De Novo assembly and annotation of the Pacific calico scallop (Argopecten ventricosus) transcriptome for immune-related gene discovery

RUTH ESCAMILLA MONTES GENARO DIARTE PLATA GABRIELA BERENICE MENDOZA MALDONADO Aarón Barraza Celis Carlos Eliud Angulo Valadez Seyed Hossein Hoseinifar Jesús Arturo Fierro Coronado ANTONIO LUNA GONZALEZ (2022, [Artículo])

"Invertebrates' immune defense mechanisms play a critical role in pathogen recognition and elimination. De novo assembly and annotation of the Argopecten ventricosus transcriptome were performed for the immune-related gene identification. Scallops (height: 4.4 cm) were challenged with inactivated Vibrio parahaemolyticus IPNGS16. The RNA from different tissues was pooled for a single cDNA library construction sequenced by NextSeq 500 platform 2×75 paired‐end chemistry. Before de novo assembling with Trinity, reads were analyzed with FastQC, Trimmomatic, and Prinseq. Assembled sequences were analyzed by CD-HIT-EST and TransDecoder. The corresponding annotation was performed against NCBI-nr, RefSeq protein, and KAAS (KEGG) databases. The Trinity assembly yielded 107,516 contigs. TransDecoder yielded 25,285 sequences as CDSs of which, 16,123 were annotated against the NCBI-nr protein, most of them scored with Crassostrea gigas data. Gene ontology mapped sequences (15,262) were classified in molecular functions (~13,000), cellular components (~11,000), and biological processes (~13,000). The KAAS analysis showed biological categories for metabolism (13%), cellular processes (12%), genetic information processing (10%), organismal systems (19%), environmental information (13%), and human diseases (33 %). Within the organismal systems, 467 immune-related genes (KO) were identified. Sixty-four immune-related genes were annotated/blasted against the NCBI-nr and RefSeq protein databases. An RT-qPCR was performed to analyze the expression level of immune-related genes obtained in the transcriptome analysis in scallops (height 4.5 cm) treated with probiotic bacilli added to culture water. Bacilli significantly increased the expression of the HSP70 and PGRP genes. The gene transcripts analysis of A. ventricosus will better understand its immune response against pathogens in culture systems."

Argopecten ventricosus, calico scallop, transcriptome, bivalve, immune genes BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA ANIMAL (ZOOLOGÍA) INMUNOLOGÍA INMUNOLOGÍA

Compuestos bioactivos presentes en geopropóleos de Melipona beecheii y su potencial uso en la medicina tradicional

ANGEL DANIEL HERRERA ESPAÑA OMAR ARISTEO PEÑA MORAN ROGER GASPAR CAUICH KUMUL (2023, [Artículo])

El interés actual por estudios con productos naturales, ha llevado a realizar investigaciones con geopropóleos. Este producto natural producido por especies de abejas sin aguijón (meliponinos), resulta de una mezcla de material resinoso vegetal, arcilla y secreciones salivales. Estudios farmacológicos realizados con extractos de geopropóleos de Melipona beecheii, han demostrado sus propiedades anticancerígenas, antimicrobianas y antioxidantes, las cuales se relacionan con la presencia de diversos compuestos bioactivos. Debido a sus propiedades terapéuticas, este producto natural puede ser considerado como una potencial alternativa dentro de la medicina tradicional maya.

ABEJA SIN AGUIJON ACTIVIDAD ANTIMICROBIANA FENOLES FLAVONOIDES PROPIEDADES TERAPEUTICAS BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA ANIMAL (ZOOLOGÍA) INVERTEBRADOS INVERTEBRADOS

El riego suplementario en el cultivo de hule en el trópico húmedo

Juan Manuel Angeles HELENE EMMI KARIN UNLAND WEISS CARLOS ARMANDO DE LOS SANTOS GARCIA (2015, [Artículo])

Los periodos de exceso de agua donde el drenaje es requerido para evacuar estos excedentes y los periodos de baja precipitación donde el riego es demandado; constituyen las principales limitantes para la producción agrícola en las zonas tropicales. Un periodo de escasez de agua provoca la disminución de rendimientos de los cultivos, en cantidad y/o calidad y, en algunas condiciones, pone en riesgo toda una cosecha. La posibilidad de incrementar el potencial de los cultivos del trópico húmedo de México requiere, entre otras cosas, de la implementación de un sistema de riego durante la época de escasez de agua o aún, dentro del mismo periodo de lluvias; por su corto periodo de utilización estos sistemas de riego deberán ser de bajo costo y con una alta flexibilidad en el servicio de riego. Dada la importancia que tiene el hule en Veracruz, se seleccionó un predio de 10 hectáreas en Las Choapas y se instaló un sistema de riego presurizado.

Riego suplementario Hule Zona tropical INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA

Genética de la resistencia al complejo mancha de asfalto en 18 genotipos tropicales de maíz

George Mahuku Ignacio Benítez-Riquelme Serafin Cruz-Izquierdo (2015, [Artículo])

Horizontal Resistance Tar Spot Complex CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA FUNGI MONOGRAPHELLA PHYLLACHORALES ZEA MAYS DIALLEL ANALYSIS DISEASE RESISTANCE

Selection indices for identifying heat tolerant of maize (Zea mays)

Pervez Zaidi (2023, [Artículo])

Stress Tolerance Indices Geometric Mean Productivity Stress Susceptibility Index Statistical Correlation CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA CORRELATION HEAT STRESS ZEA MAYS DROUGHT STRESS BREEDING PROGRAMMES

Enhancing maize yield in a conservation agriculture-based maize (Zea mays)- wheat (Triticum aestivum) system through efficient nitrogen management

C.M. Parihar Hari Sankar Nayak Dipaka Ranjan Sena Shankar Lal Jat Mahesh Gathala Upendra Singh (2023, [Artículo])

This study evaluated the impact of contrasting tillage and nitrogen management options on the growth, yield attributes, and yield of maize (Zea mays L.) in a conservation agriculture (CA)-based maize-wheat (Triticum aestivum L.) system. The field experiment was conducted during the rainy (kharif) seasons of 2020 and 2021 at the research farm of ICAR-Indian Agricultural Research Institute (IARI), New Delhi. The experiment was conducted in a split plot design with three tillage practices [conventional tillage with residue (CT), zero tillage with residue (ZT) and permanent beds with residue (PB)] as main plot treatments and in sub-plots five nitrogen management options [Control (without N fertilization), recommended dose of N @150 kg N/ha, Green Seeker-GS based application of split applied N, N applied as basal through urea super granules-USG + GS based application and 100% basal application of slow release fertilizer (SRF) @150 kg N/ha] with three replications. Results showed that both tillage and nitrogen management options had a significant impact on maize growth, yield attributes, and yield in both seasons. However, time to anthesis and physiological maturity were not significantly affected. Yield attributes were highest in the permanent beds and zero tillage plots, with similar numbers of grains per cob (486.1 and 468.6). The highest leaf area index (LAI) at 60 DAP was observed in PB (5.79), followed by ZT(5.68) and the lowest was recorded in CT (5.25) plots. The highest grain yield (2-year mean basis) was recorded with permanent beds plots (5516 kg/ha), while the lowest

was observed with conventional tillage (4931 kg/ha). Therefore, the study highlights the importance of CA practices for improving maize growth and yield, and suggests that farmers can achieve better results through the adoption of CA-based permanent beds and use of USG as nitrogen management option.

Green Seeker Urea Super Granules CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA MAIZE UREA YIELDS ZERO TILLAGE NITROGEN

Discussion on sustainable water technologies for peri-urban areas of Mexico City: balancing urbanization and environmental conservation

EDUARDO LOPEZ RAMIREZ JOSE LUIS MARTINEZ RUIZ DANIEL MURILLO LICEA (2012, [Artículo])

This paper shows and demonstrates examples of different types of sustainable technologies that can be implemented in the peri-urban areas of Mexico City [rainwater harvesting, EcoSan and biofiltros (small constructed wetlands), and (vermi-)composting]. An innovative participatory planning method, combining scenario development with a participatory planning workshop with key stakeholders, was applied and resulted in three concept scenarios. Specific technologies were then selected for each concept scenario that the technical feasibility and applicability was assessed. Following this, the resulting resource flows (nutrients, water and energy) were determined and analyzed. The results show that decentralized technologies not only have the potential to deliver adequate water supply, sanitation and solid waste services in peri-urban areas and lessen environmental pollution, but also can recover significant amounts of resources thereby saving costs and providing valuable inputs in, for instance, the agricultural sector. Social acceptance of the technologies and institutional cooperation, however, is key for successful implementation.

Participación social Tecnología apropiada Abastecimiento de agua Saneamiento Zonas periurbanas Humedales Lombricultura CIENCIAS SOCIALES

Estudio experimental con modelos físicos para generación de criterios de peligro por inundación y para caracterización de efectos del arrastre de sólidos sobre estructuras de cruce en ríos de zonas urbanas

JUAN ANTONIO LOPEZ OROZCO MANUEL MARTINEZ MORALES Cecia Millán-Barrera (2015, [Documento de trabajo])

El objetivo de este estudio es generar nomogramas de vulnerabilidad por inundaciones, aplicado a peatones, para la construcción de mapas de peligro integrales que consideren tirante máximo, velocidad máxima, estabilidad al vuelco y estabilidad al deslizamiento. De igual manera, se evalúan los efectos del flujo en el peatón en un módulo de una calle a escala real (1:1) variando los parámetros.

Ríos Control de inundaciones Simulación Zonas urbanas INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA

Population genetic structure of the maize weevil, Sitophilus zeamais, in southern Mexico

Michael Jones Martha Willcox (2023, [Artículo])

Maize Weevil Genetic Structure CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA AGRICULTURAL WORKERS FILTRATION GENE FLOW MAIZE SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISM SITOPHILUS ZEAMAIS CURCULIONIDAE

Indicadores técnicos de la producción agrícola del año 2012 de las zonas de riego de México

Juan Manuel Angeles WALDO OJEDA BUSTAMANTE Maria Dolores Olvera Salgado (2012, [Objeto de congreso])

En México, la superficie dedicada a la agricultura es de aproximadamente 21 millones de hectáreas, de las cuales del orden de 6.3 millones de hectáreas son de riego, que aprovechan las aguas superficiales y subterráneas mediante la infraestructura hidráulica correspondiente. Aproximadamente 3.3 millones de ha están bajo la jurisdicción de 85 grandes áreas que se conocen como Distritos de Riego, y 3 millones de ha pertenecen a obras de pequeña irrigación bajo la jurisdicción de aproximadamente 40 000 Unidades de Riego, las cuales se riegan principalmente con aguas subterráneas y también la utilización de aguas superficiales a través de pequeñas presas de almacenamiento y derivación. La productividad de las áreas de riego en México es 3.7 veces mayor que las de temporal y a pesar de su superficie sustancialmente menor genera más de la mitad de la producción agrícola nacional. En este contexto la importancia del recurso agua en la agricultura representa un elemento decisivo para el desarrollo económico y social para nuestro país, produciendo los alimentos y las materias primas que demandan el crecimiento de la población y su desarrollo. En este documento se determinan algunos indicadores técnicos de la producción del año agrícola 2011-2012 de las Unidades y Distritos de Riego de México; información estadística básica obtenida de los reportes e informes que realiza la Comisión Nacional del Agua a través de las Gerencias de Distritos y Unidades de riego.

Producción agrícola Zonas agrícolas Riego Indicadores técnicos INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA