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El análisis AMMI y la gráfica del biplot en SAS

Mateo Vargas Hernández Jose Crossa (2000)

En este documento se presentan tres ejemplos de casos en los que se emplearon programas creados en SAS para obtener Modelos AMMI, así como la prueba de Gollob (Gollob, 1967) para determinar la significancia de cada término AMMI. Con estos programas, se obtiene también de manera automática el biplot derivado de los modelos AMMI. Las diferentes modalidades que aquí se presentan son: 1) Cuando se cuenta únicamente con las medias ajustadas. En este caso, las medias ajustadas son suficientes para obtener los modelos AMMI y para graficar el biplot. Sin embargo, para la prueba de Gollob se necesita tener un estimador del error del análisis combinado, los grados de libertad del error y el número de repeticiones, los cuales se deben proporcionar al programa. 2) Cuando se cuenta con toda la información, por ejemplo los valores de la variable de interés medida en cada uno de los ambientes, los genotipos y las repeticiones, pero se utiliza un análisis combinado que se considera que proviene de experimentos individuales en los que se utilizó un diseño de bloques completos. Se asume que los modelos son de efectos fijos y se analizan utilizando PROC GLM. En este caso, se obtiene de forma automática el estimador del error, los grados de libertad del error y el número de repeticiones. 3) Similar al caso anterior, pero ahora se consideran experimentos individuales en los que se utilizó un diseño de látices (bloques incompletos), y se asume que los modelos son de efectos fijos y aleatorios simultáneamente (modelos mixtos). Se utiliza PROC MIXED para la obtención de las medias ajustadas y un estimador del error ponderado de cada uno de los análisis que se hicieron por separado. Asimismo, se emplean grados de libertad y número de repeticiones también ponderados. En los tres casos anteriores se pretende lograr los mismos objetivos: i) Uniformizar los conceptos y resultados de los modelos AMMI, determinar la significancia de cada término AMMI y obtener los biplots, ii) Que los investigadores puedan realizar lo anterior de forma simplificada y automatizada.En términos generales, los tres casos presentan el mismo programa base, con ligeras adecuaciones en algunas secciones, dependiendo del caso que se esté estudiando. Se describirá brevemente cada una de las secciones que conforman los programas. Todos los archivos que contienen los datos, programas, salidas y gráficos que se mencionan en este manual se pueden obtener en la siguiente dirección de Internet: www.CIMMYT.cgiar.org/biometrics. Aquí seleccione el archivo AMMI.EXE.

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Statistical analysis Variety trials CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA

Relative performance of testers to identify elite lines of corn (Zea mays L.)

JAIME SAHAGUN (1998)

Testcross evaluation is used to determine the relative potential of corn (Zea mays L.) lines in a hybrid breeding program. Choice of tester is important for efficient selection among lines for their potential in hybrids. Testcrosses among 21 lines and seven testers were evaluated at seven environments in Guatemala. The experimental design was a randomized complete block with a split-plot arrangement, where lines were assigned to whole plots and testers to subplots. The objectives of the study were to obtain information for choice of testers and to identify the more convenient tester to use in early testing for a hybrid program in which three-way and double-cross hybrids are commonly used. Data for yield and agronomic traits were recorded, but the combined analysis for yield (t/ha) was the main trait of interest. Differences among lines and among testers across environments were highly significant (P ≤ 0.01). Highly significant differences for the testers x lines interaction indicated that the testers ranked the lines differently. Coefficient of concordance (W) and Pearson correlations (r) suggested that the ranking of lines across testers was relatively consistent. Testcrosses with a single cross had the greatest average yield (6.48 t/ha). Based on the variance among testcrosses, estimates of general combining ability, correlation with the other testers, and acceptable performance itself, the single cross tester was suggested as the tester for the hybrid breeding program in Guatemala. Lines with good general combining ability for different hybrid combinations were identified. Three-way testcrosses superior to the best check (ICTA HB-85) were identified for further evaluation as potential new hybrids for release. Significant correlations between yield and diseases (Southern corn rust caused by Puccinia polysora Underw. and Northern corn leaf blight caused by Exserohilum turcicum Pass. = Helminthosporium turcicum Pass.) reflected the importance of emphasizing selection for disease resistance during line development.

Article

Maize Zea mays Variety trials Plant breeding Plant response Research projects Guatemala CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA

Derterminación del tiempo de frigoconservación y calidad de frutos de limón mexicano de clones sin espina y sin semilla

ANA ANGELICA MUÑOZ LAZCANO (2011)

En México se producen cerca de 1.3 millones de toneladas en 146,273.92 Ha que representan ingresos de aproximadamente cinco millones de pesos de limón mexicano (Citrus aurantifolia Swingle). La variedad más comercial de este limón proviene de un árbol con espinas y presenta semillas, y a pesar de ser de una calidad interna excelente debido a estas características físicas, se dificulta el manejo poscosecha de éste, presentándose pérdidas de hasta el 50%; es por ello que ante esta situación se han colectado variedades provenientes de mutaciones naturales. Estas variedades son ‘Lise’ (con semillas y sin espinas), ‘Colimon’ (con espinas y sin semilla) y ‘Colimex’ (con semillas y con espinas). A pesar que se ha estudiado a fondo la parte del manejo de cultivo de estas variedades, no se tienen estudios de la calidad poscosecha y la influencia de sus características en la calidad y en los periodos de frigoconservación. En el presente trabajo se buscó determinar la calidad de estos frutos y el tiempo de frigoconservación en base a las principales variables estudiadas para determinar calidad (SST, %acidez, color, ácido ascórbico ó Vitamina C, %pérdida de peso y °Bx/acidez). Se encontró que los frutos provenientes de árboles sin espinas presentan mayor tiempo de frigocoservación. Por otro lado los frutos sin semilla y sin espinas presentan una calidad externa en cuanto a color y textura mejor respecto a los frutos con semilla y esta se conserva por más tiempo en condiciones ambientales y en refrigeración. Sin embargo los frutos con semilla presentan una calidad interna mejor especialmente en lo que se refiere a acidez y a la relación °Bx/acidez que determinan el sabor del fruto. Por otro lado la variable que se ve más afectada respecto al tiempo incluso en condiciones de refrigeración es la Vitamina C, ya que se deteriora fácilmente. _______________ DETERMINATION OF TIME COLD STORAGE AND QUALITY OF CLONES MEXICAN LIMES WITHOUT SEEDS AND SPINES. ABSTRACT: Mexico produces about 1.3 million tonnes of Mexican limes (Citrus aurantifolia Swingle) in 146,274.92 Ha representing incomes about five million pesos. The more commercial variety of this lemon comes from a tree with spines and the fruit has seeds; despite an excellent internal quality due to these physical characteristics are difficult post-harvest handling of it, have a loss of up to 50% is so that in this situation varieties have been collected from natural mutations. These varieties are 'Lise' (with seeds and boneless), 'Colimon' (with bones and seeded) and 'Colimex' (with seeds and spines). Although it has been studied in depth the management of the cultivation of these varieties, there are no studies on the postharvest quality and influence of its kind in quality and in periods of cold storage. In the present study sought to determine the quality of these fruits and cold storage time based on the main variables studied to determine quality (SST, citric acid, color, ascorbic acid or Vitamin C,% weight loss and ° Bx / acidity ). It was found that fruits from trees without spines presented cold storage time longer. Moreover seedless fruits have an external quality in color and texture better about the fruits with seeds and this is retained longer in environmental conditions and refrigeration. However fruits with seeds have a better internal quality especially with regard to acidity and the relationship ° Bx / acidity that determine the flavor of the fruit. On the other hand the variable that is most affected over time even under refrigeration is vitamin C, as it deteriorates easily.

Master thesis

Daños por frío Variedad Mutación natural Pérdidas postcosecha Cold damage Variety Natural mutation losing postharvest Fruticultura Maestría CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA

Breeding materials from international centers for breeding new varieties of wheat in the central Asian region

Alexey Morgounov Hans-Joachim Braun (2006)

В статье представлен обзор деятельности международных центров ИКАРДА и СИММИТ по улучшению сортов пшеницы в регионе Центральной Азии. В частности, описываются основные виды селекционной работы центров по созданию в регионе сортов с улучшенными хозяйственна-ценными свойствами -высокой урожайностью и устойчивостью к биотическим и абиотическим факторам и работы по интегрированной защите растений. Результаты такой деятельности способствуют подъему производства зерновых культур и всего сельского хозяйства в странах ЦА в целом.

Article

Селекция Питомник Пшеница Сорт Международный Центр Интегрированная Защита AGRICULTURAL SCIENCES AND BIOTECHNOLOGY PUCCINIA SORGHI GENOMES MAIZE WHEAT INTEGRATED PROTECTION VARIETY CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA

Variety discrimination of Tigridia pavonia (L.f.) DC. assesed by different length RAPD primers

JOSE LUIS PIÑA ESCUTIA LUIS MIGUEL VAZQUEZ GARCIA AMAURY MARTIN ARZATE FERNANDEZ (2010)

Tigridia pavonia (L.f.) DC. is one of the important phytogenetic resources of México. This species is used as ornamental, food and medicinal purposes. Despite its ornamental and economic potential, there is little information about the genetic variability. In this study, randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) primers of 10, 15 and 20 bases were used to assess the level of genetic variation among nine botanical varieties of Tigridia pavoniacollected in three localities within State of México. The total number fragments, polymorphic fragments, percentage of polymorphism and resolving power were greater for 15 base (55, 52, 94.5 and 5, respectively) and 20 base (47, 45, 95.7 and 3.8, respectively), in comparison with those obtained from 10 base primers (44, 41, 93.1 and 3.6, respectively).Resultsshowed the major effectiveness of 15 and 20 bases RAPD primers in the genetic differentiation of varieties as compared to 10 bases RAPD primers. The dendrograms based on un-weighted pair group method arithmetic average (UPGMA) analysis of the 10, 15, 20 and the pooled (10, 15 and 20) bases RAPD data were consistent in the clustering varieties, grouping them in two main clusters.

Article

Biología Genetic resources RAPD Tigridia pavonia variety discrimination BIOLOGÍA Y QUÍMICA

1.4 screening experimental designs for quantitative trait loci, association mapping, genotype-by environment interaction, and other investigations

Jose Crossa (2012)

Crop breeding programs using conventional approaches, as well as new biotechnological tools, rely heavily on data resulting from the evaluation of genotypes in different environmental conditions (agronomic practices, locations, and years). Statistical methods used for designing field and laboratory trials and for analyzing the data originating from those trials need to be accurate and efficient. The statistical analysis of multi-environment trails (MET) is useful for assessing genotype × environment interaction (GEI), mapping quantitative trait loci (QTLs), and studying QTL × environment interaction (QEI). Large populations are required for scientific study of QEI, and for determining the association between molecular markers and quantitative trait variability. Therefore, appropriate control of local variability through efficient experimental design is of key importance. In this chapter we present and explain several classes of augmented designs useful for achieving control of variability and assessing genotype effects in a practical and efficient manner. A popular procedure for unreplicated designs is the one known as "systematically spaced checks". Augmented designs contain "c" check or standard treatments replicated "r" times, and "n" new treatments or genotypes included once (usually) in the experiment.

Article

Multi-environment trials augmented experimental designs genotype × environment interaction Quantitative Trait Loci (QTL) CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA

Morfometría y tabla de vida de Bactericera cockerelli (Sulc) bajo diferentes tratamientos de fertilización en el híbrido de tomate 7705

HAIDEL VARGAS MADRIZ (2015)

Tesis (Doctorado en Ciencias, especialista en Entomología y Acarología).- Colegio de Postgraduados, 2014.

Se evaluó el efecto de cuatro tratamientos en la variedad de tomate "SUN-7705" en la morfometría de B. cockerelli (Sulc). Se colectaron huevos, ninfas y adultos criados en dicha variedad, en condiciones de invernadero en el Colegio de Postgraduados, Campus Montecillo, Texcoco, México, en el periodo Mayo a Agosto del 2012. Las condiciones generales de la cría fueron: la colonia de insectos origen se integró desde el periodo 2010-2012 sobre plantas de tomate, sin aplicación de agroquímicos; los adultos fueron mantenidos en jaulas individuales de marco de madera cubiertos con tela de organza, bajo un periodo de 14:10 h de luz-oscuridad, con un rango de temperatura de 10 a 40° C. En el análisis de morfometría de huevos se consideraron las variables: longitud de huevo (LH), ancho de huevo (AH) y longitud de pedicelo (LP). Las variables medidas en las ninfas fueron largo de cuerpo (LC), ancho de cuerpo (AC), longitud de antena izquierda (LAI) y longitud de antena derecha (LAD). Las ninfas se separaron por ínstares, desde el 1 hasta el 5 y enseguida realizar las mediciones de las variables mencionadas. En el caso de la morfometría de adultos, se consideraron las variables longitud de cuerpo (LC), ancho de cuerpo en tórax (ACT), largo de antenas (ATN), longitud de ala (LA) y ancho de ala (AA). Se encontró que el efecto los diferentes tratamientos en la variedad de tomate en la morfometría, en la variable (LP) (F 3, 119 = 5.02, P= 0.0026) se observaron diferencias significativas, asimismo, la variable (AH) mostro diferencias significativas (F 3, 119 = 3.20, P= 0.0259), en las ninfas del primer instar, se observó que los tratamientos afectaron significativamente las variables (LC) (F 3, 119 = 13.17, P < 0.0001); (AC) (F 3, 119 = 6.14, P = 0.0007), (LAI) (F 3, 119 = 17.82, P < 0.0001) y (LAD) (F 3, 119 = 29.73, P < 0.0001); En ninfas de segundo instar se observaron diferencias significativas entre las variables (LC) (F 3, 119 = 13.10, P = 0.0296), (AC) (F 3, 119 = 5.51, P = 0.0014), (LAI) (F 3, 119 = 7.43, P < 0.0001) y (LAD) (F 3, 119 = 5.09, P = 0.0024). En ninfas de tercer instar se observa diferencias significativas y altamente significativas para las variables (AC) (F 3, 119 = 3.37, P = 0.0208), (LAI) (F 3, 119 = 5.84, P = 0.0009) y (LAD) (F 3, 119 = 3.32, P = 0.0224). En ninfas de cuarto instar se encontró que los tratamientos tuvieron un efecto altamente significativo en las variables (LC) (F 3, 119 = 4.79, P = 0.0035), (LAI) (F 3, 119 = 13.23, P < 0.0001) y (LAD) (F 3, 119 = 16.07, P < 0.0001). En ninfas de quinto ínstar se observaron diferencias significativas y altamente significativas para las variables, (LC) (F 3, 119 = 3.52, P = 0.0172), (AC) (F 3, 119 = 10.31, P < 0.0001), (LAI) (F 3, 119 = 14.45, P < 0.0001) y (LAD) (F 3, 119 = 8.06, P < 0.0001). Los valores morfométricos de hembras de B. cockerelli, se determinó que los tratamientos no afectaron a las variables mencionadas. Para el caso de los machos de B. cockerelli, se obtuvieron diferencias altamente significativas en (LC) (F 3, 119 = 13.79, P < 0.0001) y (ACT) (F 3, 119 = 10.60, P < 0.0001), los resultados obtenidos de la morfometria de B. cockerelli, tiene implicaciones prácticas porque dichas variables podrían ser usadas como guías para identificar las cinco fases ninfales. _______________ MORPHOMETRICS OF EGGS, NYMPHS, AND ADULTS OF Bactericera cockerelli (Sulc) (Hemiptera: Triozidae), MAID WITH DIFFERENT FERTILIZATION TREATMENTS IN TOMATO (Solanum lycopersicum L). ABSTRACT: The effect of four treatments in a variety of tomato "SUN-7705" on the morphometry of B. cockerelli (Sulc) was evaluated. Were collected eggs, nymphs and adults reared in such varieties under greenhouse conditions in the Colegio de Postgraduados, Campus Montecillo, Texcoco, Mexico, in May to August 2012 period. The general conditions for breeding were the insect colony was integrated source from the period 2010-2012 on tomato plants without application of agrochemicals; adults were kept in individual cages wooden frame covered with organza fabric under a time of 14:10 h light-dark, with a temperature range of 10-40 ° C. Egg length (LH), egg width (AH) and pedicel length (LP) in the egg morphometric analysis variables were considered. The variables measured were the nymph body length (LC), body width (AC), length of left antenna (LAI) and right antenna length (LAD). Nymphs separated of instars from 1 to 5 and then make measurements of these variables. For adult morphometry were considered variables body length (LC) in the chest body width (ACT) long antenna (ATN), wing length (LA) and flange width (AA). It was found that the effect of different treatments on the variety of tomato to measuring, in the variable (LP) (F 3, 119 = 5.02, P = 0.0026) significant difference also variable (AH) showed significant differences (F 3, 119 = 3.20, P = 0.0259) in the first instar nymphs was observed that the treatments affected significantly the variables (LC) (F 3, 119 = 13.17, P <0.0001); (AC) (F 3, 119 = 6.14, P = 0.0007) (LAI) (F 3, 119 = 17.82, P <0.0001) and (LAD) (F 3, 119 = 29.73, P <0.0001); In second instar nymphs there was significant differences between variables were observed (LC) (F 3, 119 = 13.10, P = 0.0296), (AC) (F 3, 119 = 5.51, P = 0.0014), (LAI) (F 3 , 119 = 7.43, P <0.0001) and (LAD) (F 3, 119 = 5.09, P = 0.0024). In third instar nymphs they are highly significant differences for the variables (AC) (F 3, 119 = 3.37, P = 0.0208) (LAI) (F 3, 119 = 5.84, P = 0.0009) and (LAD) is observed (F 3, 119 = 3.32, P = 0.0224). Nymphs fourth instar was found that the treatments had a highly significant effect on the variables (LC) (F 3, 119 = 4.79, P = 0.0035), (LAI) (F 3, 119 = 13.23, P <0.0001) and (LAD) (F 3, 119 = 16.07, P <0.0001). In fifth instar nymphs they are highly significant differences were observed for the variables (LC) (F 3, 119 = 3.52, P = 0.0172) (AC) (F 3, 119 = 10.31, P <0.0001) (LAI) (F 3, 119 = 14.45, P <0.0001) and (LAD) (F 3, 119 = 8.06, P <0.0001). The morphometric values of females B. cockerelli, it was determined that the treatments did not affect these variables. In the case of males B. cockerelli, highly significant differences (LC) (F 3, 119 = 13.79, P <0.0001) and (ACT) (F 3, 119 = 10.60, P <0.0001) were obtained. The results, has practical implications because these variables could be used as guides to identify the five nymph stages.

Doctoral thesis

Psylido de la papa Psylido del tomate Psylloidae Morfología Variedad de tomate SUN-7705 Psyllid of potato Tomato psyllid Morphology Tomato variety SUN-7705 Entomología y Acarología Doctorado CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA