Predicción de actividad antimicrobiana usando modelos de escala evolutiva a través de un flujo de trabajo en la plataforma KNIME

Prediction of antimicrobial activity using models of evolutionary scale through a workflow in the KNIME platform

Karla Lorena MartÍnez Mauricio (2023, [Tesis de maestría])

Dentro de las estrategias para combatir la resistencia antimicrobiana, se está llevando a cabo investigación para la creación de nuevos fármacos basados en péptidos antimicrobianos. En los últimos años, se han realizado esfuerzos para incorporar herramientas computacionales que ayuden a acelerar la identificación de péptidos con actividad antimicrobiana. Una de estas herramientas son los modelos QSAR basados en aprendizaje tradicional, que permiten predecir la actividad antimicrobiana en péptidos a partir de información basada en su secuencia. Un componente clave en este proceso es el tipo de características moleculares a utilizar. Recientemente, ha surgido una familia de modelos pre-entrenados llamados ESM-2, los cuales generan incrustaciones (características) que fueron aprendidas a partir de 65 millones de secuencias que abarcan diversidad evolutiva. En este trabajo de tesis, se analiza la contribución de las incrustaciones ESM-2 de diferentes dimensiones de forma individual y en conjunto en el desarrollo de modelos QSAR basados en aprendizaje tradicional para la clasificación de péptidos antimicrobianos, así como sus tipos funcionales, como antibacteriano, antifúngico y antiviral. A partir de este estudio se concluye que aumentar la capacidad de los modelos ESM-2 no implica una mejora en el rendimiento de los modelos para predecir péptidos antimicrobianos. Los modelos ESM-2 t30 y ESM-2 t33 son los más apropiados para extraer características y mejorar la exactitud en las predicciones de péptidos antimicrobianos. Además, fusionar características de diferentes incrustaciones ESM-2 es una estrategia efectiva para construir mejores modelos QSAR que el uso exclusivo de características derivadas de un modelo ESM-2 específico. Se construyeron modelos más simples con un rendimiento comparable o superior a los modelos basados en aprendizaje profundo reportados en la literatura. Para llevar a cabo este estudio se implementó un flujo de trabajo en KNIME que genera de forma automática hasta 1980 modelos de clasificación binaria basados en aprendizaje tradicional. Incorpora diversas técnicas de selección de características, algoritmos de clasificación, métricas de desempeño y una fase de limpieza de datos. Este flujo de trabajo se encuentra disponible en https://github.com/cicese-biocom/classification-QSAR-bioKom.

Molecular features play an important role in different bio-chem-informatics tasks, such as the Quantitative Structure-Activity Relationships (QSAR) modeling. Several pre-trained models have been recently created to be used in downstream tasks either by fine-tuning a specific model or by extracting features to feed traditional classifiers. In this sense, a new family of Evolutionary Scale Modeling models (termed as ESM-2 models) has been recently introduced, demonstrating outstanding results in structure protein prediction benchmarks. Herein, we are devoted to assessing the usefulness of different-dimensional embeddings derived from ESM-2 models in the prediction of antimicrobial peptides, given the great deal of attention received because of their potential to become a plausible option to mainly fight multi-drug resistant bacteria. To this end, we created a KNIME workflow to guarantee using the same modeling methodology, and consequently, carrying out fair comparisons. As a result, it can be drawn that the 640- and 1,280- dimensional embeddings are the most appropriate to be used in modeling because statistically better results were achieved from them. We also combined features from different embeddings, and we can draw that the fusion of features of different embeddings contributes to getting better models than only using a specific model ESM-2. Comparisons regarding state-of-the-art deep learning models confirm that when performing methodologically principled studies in the prediction of AMPs, non-DL based models yield comparable-to-superior results to DL-based models. The implemented KNIME workflow is availablefreely at https://github.com/cicese-biocom/classification-QSAR-bioKom. We consider that this workflow can be valuable to prevent unfair comparisons regarding new computational methods, as well as to propose new non-DL based models.

péptidos antimicrobianos, QSAR, aprendizaje automático ESM-2, KNIME antimicrobial peptides, QSAR, machine learning, ESM-2, KNIME INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA CIENCIAS TECNOLÓGICAS TECNOLOGÍA DE LOS ORDENADORES DISEÑO CON AYUDA DE ORDENADOR DISEÑO CON AYUDA DE ORDENADOR

Casinos: un análisis del encuentro de juego

LUIS ALBERTO HERNANDEZ CERON (2023, [Artículo])

"El análisis del casino como establecimiento social en México suele ser escaso y se enfoca, de manera regular, en el problema de la ludopatía; pero si ésta tiene que ver en gran medida con los casinos, ¿por qué no estudiarlos primero? Este documento es fruto de una investigación de campo en dos casinos de la ciudad de Pachuca, Hidalgo, y parte de la pregunta: ¿cómo es el ordenamiento social básico del casino? El objetivo es reducir el tipo de organización llamada interaccional a patrones que pudiesen clasificar y describir los encuentros de juego. La observación participante no sistemática naturalista fue la metodología utilizada para entrar en los casinos como jugador y observar lo que ahí sucede. Los resultados apuntaron al rol y el marco totémico como dos patrones clave de organización social".

Casinos. Encuentro de juegos. Situación de acción de azar. Rol. Maquinación. CIENCIAS SOCIALES SOCIOLOGÍA SOCIOLOGÍA DE LOS ASENTAMIENTOS HUMANOS SOCIOLOGÍA URBANA SOCIOLOGÍA URBANA

Detección de comportamiento no verbal en interacción humano-robot

Detection of non-verbal behavior in human-robot interaction

Ernesto Adrián Lozano De la Parra (2023, [Tesis de maestría])

La comunicación no verbal desempeña un papel vital en la interacción humana. En el contexto de la interacción humano-robot (IHR), los robots sociales están diseñados principalmente para la comunicación verbal con los humanos, dejando a la comunicación no verbal como un área de investigación abierta. En este trabajo, se presenta una arquitectura flexible y abierta llamada Software Arquitechture for Nonverbal Interaction in Human-Robot Interaction (SANI-HRI) diseñada para facilitar las interacciones no verbales en IHR. Entre sus componentes se encuentra un Cuaderno Computacional P2P basado en navegador web, aprovechado para codificar, ejecutar y compartir programas reactivos. Pueden incluirse modelos de aprendizaje automático para el reconocimiento en tiempo real de gestos, poses y estados de ´animo, empleando protocolos como MQTT. Otro componente clave es un Broker para distribuir datos entre distintos dispositivos físicos, como robots, dispositivos vestibles y sensores ambientales, así como modelos de aprendizaje automático que comprendan diferentes tipos de datos. Se demuestra la utilidad de esta arquitectura mediante tres escenarios de interacción: (i) el primero que emplea la proxémica y la dirección de la mirada para iniciar un encuentro improvisado, (ii) un segundo que utiliza técnicas de visión por computadora para detectar y analizar expresiones faciales y corporales, así como el uso sensores biométricos para obtener datos de ritmo cardiaco durante una rutina de ejercicio, y (iii) un tercero que incorpora el reconocimiento de objetos y Modelos de Lenguaje Grandes para sugerir comidas a cocinar en función de los ingredientes disponibles. Estos escenarios ilustran cómo los componentes de la arquitectura pueden integrarse para abordar nuevos escenarios, en los que los robots necesitan inferir señales no verbales de los usuarios.

Nonverbal communication plays a vital role in human interaction. In the context of Human-Robot Interaction (HRI), social robots are designed primarily for verbal-based communication with humans, making nonverbal communication an open research area. We present a flexible, open framework called Software Architecture for Nonverbal Interaction in Human-Robot Interaction (SANI-HRI) designed to facilitate nonverbal interactions in HRI. Among its components it has a P2P Browser-Based Computational Notebook, leveraged to code, run, and share reactive programs. Machine-learning models can be included for real-time recognition of gestures, poses, and moods, employing protocols such as MQTT. Another key component is a broker for distributing data among different physical devices like the robot, wearables, and environmental sensors and also machine learning models. We demonstrate this framework’s utility through three interaction scenarios: (i) the first one employing proxemics and gaze direction to initiate an impromptu encounter, (ii) a second that uses computer vision techniques to detect and analyze facial and body expressions, as well as the use of biometric sensors to obtain heart rate data during a workout routine, and (iii) a third one incorporating object recognition and a Large-Language Model to suggest meals to be cooked based on available ingredients. These scenarios illustrate how the framework’s components can be seamlessly integrated to address new scenarios, where robots need to infer nonverbal cues from users.

Interacción humano-robot, Comunicación no verbal, Broker MQTT, Notebook computacional, Modelos linguísticos grandes, SANI-HRI Human-robot interaction, Nonverbal communication, Broker MQTT, Computational notebook, Large language models, SANI-HRI INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA CIENCIAS TECNOLÓGICAS TECNOLOGÍA DE LOS ORDENADORES SISTEMAS DE RECONOCIMIENTO DE CARACTERES SISTEMAS DE RECONOCIMIENTO DE CARACTERES

Detección de eventos violentos en publicaciones de redes sociales

Detection of violent events in social media publications

Esteban Ponce León (2023, [Tesis de maestría])

En los últimos años, ha habido un interés creciente en el monitoreo de redes sociales para recopilar información y, en algunos casos, para examinar la ocurrencia de delitos. Sin embargo, gran parte de las investigaciones hasta ahora solo se han centrado en ciudades de EE. UU. o extranjeras, y por ende, en publicaciones y conjuntos de datos en inglés El objetivo principal de esta tesis es diseñar un método que permita la identificación de publicaciones de eventos violentos en español y en Twitter, utilizando información multimodal y técnicas de aumento de datos que mejoren el rendimiento de los modelos. Para esto, el trabajo de investigación se dividió en dos fases experimentales. La primera orientada a identificar publicaciones a partir de solo texto, explorando diferentes técnicas de aumento de datos para texto y modelos de aprendizaje máquina y profundo. En la segunda fase, se extendió el método propuesto para abordar la identificación en un contexto multimodal, es decir, considerando tanto los textos de los tweets como las imágenes compartidas que los acompañan. En este caso el método propuesto consideró utilizar descripciones textuales de las imágenes y abordar la problemática desde el dominio textual, además se hicieron 2 tipos de aumento de datos para cada tipo de información. La evaluación de los métodos se hizo utilizando las colecciones de la tarea de evaluación DA-VINCIS 2022 y 2023. Los resultados demostraron una mejora en el rendimiento de los modelos al considerar el uso de información multimodal y el uso de aumento de datos.

In recent years, there has been a growing interest in monitoring social networks to gather information and, in some cases, to examine the occurrence of crime. However, much of the research so far has only focused on US or foreign cities, and thus on English-language publications and data sets. The main objective of this thesis is to design a method that allows the identification of publications of violent events in Spanish and on Twitter, using multimodal information and data augmentation techniques that improve the performance of the models. For this, the research work was divided into two experimental phases. The first aimed at identifying publications from only text, exploring different data augmentation techniques for text and machine and deep learning models. In the second phase, the proposed method was extended to address identification in a multimodal context, that is, considering both the texts of the tweets and the shared images that accompany them. In this case, the proposed method considered using textual descriptions of the images and addressing the problem from the textual domain, in addition, 2 types of data augmentation were made for each type of information. The evaluation of the methods was done using the collections of the DA-VINCIS 2022 and 2023 evaluation task. The results demonstrated an improvement in the performance of the models when considering the use of multimodal information and the use of data augmentation.

Detección de Violencia, Redes Sociales, Aumento de Datos, Procesamiento del Lenguaje Natural, BERT, BETO, Descripción de Imágenes Violence Detection, Social Networks, Data Augmentation, Natural Language Processing, BERT, BETO, Image Captioning INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA CIENCIAS TECNOLÓGICAS TECNOLOGÍA DE LOS ORDENADORES MODELOS CAUSALES MODELOS CAUSALES

¡Que se llega y que se llega! Análisis de la ritualidad en el sistema de peregrinaciones de la Caravana Nacional de la Fe, S.L.P.

LUZ DEL CARMEN ACEVEDO RODRIGUEZ (2020, [Tesis de maestría])

"Esta tesis se compone de cuatro capítulos formados tomando en cuenta la especificidad de la investigación y los intereses particulares propios de la zona de estudio: En el primer capítulo encontramos un acercamiento al peregrinaje donde se describe, a grandes rasgos, el proceso de conceptualización de este fenómeno y los principales autores que contribuyeron en la construcción del bagaje teórico, así como nuevas posturas surgidas de los cambios debidos a la globalización y las maneras de resistencia de la religiosidad popular en relación a ello. El segundo capítulo contiene datos etnográficos que describen todo lo relacionado con la práctica peregrina del grupo Caravana Nacional de la Fe, S.L.P., desde la organización social de la celaduría en términos estructurales, hasta las peregrinaciones que realizan a lo largo del año. El tercer capítulo describe los objetos en relación con la ritualidad y la impregnación de ésta y finalmente, el cuarto capítulo aborda el cuerpo desde una perspectiva sociocultural, alejado de la simple función biológica y fisiológica, sino entendido como una construcción social a partir de las prácticas que con éste se hacen y los elementos culturales del grupo de pertenencia".

Ritos y ceremonias -- Caravana Nacional de la Fe -- San Luis Potosí Indios de México -- Vida social y costumbres Iglesia Católica en San Juan de los Lagos, Jalisco -- Historia San Juan de los Lagos, Jalisco -- Vida y costumbres religiosas HUMANIDADES Y CIENCIAS DE LA CONDUCTA ANTROPOLOGÍA ANTROPOLOGÍA SOCIAL ANTROPOLOGÍA SOCIAL

Movilidad inclusiva, divergencia intrínseca

VICTOR MANUEL COLLANTES VAZQUEZ (2019, [Capítulo de libro])

10 páginas.

Universidad Autónoma Metropolitana. Unidad Azcapotzalco.

En estos tiempos, hablar de diseño, innovación y su influencia en la vida cotidiana es un tema cada día más necesarios. Distintas tendencias se están manifestando en relación a la participación de las tecnologías de la información, accesibilidad movilidad. El tema de este trabajo está relacionado con el desarrollo inclusivo, entendiendo a la discapacidad para caminar como un reto para lo que representa el avanzar hacia una sociedad que considere la totalidad de los habitantes. El caso de estudio es la Alcaldía de Azcapotzalco. Se presenta la experiencia de abordar el tema desde diferentes metodologías que han sido consideradas para enriquecer la investigación y se expresa el aprendizaje a través del reto de estudiar una diversidad de subtemas.

Discapacidad, movilidad, diseño, envejecimiento. Accessible Web sites for people with disabilities. Customer services--Management. Social justice. Accesibilidad de páginas Web a personas con discapacidad. Acceso para personas con discapacidad. HV1568.4 INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA CIENCIAS TECNOLÓGICAS TECNOLOGÍA DE LOS ORDENADORES DISEÑO CON AYUDA DE ORDENADOR

El paraíso chacahuense: un viaje al mundo de vida de jóvenes en el espacio turístico

ALICIA MUÑOZ RAY RODOLFO MONDRAGON RIOS ERIN INGRID JANE ESTRADA LUGO ANTONIO SALDIVAR MORENO (2023, [Artículo])

"Desde una perspectiva fenoménica, se hace un acercamiento al mundo de vida de jóvenes en el espacio turístico de Chacahua, Oaxaca, México. Se reflexiona sobre la vida juvenil, la construcción de las personas jóvenes como sujetos sociales y los significados y configuraciones que implica el que habiten en estos espacios de forma cotidiana. La narrativa comienza con una mirada al contexto social comunitario en el que se sitúa y se describe a Hannia y Agustín, quienes dan rostro al proceso social juvenil para adentrarnos, con ellos, en las reflexiones sobre la interacción con la alteridad, la manera en que perciben y viven su territorio, las transformaciones a partir del crecimiento turístico de esta comunidad y cómo esto reconfigura su mundo de vida".

Fenomenología. Subjetividad. Turismo. Territorio. Interacciones sociales. CIENCIAS SOCIALES SOCIOLOGÍA SOCIOLOGÍA DE LOS ASENTAMIENTOS HUMANOS ESTUDIOS DE COMUNIDAD ESTUDIOS DE COMUNIDAD

Agricultural value chains in Sudan: an annotated bibliography

Hugo De Groote Paswel Marenya (2023, [Libro])

CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA AGRICULTURAL VALUE CHAINS CASH CROPS FOOD CROPS LIVESTOCK SOCIOECONOMIC ASPECTS GENDER SOCIAL INCLUSION POSTHARVEST LOSSES BIBLIOGRAPHIES

Strong floristic distinctiveness across Neotropical successional forests

Catarina Jakovac Jorge Arturo Meave del Castillo Frans Bongers Susan Letcher JUAN MANUEL DUPUY RADA Daniel Piotto Danaë Rozendaal Marielos Peña-Claros Dylan Craven Braulio Santos Alexandre Siminski Alfredo Fantini Alice Cristina Rodrigues Alma Hernandez-Jaramillo Álvaro Idárraga-Piedrahita André Junqueira Angelica Almeyda Zambrano Bernardus de Jong Bruno X. Pinho Bryan Finegan Carolina Castellanos Castro Daisy Christiane Zambiazi Daisy Dent Daniel Hernán Garcia-Villalobos Deborah Kennard Diego Delgado Eben Broadbent Edgar Ortiz-Malavasi Eduardo A. Pérez-García Edwin Lebrija-Trejos Erika Berenguer Erika Marin-Spiotta Esteban Alvarez_Davila EVERARDO VALADARES DE SÁ SAMPAIO Felipe Melo Fernando Elias Filipe França Florian Oberleitner Francisco Mora Ardila G. Bruce Williamson Gabriel Colletta George Cabral Geraldine Derroire Geraldo Fernandes Hans van der Wal Heitor Mancini Teixeira Henricus F.M. Vester Hernando Garcia Ima Vieira Jaider Jiménez-Montoya Jarcilene Almeida Cortez Jefferson Hall Jerome Chave Jess Zimmerman Jhon Edison Nieto Vargas Joice Ferreira JORGE ENRIQUE RODRIGUEZ VELAZQUEZ Jorge Ruiz Jos Barlow Jose Aguilar Cano JOSE LUIS HERNANDEZ STEFANONI Julien Engel Justin Becknell Kátia Janaina Zanini Madelon Lohbeck Marcelo Tabarelli Marco Antonio Romero Romero Maria Uriarte Maria das Dores Magalhães Veloso Mário do Espírito Santo Masha van der Sande Michiel van Breugel Miguel Martínez-Ramos Naomi Schwartz Natalia Norden Nathalia Pérez-Cárdenas Noel Antonio González_Valdivia PASCAL PETRONELLI Patricia Balvanera Paulo Massoca Pedro Brancalion Pedro Manuel Villa Peter Hietz Rebecca Ostertag René López Camacho Ricardo Cesar Rita Mesquita Robin Chazdon Rodrigo Muñoz Saara DeWalt Sandra Müller Sandra M Duran Sebastião Martins Susana Ochoa-Gaona Susana Rodriguez-Buritica T. Mitchell Aide Tony Vizcarra Bentos Vanessa de Souza Moreno Laura Vanessa Granda William Thomas Whendee Silver YULE NUNES Lourens Poorter (2022, [Artículo])

Forests that regrow naturally on abandoned fields are important for restoring biodiversity and ecosystem services, but can they also preserve the distinct regional tree floras? Using the floristic composition of 1215 early successional forests (≤20 years) in 75 human-modified landscapes across the Neotropic realm, we identified 14 distinct floristic groups, with a between-group dissimilarity of 0.97. Floristic groups were associated with location, bioregions, soil pH, temperature seasonality, and water availability. Hence, there is large continental-scale variation in the species composition of early successional forests, which is mainly associated with biogeographic and environmental factors but not with human disturbance indicators. This floristic distinctiveness is partially driven by regionally restricted species belonging to widespread genera. Early secondary forests contribute therefore to restoring and conserving the distinctiveness of bioregions across the Neotropical realm, and forest restoration initiatives should use local species to assure that these distinct floras are maintained. Copyright © 2022 The Authors, some rights reserved.

CONSERVATION ECOSYSTEMS FORESTRY BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA VEGETAL (BOTÁNICA) ECOLOGÍA VEGETAL ECOLOGÍA VEGETAL

Spatial phylogenetics in Hechtioideae (Bromeliaceae) reveals recent diversification and dispersal

La filogenética espacial de Hechtioideae (Bromeliaceae) revela diversificación y dispersión reciente

Ricardo Rivera Martinez Ivón Mercedes Ramírez Morillo José Arturo de Nova Vázquez GERMAN CARNEVALI FERNANDEZ CONCHA Juan Pablo Pinzón Katya J. Romero-Soler NESTOR EDUARDO RAIGOZA FLORES (2022, [Artículo])

Background: Hechtioideae is a group of Bromeliaceae that is distributed in Megamexico III. In recent years, evolutionary relationships within this lineage have been studied; however, the biogeography of these plants have not yet been explored from a phylogenetic framework. The integration of geographic and phylogenetic information in the evolutionary study of organisms has facilitated the identification of patterns, as well as the exploration of new hypotheses that allow for the understanding the processes that have influenced the evolutionary history of lineages. Questions and/or Hypotheses: What is the biogeographic history of this lineage? How Hechtioideae has diversified over time? Results: The Neotropical region has the highest species richness of Hechtioideae and the Mexican Transition Zone is the area with the greatest phylogenetic diversity. This lineage presented its highest diversification rate during the late Miocene and Pleistocene (6.5-1 Ma). The ancestral area of the group corresponds to the Neotropical region and the Mexican Transition Zone. In addition, Hechtioideae spread across its current ranges through multiple dispersal events associated with climatic and geological events during the last 10 Ma. Conclusions: Hechtioideae is a group of recent origin whose evolutionary history has been strongly influenced by geological and climatic events over the past 10 Ma, such as the glacial and interglacial periods of the Pleistocene and the great tectonic and volcanic activity that led to the formation of the Trans-Mexican Volcanic Belt. © 2022 Sociedad Botanica de Mexico, A.C. All rights reserved.

ANCESTRAL AREA RECONSTRUCTION BIOGEOGRAPHY CONSERVATION DISTRIBUTION PHYLOGENETIC DIVERSITY BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA VEGETAL (BOTÁNICA) ECOLOGÍA VEGETAL ECOLOGÍA VEGETAL