleo en programas de monitoreo ambiental, aún en países donde actualmente se cuenta con pocos recursos humanos capacitados y laboratorios aptos para tal fin.

Intercalibración Daphnia magna Monitoreo del ambiente Ambiente acuático BIOLOGÍA Y QUÍMICA

Hidrología superficial en México: estado del arte y necesidades de investigación

JAIME COLLADO MOCTEZUMA (1990, [Artículo])

Tabla de contenido: Introducción – Hidrología y problemas nacionales - Modelos hidrológicos - Limitaciones en el desarrollo de la hidrología - Necesidades de investigación – Conclusiones.

La hidrología en México tiene un nivel satisfactorio para resolver problemas actuales con teorías ya establecidas, pero se vislumbran otros problemas que requieren elaborar nuevas hipótesis hidrológicas, especialmente ligadas a cambios climáticos.

Introducción – Hidrología y problemas nacionales - Modelos hidrológicos - Limitaciones en el desarrollo de la hidrología - Necesidades de investigación – Conclusiones.

Hidrología Modelos hidrológicos Investigación CIENCIAS FÍSICO MATEMÁTICAS Y CIENCIAS DE LA TIERRA

La exclusión en las interacciones del estudiantado de media superior, en escuelas de la ciudad de Hermosillo: sus implicaciones en la formación

LIDIA ISABEL CASTELLANOS PIERRA (2019, [Tesis de doctorado])

La exclusión constituye un fenómeno complejo que se manifiesta en diversos órdenes y dimensiones de la vida social. La investigación que se presenta a continuación, atiende al ámbito formativo y al ámbito relacional de la exclusión. Su principal objetivo es analizar la exclusión que se desarrolla en la escuela, a través de las interacciones del estudiantado de Educación Media Superior, en el aula y en diversos espacios de la institución escolar; para comprender las posibles implicaciones de esas situaciones de exclusión en la formación escolar de los y las estudiantes.

Desde el punto de vista teórico se recurre a las aportaciones del interaccionismo simbólico y al concepto de intersubjetividad, para articular los tres conceptos ejes en los que se sustenta el análisis: interacción-exclusión-formación.

Para desarrollar el estudio se adoptó un enfoque mixto y una estrategia secuencial explicativa con una primera etapa metodológica en la que se aplicó un cuestionario sociométrico para identificar situaciones de exclusión y rechazo en los grupos escolares. Posteriormente se desarrolló una segunda etapa de carácter cualitativo, en la que se realizaron entrevistas semiestructuradas a aquellas y aquellos que fueron identificados/as como excluidos/as o rechazados/as por sus pares en el grupo escolar.

La muestra fue seleccionada por conveniencia. Se trabajó con un total de 293 estudiantes distribuidos en nueve grupos de segundo, cuarto y sexto semestre; pertenecientes a tres escuelas de la ciudad de Hermosillo, dos preparatorias privadas y una pública.

Los resultados muestran las diversas formas que adopta la exclusión en las interacciones del estudiantado, sus principales características: ¿cómo se excluyen?, ¿por qué?, los roles que desempeñan los sujetos, la dimensión afectivo-emocional, así como los sentidos y significados que construyen los y las jóvenes en torno a estas experiencias.

CIENCIAS SOCIALES Discriminación Educación Estudiantes Integración

Chronic toxicity of shrimp feed added with silver nanoparticles (Argovit-4®) in Litopenaeus vannamei and immune response to white spot syndrome virus infection

Carlos Rosendo Romo Quiñonez Píndaro Álvarez Ruiz CLAUDIO HUMBERTO MEJIA RUIZ NINA BOGDANCHIKOVA Alexey Pestryakov CARINA GAMEZ JIMENEZ WENCESLAO VALENZUELA QUIÑONEZ Magnolia Montoya Mejía EUSEBIO NAVA PEREZ (2022, [Artículo])

"In recent years, the application of silver nanoparticles (AgNPs) as antibacterial compounds has been widely used in human and veterinary medicine. In this work, we investigated the effects of AgNPs (Argovit-4 R ) as feed additives (feed-AgNPs) on shrimp (Litopenaeus vannamei) using three different methods: 1) chronic toxicity after 28 days of feeding, 2) Effects against white spot syndrome virus (WSSV) challenged by oral route, and 3) transcriptional responses of immune-related genes (PAP, ProPO, CTL-3, Crustin, PEN3, and PEN4) following WSSV infection. The results showed that the feed-AgNPs did not interfere with the growth and survival of shrimp. Also, mild lesions in the hepatopancreas were recorded, proportional to the frequency of the feed-AgNP supply. Challenge test versus WSSV showed that feeding every 7 days with feed-AgNPs reduced mortality, reaching a survival rate of 53%, compared to the survival rates observed in groups fed every 4 days, daily and control groups of feed-AgNPs for the 30%, 10%, and 7% groups, respectively. Feed-AgNPs negatively regulated the expression of PAP, ProPO, and Crustin genes after 28 days of treatment and altered the transcriptional responses of PAP, ProPO, CTL-3, and Crustin after WSSV exposure. The results showed that weekly feeding-AgNPs could partially prevent WSSV infection in shrimp culture. However, whether or not transcriptional responses against pathogens are advantageous remains to be elucidated."

Silver nanoparticles, Shrimp, Aquaculture, Chronic toxicity, WSSV, AgNP, Argovit, Litopenaeus vannamei , Silver fed, White spot syndrome virus BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA INMUNOLOGÍA INMUNIZACIÓN INMUNIZACIÓN

Impactos de la proximidad geográfica y organizacional en el desarrollo de un sistema productivo: ganadería bovina de doble propósito en Suaqui Grande, Sonora.

ALMA DELIA SANTIAGO SOLANO (2020, [Tesis de doctorado])

Cuando el Estado asigna a las grandes corporaciones agroalimentarias la toma de decisiones sobre los lineamientos rectores de la producción, el desarrollo de los sistemas productivos de pequeña escala depende de las estrategias implementadas por los actores locales para adaptarse a los condicionamientos del mercado. En el entorno económico adverso de 2008, los Soakis, un grupo de pequeños productores ganaderos del municipio de Suaqui Grande, Sonora, México, impulsaron una estrategia de integración de cadenas de valor mediante la adquisición de competencias que incrementaron su competitividad. Este trabajo tiene como objetivo caracterizar y analizar la influencia de los factores de proximidad geográfica y organizacional en el desempeño de un sistema bovino doble propósito. Para ello se realizó un estudio mixto transeccional, que incorpora indicadores de tipo geoespacial, cuantitativo y cualitativo en varias fases: consulta de bases de datos, georeferenciación, 29 entrevistas a profundidad y semiestructuradas aplicadas a informantes clave y a los actores productivos, además de observación participante. El resultado inmediato de la estrategia fue obtener capacidad para sortear los efectos de la crisis multifactorial sobre la ganadería sonorense en el periodo 2010-2016; mientras que el resto de los municipios del distrito reportaron pérdidas y parálisis en sus sistemas productivos con una contracción a nivel distrital de 31% en el stock ganadero, los Soakis presentaron un hato más resistente al cambio climático derivado de su estrategia de depuración genética, lo cual les habilitó para aumentar en 86% el volumen y en 99% el valor de la producción de leche. Una de las principales conclusiones de esta investigación, es que la especificidad de las condiciones geográficas del municipio incidió en la construcción de capital humano capaz de activar los recursos territoriales y de consolidar el sistema productivo pecuario. Por un lado, las características espaciales del territorio favorecieron las interrelaciones, la transmisión del conocimiento y de las experiencias bajo una visión compartida de la problemática generando una respuesta coordinada de los actores; y, por otra parte, la organización en redes vinculadas a instituciones gubernamentales y de investigación, facilitó el proceso de capacitación y difusión de tecnologías.

CIENCIAS SOCIALES Ganadería bovina Proximidad geográfica Proximidad organizacional Innovación Desarrollo territorial

Nanovacunas que valen oro

Carlos Eliud Angulo Valadez LUIS HERNANDEZ ADAME Ana Aguilera-Juarez (2022, [Artículo])

nanopartículas de oro BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA INMUNOLOGÍA VACUNAS VACUNAS

De Novo assembly and annotation of the Pacific calico scallop (Argopecten ventricosus) transcriptome for immune-related gene discovery

RUTH ESCAMILLA MONTES GENARO DIARTE PLATA GABRIELA BERENICE MENDOZA MALDONADO Aarón Barraza Celis Carlos Eliud Angulo Valadez Seyed Hossein Hoseinifar Jesús Arturo Fierro Coronado ANTONIO LUNA GONZALEZ (2022, [Artículo])

"Invertebrates' immune defense mechanisms play a critical role in pathogen recognition and elimination. De novo assembly and annotation of the Argopecten ventricosus transcriptome were performed for the immune-related gene identification. Scallops (height: 4.4 cm) were challenged with inactivated Vibrio parahaemolyticus IPNGS16. The RNA from different tissues was pooled for a single cDNA library construction sequenced by NextSeq 500 platform 2×75 paired‐end chemistry. Before de novo assembling with Trinity, reads were analyzed with FastQC, Trimmomatic, and Prinseq. Assembled sequences were analyzed by CD-HIT-EST and TransDecoder. The corresponding annotation was performed against NCBI-nr, RefSeq protein, and KAAS (KEGG) databases. The Trinity assembly yielded 107,516 contigs. TransDecoder yielded 25,285 sequences as CDSs of which, 16,123 were annotated against the NCBI-nr protein, most of them scored with Crassostrea gigas data. Gene ontology mapped sequences (15,262) were classified in molecular functions (~13,000), cellular components (~11,000), and biological processes (~13,000). The KAAS analysis showed biological categories for metabolism (13%), cellular processes (12%), genetic information processing (10%), organismal systems (19%), environmental information (13%), and human diseases (33 %). Within the organismal systems, 467 immune-related genes (KO) were identified. Sixty-four immune-related genes were annotated/blasted against the NCBI-nr and RefSeq protein databases. An RT-qPCR was performed to analyze the expression level of immune-related genes obtained in the transcriptome analysis in scallops (height 4.5 cm) treated with probiotic bacilli added to culture water. Bacilli significantly increased the expression of the HSP70 and PGRP genes. The gene transcripts analysis of A. ventricosus will better understand its immune response against pathogens in culture systems."

Argopecten ventricosus, calico scallop, transcriptome, bivalve, immune genes BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA ANIMAL (ZOOLOGÍA) INMUNOLOGÍA INMUNOLOGÍA