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Diseño in silico de nuevos compuestos orgánicos con posible actividad anticancerígena

LUIS JESUS CORDOVA BAHENA (2017)

Desde el punto e vista de la epigenética, las Desacetilasas de Histonas (HDAC) son uno de los blancos más atractivos para el tatamiento de diversos tipo de cáncer. En este trabajo se propone una serie de moléculas orgánicas derivadas de ácidos hidroxámicos con capacidad de inhibir HDAC´s. Además, en colaboración con el grupo de síntesis orgánica liderado por el Dr. Vázquez Guevara y con el grupo de evaluación biológica liderado por la Dra. Martínez Alfaro, se llevó a cabo un proyecto que incluye la síntesis, estudio computacional y pruebas en líneas celulares de cáncer de mama, donde el resultado más exitoso corresponde a una de las moléculas sintetizadas que presenta un efecto el doble de potente que el fármaco comercial.

Doctoral thesis

CGU- Doctorado en Química BIOLOGÍA Y QUÍMICA Cáncer In silico Desacetilasas de Histonas Ácidos hidroxámicos

El ácido retinoico y la proteína morfogenética de hueso 2 inducen conjuntamente la osteogénesis en dos clonas de preadipocitos 3T3

CANDY YURIRIA RAMIREZ ZAVALETA (2007)

"Las células troncales mesenquimales pueden diferenciarse en adipocitos, osteocitos, condrocitos o miocitos, aunque desconocemos como es que células que han iniciado la diferenciación en uno de estos linajes pueden transdiferenciarse en otro. Para determinar el potencial osteogénico de los preadipocitos 3T3-F442A y 3T3-F442A/C4, analizamos su respuesta a compuestos que inhiben la adipogénesis y estimulan la osteogénesis. En medio adipogénico adicionado con proteína morfogenética de hueso 2 (BMP-2), ambas líneas celulares mostraron un alto grado de diferenciación adiposa, evaluado por su acumulación lipídica o su actividad de glicerol-3-fosfato deshidrogenasa, aun en presencia de ácido retinoico (AR), un probado agente anti-adipogénico. En estas condiciones, los inhibidores de desacetilasas de histonas (iHDACs) apicidina y ácido valproico inhibieron ambos rasgos adipogénicos en 63% y 30%, respectivamente. La tricostatina A, otro iHDAC, no afectó la expresión de estos caracteres en ninguna de las dos líneas. En condiciones osteo-inductoras, el AR y la BMP-2 indujeron conjuntamente un incremento de ocho veces en la actividad de fosfatasa alcalina, un marcador intermedio de osteogénesis, en ambas clonas de preadipocitos. Este efecto no se observó con ninguno de los iHDACs ensayados. Asimismo, el AR y la BMP-2 indujeron la transcripción de los marcadores osteogénicos Runx2 (13 veces), fosfatasa alcalina (10 veces) y osteocalcina (17 veces), así como la mineralización de la matriz extracelular, un fenotipo de osteocitos maduros. En conclusión, nuestros resultados muestran que el AR y la BMP-2 inducen conjuntamente la osteogénesis en los preadipocitos 3T3-F442A y 3T3-F442A/C4, que este efecto no es ejercido en estas células por iHDACs a los que previamente se atribuyó tal capacidad y que ambas clonas de preadipocitos poseen similar potencial osteogénico."

"Mesenchymal stem cells can differentiate into adipocytes, osteocytes, chondrocytes or myocytes, although it is unknown whether cells that have initiated the differentiation into one of these lineages can be transdifferentiated into another. To determine the osteogenic potential of 3T3-F442A and 3T3-F442A/C4 preadipocytes, we analyzed their response to compounds that inhibit adipogenesis and stimulate osteogenesis. In adipogenic medium supplemented with bone morphogenetic protein 2 (BMP-2), both cell lines showed a high degree of adipose conversion as assessed by lipid accumulation or glycerophosphate dehydrogenase activity, even in the presence of retinoic acid (RA), a proven antiadipogenic agent. Under these conditions, the histone deacetylase inhibitors (iHDACs) apicidin and valproic acid inhibited both adipogenic traits by 63% and 30%, respectively. Trichostatin A, another iHDAC, did not affect the expression of these characters in any of the two cell lines. In osteoinductive conditions, RA and BMP-2 cooperatively induced an eight-fold increase in alkaline phosphatase activity, an intermediate osteogenic marker, in both preadipocyte lines. This effect was not observed with any of the iHDACs assayed. RA and BMP -2 also induced the transcription of osteogenic markers Runx2 (13-fold), alkaline phosphatase (10-fold) and osteocalcin (17-fold), as well as the mineralization of extracellular matrix, a mature osteocytes phenotype. In summary, our results show that RA and BMP-2 cooperatively induce osteogenesis of 3T3-F442A and 3T3-F442A/C4 preadipocytes, that this effect is not exerted in these cells by iHDACs to which such capacity was previously attributed and that both preadipocyte lines possess a similar osteogenic potential."

Master thesis

Preadipositos 3T3 Transdiferenciación Osteogénesis BMP-2 Ácido retinoico Inhibidores de desacetilasas de histonas BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA MOLECULAR

Las modificaciones de la cromatina y su rol en la percepción de las señales externas en Trichoderma atroviride

MACARIO OSORIO CONCEPCION (2017)

"Las enzimas que modifican la cromatina modulan las respuestas a las señales ambientales de los organismos a través de la reprogramación de la transcripción génica. Sin embargo, elementos adicionales en el contexto de la cromatina que integren la vía de la regulación a los estímulos de estrés no se han identificado. En el presente trabajo, evaluamos la función de HDA-2 y SET-5 en la respuesta a la luz azul y al estrés oxidante en T. atroviride. Las mutantes Δhda-2 presentaron un crecimiento lento, ausencia de conidiación y bajos niveles de expresión del gen con-1. En cambio, la cepa Δset-5 mostró una mayor conidiación y la rápida expresión de con-1 y hymA en respuesta a la luz azul. La transcripción de hda-2 inducida por la luz fue dependiente de la proteína BLR-1, mientras que HDA-2 es esencial para la transcripción de los genes responsivos a la luz, que incluyen a blr-1 y -2 (Blue Light Regulator-1 y -2). En la presencia de estrés oxidante, las mutantes Δhda-2 mostraron un fenotipo sensible, mientras que las cepas Δset-5 y Δblr exhibieron un fenotipo opuesto. Estos resultados fueron consistentes con la inducción de los genes relacionados a EORs en la cepas wt, Δset-5 y Δblrs, y su baja expresión en Δhda-2. De manera interesante, los niveles de la acetilación en los promotores de los genes cat-3 y gst-1 depende HDA-2 y de las proteinas BLR. Nuestros resultados sugieren la dependencia mutua de HDA-2 y los reguladores BLR para regular la transcripción génica en respuesta a la luz azul y al estrés oxidante. Por otra parte, La maquinaria de la biogénesis de los sRNAs de T. atroviride se han visto implicados en el desarrollo del hongo. Nuestros resultados indican que los genes dcr y ago, son regulados por la luz azul. Sin embargo, la ausencia de la acetiltransferasa de histonas TGF-1 desregula la expresión de estos genes. Estos datos sugieren que TGF-1 regula positivamente la expresión de los genes dcr y ago debido a que esta proteína regularmente actúa como coactivador de la transcripción."

"Fungal blue-light photoreceptors have been proposed as integrators of light and oxidative stress. However, additional elements participating in the integrative pathway remain to be identified. In Trichoderma atroviride, the blue-light Regulator (BLR) proteins BLR-1 and -2 are known to regulate gene transcription, mycelial growth and asexual development upon illumination. Here, we evaluate the role of HDA-2 and SET-5 in the regulation of genes responsive to light and oxidative stress by assessing responses to stimuli in wild-type, Δhda-2 and Δset-5 strains. Δhda-2 strains present reduced growth, misregulation of the con-1 gene and absence of conidia in response to light and mechanical injury. Furthermore, Δset-5 showed more conidiation induced by blue light and early induction of con-1 and hymA genes. We found that the expression of hda-2 is BLR-1 dependent and HDA-2 in turn is essential for the transcription of light-responsive genes that include blr-1 and blr-2. When subject to reactive oxygen species (ROS), Δhda-2 mutants displayed high sensitivity whereas Δset-5 and Δblr strains exhibited the opposite phenotype. Consistently, in the presence of ROS, ROS-related genes show high transcription levels in wild-type, Δset-5 and Δblr strains but misregulation in Δhda-2. Finally, chromatin immunoprecipitations of histone H3 acetylated at Lys9/Lys14 on cat-3 and gst-1 promoters display low accumulation of H3K9K14ac in Δblr and Δhda-2 strains. Our results point to a mutual dependence between HDA-2 and BLR and reveal the role of these proteins in an intricate generegulation landscape in response to blue light and ROS. Moreover, the biogenesis machinery components of small RNAs from T. atroviride regulate fungal development. Here we showed that expression of dcr and ago genes increased after a brief pulse of blue light in T. atroviride wild type, whereas it dropped in a Δtgf-1 background, whose product codes for a histone acetyltransferase. These data suggest that TGF-1 acts as positive regulator of dcr and ago transcription, similarly to TGF-1 orthologs have been described as transcription coactivators."

Doctoral thesis

Trichoderma Luz azul Estrés oxidante Proteínas BLR Dicer Argonauta Acetiltransferasa de histonas Metiltransferasa de histonas Gcn5p NGF-1 Desacetilasas de histonas HDA-2 Hos2p BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA MOLECULAR

Caracterización molecular del gen YIGcn5 que codifica una acetiltrasferasa de histonas del hongo Yarrowia lipolytica

ANA ERIKA OCHOA ALFARO (2006)

"Es característico de los organismos eucariotes que el DNA nuclear se encuentre asociado con histonas y otras proteínas cromosomales formando complejos nucleoprotéicos que se denominan genéricamente como “cromatina”. Se sabe que las modificaciones postraduccionales sobre las histonas, que afectan la estructura de la cromatina son importantes en la expresión diferencial de genes. Dentro de dichas modificaciones se pueden citar a la N-acetilación, la cual ocurre en los residuos de lisina de los extremos N-terminales de las histonas. La acetilación de las histonas del nucleosoma da origen a un descompactamiento de la cromatina, lo cual da acceso a toda la maquinaria transcripcional basal y por consiguiente permite la expresión de genes. Yarrowia lipolytica es un hongo dimórfico no patógeno que pertenece a la familia de los ascomicetos, que se ha utilizado tanto como modelo de estudio en la investigación básica, como microorganismo productor de proteínas recombinantes en la biotecnología moderna. En el presente estudio caracterizamos molecularmente al gen YlGcn5 que codifica a una acetiltransferasa de histonas en Yarrowia lipolytica. El gen YlGcn5 de Y.lipolytica fue aislado y clonado por González-Prieto (2003). La secuenciación de la clona reveló un marco de lectura de 1395pb que codifica una proteína de 465 aminoácidos con un peso molecular de 54.1 KDa y un punto isoeléctrico de 4.72. Durante el análisis de la secuencia de aminoácidos se identificaron los dominios que confieren la actividad de histona acetiltransferasa ya caracterizados en GCN5 de Saccharomyces cerevisiae. Además, se realizó un experimento RACE-3´(Rapid Amplication of cDNA Ends) para identificar el sitio de poliadenilación del mensajero. Se obtuvieron mutantes nulas (Δgcn5) mediante la técnica de inserción/escisión. Estas mutantes presentaron una reducción del 55% aproximadamente de su crecimiento en medio mínimo la cual fue reestablecida al adicionar al medio histidina, triptofano o treonina."

"In eukaryotes, nuclear DNA is associated with proteins named histones and other non-histones proteins conforming a complex known as chromatin. Posttranslational modifications of histones affect the structure and organization chromatin, such modifications generate in differential expression of genes. The most studied modification is the acetylation, that change in lysine residues on the amino-terminal tails. The acetylation of histones alter the structure of chromatin, allowing the access to the basal transcriptional machinery facilitating the expression of genes. Yarrowia lipolytica is an ascomycete no-pathogenic fungus used model of study in basic research and also a recombinant protein-producing microorganism in the biotechnology. In the current study we have characterized the YlGcn5 gene of this fungus, which encodes an histone acetyltransferase. Aminoacid sequence analysis showed an histone acetytransferase domain, whose characterization has been done in the GCN5 protein from Saccharomyces cerevisiae. The RACE 3’ (Rapid Amplication of cDNA3 Ends) was performed in order to identify the polyadenilation site in YlGcn5 transcript. The Pop in Pop out technique, was used for partial replacement of the YlGcn5 wild type gene. Null mutants showed a growth reduction of 55% approximately in minimum medium (MM, it was reestablished at normal levels when added histidine, tryptophane and threonine in MM medium. These results suggest that the Yarrowia lipolytica YlGcn5 gene could be involved in growth and the development in this organism."

Master thesis

Yarrowia lipolytica HAT Gcn5 Acetilación de las histonas BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA MOLECULAR

La acetiltransferasa de histonas TGF-1 regula el micoparasitismo y el metabolismo secundario en el hongo filamentosos Trichoderma atroviride

Elida Yazmín Gómez Rodríguez (2018)

"El género Trichoderma es usado como agente de biocontrol contra una gran variedad de hongos fitopatógenos y oomicetos. Trichoderma spp. antagoniza a los fitopatógenos a través de la liberación de enzimas líticas, antibiosis y micoparasitismo. En este trabajo analizamos el papel de la acetilación de histonas sobre el micoparasitismo y la antibiosis de Trichoderma atroviride contra el hongo fitopatógeno Rhizoctonia solani. Utiizamos la tricostatina A (TSA), un inhibidor de desacetilasas de histonas, para promover la acetilación de histonas en T. atroviride, evaluar su efecto sobre el micoparasitismo y la síntesis de compuestos antimicrobianos contra R. solani, así como la transcripción de genes relacionados con el micoparasitismo (prb-1 y ech-42) y la antibiosis (pbs-1 y tps-1). La TSA afectó ligeramente el crecimiento de T. atroviride y R. solani, pero no el crecimiento del micoparásito sobre R. solani y produjo un aumento en la síntesis de compuestos antimicrobianos por T. atroviride. Además, el análisis de expresión de prb-1, ech-42, pbs-1 y tps-1 mostró que estos genes son regulados negativamente por la presencia de TSA y R. solani. Por otro lado, la deleción del gen tgf-1 de T. atroviride, que codifica la histona acetiltransferasa TGF-1 ortóloga a Gcn5p de Saccharomyces cerevisiae provocó un crecimiento lento, hifas más delgadas y menos ramificadas que las del tipo silvestre pero no afectó la capacidad para enrollar las hifas de R. solani. T. atroviride Δtgf-1 fue incapaz de sobrepasar el crecimiento de R. solani pero tuvo mayor capacidad para inhibir su crecimiento. La expresión de prb-1, ech-42, pbs-1 y tps-1 en Δtgf-1 disminuyó en presencia y ausencia de R. solani. Además, la cepa de T. atroviride Δtgf-1 confrontada consigo misma y con la cepa silvestre perdió la manera de identificarse con la cepa silvestre y reconocerse a sí misma, ya que mostró una marcada zona de lisis; también perdió la capacidad de reconocer, defenderse o antagonizar a otras especies de Trichoderma. Estos resultados indican que la acetilación de las histonas desempeña un papel crucial en el micoparasitismo, la competencia, el metabolismo secundario y la regulación génica en T. atroviride."

"The genus Trichoderma is used as a biocontrol agent against a large number of airborne and soilborne phytopathogens. Trichoderma spp. antagonize phytopathogens through the release of lytic enzymes, antibiosis and mycoparasitism. In this study we analyzed the role of histone acetylation on mycoparasitism and antibiosis of Trichoderma atroviride against the phytopathogen Rhizoctonia solani. We used Trichostatin A (TSA), a histone deacetylase inhibitor, to promote histone acetylation in T. atroviride, to asses its role in mycoparasitism and synthesis of antimicrobial compounds against R. solani, as well as in the transcription of genes related to mycoparasitism (prb-1 and ech-42) and antibiosis (pbs-1 and tps-1). TSA slightly affected T. atroviride and R. solani growth, but not the ability of the mycoparasite to grow over R. solani. Application of TSA to the medium induced the synthesis of antimicrobial compounds by T. atroviride. Additionally, prb-1, ech-42, pbs-1 and tps-1 were negatively regulated by TSA and R. solani. On the other hand, deletion of the T. atroviride tgf- 1 gene encoding the histone acetyltransferase TGF-1 orthologous to Gcn5p from Saccharomyces cerevisiae caused a decrease in growth rate, thinner and less branched hyphae but did not affect the ability to coil R. solani hyphae. T. atroviride Δtgf-1 was incapable to overgrow R. solani but enhanced the ability to inhibit its growth. Expression of prb-1, ech-42, pbs-1 and tps-1 decreased in the presence and absence of R. solani. Besides, the T. atroviride Δtgf-1 strain co-cultured with the wild type strain or herself lost its ability to identify the wild-type strain and to recognize itself and also lost the ability to recognize, defend itself or antagonize other species of Trichoderma. These results indicate that histone acetylation plays a crucial role in T. atroviride mycoparasitism, competence, secondary metabolism and gene regulation."

Doctoral thesis

GCN5 Acetilación de histonas Antibiosis Micoparasitismo Metabolismo secundario Tricostatina A BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA MOLECULAR BIOLOGÍA MOLECULAR

Epigenética: más allá de la genética

KARLA LIZBETH MACIAS SANCHEZ VANESA ZAZUETA NOVOA CLAUDIA LETICIA MENDOZA MACIAS LUIS FELIPE PADILLA VACA (2012)

La epigenética es el estudio de los cambios heredables reversibles en la función de los genes que ocurren sin cambios en la secuencia de ADN. Las modificaciones químicas del ADN y sus proteínas asociadas determinan la expresión selectiva de genes y su influencia en el comportamiento de las células. Las modificaciones epigenéticas del genoma regulan muchos procesos celulares, tales como el desarrollo embrionario, la inactivación del cromosoma X, la impronta genómica y, la estabilidad de los cromosomas. La alteración de las modificaciones epigenéticas o la pérdida de su control, pueden causar enfermedades como el cáncer y contribuir al desarrollo de enfermedades autoinmunes. Por lo anterior, se ha propuesto que la identificación de los patrones epigenéticos heredables tales como la metilación del ADN y la acetilación de histonas sería una herramienta útil en el diagnóstico y pronóstico de las enfermedades causadas por errores epigenéticos / Karla L. Macías Sánchez, Vanesa Zazueta Novoa, Claudia L. Mendoza Macías, Angeles Rangel-Serrano y Felipe Padilla Vaca.

Epigenetics is the study of reversible inheritable changes in gene function that occur without a change in the sequence of nuclear DNA and is transmitted from one generation of cells or organisms to the next. The chemical modifications to DNA and its associated

proteins help to determine the selective use of genes and influence cell fate. Epigenetic modifications of the genome are involved in regulating many cellular processes. These include embryonic development, X chromosome inactivation and genomic imprinting. Abnormal

epigenetic modifications and control can cause disease, including cancer and autoimmune diseases. Identification of inheritable epigenetic patterns such as DNA methylation and histone acetylation has been proposed as a useful marker for the early detection and prognosis of diseases caused by epigenetic errors.

Article

BIOLOGÍA Y QUÍMICA GENÉTICA Epigenética Metilación del ADN Código de histonas Epimutación Epigenetics DNA methylation Histone code Epimutation

Epigenética del sistema visual y del fenómeno de microparasitismo en Trichoderma atroviride: un análisis del gen ortólo a GCN5

EDITH ELENA URESTI RIVERA (2008)

"La luz es un factor clave para la existencia de la vida en nuestro planeta, regula una amplia variedad de procesos fisiológicos y del desarrollo en los seres vivos a través de la alteración en la expresión de diversos genes que responden a la señal luminosa. En los organismos eucariotes un obstáculo para que se lleve a cabo la eficiente expresión de dichos genes es el alto grado de empaquetamiento en que se encuentra organizado el ADN nuclear formando una estructura denominada cromatina. Esta estructura está sujeta a modificaciones covalentes cuyo blanco son principalmente las histonas, las cuales juegan un papel muy importante en la regulación de la transcripción. Se sabe que la acetilación reversible de los tallos amino terminal de las histonas, principalmente H3 y H4 por proteínas Acetil Transferasas de Histonas (HAT) trae como consecuencia una débil interacción entre el nucleosoma y el ADN, permitiendo que éste se encuentre accesible a la maquinaria transcripcional, razón por la cual la acetilación está asociada a la activación transcripcional de diversos genes. Trichoderma atroviride es un hongo del suelo que parasita un amplio rango de hongos patógenos de plantas, motivo por el cual es comúnmente utilizado como agente de control biológico de hongos fitopatógenos. Este hongo responde a la luz azul formando un anillo de conidias en el perímetro de la colonia donde fue dado el estímulo luminoso. En el presente trabajo se analizó el patrón de expresión que presentaban los genes de respuesta a luz phr-1 y bld-2 de Trichoderma atroviride, en presencia de un inhibidor de desacetilasas de histonas. Nuestros resultados indican que dichos genes se encuentran regulados por procesos de acetilacióndesacetilación. Se obtuvo una mutante del gen homólogo a Gcn5 de Saccharomyces cerevisiae a la cual se llamo tago-2. Esta mutante presentó un fenotipo muy particular, ya que mostró una fuerte reducción en su crecimiento en comparación con la cepa silvestre, su conidiación fue escasa y después de un pulso de luz azul no presenta el anillo de conidiación característico de la cepa silvestre. Adicionalmente mostró una reducción significativa en su capacidad como micoparásita frente al fitopatógeno Sclerotium rolfsii. También, se obtuvo una cepa transformante que sobreexpresa el gen tago-2, esta cepa muestra un crecimiento similar al de la cepa silvestre, sin embargo es más eficiente en detener el crecimiento de Sclerotium rolfsii."

"The light is a key factor for the existence of the life in our planet, due regulates a wide variety of physiological and development processes in the living organisms beings across the alteration in the expression of diverse genes that answer to the luminous sign. In eukaryotes an obstacle for carried out the efficient expression of the above mentioned genes is the high degree of packing in which the nuclear DNA is organized, forming a structure named chromatin. This structure is subject to post-translational modifications, whose targets are principally the histones, which play a very important role in the regulation of the transcription. It is known that the reversible acetylation of the amino-terminal tails of the core histones, principally H3 and H4, by Histone Acetyl Transferases (HAT), brings as consequence a weak interaction between the nucleosome and the DNA, allowing that this one being accessible to the transcripcional machinery, therefore the acetylation is associated with the transcripcional activation of diverse genes. Trichoderma atroviride is a common soil fungus widely used as a biocontrol agent due to its capacity to parasitize phytopathogenic fungi of major agricultural importance. In this fungus a pulse of blue/UVA light induces the synchronous production of conidia situated at the colony perimeter where the pulse was received. In this work we analyzed the expression pattern of the blue-lightregulated genes phr-1 and bld-2 of Trichoderma atroviride, in presence of an inhibitor of the histone deacetylases. Our results indicate that the above mentioned genes are regulated by processes of acetylation-deacetylation. We obtained a mutant of the equivalent gene to Gcn5 of Saccharomyces cerevisiae to which we named tago-2. This mutant presented a very particular phenotype, because it showed a strong reduction in its growth in comparison with the wild type strain, its conidiation was poor and after a pulse of blue light it doesn’t show the conidiation ring typically of the wild type strain. Additional tago-2 strain showed a significant reduction in its capacity as mycoparasite fungus when was confronted to the phytopathogenic Sclerotium rolfsii. Also we obtained a transforming that overexpresing the tago-2 gene, this strain shows a growth similar to that of the wild type, nevertheless it is more efficient in stopping the growth of Sclerotium rolfsii."

Master thesis

Acetilación de histonas Luz azul Trichoderma atroviride BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA MOLECULAR

El papel de una desacetilasa de histonas ortóloga a HD1 de A. thaliana en la respuesta a la luz azul en Trichoderma atroviride

AIDA ARACELI RODRIGUEZ HERNANDEZ (2008)

"Los hongos del género Trichoderma presentan una gran importancia agrícola debido a que son utilizados como agente de biocontrol de una amplia gama de hongos fitopatógenos que afectan cultivos de importancia alimenticia. Además, este género ha sido utilizado en la producción de antibióticos y enzimas hidrolíticas. Trichoderma también ha sido utilizado como modelo fotomorfogenico debido a que después de recibir estimulo luminoso forma un anillo de conidias en el perímetro de la colonia donde fue recibido el pulso. Se ha propuesto que T. atroviride que las proteínas BLR-1 y BLR-2 son las encargadas de percibir la señal luminosa. Estas proteínas son esenciales para fotoconidiación y la regulación de genes que se inducen y repimen por la luz azul como phr-1 y bld-2 respectivamente. Como sabemos la regulación de la expresión génica esta mediada por una gran cantidad de factores que intervienen como co-activadores y co-represores. Mecanismos epigenéticos como la acetilación y desacetilación de histonas son importantes para la expresión génica para que los organismos respondan de la manera adecuada ante las condiciones del medio como la luz. En organismos como Arabidopsis thaliana y Neurospora crassa se observó que respuestas a la luz azul es mediada por proteínas como las desacetilasas de histonas como HD1 y por acetil transferasas de histonas como GCN5 respectivamente. El uso de inhibidores de HDACs es una herramienta muy útil para determinar las posibles diferencias en los patrones de expresión relacionados con la acetilación y desacetilación de hsitonas. En nuestro modelo de estudio, el uso de la apicidina nos brindó un panorama general del posible papel de HATs y HDACs en la expresión de genes regulados por la luz azul. Los resultados obtenidos hasta el momento nos indican que puede existir la participación de HATs y HDACs, ya que el patrón de expresión de los genes phr-1 y bld-2 prolongan su expresión en presencia de apicidina con respecto a las condiciones control. En base a los resultados obtenidos con el uso de la apicidina y de lo observado en A. thaliana en mutantes HD1, se decidió identificar al gen ortólogo a HD1 en el genoma de T. atroviride al cual se le denominó taho (Trichoderma atroviride HD1 Ortólogo) Una vez identificado el gen taho, se generó la construcción para obtener a la mutante por doble recombinación homóloga."

Master thesis

Desacetilización de histonas Luz azul Trichoderma atroviride BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA MOLECULAR